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摘要
第一章文献综述
1 2型糖尿病与肥胖
1．1 T2D概述
1．2肥胖概述
1．3 T2D与肥胖的关系
2 T2D的遗传学
2．1 T2D的遗传学研究
2．2 T2D的表观遗传学
2．3 T2D的系统遗传学
3肥胖的遗传学
4后GWAS时代T2D和肥胖GWAS SNPs的功能研究进展
4．1 SNT影响转录因子结合
4．2 SNP影响miRNA结合
4．3 SNP影响可变剪接
4．4 SNP影响DNA甲基化
5本研究的目的和意义
第二章T2D GWAS关联SNPs和基因的计算分析
1前言
2计算分析方法
2．1 T2D GWAS SNPs和基因的收集整理
2．3 T2D GWAS lead和proxy SNPs的RegulomeDB和3DSNP功能注释
2．4 T2D GWAS lead和proxy SNPs对miRNA结合的影响分析
2．7 T2D GWAS lead SNPs的CpG-SNP和mQTL鉴定
2．8 T2D GWAS lead和proxy SNPs对蛋白磷酸化的影响分析
2．9 T2D GWAS lead SNPs的比较基因组学分析
2．10 T2D GWAS基因的GO功能注释和信号通路富集分析
2．11 T2D GWAS基因的蛋白互作网络和功能模块分析
2．12 T2D GWAS位点相关circRNA及其互作RBP和miRNA鉴定
3结果与分析
3．1 T2D GWAS SNPs和基因
3．2 T2D GWAS lead和proxy SNPs的RegulomeDB和3DSNP功能注释
3．3 T2D GWAS lead和proxy SNiPs对miRNA结合的影响
3．4 T2D GWAS SNPs相关lncRNA及其互作RBP和miRNA
3．5 T2D GWAS lead SNPs对RNA修饰和RBP的影响
3．6 T2D GWAS lead SNPs的CpG-SNP和mQTL鉴定
3．7 T2D GWAS lead和proxy SNPs对蛋白磷酸化的影响
3．8 T2D lead SNPs的比较基因组学分析结果
3．9 T2D GWAS基因显著富集的GO功能类别和信号通路
3．10 T2D GWAS基因的蛋白互作网络和功能模块
3．11 T2D GWAS位点相关circRNAs及其互作RBP和miRNA
4讨论
5小结
第三章肥胖GWAS关联SNPs和基因的计算分析
1前言
2计算分析方法
2．1肥胖GWAS SNPs和基因的收集整理
2．2查找肥胖GWAS lead SNPs的连锁SNPs(proxy SNPs)
2．3肥胖GWAS lead和proxy SNPs的RegulomeDB和3DSNP功能注释
2．4肥胖GWAS lead和proxy SNPs对miRNA结合的影响分析
2．5肥胖GWAS位点相关lncRNA及其互作RBP和miRNA鉴定
2．6肥胖GWAS lead及proxy SNPs对RNA修饰和RBP结合的影响分析
3．1肥胖GWAS lead和Proxy SNPs和基因
3．2肥胖GWAS lead和proxy SNPs的RegulomeDB和3DSNP功能注释
3．3肥胖GWAS lead和proxy SNPs对miRNA结合的影响
3．4肥胖GWAS SNPs相关lncRNA及其互作RBP和miRNA
3．5肥胖GWAS lead SNPs对RNA修饰和RBP的影响
3．7肥胖GWAS lead和proxy SNPs对蛋白磷酸化的影响
3．8肥胖GWAS lead SNPs的比较基因组学分析结果
3．9肥胖GWAS基因显著富集的GO功能类别和信号通路
3．10肥胖GWAS基因的蛋白互作网络和功能模块
3．11肥胖GWAS位点相关circRNA及互作RBP和miRNA
4讨论
5小结
第四章4个T2D GWAS lead SNPs影响转录因子结合的实验验证
1前言
2材料与方法
2．1 T2D GWAS SNPs对转录因子结合的影响分析
2．2实验设备与仪器
2．3生化试剂与试剂盒
2．4载体与细胞株和菌株
2．5引物序列及寡核苷酸序列
2．6载体构建
2．7细胞培养和转染
2．8双荧光素酶报告基因检测
2．12统计分析
3结果与分析
3．1 T2D GWAS SNPs对转录因子结合的影响
3．2 T2D GWAS SNP rs4607103的功能研究
3．3 T2D GWAS SNP rs4430796的功能研究
3．4 T2D GWAS SNP rs849135的功能研究
3．5 T2D GWAS SNP rs560887的功能研究
4讨论
5小结
第五章3个T2D GWAS lead SNPs及5个proxy SNPs影响miRNA结合的实验验证
1前言
2材料与方法
2．1实验设备与仪器
2．2生化试剂与试剂盒
2．3载体与细胞株和菌株
2．4引物序列及其它寡核苷酸序列
2．5载体构建
2．6细胞培养和转染
2．7双荧光素酶报告基因检测
2．8统计分析
3结果与分析
3．1 T2D GWAS lead及proxy SNPs对miRNA结合的影响
3．2 GWAS SNP rs1802295影响miR-510结合的实验验证
3．3 GWAS SNP rs231356影响miR-376a-5p结合的实验验证
3．4 GWAS SNP rs231362影响miR-5589结合的实验验证
3．5 Proxy SNP rs151212影响miR-150／4301／4286结合的实验验证
3．6 Proxy SNP rs463924影响miR-197-3p结合的实验验证
3．7 Proxy SNP rs10832778影响miR-4733-3p结合的实验验证
3．8 Proxy SNP r55210影响miR-3140-5p／4680-3p结合的实验验证
3．9 Proxy SNP r55212影响miR-127-5p／320e结合的实验验证
4讨论
第六章 结论
参考文献
附录
攻读学位期间发表的学术论文
致谢
