基因组信息辅助育种方法Ⅱ-一种基于全基因组SNP有利单倍型挖掘的育种亲本选择方法

摘要

本发明涉及一种利用HT变异信息和SNP聚类分组信息进行育种亲本选择的基因组信息辅助育种方法。本发明的实质是通过基因组学和生物信息学的方法，获得候选育种亲本的大量基因组测序信息，一方面通过序列比对分析获得高质量SNP数据集，在此基础上计算候选育种亲本的遗传距离矩阵，构建SNP聚类树，依据亲缘关系远近进行候选亲本的分组；另一方面，根据育种计划所设定的目标性状，选择重要的相关基因位点，获取候选亲本间的HT变异信息，比较携带不同类型HT变异的亲本在目标性状上的差异。通过整合HT变异信息和基于SNP聚类亲本分组信息，从大量候选育种亲本中筛选获得用于目标性状重复表型鉴定的候选亲本。该方法属于水稻分子育种领域，利用数据库信息挖掘，能够从大量候选育种亲本中比较有效的缩小亲本材料范围，减少表型重复鉴定的工作量，提高育种工作效率。