合成基因设计的计算方法

摘要

本发明是针对用于设计对感兴趣的多肽进行编码的合成的核苷酸序列的方法。这些方法涉及将序列的数据库组织为N-长度的寡聚体序列的集合并且汇编了针对每个N-长度序列的概率得分的列表。使用这些概率得分将一个或多个更高得分的序列替换进入该亲本核苷酸序列之中以生成优化的序列。通过去除无意的可读框或不令人希望的短DNA元件之一或两者、和/或取代寡聚体序列以达到特定的G：C含量可以进一步优化所感兴趣的核苷酸序列。这些方法可以在任何生物中、特别是植物中用于优化异源基因的表达。该方法生成了合成序列，其组成类似于目标数据库的组成。例如，这些合成的序列可以用于在生物中、特别是在植物或植物细胞中调节杀虫活性或除草剂耐受性。