黑羽番鸭CAPN1基因的克隆及生物信息学分析

摘要

本实验旨在对黑羽番鸭CAPN1基因进行克隆和生物信息学分析,以期为改善番鸭肌肉嫩度提供参考.选取黑羽番鸭为研究对象,采集腿肌组织,提取RNA,反转录为cDNA,通过同源重组方法克隆CAPN1基因的编码区序列并进行生物信息学分析.结果 显示:黑羽番鸭CAPN1基因编码区序列长度为2 148 bp,编码715个氨基酸;与鸭、鸡、雉鸡、人、猪、牛、绵羊、马的序列进行同源性比较,显示核苷酸序列的同源性分别为98.70％、87.29％、86.11％、81.89％、81.62％、81.18％、81.04％、81.27％,氨基酸序列的同源性分别为99.30％、91.47％、90.63％、83.22％、83.64％、83.10％、82.96％、83.36％.系统进化分析结果与传统分类学结果一致.理化性质分析表明CAPN1蛋白相对分子质量为81 368.72 ku,理论等电点为5.82,亮氨酸使用频率最高,组氨酸使用频率最低,属于稳定性、亲水性蛋白;存在2个跨膜螺旋区,无信号肽剪切位点,主要分布于细胞质中.修饰结构分析表明,该蛋白存在59个潜在的磷酸化位点,9个O-糖基化位点和3个N-糖基化位点;二级结构中α-螺旋占比最高,β-转角占比最低;包含3个结构域;最后对CAPN1蛋白的三级结构进行了建模,模型可信度较高.