1个白草花叶病毒分离物的全基因组序列分析

摘要

从我国北方地区呈现花叶症状的白草上分离得到1个白草花叶病毒分离物(AY642590,PenMV-B),测定了其RNA的核苷酸全序列.结果发现,该病毒分离物的RNA基因组全长共9611个核苷酸,5′-末端和3′-末端的非翻译区序列分别为172和241个核苷酸,中间为9198个核苷酸的开放读框,编码3065个氨基酸,分子量约为349575Da;其多聚蛋白P3/6K1处的E/H蛋白切割位点序列与Potyvirus属其他病毒均不相同,为该病毒所仅有.预期的Potyvirus属病毒的一些重要的、功能性保守基序特征都存在于该病毒的基因组序列中.Potyvirus属病毒多聚蛋白氨基酸序列的系统进化树分析表明,PenMV-B和MV,SrMV,SCMV有较近的亲缘关系.根据ICTV最新的马铃薯Y病毒属分类标准,进一步确定该病毒具有Potyvirus属SCMV亚组新成员的分类地位.对SCMV亚组病毒和分离物基因组各区域的多重序列比较结果表明,PenMV在进化过程中有可能发生了基因的重组和变异.