下一代测序技术在乙型病毒性肝炎相关性肝细胞肝癌遗传研究中的应用

摘要

研究背景和目的：肝细胞肝癌（Hepatocellular carcinoma, HCC）是全球常见的恶性肿瘤之一，每年的发病率约为523,432例，其中中国约占56％。肝细胞肝癌的病因包括：乙型和丙型病毒性感染、酗酒、黄曲霉素以及非酒精性脂肪肝等。目前，对于HCC肿瘤发生的分子机制有很多进展。肝癌组织中存在大量基因组的改变，包括染色体结构异常以及单核苷酸变异等，已经发现突变基因与肿瘤的发展有重要关系(例如抑癌基因TP53)。虽然目前有部分研究描述了HCC的体细胞突变模式，但肝细胞肝癌与癌旁肝硬化组织中体细胞突变模式并未被深入研究。
　　方法：
　　1.我们对13例乙肝相关的肝细胞肝癌组织、癌旁肝硬化组织以及外周血进行了全外显子组测序。
　　2.构建生物信息学平台，对高通量测序数据进行分析。
　　3.识别肿瘤组织体细胞突变及描述HCC突变模式。
　　结果：每个样本全外显子组测序产生了大约1.06亿个reads，平均覆盖深度110层。我们发现在不同的HCC样本中体细胞突变的发生率存在明显差异。我们共识别到了6,972个非沉默性突变（类型包括：错义性突变、无义突变、剪切位点以及翻译起始位点），在体细胞突变中，T到A或A到T的颠换所占比例最高，其次是C到T或G到A的颠换，C到A或G到T的颠换。我们发现相关基因的体细胞突变并未在乙肝相关性肝硬化组织中累积。另外，我们识别了两个显著突变的基因（TP53和KRTAP4-3），这两个基因可能是肝细胞肝癌发生的“driver”基因。
　　结论：下一代测序技术在几年内迅速地应用于生命科学领域，具有数量大、价格便宜、测序周期短以及挖掘的信息多等特点。对于复杂性疾病研究的显著推动就是改变了宏观基因组学的分析策略。下一代测序技术应用于肝细胞肝癌的研究，找出SNP、插入缺失位点，能够在基因组层面上描述肝细胞肝癌的突变模式，对于分析肝细胞肝癌的遗传突变背景、发病机制具有重要作用。

目录

封面

目录

英汉缩略语名词对照

中文摘要

英文摘要

前言

1 材料和方法

1.1 样本的收集

1.2 全外显子组测序

1.3 体细胞突变的识别

1.4 使用传统的Sanger测序去验证新识别的体细胞突变

1.5 生物信息的分析

1.6 显著突变基因的识别

2 结果

2.1 样本来源

2.2 序列比对和覆盖深度

2.3 体细胞突变位点识别

2.4 体细胞突变模式

2.5 显著突变基因的识别

3 讨论

全文总结

参考文献

文献综述: 高通量测序技术在病毒相关的肝细胞性肝癌研究中的进展

致谢

攻读学位期间的研究成果及发表的学术论文目录