声明
摘要
1引言
1．1课题背景
1．2嗜热链球菌概述
1．3转录组学对乳酸菌代谢机制研究进展
1．4 sRNA概述
1．5生物信息学手段分析sRNA
1．6高通量测序技术分析sRNA
1．7 sRNA在乳酸菌属研究的现状
1．8国内外研究动态
1．9研究目的和意义
1．10研究内容
1．11研究技术路线图
2材料与方法
2．1．1试验菌株
2．1．2培养基
2．1．3仪器与设备
2．1．4主要试剂
2．2试验方法
2．2．1菌株的活化
2．2．2 Streptococcus thermophilus MN-ZLW-002的发酵试验
2．2．5转录组cDNA文库的构建、测序和数据分析
2．2．6 sRNA-seq测序cDNA文库的构建、测序和数据分析
2．2．7 qRT-PCR验证
2．2．8数据处理和分析
3结果与分析
3．1 Streptococcus thermophiles MN-ZLW-002的生长曲线与取样点的确定
3．2总RNA纯度和完整性检测
3．3转录组结果分析
3．3．1 RNA-seq测序结果分析
3．3．2测序饱和度分析
3．3．3基因功能注释
3．4各生长时期差异表达基因分析
3．4．2 T2 vs T1差异基因分析
3．4．3 T3 vs T2差异基因分析
3．4．4 T4 vs T3差异基因分析
3．5核酸代谢基因差异表达情况
3．6碳代谢基因差异表达情况
3．6．1半乳糖代谢基因差异表达分析
3．6．2糖酵解途径各时期基因差异表达分析
3．6．3丙酮酸代谢路径基因差异表达因分析
3．6．4脂肪酸合成途径各生长时期基因差异表达情况
3．7氨基酸代谢路径基因差异表达情况
3．7．1丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢基因差异表达分析
3．7．2精氨酸代谢基因差异表达分析
3．7．3甘氨酸、丝氨酸代谢路径各时期基因差异表达分析
3．7．4半胱氨酸和甲硫氨酸代谢路径基因差异表达分析
3．7．5缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸代谢路径中差异基因分析
3．8 sRNA分析
3．8．1 sRNA测序数据分析
3．8．2 sRNA靶基因注释
3．8．3 sRNA在各生长时期差异表达情况
3．8．4迟滞期sRNA差异表达分析
3．8．5对数前期sRNA差异表达分析
3．8．6对数末期sRNA差异表达分析
3．8．7稳定期sRNA差异表达分析
3．9关键基因及sRNA转录水平表达qRT-PCR分析
3．9．1 RNA纯度和完整性
3．9．2关键基因表达验证
3．9．3关键sRNA表达qRT-PCR分析
4讨论
4．1核酸代谢路径转录组学分析
4．2碳代谢路径转录组学分析
4．3氨基酸代谢路径转录组学分析
4．4 sRNA分析
5结论
致谢
参考文献
攻读硕士学位期间发表的学术论文
