华南部分地区PRRSV和PCV的分子流行病学研究

摘要

近年来，华南地区养猪业蓬勃发展，猪群中的猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒（Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus，PRRSV）、猪圆环病毒2型（Porcine Circovirus Type2，PCV2）、猪圆环病毒3型（Porcine Circovirus Type3， PCV3）等重要免疫抑制病原，依然困扰着养猪业的健康发展，给养猪业造成了巨大的经济损失。开展PRRS V、PCV2和PCV3的分子流行病学研究，有助于我们掌握现有疫苗的使用效果以及病毒的流行现状，为今后的猪病防控策略提供重要参考依据。
　　本研究主要对华南部分地区的PRRS V、PCV2和PCV3进行分子流行病学调查和遗传进化分析，研究内容如下：
　　在PRRS V的分子流行病学调查与遗传进化分析中，一种用于同时检测北美型和欧洲型猪蓝耳病病毒的二重RT-PCR方法被建立并应用于PRRS V的分子流行病学调查。经二重RT-PCR检测，在958份送检样品中，获得62份北美型P RRS V阳性样本（6.47%）和10份欧洲型PRRS V阳性样本（1.04%）以及5份北美型和欧洲型混合感染的阳性样本（0.52%）。从67份北美型 PRRSV阳性样本中，选取有代表性的27株阳性毒株的ORF5进行遗传进化分析，结果显示19株属于亚型4；6株属于亚型5；1株属于亚型6；1株属于新亚型（亚型7）。此外，还成功分离了1株基因缺失病毒（ORF5缺失3个核苷酸），其基因组全长为15304bp，并命名为CH/GDYDZZZ/2016。另外，对15株欧洲型 PRRSV的ORF5进行遗传进化分析，结果显示15株欧洲型PRRS V全部属于泛欧1型，但序列差异仍然很大，进一步可以分为3个不同的小分支。
　　在PCV2的分子流行病学调查与遗传进化分析中，通过普通PCR共检测出阳性样品为162份（16.91%），利用鉴别PCR进行PCV2的分型，共检测出PCV2ae阳性样品为14份（1.46%），PCV2bcd阳性样品为48份（5.01%）。对9个阳性猪场样品进行全基因组的扩增及其遗传进化分析，共扩增出9株 PCV2全基因组，进化树分析显示有1株属于PCV2a，4株属于PCV2b，4株属于PCV2d。其中1株与水牛源Buffalo1遗传关系较近，1株与褐家鼠源 RN1同具有较近的亲缘关系，2株与褐家鼠源 RN2和水牛源Buffalo3亲缘关系较近，1株与PCV2d变异株JS2015亲缘关系最近。对9株病毒的同源性分析显示该研究扩增的9株 PCV2全基因组序列的核苷酸相似性在95%～100%之间，而与国内外分离毒株，疫苗株的核苷酸相似性在94.3%～99.8%之间。
　　在PCV3的分子流行病学调查与遗传进化分析中，通过普通PCR共检测出阳性样品为15份（1.56%），其中1份样品为2016年来自吉林省的样品，14份阳性样品为2013～2016年采自广东省的样品。检出时间最早的是2013年珠三角地区的2份阳性样品，其次是2014年珠三角地区的3份阳性样品，再次是粤西地区2015年的3份与2016年的5份。对阳性样品进行全基因扩增，共扩增出2株PCV3全基因序列，全长为2000bp。全基因组序列同源性分析显示与国内外参考毒株的核苷酸相似性在98.7%～100%之间，其核苷酸序列的点突变仅发生在GDBL32013ZSJ毒株的第223位和第330位。对于ORF1序列，本研究所分离的2株毒株ORF1之间核苷酸序列相似性为99.6%，与其他参考株的ORF1核苷酸序列相似性为99.2%～99.7%；本研究所分离的2株毒株ORF1之间氨基酸序列相似性为99.3%，与其他参考株的O RF1氨基酸序列相似性为99.0%～100%；比对其氨基酸序列，结果显示只有 GDBL32013ZSJ毒株的第75位氨基酸由H变为Y。对于O RF2序列，本研究所分离的两株毒株ORF2之间核苷酸序列相似性为97.7%，与其他参考株的ORF2氨基酸相似性为97.7%～99.5%；GDBL32013ZSJ毒株在第75、147、153、207、270、469、564和594位发生8个点突变，CCZS2016在第12位和第33位发生点突变。分析其ORF2氨基酸序列，本研究所分离的两株毒株 ORF2之间氨基酸序列相似性为98.6%，与其他参考株的ORF1氨基酸序列相似性为98.1%～100%；氨基酸序列比对结果显示只有GDBL32013ZSJ毒株的第157位氨基酸由A变为T。

目录

声明

英文缩写对照表

1.1 PRRSV研究概述

1.2 PCV2研究概述

1.3 PCV3研究概述

2 研究目的及意义

3 材料与方法

3. 1 材料

3. 2 方法

4 结果与分析

4.1 PRRSV研究结果与分析

4.2 PCV2研究结果与分析

4.3 PCV3研究结果与分析

5.讨论

5.1 PRRSV讨论

5.2 PCV2讨论

5.3 PCV3讨论

6. 结论

6.1 PRRS V分子流行病学研究结论

6.2 PCV2分子流行病学研究结论

6.3 PCV3分子流行病学研究结论

致谢

参考文献

附录A

附录B

附录C

附录D

附录E