应用16S rRNA基因序列分析青海放牧牦牛瘤胃细菌多样性

摘要

以青海省海北藏族自治州刚察县全放牧牦牛瘤胃内容物为样本,使用细菌通用引物进行瘤胃细菌16S rRNA基因序列的扩增,以16S rRNA序列分析技术分析牦牛瘤胃细菌多样性,并构建16S rRNA基因克隆文库。结果表明：获得114个非嵌合体序列属于93个OTUs（相似性≥97%作为一个OTUs）,其中64个OTUs与已知16S rRNA序列相似性≥97%,占总代表序列的68.82%;有27个OTUs与已知16S rRNA序列相似性处于90%-96%,占总代表序列的29.03%;有2个OTUs与已知16S rRNA序列相似性〈90%,占总代表序列的2.15%。这93个OTUs序列已向Genebank提交,序列号为（KP455685-KP455713,KP765451-KP765514）。将93个OTUs代表序列与已知序列构建系统发育树的分析表明,青海放牧牦牛瘤胃细菌主要分为LGCGPB（the low G＋C Gram positive bacteria）和CFB（the Cytophaga-Flexibacter-Bacteroides group）两大类;而瘤胃内纤维降解菌主要属于LGCGPB这一类。同时在瘤胃内容物中还检测到了14株已培养瘤胃细菌,其中6株属于纤维降解菌,说明了全放牧条件下牦牛瘤胃内纤维降解菌的优势地位。