猪戊型肝炎病毒上海株全基因组序列分析

摘要

目的 分析上海猪swChinash HEV与已知其它HEV基因型的差异和人源HEV的关系。方法 设计22对PCR引物，分片段进行扩增，两末端采用快速扩增方法(RACE)扩增，扩增产物克隆到pMD18-T载体并测序，用DNASTAR软件与53株人源和猪源HEV的基因组进行同源性分析，用Clustalx和Mega3.0软件绘制基因进化树。结果swChinash全序列除去poly(A)尾，由7235个核苷酸组成，ORF1-3分别编码1707，660，122个氨基酸。全基因序列与Ⅳ型的核苷酸同源性为83．4％～84．7％，与其他三型为73．3％～76.3％，其中与中国人源长春株最高，为84．7％。结论 基于ORF1～3和全长基因组的进化树，猪HEV上海株swChinash属于基因Ⅳ型，与其他Ⅳ型HEV亲缘关系较远，单独在一个进化分支上。