耻垢分枝杆菌非编码RNA B11基因的靶标预测及鉴定

摘要

结核分枝杆菌是肺结核病的致病菌，是严重威胁人类的一类病原菌。有报道世界人口中大约三分之一有被感染，少于10%的感染者会有严重的病症发生，结核病死亡人数每年有增加的趋势，主要原因是出现了很多泛耐药、全耐药的菌株。耻垢分枝杆菌作为其模式生物，具有生长速度快，不具有致病性的优点，因此以其为出发点进行研究，对于后续结核分枝杆菌的研究起着很重要的作用。
　　非编码RNA是一类广泛存在于多种生物体中，缺乏明确的开放阅读框，不编码蛋白质的RNA分子。目前分离的多数ncRNA是直接以RNA分子的形式在生命体内发挥一系列重要的生理调节功能，并且可能在细胞的基因表达调控方面有着超乎寻常的重要作用。由于现在出现了很多泛耐药，甚至全耐药的结核分枝杆菌，用于广泛治疗结核病的药物如异烟肼、利福平等都已经不能起到很好的治疗的作用，所以对于结核分枝杆菌非编码RNA的研究是迫在眉睫。
　　在结核分枝杆菌中，已有文献报道发现的一些非编码RNA，但是数量很少。耻垢分枝杆菌作为其模式生物，是结核分枝杆菌的代理宿主，可以对结核分枝杆菌的研究起到重要的作用，本实验是针对一个已经报道的在结核分枝杆菌以及耻垢分枝杆菌中都存在的，并且功能可能相似的非编码RNA B11为实验对象，旨在发现该非编码RNA的功能。对于非编码RNA的功能研究首先是寻找到其靶标基因，因此本实验用于生物信息学预测的方法首先找出13个备选靶标基因，选出预测分数较高的5个基因再加上在基因组定位于B11基因较近的3个基因，用real-time PCR方法首先检测备选基因的表达量，得到结果为在B11过表达的菌体内MSMEG_6171与MSMEG_6172基因的表达量较高，将这两个基因过表达后观察菌体表型性状，从实验结果可以得出MSMEG_6172基因过表达后菌体形态与非编码RNA B11基因过表达菌体生长速度相似，超微照片结果显示MSMEG_6171基因与B11基因过表达菌体性状相似，由于MSMEG_6172还未报道是否可以编码蛋白质，制备抗体后检测MSMEG_6172蛋白是有表达，由此推断MSMEG_6172是为非编码RNA B11基因的靶标，B11基因靶标可能有多个。本研究为结核分枝杆菌的非编码RNA B11基因的功能研究等提供了一定依据。

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第一章 文献综述

引言

1.1 细菌sRNA的发现

1.2 细菌sRNA的分类

1.4 细菌sRNA的功能

1.5 耻垢分枝杆菌中sRNA B11的发现

1.6 本研究的目的及意义

第二章 在耻垢分枝杆菌中验证B11基因错误!未定义书签。

引言

2.1 材料

2.2 结果与讨论

2.3 讨论

第三章 B11基因靶标预测及鉴定

引言

3.1 材料与方法

3.2 实验方法

3.3结果与讨论

3.4 结论与讨论

参考文献

致谢

附 录