MLST及MALDI-TOF MS在Cryptococcus podzolicus分类中的应用研究

摘要

目的：比较和分析多位点测序分型技术(MLST)和基质辅助激光解吸—飞行时间质谱技术(MALDI-TOF-MS)在Cryptococcus podzolicus及与之邻近的其他种或属的分类研究的稳定性和可靠性,探讨适合隐球菌相关菌属分类研究的各种分子分类方法的可行性. 方法：挑选以Cryptococcus podzolicus为主及与之相邻的其他种和属的菌株共20株及一株outgroup模式菌株,运用酵母菌基因组提取试剂盒提取其DNA,PCR扩增5个管家基因(ITS,D1/D2,rpb1,rpb2,tef1),测序,以Bayesian法(MrBayes3.2.1)、最大似然法、邻接法(MEGA6.0软件)分别构建5个管家基因及D1/D2基因序列的系统发育树.应用MALDI-TOF-MS采集蛋白指纹图谱,在BrukerDaltonics数据库(BDAL)和CBS真菌保藏中心数据库信息的基础上,对20株菌进行聚类分型,构建聚类分型树状图. 结果：三种方法所得到的图在种间的层面上,均出现了a、b、c三个分支,而在种内的层面上,特别是a这一分支,均为Cryptococcus podzolicus,单一D1/D2区域所构建的系统发育树分化程度不大,各菌株间无明显的分类多样性,而MLST及MALDITOF MS所得到的树状图在种内均出现了明显的分类多样性及亲缘关系的差异性. 结论：MLST及MALDI-TOF MS均可作为隐球菌属中菌株分类鉴别中有效的辅助鉴别的分子生物学方法,相比于传统的生理生化试验及间隔区和核糖体大亚基序列,能更可靠地揭示隐球菌属中各菌种的种间及种内的遗传进化关系;相比于MLST技术较长的实验周期及某些基因扩增和测序的不确定性,MALDI-TOF-MS技术则更为快捷准确.