1626个中国家系的HLA单倍型分析及新等位基因的鉴定

摘要

目的:
　　分析1626个中国家系的HLA单倍型特征及确定HLA-A、HLA-B、HLA-C和HLA-DRB1新等位基因。
　　方法:
　　用聚合酶链反应—直接测序分型法(polymerase chain reaction sequence-based typing，PCR-SBT)检测1626个家庭共6057名成员的HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-DRB1和HLA-DQB1位点的等位基因，通过家系分析确定父母的HLA单倍型，并运用Arlequin遗传学软件计算各单倍型频率和连锁不平衡参数。对PCR-SBT分型法无法确定确切HLA等位基因的标本，采用序列特异性引物测序方法测定相应位点的基因序列，并与已知的最相近的相应位点序列比对。可疑新等位基因序列提交Gen Bank注册，向WHO HLA命名委员会申报确认。
　　结果:
　　在1626个家系中共检出HLA-A等位基因55种、HLA-B等位基因99种、HLA-C等位基因50种、HLA-DRB1等位基因56种、HLA-DQB1等位基因24种。在HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-DR B1和HLA-DQB1位点中基因频率最高的分别是HLA-A*11:01（23.74％）、HLA-B*40:01（11.99%）、HLA-C*07:02（18.02%）、HLA-DRB1*09:01（15.10%）和HLA-DQB1*03:01（20.63%）。在HLA单倍型中频率最高的A-C-B-DRB1-DQB1的单倍型是A*30:01-C*06:02-B*13:02-DRB1*07:01-DQB1*02:02(3.24%)，频率最高的A-C-B的单倍型是A*02:07-C*01:02-B*46:01（6.40%），频率最高的A-B-DRB1的单倍型是A*30:01-B*13:02-DRB1*07:01（3.35%），频率最高的A-B的单倍型是A*02:07-B*46:01(6.83%)，频率最高的A-C的单倍型是A*02:07-C*01:02(6.75%)，频率最高的B-C的单倍型是B*46:01-C*01:02(10.79%)，频率最高的B-DRB1的单倍型是B*46:01-DRB1*09:01（5.90%），频率最高的DRB1-DQB1的单倍型是DRB1*09:01-DQB1*03:03（14.68%）。呈现显著连锁不平衡的两座位单倍型有A*02:07-B*46:01、A*33:03-B*58:01、A*30:01-B*13:02、A*02:07-C*01:02、A*33:03-C*03:02、A*30:01-C*06:02、B*46:01-C*01:02、B*58:01-C*03:02、B*13:02-DRB1*07:01、B*58:01-DRB1*03:01、DRB1*09:01-DQB1*03:03和DRB1*03:01-DQB1*02:01等。在29个家庭中观察到HLA单倍型的基因交换重组现象。
　　确定了8个HLA新等位基因，其中6个已获得WHO HLA命名委员会的正式命名，分别为HLA-A*24:248、HLA-C*01:02:22、HLA-B*46:01:17、HLA-B*46:58、HLA-C*01:02:25和HLA-C*01:91。
　　结论:
　　家系HLA单倍型分析是证明紧密连锁基因座位上的等位基因间等位、连锁和重组关系的有力手段，也是分析人类HLA基因多态性变化的重要遗传学方法。HLA六个新等位基因得到了WHO的HLA命名委员会的正式命名，丰富了HLA基因数据库，为器官移植和造血干细胞移植患者寻找更合适的HLA相匹配的供者提供了可靠的参考资料。

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中文摘要

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前言

材料与方法

1 材料

1.1 研究对象

1.2 主要仪器设备

1.3 主要试剂

2 实验方法

2.1 样本采集

2.2 基因组DNA提取

2.3 HLA各位点外显子的扩增

2.4 扩增产物的纯化

2.5 测序

2.6 HLA各位点基因型的判定

2.7 新等位基因的鉴定

2.8 各家系单倍型的推定

3 统计分析

3.1 计算等位基因频率

3.2 计算单倍型频率和连锁不平衡参数

结果

1. HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-DRB1、HLA-DQB1等位基因频率

2.单倍型频率（五座位、三座位、两座位）

3.连锁不平衡分析

4.基因重组分析

5.新等位基因的鉴定

讨论

参考文献

致谢

综述

参考文献