一种评估猪达100kg体重日龄的SNP标记及其应用

摘要

本发明属于涉及核酸的检测方法领域，涉及一种评估猪达100kg体重日龄的SNP标记及其应用。所述SNP位点为猪参考基因组基因组10.2版本6号染色体正义链第1,420,224位脱氧核苷酸，其为A或G，本发明发现，发现所述SNP位点与猪达100kg体重日龄性状显著相关，所述SNP位点为AA的基因型的个体的猪达100kg体重日龄在统计学上显著低于所述SNP位点为AA的基因型和所述SNP位点为AA的基因型的个体。

说明书

技术领域

本发明属于涉及核酸的检测方法领域，涉及一种评估猪达100kg体重日龄的SNP标记及其应用。

背景技术

猪为六畜之首，生猪养殖业在世界经济中占有重要地位。猪达100kg体重日龄是评估猪生长速度的重要指标，可以间接反映饲料利用率。大量数据表明，猪达100kg体重日龄的缩短，生长速度越快，可以减少猪场的生产成本，提高猪场的经济效益。因此，如何有效地提高猪的生长速度，缩短达100kg体重日龄，培育高效种猪，是每个生猪养殖企业及育种学家的主要目标。目前，传统的育种技术对猪肉产量和质量的改良已经陷入瓶颈期，亟需利用更先进的现代分子育种技术进行猪的遗传改良。单核苷酸多态性(single nucleotidepolymorphism,SNP)是指基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性，是可遗传变异中最常见的一种，具有数量众多、分布广泛，易于基因分型且遗传稳定性好等优点，因此作为第三代分子标记被广泛应用于各种遗传分析工作中。全基因组关联分析是鉴定表型和基因型之间遗传联系的主要手段，可以用于发现影响猪达100kg体重日龄相关SNPs。通过确定待测猪的基因型，可以对猪的生长速度进行早期选择，从而节省生产成本，并加快遗传进展。

发明内容

本发明的目的在于提供一种评估猪达100kg体重日龄的SNP标记及其应用。

本发明要求保护检测SNP位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定猪达100kg体重日龄中的应用，所述SNP位点为猪参考基因组基因组10.2版本6号染色体正义链第1,420,224位脱氧核苷酸(序列表中序列1的第100位核苷酸)，其为A或G。

其中，所述物质为SNP芯片(如Neogen公司的Neogen_POR80K芯片)。

本发明还要求保护检测SNP位点MARC0080181的多态性或基因型的物质在猪育种中的应用，所述SNP位点MARC0080181为猪参考基因组10.2版本6号染色体正义链第1,420,224位脱氧核苷酸(序列表中序列1的第100位核苷酸)，其为A或G。

其中，所述猪育种是指培育达100kg体重的猪所需要饲养的天数少的猪。

其中，所述物质为SNP芯片(如Neogen公司的Neogen_POR80K芯片)。

本发明提供一种鉴定或辅助鉴定猪达100kg体重日龄的方法，所述方法包括：检测待测猪基因组中SNP标记的基因型，AA基因型的猪达100kg体重日龄小于GG基因型的猪和GA基因型的猪达100kg体重日龄；

其中，所述SNP标记为猪参考基因组10.2中6号染色体正义链第1,420,224位脱氧核苷酸(序列表中序列1的第100位核苷酸)，其为A或G；

所述AA基因型为所述SNP为A的纯合型；

所述GA基因型为所述SNP为G和A的杂合型；

所述GG基因型为所述SNP为G的纯合型。

本发明还提供一种猪的育种方法，所述方法包括：检测待测猪基因组中上述SNP标记的基因型，选择基因型为AA型的猪进行育种；所述猪育种的目的是培育达100kg体重的猪所需要饲养的天数少的猪。

上述待测猪为大白猪，具体可为大白母猪。

本发明的有益效果在于，实验结果表明，在590头大白母猪中对猪达100kg体重日龄进行全基因组关联分析，发现位点MARC0080181与猪达100kg体重日龄性状显著相关，该位点位于猪6号染色体上。其中，AA基因型猪达100kg体重日龄在统计学上显著低于AG和GG基因型个体。因此，该位点可以作为猪达100kg体重日龄的分子标记，用以改良猪的生长速度，提高经济效益。

附图说明

图1为MARC0080181位点不同基因型与猪达100kg体重日龄(D100)的关联分析结果；

图2为MARC0080181位点在检测猪群中的基因型频率及等位基因频率；

图3为MARC0080181位点不同基因型个体间的达100kg体重日龄差异。

具体实施方式

下面结合具体实施方式对本发明进行进一步的详细描述，给出的实施例仅为了阐明本发明，而不是为了限制本发明的范围。以下提供的实施例可作为本技术领域普通技术人员进行进一步改进的指南，并不以任何方式构成对本发明的限制。

下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法，按照本领域内的文献所描述的技术或条件或者按照产品说明书进行。下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。

实施例1

实验材料：590头大白猪母猪全部来自于河北美神原种猪场。

一、猪100kg体重日龄测定与校正

挑选体重在80～105kg范围的后备母猪，采用电子称重台称重(称重前禁食12小时)，并记录猪的耳朵编号数据、体重、测定实际日龄等数据。并按如下校正公式转换成达100kg体重的日龄：校正日龄＝测定日龄-[(实测体重-100)/CF]，其中：公猪CF值＝(实测体重/测定日龄)×1.826040，母猪CF值＝(实测体重/测定日龄)×1.714615。

二、DNA提取与SNP分型

1、基因组DNA提取

对目标猪群的猪耳朵组织样进行采集，置于PBS缓冲液，低温保存。本试验采用北京百泰克生物技术有限公司的DP1902型号细胞/组织基因组DNA提取试剂盒，从猪的耳组织中提取DNA，用紫外分光光度计和凝胶电泳进行DNA质量检测，将检测合格的DNA放置于-20℃长期保存。

2、基因分型

取基因组DNA，采用Neogen公司的Neogen_POR80K芯片和GenCall(Version 7.0.0)软件对待测猪的基因组DNA进行分型，得到对应的SNP标记MARC0080181的基因型。

三、表型和基因型数据的质量控制

1、表型数据的质量控制标准：清除表型值缺失的个体；清除与平均值的偏差大于3倍标准差的个体。

2、SNP芯片分型的过滤标准：清除基因型检出率小于95％的SNP位点；清除检出率小于95％的个体；清除最小等位基因频率(Minimum Allele Frequency，MAF)小于1％的个体；清除哈代-温伯格平衡(Hardy–Weinberg Equilibrium，HWE)卡方检验P值小于1.0E-4的SNP位点；清除性染色体上的SNP位点。

四、猪达100kg体重日龄数据和基因型数据的全基因组关联分析

1、试验方法

本次试验对590头大白猪的母猪进行全基因组范围关联分析。本发明在大白母猪群体中发现SNP位点MARC0080181与猪达100kg体重日龄显著相关。

2、统计分析模型

采用压缩混合线性模型的GAPIT(http://www.zzlab.net/GAPIT/)软件包进行统计分析。统计分析模型为：Y＝Xβ+Z u+e，其中Y是观察到的表型的值；β是含有固定效应的未知值，包括遗传标记，种群结构(Q矩阵)和截距；u是来自个体或者系的多个背景QTL的随机加性遗传效应的未知值；X和Z是已知的设计矩阵；e是未观察到的残差向量。

3、猪达100kg体重日龄相关SNP位点的发现

在590头大白母猪中对猪达100kg体重日龄进行全基因组关联分析，发现位点MARC0080181与猪100kg体重日龄性状显著相关，所述SNP位点MARC0080181为猪参考基因组10.2版本6号染色体正义链第1,420,224位脱氧核苷酸(序列表中序列1的第100位核苷酸，用r表示为A或G)，其为A或G。结果如图1-3所示，图1为MARC0080181位点不同基因型与猪达100kg体重日龄(D100)的关联分析结果；图2为MARC0080181位点在检测猪群中的基因型频率及等位基因频率；图3为MARC0080181位点不同基因型个体间的达100kg体重日龄差异。

结果表明，AA基因型猪达100kg体重日龄显著少于AG和GG基因型个体。因此，该位点可以作为猪达100kg体重日龄的分子标记，用以改良猪的生长速度，提高经济效益。

以上对本发明进行了详述。对于本领域技术人员来说，在不脱离本发明的宗旨和范围，以及无需进行不必要的实验情况下，可在等同参数、浓度和条件下，在较宽范围内实施本发明。虽然本发明给出了特殊的实施例，应该理解为，可以对本发明作进一步的改进。总之，按本发明的原理，本申请欲包括任何变更、用途或对本发明的改进，包括脱离了本申请中已公开范围，而用本领域已知的常规技术进行的改变。按以下附带的权利要求的范围，可以进行一些基本特征的应用。