基于众核协处理器的三级流水序列比对方法

摘要

本发明公开了一种基于众核协处理器的三级流水序列比对方法，目的是提高序列比对软件的比对速度。技术方案是：采用MIC众核协处理器使用多线程并行进行序列比对，并将MIC上序列比对过程中从主存读取序列到MIC、比对序列和将比对结果写回主存这三个串行步骤采用三级流水方式，即在进行每一轮序列比对的同时，读取下一组比对所需要的序列，同时将上一组比对的结果写回主存，使得读写操作和比对操作并行进行。本发明实现了序列读取，序列比对和比对结果写回的三个主要过程的并行执行，提高了比对效率，降低了比对时间，与两路八核CPU相比，本发明可加速比对过程2.3倍以上，且避免拷贝大量内存空间，提高了程序的时空效率。