应用16S rRNA基因序列分析技术鉴定临床非典型细菌

摘要

目的:将16S rRNA基因序列分析技术应用于微生物实验室传统方法鉴定可靠率低或无法鉴定的15株实验细菌，作为细菌常规鉴定手段的必要补充。
　　 方法:选择该院临床微生物实验室保存的5株标准菌株验证实验方法的准确性后，收集实验室常规方法不能准确鉴定的实验细菌15株（涵盖革兰阳性球菌，革兰阳性杆菌及革兰阴性杆菌），提取DN模板，通用引物PCR扩增16S rRNA基因片段，扩增产物由华大基因测序公司测序，将16S rRNA基因序列与GENBANK数据库中16S rRNA序列进行同源比对分析后，把16S rRNA序列同源性在95％～99％之间定义为同属细菌，大于等于99％则定义为同种细菌。
　　 结果:在15株实验细菌中，有14株菌(93.3％)的16S rRNA基因序列与GENBANK数据库16S rRNA序列同源性达99％以上，成功鉴定到种的水平，包括鼻疽诺卡菌，大肠埃希菌，阿尔莱特葡萄球菌，脆弱拟杆菌，弗氏柠檬酸杆菌，短小芽孢杆菌，河流漫游球菌，极小短小杆菌，伴放线凝聚杆菌，毗邻颗粒球菌;1株菌(6.6％)的16S rRNA序列同源性为97％，鉴定到属的水平，归属于短状杆菌属。
　　 结论:对于微生物实验室利用传统方法无法准确鉴定的细菌，利用16S rRNA基因序列分析技术鉴定具有准确、快速及简便的特点，可适用于临床非典型菌、少见菌以及新型细菌的鉴定。

目录

声明

英汉缩略语名词对照

摘要

前言

1 实验材料

1．1 菌株来源

1．2 实验试剂

1．3 实验仪器

2 实验方法

2．1 DNA模板的提取

2．2 引物设计与合成

2．3 PCR扩增

2．4 PCR扩增产物电泳成像

2．5 PCR扩增产物测序分析

3 实验结果

3．1 标准菌株16S rRNA基因鉴定结果

3．2 15株实验菌株16S rRNA基因鉴定结果

4 讨论

全文总结

参考文献

文献综述 16S rRNA基因及16S～23S rRNA基因间区在微生物鉴定中的应用

致谢

攻读硕士学位期间发表的论文