黑番鸭VIPR-1基因的克隆与多态性分析

摘要

VIPR-1基因是研究家禽就巢性状的重要候选基因,VIPR-1基因的克隆和测序能为进一步研究黑番鸭就巢性状的单核苷酸多态性奠定理论基础,为鸭分子遗传育种提供基因素材.本研究以黑番鸭基因组为模板进行PCR扩增,获取黑番鸭VIPR-1基因序列(1864 bp(序列1)和1 673 bp(序列2)的基因片段),并进行目的基因片段克隆和测序.结果表明,序列1包含第5外显子(101 bp)、第5内含子(1 630 bp)及第6外显子(133bp)的完整序列;序列2包含第12外显子(42bp)、第12内含子(1 455 bp)的完整序列和第13外显子(176bp)的部分序列.根据基因序列特征,对获取两段黑番鸭VIPR-1基因序列分别设计4对引物,进行扩增序列测序比对.结果发现:在序列1第318处、454处存在C→T突变,第547处存在A→G突变,第923处存在A→T突变;序列2第89处、944处存在C→T突变,第662处在G→A突变,1031处存在A→G突变,第1334处存在A→C突变.黑番鸭VIPR-1基因序列的克隆与单核苷酸多态性SNP突变位点的发现为进一步开展VIPR-1基因的多态性与黑番鸭就巢性状相关研究奠定了基础.