川渝地区主要家蚕实用品种的SSR指纹图谱构建及遗传多样性分析

摘要

家蚕是重要的经济动物，在长期不同生态条件下逐渐形成了多种地理品系。传统的家蚕分类方法主要以经济性状和形态性状为依据，但经济性状受环境影响较大，而形态性状在现行品种间差异较小，因而难以准确分辨。
　　微卫星DNA(SSR)是一种由1～6个核苷酸为单位、经过多次串联重复、长度达到几十甚至是几百个核苷酸的序列，广泛分布在真核生物的基因组。现在SSR已经被用于构建分子遗传图谱、种质资源的鉴定、遗传多样性的分析、基因定位和QTL定位克隆以及分子标记的辅助选择等方面。
　　利用SSR标记构建的家蚕种质资源DNA指纹图谱，可为品种性状的选择提供便捷的方法，对于携带隐性基因家蚕新品种选育和具有特殊性状蚕品种创建，可提高人工选择过程中的准确性，缩短新品种选育的周期，并为家蚕的鉴定、遗传评价和开发利用提供科学依据。
　　本研究以14种川渝地区主要的家蚕品种为材料，以聚丙烯酰胺凝胶电泳分析PCR产物，然后银染的方法，对家蚕微卫星多态性进行研究，研究的主要研究结果如下:
　　1.从36对SSR引物中筛选出多态性较好的26对，分别是S1502、S1503、S1504、S1507、S1508、S1509、S1514、S1515、S1516、S0201、S0213、S0214、 S0216、S0217、S0218、S0219、S0220、S0222、S0223、S1117、S1405、 S0301、 S0302、S0303、 S0305、 S0307。
　　2.利用26对引物扩增14个家蚕品种的基因组DNA，得到341个SSR位点，其中多态性位点327个，多态性比率95.89％，平均每对引物有13.12个条带，平均多态性比率为94.91％，证明SSR多态性相当丰富。
　　3.UPGMA聚类分析表明，14个家蚕品种的遗传相似系数(GS)介于0.49-0.83之间。以遗传相似系数0.6为界限，样品分为两个大类:其中秋白、限2、854B、湘辉、872A、7532、872B聚为一类;871B、871A、秋丰、限1、夏芳、芙蓉、932聚为另一类。这个结果与品种所属品系一致。
　　4.PCA分析结果与UPGMA聚类分析结果一致。
　　5.根据聚类分析结果，筛选出17对核心引物S1502、S1503、S1504、S1508、S1509、S1514、S1515、S1516、S0201、S0213、S0214、S0216、S0217、S0219、S0301、S0302、S0303。通过核心引物扩增的结果可将14个家蚕品种区分开，同时用这17对引物构建了家蚕DNA指纹数字图谱。

目录

声明

摘要

第一章 文献综述

1．1 家蚕的概述

1．1．1 家蚕的重要地位

1．1．2 家蚕的研究历史

1．2 遗传多样性

1．2．1 遗传多样性概念

1．2．2 遗传多样性的研究方法

1．3 常用分子标记技术的原理及特点

1．3．1 RFLP标记

1．3．2 RAPD标记

1．3．3 AFLP标记

1．3．4 SSR标记

1．3．5 SNP标记

1．3．6 常用分子标记的比较

1．4 微卫星技术标记在家蚕中的应用

1．4．1 家蚕中微卫星标记的研究情况

1．4．2 家蚕中微卫星标记的应用情况

第二章 引言

2．1 研究的目的和意义

2．2 技术路线

第三章 材料和方法

3．1 实验材料

3．2 主要试剂

3．3 常用溶液的配置

3．4 实验仪器

3．5 实验方法

3．5．1 基因组DNA的制备

3．5．2 DNA浓度的测定

3．5．3 PCR扩增

3．5．4 非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳

3．6 数据分析方法

3．6．1 等位基因条带的统计

3．6．2 多态性分析

第四章 结果与分析

4．1 DNA提取结果及检测

4．2 SSR多态性引物的筛选及其多态性分析

4．3 SSR聚类分析以及遗传相似系数和遗传距离

4．4 SSR标记PCA分析

4．5 SSR指纹图谱的构建

第五章 讨论

5．1 SSR引物的筛选

5．2 聚类分析与主成分分析

5．2．1 聚类分析结果

5．2．2 聚类分析与主成分分析一致性问题

5．3 指纹图谱的构建及意义

5．4 不足之处

第六章 结论

参考文献

致谢

附录

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