首页> 中国专利> 用于治疗神经变性疾病的具有E3泛素连接酶结合活性并靶向α-突触核蛋白的蛋白水解靶向嵌合(PROTAC)化合物

用于治疗神经变性疾病的具有E3泛素连接酶结合活性并靶向α-突触核蛋白的蛋白水解靶向嵌合(PROTAC)化合物

摘要

本公开涉及双官能化合物,所述双官能化合物可用作α‑突触核蛋白(靶蛋白)的调节剂。具体地,本公开涉及双官能化合物,所述双官能化合物在一端上含有与相应E3泛素连接酶结合的希佩尔‑林道、人小脑蛋白、凋亡抑制蛋白或小鼠双微体同源物2配体,并且在另一端上含有结合所述靶蛋白的部分,使得所述靶蛋白被置于所述泛素连接酶附近,以实现靶蛋白的降解(和抑制)。本公开展现出与靶蛋白的降解/抑制相关的广泛范围的药理学活性。使用本公开的化合物和组合物治疗或预防由靶蛋白的聚集或积累导致的疾病或病症。这种疾病或病症是与α‑突触核蛋白累积和聚集相关联的α‑突触核蛋白病或神经变性疾病,例如帕金森病、阿尔茨海默病、痴呆、路易小体痴呆或多系统萎缩,特别是帕金森病。

著录项

  • 公开/公告号CN112912376A

    专利类型发明专利

  • 公开/公告日2021-06-04

    原文格式PDF

  • 申请/专利权人 阿尔维纳斯运营股份有限公司;

    申请/专利号CN201980068974.4

  • 申请日2019-08-20

  • 分类号C07D417/14(20060101);C07D401/14(20060101);C07D413/14(20060101);C07D409/14(20060101);C07D513/04(20060101);C07D495/04(20060101);A61K31/428(20060101);A61K31/427(20060101);A61K31/404(20060101);A61K31/5415(20060101);A61K31/4436(20060101);A61K31/4439(20060101);A61K31/444(20060101);A61K31/496(20060101);A61K31/397(20060101);A61K31/4709(20060101);A61K31/4245(20060101);A61K31/4155(20060101);A61K31/542(20060101);A61K31/4196(20060101);A61K31/4188(20060101);A61P25/28(20060101);

  • 代理机构11240 北京康信知识产权代理有限责任公司;

  • 代理人李杰

  • 地址 美国康涅狄格州

  • 入库时间 2023-06-19 11:14:36

说明书

相关申请的引证

本申请要求2018年8月20日提交的标题为蛋白水解调节剂及相关使用方法(MODULATORS OF PROTEOLYSIS AND ASSOCIATED METHODS OF USE)的美国临时申请号62/719,937的权益和优先权,该临时申请出于所有目的整体并入本文中。

通过引证并入

2016年8月5日提交的美国专利申请序列号15/230,354,作为美国专利申请公开号2017/0065719公布;以及2016年7月11日提交的美国专利申请15/206,497,作为美国专利申请公开号2017/0008904公布;以及2016年7月13日提交的美国专利申请15/209,648,作为美国专利申请公开号2017/0037004公布;以及2017年10月11日提交的美国专利申请序列号15/730,728,作为美国专利申请公开号2018/0099940公布;以及2015年4月14日提交的美国专利申请序列号14/686,640,作为美国专利申请公开号2015/0291562公布;以及2015年7月6日提交的美国专利申请序列号14/792,414,作为美国专利申请公开号2016/0058872公布;以及2014年7月11日提交的美国专利申请序列号14/371,956,作为美国专利申请公开号2014/0356322公布;以及2016年3月18日提交的美国专利申请序列号15/074,820,作为美国专利申请公开号2016/0272639公布;以及2018年1月31日提交的美国专利申请序列号;以及2018年1月31日提交的美国专利申请序列号15/885,671,作为美国专利申请公开号2018/0215731 A1公布;以及2016年3月18日提交的国际专利申请公开号PCT/US2016/023258,作为国际专利申请公开号WO2016/149668公布,均以引用方式全文并入本文中。此外,本文引用的所有参考文献都以引用的方式整体并入本文。

技术领域

本说明书提供了包含靶蛋白结合部分和E3泛素连接酶结合部分的双官能化合物,以及相关的使用方法。双官能化合物可用作靶向泛素化的调节剂,尤其是关于被根据本公开的双官能化合物降解和/或以其他方式抑制的α-突触核蛋白。

背景技术

大多数小分子药物在紧密和明确界定的口袋中结合酶或受体。另一方面,由于其大接触表面以及所牵涉的浅沟或平坦界面,蛋白质-蛋白质相互作用众所周知难以使用小分子靶向。E3泛素连接酶(其中数百种在人中已知)赋予关于泛素化的底物特异性,并且因此,由于其对于某些蛋白质底物的特异性,是比一般蛋白酶体抑制剂更有吸引力的治疗靶。E3连接酶配体的开发已证明是挑战性的,部分是由于它们必须破坏蛋白质-蛋白质相互作用的事实。然而,最近的发展已提供了与这些连接酶结合的特异性配体。

异双官能小分子化合物,例如美国专利申请公开2015-0291562和2014-0356322(以引用的方式并入本文中)中描述的那些,起到将靶蛋白募集到E3泛素连接酶的作用,从而导致靶蛋白的多泛素化,及其随后经由蛋白酶体的细胞内降解。这些化合物由通过化学接头连接到E3连接酶结合部分的靶蛋白配体组成。在过去的十年中,这类化合物已经被证明可以降解多种靶蛋白。这些化合物提供将弱配体转变成高效降解物、将混杂配体转变成选择性降解物、以及使用变构位点降解蛋白质的能力。

本领域持续需要用于与α-突触核蛋白的过度表达或聚集相关联的疾病的有效治疗剂。然而,非特异性作用以及不能靶向和调节α-突触核蛋白仍然阻碍着有效治疗剂的开发。因此,靶向α-突触核蛋白并调节或增强E3泛素连接酶底物特异性的小分子治疗剂将是非常有用的。

发明内容

本公开描述了双官能化合物及其使用方法,所述双官能化合物用于将内源蛋白质募集到E3泛素连接酶上以进行降解。确切地说,本公开提供了双官能或蛋白分解靶向嵌合(PROTAC)化合物,其适用作多种多肽和其他蛋白质的靶向泛素化调节剂,所述多肽和其他蛋白质在靶向泛素化之后被如本文所述的双官能化合物降解和/或以其他方式抑制。本文所提供化合物的优势在于,与来自几乎任何蛋白质类别或家族的靶向多肽的降解/抑制一致,可以存在广谱药理学活性。此外,本说明书提供了使用有效量的本文所述化合物治疗或改善疾病病状的方法,所述疾病病状为例如与α-突触核蛋白的累积或聚集相关的疾病或病症。这些疾病或病症包括但不限于,α-突触核蛋白病或神经性或神经变性疾病或病症,例如帕金森病(PD)、阿尔茨海默病(AD)、痴呆(例如路易小体痴呆(dementia with Lewybodies))或多系统萎缩。

因此,在一个方面,本公开提供了双官能或PROTAC化合物,该化合物包含E3泛素连接酶结合部分(即,E3泛素连接酶的配体或“ULM”基团)和靶蛋白结合部分(即,蛋白质/多肽靶向配体或“PTM”基团),使得靶蛋白/多肽被置于泛素连接酶附近以实现该蛋白的降解(和抑制)。在一个优选的实施方案中,ULM(泛素化连接酶调节剂)可以是希佩尔-林道E3泛素连接酶(VHL)结合部分(VLM),或人小脑蛋白E3泛素连接酶结合部分(CLM),或小鼠双微体同源物2(MDM2)E3泛素连接酶结合部分(MLM),或IAP E3泛素连接酶结合部分(即“ILM”)。例如,双官能化合物的结构可以描绘为:

如本文所示的PTM和ULM部分(例如,VLM、CLM、MLM或ILM)的相应位置以及其数目仅为了举例而提供,并非旨在以任何方式限制所述化合物。如本领域技术人员所理解的,可以合成如本文所述的双官能化合物,使得各个官能部分的数目和位置可以根据需要而变。

在某些实施方案中,双官能化合物还包含化学接头(“L”)。在该实例中,双官能化合物的结构可以描绘为:

其中PTM是蛋白质/多肽靶向部分,L是接头,例如将PTM偶联至ULM的键或化学基团,并且ULM是IAP E3泛素连接酶结合部分,或希佩尔-林道E3泛素连接酶(VHL)结合部分(VLM),或人小脑蛋白E3泛素连接酶结合部分(CLM),或小鼠双微体同源物2(MDM2)E3泛素连接酶结合部分(MLM)。

例如,双官能化合物的结构可以描绘为:

其中:PTM是蛋白质/多肽靶向部分;“L”是偶联PTM和VLM、CLM、MLM、ILM或它们的组合中的至少一种的接头(例如键或化学接头基团);VLM是与VHL E3连接酶结合的希佩尔-林道(Von Hippel-Lindau)E3泛素连接酶结合部分;CLM是与人小脑蛋白结合的人小脑蛋白E3泛素连接酶结合部分;MLM是结合MDM2的MDM2 E3泛素连接酶结合部分;并且ILM是与IAP结合的IAP结合部分。

在某些优选的实施方案中,ILM是AVPI四肽片段。因此,在某些另外的实施方案中,双官能化合物的ILM分别包含氨基酸丙氨酸(A)、缬氨酸(V)、脯氨酸(P)和异亮氨酸(I)或它们的非天然模拟物。在另外的实施方案中,AVPI四肽片段的氨基酸通过酰胺键(即,-C(O)NH-或-NHC(O)-)彼此连接。

在某些实施方案中,如本文所述的化合物包含多个独立选择的ULM、多个PTM、多个化学接头或它们的组合。

在某些实施方案中,ILM包含化学部分,例如本文所述的那些。

在另外的实施方案中,VLM可以是羟脯氨酸或其衍生物。此外,其他设想的VLM包含在美国专利申请公布号2014/03022523中,如上所述,该申请公布全文并入本文。

在一个实施方案中,CLM包含衍生自酰亚胺、硫代酰亚胺、酰胺或硫代酰胺的化学基团。在一个具体实施方案中,化学基团是邻苯二甲酰亚胺基团或其类似物或衍生物。在某些实施方案中,CLM是沙利度胺、来那度胺、泊马度胺、其类似物、其电子等排物或其衍生物。其他设想的CLM在美国专利申请公布号2015/0291562中有所描述,该申请公布全文并入本文。

在某些实施方案中,MLM可以是nutlin或其衍生物。此外,其他设想的MLM包含在2016年7月11日提交的美国专利申请15/206,497中,如上所述,该专利申请全文并入本文。在某些另外的实施方案中,双官能化合物的MLM包含化学部分,例如取代的咪唑啉、取代的螺-吲哚酮、取代的吡咯烷、取代的哌啶酮、取代的吗啉酮、取代的吡咯并嘧啶、取代的咪唑并吡啶、取代的噻唑并咪唑啉、取代的吡咯并吡咯烷酮和取代的异喹啉酮。

在另外的实施方案中,MLM包含上述核心结构,其中相邻的双芳基取代以顺式或反式构型定位。

在某些实施方案中,“L”是键。在另外的实施方案中,接头“L”是具有1至20范围内的线性非氢原子数的连接子。连接子“L”可包含但不限于官能团,例如醚、酰胺、烷烃、烯烃、炔烃、酮、羟基、羧酸、硫醚、亚砜和砜。接头可包含芳族、杂芳族、环状、双环和三环部分。卤素如Cl、F、Br和I的取代可包含在接头中。在氟取代的情况下,可包含单个或多个氟。

在某些实施方案中,VLM是反式-3-羟脯氨酸的衍生物,其中反式-3-羟脯氨酸中的氮和羧酸都被官能化为酰胺。

在某些实施方案中,CLM是哌啶-2,6-二酮的衍生物,其中哌啶-2,6-二酮可以在3-位被取代,并且3-取代可以是具有C-N键或C-C键的双环杂芳族。CLM的实例可以是但不限于泊马度胺、来那度胺和沙利度胺以及它们的衍生物。

在另一方面,本说明书提供了治疗组合物,其包含有效量的如本文所述化合物或其盐形式和药学上可接受的载体。治疗组合物调节患者或受试者(例如动物,例如人)中的蛋白质降解和/或抑制,并且可以用于治疗或改善通过降解/抑制的蛋白质调节的疾病状态或状况。在某些实施方案中,本文所述的治疗组合物可用于实现所关注蛋白质的降解,以治疗或改善疾病,例如α-突触核蛋白病或神经变性疾病或病症。在又一方面,本公开提供了泛素化/降解细胞中的靶蛋白的方法。在某些实施方案中,该方法包括施用如本文所述的双官能化合物,该双官能化合物包含优选通过接头部分连接的ILM和PTM、PTM和VLM、或PTM和CLM、或PTM和MLM,如本文其他地方所述,其中VLM/ILM/CLM/MLM通过接头偶联至PTM以靶向与PTM结合的蛋白质以进行降解。类似地,PTM可通过接头偶联至VLM或CLM或MLM或ILM以靶向蛋白质或多肽进行降解。当靶蛋白被置于E3泛素连接酶附近时,将发生靶蛋白的降解,从而导致靶蛋白的作用的降解/抑制和蛋白质水平的控制。通过本公开提供的蛋白质水平的控制提供了疾病状态或状况的治疗,其通过降低患者细胞中该蛋白质的水平而通过靶蛋白调节。

在另一方面,本说明书提供了用于治疗或改善受试者或患者(例如动物,例如人类)的疾病、病症或其症状的方法,该方法包括向有需要的受试者施用组合物,该组合物包含有效量(例如治疗有效量)的本文所述化合物或其盐形式,和药学上可接受的载体,其中所述组合物能够有效治疗或改善受试者的疾病或病症或其症状。

在另一方面,本说明书提供了使用根据本公开的化合物鉴别生物系统中的所关注蛋白质降解的影响的方法。

前述一般实用领域仅为了举例而给出,并且不希望对本公开的范围和所附权利要求书构成限制。根据本权利要求、说明书和实例,本领域普通技术人员将了解与本公开的组合物、方法和方法相关的另外目的和优点。例如,本公开的各个方面和实施方案可以众多组合利用,所有这些组合都由本说明书明确地加以考虑。这些另外的方面和实施方案明确地包含在本公开的范围内。本文用于阐明本公开的背景并且在特定情况下提供关于实践的另外细节的出版物和其他材料以引用方式并入。

附图说明

并入本说明书中且构成本说明书的一部分的附图示出了本公开的若干实施方案,并且连同本说明书一起用于解释本公开的原理。附图仅用于示出本公开的实施方案的目的,并且不应理解为对本公开的限制。根据与附图结合的下述详细描述,本公开的另外的目的、特征和优点将变得显而易见,所述附图示出了本公开的例示性实施方案,其中:

图1A和图1B。PROTAC功能的一般原理的图示。(A)示例性PROTAC包含蛋白质靶向部分(PTM;深色阴影矩形)、泛素连接酶结合部分(ULM;浅色阴影三角形)和任选的将PTM偶联或束缚至ULM的接头部分(L;黑线)。(B)示出了如本文所述的PROTAC的功能用途。简而言之,ULM识别并结合特定的E3泛素连接酶,并且PTM结合并募集靶蛋白,使其紧密接近E3泛素连接酶。典型地,E3泛素连接酶与E2泛素结合的蛋白质复合,且单独或通过E2蛋白质催化泛素(深色圆圈)连接到靶蛋白上的赖氨酸,此连接是通过异肽键达成。然后靶向多泛素化蛋白质(最右侧)以便细胞的蛋白酶体机器使其降解。

图2A和图2B。预形成的α-突触核蛋白原纤维(α-syn PFF)添加到过表达A53T突变α-syn的TREX四环素诱导型HEK293细胞中,以诱导不溶于洗涤剂的聚集体(通过WES

具体实施方式

下述是提供以帮助本领域技术人员实践本公开的详细描述。本领域普通技术人员可以在本文描述的实施方案中进行修改和变化,而不脱离本公开的实质或范围。本文提及的所有出版物、专利申请、专利、附图和其他参考文献均全文以引用方式明确并入。

本发明描述了组合物和方法,所述组合物和方法涉及E3泛素连接酶蛋白(例如,凋亡抑制蛋白(IAP)、希佩尔-林道E3泛素连接酶(VHL)、人小脑蛋白E3泛素连接酶或小鼠双微体同源物2(MDM2)E3泛素连接酶)一旦与靶蛋白通过结合E3泛素连接酶蛋白和靶蛋白的双官能或嵌合构建体邻近定位就会使靶蛋白泛素化的惊人和意外发现。因此,本公开提供了此类化合物和组合物,其包含偶联至蛋白质靶标结合部分(“PTM”)的E3泛素连接酶靶向部分(“ULM”),这将引起所选靶蛋白的泛素化,从而导致靶蛋白被蛋白酶体降解(参见图1)。本公开还提供了组合物文库及其用途。

在某些方面,本公开提供了包含配体诸如小分子配体(即,分子量低于2,000、1,000、500或200道尔顿)的化合物,所述配体能够与泛素连接酶诸如IAP、VHL、MDM2或人小脑蛋白结合。该化合物还包含能够与靶蛋白结合的部分,以这样的方式使得靶蛋白置于泛素连接酶附近,以实现该蛋白的降解(和/或抑制)。除上述之外,小分子还可以意指该分子是非肽基的,即,它一般不视为肽,例如包含少于4、3或2个氨基酸。根据本说明书,PTM、ULM或PROTAC分子可以是小分子。

除非另外定义,否则本文所用的所有技术和科学术语具有与本公开所属领域的普通技术人员通常所理解相同的含义。本说明书中所用的术语仅用于描述特定实施方案,并非旨在限制本公开。

在提供值范围时,应当理解,在本公开内涵盖了每个中间值,至下限单位的十分之一,除非上下文另有明确规定(例如在含有多个碳原子的基团的情况下,在这种情况下,提供了落入该范围内的每个碳原子数),在该范围的上限和下限之间,以及在该所述范围内的任何其他所述值或中间值。可以独立地包括在较小范围内的这些较小范围的上限和下限也涵盖在本公开内,遭受在所述范围内的任何特别排除的限制。当所述范围包括限制之一或两者时,排除这两个限制中任一的范围也包括在本公开中。

下述术语用于描述本公开。在其中术语在本文中没有具体定义的情况下,该术语给予由普通技术人员在描述本公开中其使用的背景下应用该术语的领域公认含义。

如本文和所附权利要求中使用的冠词“一个”和“一种”在本文中用于指冠词的一个或多于一个(即,至少一个)语法对象,除非上下文另有明确说明。例如,“要素”意指一个要素或多于一个要素。

如本文在说明书和权利要求中所用,短语“和/或”应理解为意指如此结合的要素中的“任一者或两者”,即在某些情况下结合地存在且在其他情况下分离地存在的要素。用“和/或”列出的多个要素应该以相同的方式加以解释,即,如此结合的“一个或多个”要素。除了由“和/或”子句具体鉴定的要素之外,可以任选地存在其他要素,无论与具体鉴定的那些要素相关还是不相关。因此,作为非限制性示例,对“A和/或B”的引用在结合诸如“包括”等开放式语言使用时在一个实施方案中可仅指A(可任选地包括除B以外的元素);在另一实施方案中,仅指B(任选地包括除A以外的元素);在又一实施方案中,指A和B(任选地包括其他元素);等等。

如本文在说明书和权利要求中使用的,“或”应该理解为具有与如上定义的“和/或”相同的含义。例如,当分开列表中的项目时,“或”或“和/或”应该解释为包含性的,即包含至少一个,但也包括许多要素或要素列表的多于一个,以及任选地,另外未列出的项目。只有明确指出相反的术语,例如“仅一个”或“恰好一个”,或者,当在权利要求中使用时,“由......组成”指许多要素或要素列表的恰好一个要素。一般而言,当之前为排他性术语例如“任一”、“之一”、“仅一个”或“恰好一个”时,如本文使用的,术语“或”应该仅解释为指示排他性替代物(即“一个或另一个但不是两者”)。

在权利要求以及上文说明书中,所有过渡短语、例如“包含”、“包括”、“携带”、“具有”、“含有”、“涉及”、“持有”、“组成”等等应理解为开放式的,即,意指包括但不限于。仅过渡短语“由......组成”和“基本上由......组成”应该分别为闭合式或半闭合式过渡短语,如美国专利局专利审查程序手册(United States Patent Office Manual of PatentExamining Procedures)第2111.03节中所述。

如本文在说明书和权利要求中使用的,提及一个或多个要素的列表,短语“至少一个”应该理解为意指选自要素列表中的任何一个或多个要素的至少一个要素,但不一定包括要素列表中具体列出的每个和每一个要素中的至少一个,并且不排除要素列表中的任何要素组合。该定义还允许除了在短语“至少一个”所指的要素列表内具体鉴定的要素之外,可以任选地存在无论与具体鉴定的那些要素相关还是不相关的要素。因此,作为非限制性示例,在一个实施方案中,“A和B中的至少一个”(或等同地,“A或B中的至少一个”,或等同地,“A和/或B中的至少一个”)可以指至少一个,任选地包括多于一个A,不存在B(和任选地包括除B以外的要素);在另一个实施方案中,指至少一个、任选地包括多于一个B,不存在A(和任选地包括除A以外的元素);在又一实施方案中,指至少一个、任选地包括多于一个A,和至少一个B、任选地包括多于一个B(和任选地包括其他元素);等等。

还应该理解,在本文描述的包括多于一个步骤或动作的某些方法中,该方法的步骤或动作的次序不一定限于其中叙述该方法的步骤或动作的次序,除非上下文另有说明。

术语“共同施用”或“联合疗法”指并行施用(同时施用两种或更多种治疗剂)和不同时间施用(一种或多种治疗剂的施用时间不同于其他治疗剂或药剂的施用时间),只要治疗剂在一定程度上,优选按照有效量同时存在于患者中。在某些优选方面,本文所述的一种或多种本发明化合物与至少一种另外的生物活性剂(包括抗神经变性剂)联合共同施用。在特别优选的方面,化合物的共同施用产生协同活性和/或治疗,包括抗神经变性活性。

术语“抗神经变性剂”或“另外的抗神经变性剂”用于描述可以与根据本说明书的PROTAC化合物组合以治疗神经变性疾病的抗神经变性剂。

除非另外说明,否则如本文所用,术语“化合物”是指本文所公开的任何具体化合物,并且包括其互变异构体、区域异构体、几何异构体和适用的立体异构体,包括光学异构体(对映体)和其他立体异构体(非对映体),以及在上下文中,适用的可药用盐及其衍生物(包括前药形式)。设想的氘代小分子是其中药物分子中包含的一个或多个氢原子已被氘取代的那些。

在其在上下文中的使用内,术语化合物一般指单一化合物,但也可包括其他化合物,例如立体异构体、区域异构体和/或光学异构体(包括外消旋混合物)以及所公开化合物的特定对映体或富含对映体的混合物。在上下文中,该术语还指已进行修饰以促进化合物对活性部位的施用和递送的化合物的前药形式。应注意,在描述本文化合物中,尤其描述了许多取代基以及与其相关的变量。普通技术人员应理解,本文所述的分子是如下文一般描述的稳定化合物。示出键时,双键和单键均在所示化合物和众所周知的价态相互作用规则的背景内表示或理解。

术语“泛素连接酶”是指促进泛素向特定底物蛋白质的转移以靶向底物蛋白质从而进行降解的蛋白质家族。例如,IAP是E3泛素连接酶蛋白,其单独或与E2泛素缀合酶组合引起泛素与靶蛋白上的赖氨酸的附接,并且随后靶向特定蛋白质底物以被蛋白酶体降解。因此,单独或与E2泛素缀合酶复合的E3泛素连接酶负责泛素至靶蛋白的转移。通常,泛素连接酶涉及多泛素化,使得第二泛素附接于第一泛素;第三泛素附接于第二泛素,如此等等。多泛素化将蛋白质标记用于被蛋白酶体降解。然而,存在一些泛素化事件,其限于单泛素化,其中仅单个泛素通过泛素连接酶加入底物分子。单泛素化蛋白质不被靶向蛋白酶体进行降解,而是可以在其细胞位置或功能方面改变,例如,经由结合具有能够结合泛素的结构域的其他蛋白质。更复杂的是,泛素的不同赖氨酸可被E3靶向以制备链。最常见的赖氨酸是泛素链上的Lys48。这是用于制备被蛋白酶体识别的聚泛素的赖氨酸。

术语“患者”或“受试者”在说明书自始至终用于描述用根据本公开的组合物对其提供治疗,包括预防性治疗的动物,优选人或驯养动物。对于特定动物(例如人患者)特异性的那些感染、状况或疾病状态的治疗,术语患者指该特定动物,包括驯养动物如犬或猫或者农场动物如马、牛、绵羊等。一般而言,在本公开中,除非另有说明或由该术语使用的上下文暗示,否则术语患者指人类患者。

术语“有效”用于描述化合物、组合物或组分的量,当在其预期用途的上下文内使用时,所述量实现预期结果。术语有效包含在本申请中另外描述或使用的所有其他有效量或有效浓度项。

在一个方面,本说明书提供了包含E3泛素连接酶结合部分(“ULM”)的化合物,该ULM是IAP E3泛素连接酶结合部分(“ILM”)、人小脑蛋白E3泛素连接酶结合部分(“CLM”)、希佩尔-林道E3泛素连接酶(VHL)结合部分(VLM)和/或小鼠双微体同源物2(MDM2)E3泛素连接酶结合部分(MLM)。在一个示例性实施方案中,根据以下结构,ULM经由化学接头(L)偶联至靶蛋白结合部分(PTM):

(A) PTM-L-ULM

其中L是键或化学接头基团,ULM是E3泛素连接酶结合部分,并且PTM是靶蛋白结合部分。本文示出的化合物中的部分的数目和/或相对位置仅为了举例而提供。如技术人员将理解的那样,本文所述的化合物可以按照各个官能部分的任何所需数目和/或相对位置来合成。

除非上下文另外说明,否则术语ULM、ILM、VLM、MLM和CLM以其包含性意义使用。例如,术语ULM包含所有ULM,包括结合IAP(即ILM)、MDM2(即MLM)、人小脑蛋白(即CLM)和VHL(即VLM)的那些。另外,术语ILM包含所有可能的IAP E3泛素连接酶结合部分,术语MLM包含所有可能的MDM2E3泛素连接酶结合部分,术语VLM包含所有可能的VHL结合部分,并且术语CLM包含所有人小脑蛋白结合部分。

在另一方面,本公开提供了可用于通过诱导靶蛋白的降解来调节蛋白质活性的双官能或多官能化合物(例如PROTAC)。在某些实施方案中,化合物包含偶联(例如,共价、直接或间接连接)至结合靶蛋白的部分(即,蛋白质靶向部分或“PTM”)的ILM或VLM或CLM或MLM。在某些实施方案中,ILM/VLM/CLM/MLM和PTM经由化学接头(L)接合或偶联。ILM结合IAP E3泛素连接酶,VLM结合VHL,CLM结合人小脑蛋白E3泛素连接酶,MLM结合MDM2 E3泛素连接酶,并且PTM识别靶蛋白,各个部分与其靶标的相互作用有利于通过将靶蛋白置于泛素连接酶蛋白附近来降解靶蛋白。示例性双官能化合物可以描绘为:

(B) PTM-ILM

(C) PTM-CLM

(D) PTM-VLM

(E) PTM-MLM

在某些实施方案中,双官能化合物还包含化学接头(“L”)。例如,双官能化合物可以描绘为:

(F) PTM-L-ILM

(G) PTM-L-CLM

(H) PTM-L-VLM

(I) PTM-L-MLM

其中PTM是蛋白质/多肽靶向部分,L是化学接头,ILM是IAP E3泛素连接酶结合部分,CLM是人小脑蛋白E3泛素连接酶结合部分,VLM是VHL结合部分,并且MLM是MDM2 E3泛素连接酶结合部分。

在某些实施方案中,ULM(例如,ILM、CLM、VLM或MLM)显示出活性或者以小于约200μM的IC

在某些另外的实施方案中,本文所述的双官能化合物显示出IC

在某些实施方案中,如本文所述的化合物包含多个PTM(靶向相同或不同的蛋白质靶标)、多个ULM、一个或多个ULM(即,特异性地结合至多个/不同E3泛素连接酶的部分,例如VHL、IAP、人小脑蛋白和/或MDM2)或它们的组合。在本文所述的任何方面或实施方案中,PTM和ULM(例如,ILM、VLM、CLM和/或MLM)可以直接偶联或经由一个或多个化学接头偶联或它们的组合。在其中化合物具有多个ULM的另外的实施方案中,ULM可以用于相同的E3泛素连接酶,或者每个相应的ULM可以特异性地结合至不同的E3泛素连接酶。在其中化合物具有多个PTM的另外的实施方案中,PTM可以结合相同靶蛋白,或者每个相应的PTM可以特异性地结合至不同靶蛋白。

在其中化合物包含多个ULM的某些实施方案中,ULM是相同的。在化合物包含多个ULM(例如,ULM、ULM’等)的另外的实施方案中,至少一个PTM直接或经由化学接头(L)或这两者偶联至ULM。在某些另外的实施方案中,包含多个ULM的化合物还包含多个PTM。在另外的实施方案中,PTM是相同的或任选地不同的。在其中PTM不同的另外的实施方案中,各个PTM可以结合相同的蛋白质靶标或特异性地结合至不同的蛋白质靶标。

在某些实施方案中,化合物可包含多个ULM和/或多个ULM′。在化合物包含至少两个不同ULM的另外的实施方案中,多个ULM和/或多个ULM’还包含直接偶联或经由化学接头偶联或以这两种方式偶联至ULM或ULM’的至少一个PTM。在本文所述的任何实施方案中,包含至少两个不同ULM的化合物还可以包含多个PTM。在另外的实施方案中,PTM是相同的或任选地不同的。在其中PTM不同的另外的实施方案中,各个PTM可以结合相同的蛋白质靶标或特异性地结合至不同的蛋白质靶标。在另外的实施方案中,PTM本身是ULM(或ULM’),诸如ILM、VLM、CLM、MLM、ILM’、VLM’、CLM’和/或MLM’。

在另外的实施方案中,本说明书提供了如本文所述的化合物,包括其对映体、非对映体、溶剂化物和多晶型物,包括其药学上可接受的盐形式,例如酸和碱盐形式。

在本文所述的任何化合物中,ILM可包含丙氨酸-缬氨酸-脯氨酸-异亮氨酸(AVPI)四肽片段或其非天然模拟物。在某些实施方案中,ILM选自由式(I)、(II)、(III)、(IV)和(V)表示的化学结构:

其中:

式(I)、(II)、(III)、(IV)和(V)的R

式(I)、(II)、(III)、(IV)和(V)的R

式(I)、(II)、(III)、(IV)和(V)的R

式(I)、(II)、(III)、(IV)和(V)的R

式(I)、(II)、(III)、(IV)和(V)的R

式(I)、(II)、(III)、(IV)和(V)的R

R

如上所示,式(II)的P1、P2、P3和P4分别与AVPI四肽片段或其非天然模拟物的A、V、P和I相关。类似地,式(I)和(III)至(V)中的每一者具有与AVPI四肽片段或其非天然模拟物的A、V、P和I相关的部分。

在本文所述的任何化合物中,ILM可具有式(VI)的结构,其是WO公开号2008/014236中描述的IAP配体,或其非天然模拟物:

其中:

式(VI)的R

式(VI)的R

式(VI)的R

式(VI)的每个Z独立地选自H、-OH、F、Cl、-CH

式(VI)的R

式(VI)的R

式(VI)的Z

式(VI)的het独立地选自含有选自N、O和S的1-4个杂原子的5-7元杂环,或包含含有选自N、O和S的1、2或3个杂原子的至少一个5-7元杂环的8-12元稠合环系,该杂环或稠合环系是未取代的或在碳或氮原子上取代的;

式(VI)的R

式(VI)的R

如式(VII)中所示,式(VI)的U独立地是:

其中:

式(VII)的每个n独立地选自0至5;

式(VII)的X选自-CH和N;

式(VII)的R

式(VII)的R

式(VII)的R

式(VII)的p和q独立地选自0或1;

式(VII)的R

Q选自N、O、S、S(O)和S(O)

式(VII)的Ar

式(VII)的R

式(VII)的D选自-CO-、-C(O)-C

Rh选自H、未取代或取代的C

式(VII)的R

式(VII)的R

其中式(VII)的R

在本文所述的任何化合物中,ILM可具有式(VIII)的结构,其基于Ndubaku,C.等人,Antagonism of c-IAP and XIAP proteins is required for efficient inductionof cell death by small-molecule IAP antagonists,ACS Chem.Biol.,557-566,4(7)(2009)中描述的IAP配体,或其非天然模拟物:

其中式(VIII)的A1和A2中的每一者独立地选自任选被取代的单环稠环、芳基和杂芳基;并且

式(VIII)的R选自H或Me。

在一个具体实施方案中,接头基团L附接到式(VIII)的A1。在另一个实施方案中,接头基团L附接到式(VIII)的A2。

在一个具体实施方案中,ILM选自

在本文所述的任何化合物中,ILM可具有式(IX)的结构,其衍生自Mannhold,R.等人,IAP antagonists:promising candidates for cancer therapy,Drug Discov.Today,15(5-6),210-9(2010)中交叉引用的化学型,或其非天然模拟物:

其中R

在本文所述的任何化合物中,ILM可具有式(X)的结构,其衍生自Mannhold,R.等人,IAP antagonists:promising candidates for cancer therapy,Drug Discov.Today,15(5-6),210-9(2010)中交叉引用的化学型,或其非天然模拟物:

其中:

式(X)的R

式(X)的X选自S或CH

式(X)的R

式(X)的R

在本文所述的任何化合物中,ILM可具有式(XI)的结构,其衍生自Mannhold,R.等人,IAP antagonists:promising candidates for cancer therapy,Drug Discov.Today,15(5-6),210-9(2010)中交叉引用的化学型,或其非天然模拟物:

其中式(XI)的R

在本文所述的任何化合物中,ILM可具有式(XII)的结构,其衍生自Mannhold,R.等人,IAP antagonists:promising candidates for cancer therapy,Drug Discov.Today,15(5-6),210-9(2010)中交叉引用的化学型,或其非天然模拟物:

其中:

式(XII)的R

式(XII)的R

在本文所述的任何化合物中,IAP E3泛素连接酶结合部分选自:

在本文所述的任何化合物中,ILM可具有式(XIII)的结构,其基于Flygare,J.A.等人,Small-molecule pan-IAP antagonists:a patent review,Expert Opin.Ther.Pat.,20(2),251-67(2010)中汇总的IAP配体,或其非天然模拟物:

其中:

式(XIII)的Z不存在或是O;

式(XIII)的R

X选自CH2和O;并且

在本文所述的任何化合物中,ILM可具有式(XIV)的结构,其基于Flygare,J.A.等人,Small-molecule pan-IAP antagonists:a patent review,Expert Opin.Ther.Pat.,20(2),251-67(2010)中汇总的IAP配体,或其非天然模拟物:

其中:

式(XIV)的Z不存在或是O;

式(XIV)的R

式(XIV)的R

在本文所述的任何化合物中,ILM选自:

它们是美国专利公布号2008/0269140和美国专利号7,244,851中公开的配体的衍生物。

在本文所述的任何化合物中,ILM可具有式(XV)的结构,其是WO公开号2008/128171中描述的IAP配体,或其非天然模拟物:

其中:

式(XV)的Z不存在或是O;

式(XV)的R

R

在一个具体实施方案中,ILM具有以下结构:

在本文所述的任何化合物中,ILM可具有式(XVI)的结构,其基于WO公开号2006/069063中描述的IAP配体,或其非天然模拟物:

其中:

式(XVI)的R

式(XVI)的

式(XVI)的Ar是芳基或杂芳基。

在本文所述的任何化合物中,ILM可具有式(XVII)的结构,其基于Cohen,F.等人,Antogonists of inhibitors of apoptosis proteins based on thiazole amideisosteres,Bioorg.Med.Chem.Lett.,20(7),2229-33(2010)中描述的IAP配体,或其非天然模拟物:

其中:

式(XVII)的R

式(XVII)的X选自O或CH2。

在本文所述的任何化合物中,ILM可具有式(XVIII)的结构,其基于Cohen,F.等人,Antogonists of inhibitors of apoptosis proteins based on thiazole amideisosteres,Bioorg.Med.Chem.Lett.,20(7),2229-33(2010)中描述的IAP配体,或其非天然模拟物:

其中式(XVIII)的R选自烷基、芳基、杂芳基、芳烷基、杂芳基烷基或卤素(在可变取代位置中)。

在本文所述的任何化合物中,ILM可具有式(XIX)的结构,其基于Cohen,F.等人,Antogonists of inhibitors of apoptosis proteins based on thiazole amideisosteres,Bioorg.Med.Chem.Lett.,20(7),2229-33(2010)中描述的IAP配体,或其非天然模拟物:

其中

在某个实施方案中,组合物的ILM选自:

在某些实施方案中,组合物的ILM选自:

在本文所述的任何化合物中,ILM可具有式(XX)的结构,其基于WO公开号2007/101347中描述的IAP配体,或其非天然模拟物:

其中式(XX)的X选自CH

在本文所述的任何化合物中,ILM可具有式(XXI)的结构,其基于美国专利号7,345,081和美国专利号7,419,975中描述的IAP配体,或其非天然模拟物:

其中:

式(XXI)的R

式(XXI)的R

式(XXI)的W选自CH或N;并且

在某些实施方案中,化合物的ILM选自:

在本文所述的任何化合物中,ILM可具有式(XXII)或(XXIV)的结构,它们衍生自WO公开号2015/006524和Perez HL,Discovery of potent heterodimeric antagonists ofinhibitor of apoptosis proteins(IAPs)with sustained antitumoractivity.J.Med.Chem.58(3),1556-62(2015)中描述的IAP配体,或其非天然模拟物,并且接头基团L的化学接头如图所示:

其中:

式(XXII)、(XXIII)或(XXIV)的R

式(XXII)、(XXIII)或(XXIV)的R

或者可替代地,

式(XXII)、(XXIII)或(XXIV)的R

其中:

v是1-3的整数;

-(CH

-CH

-CH

NR

NR

OR

m为1-8的整数;

式(XXII)、(XXIII)或(XXIV)的R

式(XXII)、(XXIII)或(XXIV)的R

在一个具体实施方案中,根据式(XXII)至(XXIV)的ILM:

R

R

R

在本文所述的任何化合物中,ILM可具有式(XXV)、(XXVI)、(XXVII)或(XXVIII)的结构,它们衍生自WO公开号2014/055461和Kim,KS,Discovery oftetrahydroisoquinoline-based bivalent heterodimeric IAP antagonists.Bioorg.Med.Chem.Lett.24(21),5022-9(2014)中描述的IAP配体,或其非天然模拟物,并且接头基团L的化学接头如图所示:

其中:

式(XXV)至(XXVIII)的R

或者可替代地;

式(XXV)至(XXVIII)的R

其中:

v是1-3的整数;

-(CH

-CH

-CH

NR

NR

其中δ=0-2,Ψ=1-3,

OR

m为1-8的整数;

式(XXV)至(XXVIII)的R

式(XXV)至(XXVIII)的R

在本文所述的任何化合物中,ILM可具有式(XXIX)或(XXX)的结构,它们衍生自WO公开号2013/071039中描述的IAP配体,或其非天然模拟物:

其中:

式(XXIX)和(XXX)的R

式(XXIX)和(XXX)的R

式(XXIX)和(XXX)的每个X独立地选自:

式(XXIX)和(XXX)的每个Z选自

每个Y选自:

其中:

A选自-C(O)R

-C(O)R

NHS0

N(R

-(C

-(C

在本文所述的任何化合物中,ILM可具有式(XXXI)的结构,其衍生自WO公开号2013/071039中描述的IAP配体,或其非天然模拟物:

其中:

式(XXXI)的W

式(XXXI)的W

式(XXXI)的R

当X

或者:

式(XXXI)的X

或者:

式(XXXI)的X

或者:

式(XXXI)的X

N-R

CR

-C(=O)R

NR

式(XXXI)的m选自0、1或2;

式(XXXI)的-U-选自-NHC(=O)-、-C(=O)NH-、-NHS(=O)

式(XXXI)的R

式(XXXI)的R

-NHR

或者:

式(XXXI)的R

或者:

式(XXXI)的R

式(XXXI)的R

下列中的每个R

R

C(R

或者:

R

或者:

R

或者:

R

或者:

R

其中每个取代的烷基、杂烷基、稠环、螺环、异螺环、环烷基、杂环烷基、芳基或杂芳基被1-3个R

R

在本文所述的任何化合物中,ILM可具有式(XXXII)的结构,其衍生自WO公开号2013/071039中描述的IAP配体,或其非天然模拟物:

其中:

式(XXXII)的W

式(XXXII)的W

式(XXXII)的R

当式(XXXII)的X

或者:

当式(XXXII)的X

或者:

当X

或者:

当式(XXXII)的X

当式(XXXII)的X

或者:

式(XXXII)的X

或者:

式(XXXII)的X

或者:

式(XXXII)的X

N-R

CR

-C(=O)R

NR

式(XXXII)的m选自0、1或2;

式(XXXII)的-U-选自-NHC(=O)-、-C(=O)NH-、-NHS(=O)

式(XXXII)的R

式(XXXII)的R

-NHR

或者:

式(XXXII)的R

或者:

式(XXXII)的R

式(XXXII)的R

下列中的每个R

R

C(R

或者:

R

或者:

R

或者:

R

或者:

R

其中每个取代的烷基、杂烷基、稠环、螺环、异螺环、环烷基、杂环烷基、芳基或杂芳基被1-3个R

R

在本文所述的任何化合物中,ILM可具有式(XLIII)的结构,其衍生自WO公开号2013/071039中描述的IAP配体,或其非天然模拟物:

其中:

式(XXXIII)的W

式(XXXIII)的W

式(XXXIII)的R

当式(XXXIII)的X

或者:

当式(XXXIII)的X

或者:

当式(XXXIII)的X

或者:

式(XXXIII)的X

或者:

式(XXXIII)的X

N-R

CR

-C(=O)R

NR

式(XXXIII)的m为0、1或2;

式(XXXIII)的-U-为-NHC(=O)-,-C(=O)NH-,-NHS(=O)

式(XXXIII)的R

式(XXXIII)的R

-NHR

或者:

式(XXXIII)的R

或者:

式(XXXIII)的R

式(XXXIII)的R

下列中的每个R

R

C(R

或者:

R

或者:

R

或者:

R

或者:

R

其中每个取代的烷基、杂烷基、稠环、螺环、异螺环、环烷基、杂环烷基、芳基或杂芳基被1-3个R

R

在本文所述的任何化合物中,ILM可具有式(XXXIV)的结构,其衍生自WO公开号2013/071039中描述的IAP配体,或其非天然模拟物:

其中:

式(XXIV)的W

式(XXIV)的W

式(XXIV)的W

式(XXIV)的R

当式(XXIV)的X

或者:

当式(XXIV)的X

或者:

当式(XXIV)的X

或者:

式(XXIV)的X

或者:

式(XXIV)的X

或者:

式(XXIV)的X

N-R

CR

-C(=O)R

NR

式(XXIV)的m选自0、1或2;

式(XXIV)的-U-选自-NHC(=O)-、-C(=O)NH-、-NHS(=O)

式(XXIV)的R

式(XXIV)的R

-NHR

或者:

式(XXIV)的R

或者:

式(XXIV)的R

式(XXIV)的R

下列中的每个R

R

C(R

或者:

C(R

或者:

C(R

或者:

C(R

或者:

C(R

或者:

C(R

或者:

R

或者:

R

或者:

其中每个取代的烷基、杂烷基、稠环、螺环、异螺环、环烷基、杂环烷基、芳基或杂芳基被1-3个R

R

在本文所述的任何化合物中,ILM可具有式(XXXV)、(XXXVI)或(XXXVII)的结构,其衍生自Vamos、M.等人,Expedient synthesis of highly potent antagonists ofinhibitor of apoptosis proteins(IAPs)with unique selectivity for ML-IAP,ACSChem.Biol.,8(4),725-32(2013)中描述的IAP配体,或其非天然模拟物:

其中:

式(XXXV)和(XXXVII)的R

式(XXXV)的R

式(XXXV)和(XXXVII)的X独立地选自O或S;并且

式(XXXV)和(XXXVII)的R

在一个具体实施方案中,ILM具有根据式(XXXVIII)的结构:

式(XXXVIII)的其中R

在一个具体实施方案中,式(XXXVIII)的

在一个具体实施方案中,ILM具有结构并附接到接头基团L,如下所示:

在本文所述的任何化合物中,ILM可具有式(XXXIX)或(XL)的结构,其基于Hennessy,EJ等人,Discovery of aminopiperidine-based Smac mimetics as IAPantagonists,Bioorg.Med.Chem.Lett.,22(4),1960-4(2012)中描述的IAP配体,或其非天然模拟物:

其中:

式(XXXIX)和(XL)R

式(XXXIX)和(XL)的R

式(XXXIX)和(XL)的R

的X选自H、卤素、甲基、甲氧基、羟基、硝基或三氟甲基。

在本文所述的任何化合物中,ILM可具有如式(XLI)或(XLII)所示的结构并如式所示化学连接至接头,或其非天然模拟物:

在本文所述的任何化合物中,ILM可具有式(XLIII)的结构,其基于Cohen,F等人,Orally bioavailable antagonists of inhibitor of apoptosis proteins based onan azabicyclooctane scaffold,J.Med.Chem.,52(6),1723-30(2009)中描述的IAP配体,或其非天然模拟物:

其中:

式(XLIII)的R1选自:

在一个具体实施方案中,ILM由以下结构表示:

在一个具体实施方案中,ILM选自以下结构,并且ILM与接头基团L之间的化学连接如下所示:

在本文所述的任何化合物中,ILM选自以下结构,其基于Asano,M等人,Design,sterioselective synthesis,and biological evaluation of novel tri-cycliccompounds as inhibitor of apoptosis proteins(IAP)antagonists,Bioorg.Med.Chem.,21(18),5725-37(2013)中描述的IAP配体,或其非天然模拟物:

在一个具体实施方案中,ILM选自以下结构,并且ILM与接头基团L之间的化学连接如下所示:

在本文所述的任何化合物中,ILM可具有式(LVIII)的结构,其基于Asano,M等人,Design,sterioselective synthesis,and biological evaluation of novel tri-cyclic compounds as inhibitor of apoptosis proteins(IAP)antagonists,Bioorg.Med.Chem.,21(18),5725-37(2013)中描述的IAP配体,或其非天然模拟物:

其中式(XLIV)的X为独立地选自H、卤素或氰基的一个或两个取代基。

在本文所述的任何化合物中,ILM可具有如式(XLV)或(XLVI)所示的结构并如式所示化学连接至接头基团L,或其非天然模拟物:

其中式(XLV)和(XLVI)的X为独立地选自H、卤素或氰基的一个或两个取代基;并且式(XLV)和(XLVI)的L是本文所述的接头基团。

在本文所述的任何化合物中,ILM可具有式(XLVII)的结构,其基于Ardecky,RJ等人,Design,sysnthesis and evaluation of inhibitor of apoptosis(IAP)antagoniststhat are highly selective for the BIR2 domain of XIAP,Bioorg.Med.Chem.,23(14),4253-7(2013)中描述的IAP配体,或其非天然模拟物:

其中:

式(LXI)的R

在本文所述的任何化合物中,ILM可具有如式(XLVIII)或(XLIX)所示的结构并如式所示化学连接至接头基团L,或其非天然模拟物:

式(XLVIII)和(XLIX)的

式(XLVIII)和(XLIX)的L是本文所述的接头基团。

在本文所述的任何化合物中,ILM可具有选自以下的结构,其基于Wang,J等入,Discovery of novel second mitochondrial-derived activator of caspase mimeticsas selective inhibitor or apoptosis protein inhibitors,J.Pharmacol.EXp.Ther.,349(2):319-29(2014),或其非天然模拟物:

在本文所述的任何化合物中,ILM具有根据式(L)的结构,其基于Hird,AW等人,Structure-based design and synthesis of tricyclic IAP(Inhibitors of ApoptosisProteins)inhibitors,Bioorg.Med.Chem.Lett:24(7),1820-4(2014)中描述的IAP配体,或其非天然模拟物:

其中式(L)的R选自:

式(L)的---是任选的双键。

在一个具体实施方案中,化合物的ILM具有选自以下的化学结构:

术语“独立地”在本文中用于指示独立应用的变量因应用不同而独立地改变。

术语“烷基”在其上下文中应指直链、支链或环状完全饱和的烃基或烷基,优选C

术语“烯基”是指含有至少一个C=C键的直链、支链或环状C

术语“炔基”是指含有至少一个C≡C键的直链、支链或环状C

术语“亚烷基”在使用时是指可以任选被取代的-(CH

术语“未取代的”应该意指仅被氢原子取代。包括C

术语“取代的”或“任选被取代的”应该独立地(即,当存在多于一个取代基时,每个取代基独立于另一个取代基)意指在上下文内的分子上的任何地方的碳(或氮)位置处的一个或多个取代基(根据本公开内容的化合物中的部分上的独立地至多五个取代基,优选至多三个取代基,经常为1或2个取代基,并且可以包括其自身可以进一步取代的取代基),并且包括羟基、硫醇、羧基、氰基(C≡N)、硝基(NO

术语“取代的”(每个取代基独立于任何其他取代基)在其使用的上下文中还应该意指C

在上下文中,术语“芳基”或“芳香族”是指具有单环(例如苯、苯基、苯甲基)或稠环(例如萘基、蒽基、菲基等)的被取代(如本文另外所述)或未被取代的单价芳香族基团,并且能够在环上的任何可用稳定位置或如所呈现的化学结构中另外指示结合到根据本公开的化合物。在上下文中,芳基的其他实例可包括杂环芳香族环系,在环(单环)中具有一个或多个氮、氧或硫原子的“杂芳基”,例如咪唑、呋喃基、吡咯、呋喃基、噻吩、噻唑、吡啶、嘧啶、吡嗪、三唑、噁唑或稠环系统,例如吲哚、喹啉、吲哚嗪、氮杂吲哚嗪、苯并呋呫等,其可以任选地如上文所述被取代。可以提及的杂芳基包括含氮杂芳基,例如吡咯、吡啶、吡啶酮、哒嗪、嘧啶、吡嗪、吡唑、咪唑、三唑、三嗪、四唑、吲哚、异吲哚、吲哚嗪、氮杂吲哚嗪、嘌呤、吲唑、喹啉、二氢喹啉、四氢喹啉、异喹啉、二氢异喹啉、四氢异喹啉、喹嗪、酞嗪、萘啶、喹喏啉、喹唑啉、噌啉、喋啶、咪唑并吡啶、咪唑并三嗪、吡嗪并哒嗪、吖啶、啡啶、咔唑、咔唑啉、嘧啶、啡啉、菲烯、噁二唑、苯并咪唑、吡咯并吡啶、吡咯并嘧啶和吡啶并嘧啶;含硫芳香族杂环,例如噻吩和苯并噻吩;含氧芳香族杂环,例如呋喃、吡喃、环戊二烯并吡喃、苯并呋喃和异苯并呋喃;和包含2个或更多个选自氮、硫和氧的杂原子的芳香族杂环,例如噻唑、噻二唑、异噻唑、苯并噁唑、苯并噻唑、苯并噻二唑、吩噻嗪、异噁唑、呋呫、啡噁嗪、吡唑并噁唑、咪唑并噻唑、噻吩并呋喃、呋喃并吡咯、吡啶并噁嗪、呋喃并吡啶、呋喃并嘧啶、噻吩并嘧啶和噁唑等,所有这些可以任选被取代。

术语“被取代的芳基”是指包含至少一个芳环或多个稠环的芳香族碳环基,所述多个稠环中的至少一个是芳香族,其中所述环被一个或多个取代基取代。例如,芳基可包含选自以下的取代基:-(CH

“羧基”表示基团--C(O)OR,其中R是氢、烷基、被取代的烷基、芳基、被取代的芳基、杂芳基或被取代的杂芳基,然而这些通用取代基的含义与本文所定义的相应基团的定义相同。

术语“杂芳基(heteroaryl)”或“杂芳基(hetaryl)”可以指(但决不限于)任选被取代的喹啉(其可以连接到药效团或在喹啉环内的任何碳原子上被取代)、任选被取代的吲哚(包括二氢吲哚)、任选被取代的吲哚嗪、任选被取代的氮杂吲哚嗪(2-氮杂吲哚嗪、3-氮杂吲哚嗪或4-氮杂吲哚嗪)、任选被取代的苯并咪唑、苯并二唑、苯并呋喃、任选被取代的咪唑、任选被取代的异噁唑、任选被取代的噁唑(优选被甲基取代)、任选被取代的二唑、任选被取代的三唑、四唑、任选被取代的苯并呋喃、任选被取代的噻吩、任选被取代的噻唑(优选被甲基和/或硫醇取代)、任选被取代的异噻唑、任选被取代的三唑(优选被以下取代的1,2,3-三唑:甲基、三异丙基甲硅烷基、任选被取代的-(CH

其中:

S

R

R

R

Y

术语“芳烷基”和“杂芳基烷基”是指分别包含芳基或杂芳基的基团,以及符合上述定义的烷基和/或杂烷基和/或碳环和/或杂环烷基环系统。

如本文所用,术语“芳烷基”是指附接到上文所定义的烷基的如上文所定义的芳基。芳烷基通过烷基连接到母体部分,其中所述烷基具有一到六个碳原子。芳烷基中的芳基可以如上文所定义被取代。

术语“杂环”是指含有至少一个杂原子(例如N、O或S)的环基,且可以是芳香族(杂芳基)或非芳香族。因此,取决于其使用的上下文,杂芳基部分包含在杂环的定义下。示例性的杂芳基如上所述。

示范性杂环包括:氮杂环丁烷基、苯并咪唑基、1,4-苯并二噁烷基、1,3-苯并间二氧杂环戊烯基、苯并噁唑基、苯并噻唑基、苯并噻吩基、二氢咪唑基、二氢吡喃基、二氢呋喃基、二噁烷基、二氧杂环戊烷基、亚乙基脲、1,3-二氧杂环戊烷、1,3-二噁烷、1,4-二噁烷、呋喃基、高哌啶基、咪唑基、咪唑啉基、咪唑啶基、吲哚啉基、吲哚基、异喹啉基、异噻唑啶基、异噻唑基、异噁唑啶基、异噁唑基、吗啉基、萘啶基、噁唑啶基、噁唑基、吡啶酮、2-吡咯烷酮、吡啶、哌嗪基、N-甲基哌嗪基、哌啶基、邻苯二甲酰亚胺、丁二酰亚胺、吡嗪基、吡唑啉基、吡啶基、嘧啶基、吡咯啶基、吡咯啉基、吡咯基、喹啉基、四氢呋喃基、四氢吡喃基、四氢喹啉、噻唑啶基、噻唑基、噻吩基、四氢噻吩、噁烷、氧杂环丁烷基、氧硫杂环戊烷基、噻烷等等。

杂环基团可以任选被选自由以下组成的组的成员取代:烷氧基、被取代的烷氧基、环烷基、被取代的环烷基、环烯基、被取代的环烯基、酰基、酰基氨基、酰氧基、氨基、被取代的氨基、氨基酰基、氨基酰氧基、氧基氨基酰基、叠氮基、氰基、卤素、羟基、酮基、硫酮基、羧基、羧基烷基、硫代芳氧基、硫代杂芳氧基、硫代杂环氧基、硫醇、硫代烷氧基、被取代的硫代烷氧基、芳基、芳氧基、杂芳基、杂芳氧基、杂环、杂环氧基、羟胺基、烷氧基胺基、硝基、-SO-烷基、被-SO-取代的烷基、-SO芳基、-SO-杂芳基、-SO2-烷基、被-SO2-取代的烷基、-SO2-芳基、氧代(=O)和-SO2-杂芳基。此类杂环基可以具有单个环或多个稠环。氮杂环和杂芳基的实例包括(但不限于)吡咯、咪唑、吡唑、吡啶、吡嗪、嘧啶、哒嗪、吲哚嗪、异吲哚、吲哚、吲唑、嘌呤、喹嗪、异喹啉、喹啉、酞嗪、萘基吡啶、喹喏啉、喹唑啉、噌啉、喋啶、咔唑、咔啉、啡啶、吖啶、啡啉、异噻唑、吩嗪、异噁唑、啡噁嗪、吩噻嗪、咪唑啶、咪唑啉、哌啶、哌嗪、吲哚啉、N-吗啉基、哌啶基、四氢呋喃基和其类似基团,以及N-烷氧基-含氮杂环。术语“杂环”还包括双环基团,其中杂环中的任一个与苯环或环己烷环或另一杂环(例如吲哚基、喹啉基、异喹啉基、四氢喹啉基等)稠合。

术语“环烷基”可以指(但决不限于)衍生自如本文中所定义的单环或多环烷基或环烷烃的单价基团,例如环中具有三个至二十个碳原子的饱和单环烃基,包括(但不限于)环丙基、环丁基、环戊基、环己基、环庚基等。术语“被取代的环烷基”可以指(但决不限于)单环或多环烷基,且被一个或多个取代基取代,例如氨基、卤素、烷基、被取代的烷基、碳氧基、碳基巯基、芳基、硝基、巯基或磺酸基,而这些通用取代基具有与如此图例中所定义的相应基团的定义相同的含义。

“杂环烷基”是指单环或多环烷基,其中其环状结构中的至少一个环碳原子被选自N、O、S或P组成的组的杂原子置换。“被取代的杂环烷基”是指单环或多环烷基,其中其环状结构中的至少一个环碳原子被选自N、O、S或P组成的组的杂原子置换且所述基团含有一个或多个选自以下组成的组的取代基:卤素、烷基、被取代的烷基、碳基氧基、羰基巯基、芳基、硝基、巯基或磺酸基,而这些通用取代基的含义与此图例所定义的相应基团的定义相同。

术语“烃基”应该意指含有碳和氢且可以是完全饱和的、部分不饱和的或芳族的化合物,并且包括芳基、烷基、烯基和炔基。

术语“独立地”在本文中用于指示独立应用的变量因应用不同而独立地改变。

术语“低级烷基”是指甲基、乙基或丙基

术语“低级烷氧基”是指甲氧基、乙氧基或丙氧基。

在本文所述的任何实施方案中,W、X、Y、Z、G、G’、R、R’、R”、Q1-Q4、A和Rn可以独立地与接头和/或附接有一个或多个PTM、ULM、ILM或ILM’基团的接头共价偶联。

在某些另外的实施方案中,双官能化合物的MLM包含化学部分,例如取代的咪唑啉、取代的螺-吲哚酮、取代的吡咯烷、取代的哌啶酮、取代的吗啉酮、取代的吡咯并嘧啶、取代的咪唑并吡啶、取代的噻唑并咪唑啉、取代的吡咯并吡咯烷酮和取代的异喹啉酮。

在另外的实施方案中,MLM包含上述核心结构,其中相邻的双芳基取代以顺式或反式构型定位。

在另外的实施方案中,MLM包含如RG7112、RG7388、SAR405838、AMG-232、AM-7209、DS-5272、MK-8242和NVP-CGM-097中的部分结构特征,及其类似物或衍生物。

在某些优选的实施方案中,MLM是如式(A-1)所示的取代的咪唑啉的衍生物、或如式(A-2)所示的噻唑并咪唑啉、或如式(A-3)所示的螺吲哚啉酮、或如式(A-4)所示的吡咯烷、或如式(A-5)所示的哌啶酮/吗啉酮、或如式(A-6)所示的异喹啉酮、或如式(A-7)所示的吡咯并嘧啶/咪唑并吡啶、或如式(A-8)所示的吡咯并吡咯烷酮/咪唑并吡咯烷酮。

其中,上述式(A-1)至式(A-8):

式(A-1)至式(A-8)的X选自碳、氧、硫、亚砜、砜和N-R

R

式(A-1)至式(A-8)的Y和Z独立地是碳或氮;

式(A-1)至式(A-8)的A、A’和A”独立地选自C、N、O或S,也可以是形成稠合双环或者6,5-和5,5-稠合芳族双环基团的一个或两个原子;

式(A-1)至式(A-8)的R

卤素、-CN、C1至C6烷基、C3至C6环烷基、-OH、具有1至6个碳的烷氧基、具有1至6个碳的氟取代的烷氧基、具有1至6个碳的亚砜、具有1至6个碳的砜、具有2至6个碳的酮、具有2至6个碳的酰胺和具有2至6个碳的二烷基胺;

式(A-1)至式(A-8)的R

式(A-1)至式(A-8)的R

卤素、-CN、C1至C6烷基、C3至C6环烷基、-OH、具有1至6个碳的烷氧基、具有1至6个碳的氟取代的烷氧基、具有1至6个碳的亚砜、具有1至6个碳的砜、具有2至6个碳的酮、具有2至6个碳的酰胺、具有2至6个碳的二烷基胺、烷基醚(C2至C6)、烷基酮(C3至C6)、吗啉基、烷基酯(C3至C6)、烷基氰(C3至C6);

式(A-1)至式(A-8)的R

式(A-1)至式(A-8)的R

式(A-1)至式(A-8)的R

式(A-1)至式(A-8)的R

式(A-1)至式(A-8)的R

式(A-1)至式(A-8)的R

式(A-1)至式(A-8)的R

式(A-1)至式(A-8)的R

式(A-1)至式(A-8)的R

式(A-1)至式(A-8)的R

式(A-1)至式(A-8)的R

式(A-1)至式(A-8)的R

H;任选被取代的直链或支链C1-C6烷基;烷氧基取代烷基;单-和二-羟基取代的烷基(例如C3-C6)、砜取代的烷基;任选被取代的芳基;任选被取代的杂芳基;单-、双-或三-取代芳基或杂芳基;苯基-4-羧酸;取代的苯基-4-羧酸、烷基羧酸;任选被取代的杂芳基羧酸;烷基羧酸;氟取代的烷基羧酸;任选被取代的环烷基、3-羟基环丁烷、4-羟基环己烷、芳基取代的环烷基;杂芳基取代的环烷基;或Rh和Ri合在一起形成环;

式(A-1)至式(A-8)的R

式(A-1)至式(A-8)的R

式(A-1)至式(A-8)的R

式(A-1)至式(A-8)的R

式(A-1)至式(A-8)的R

式(A-1)至式(A-8)的R

式(A-1)至式(A-8)的R

式(A-1)至式(A-8)的R

式(A-1)至式(A-8)的R

式(A-1)至式(A-8)的R

式(A-1)至式(A-8)的R

式(A-1)至式(A-8)的R

式(A-1)至式(A-8)的R

式(A-1)至式(A-8)的R

式(A-1)至式(A-8)的R

式(A-1)至式(A-8)的R

在某些实施方案中,式(A-1)至式(A-8)的R

更具体地讲,MLM的非限制性实例包括下文所示的那些以及起于下文分子中所示的1种或多种不同特征的组合的那些“杂合”分子。

使用式A-1至A-8中的MLM,可制备以下PROTAC以靶向特定蛋白质进行降解,其中“L”是连接子(即接头基团),并且“PTM”是与靶蛋白结合的配体。

在某些实施方案中,本说明书提供了一种双官能分子,其包含选自以下的结构:

其中X、R

在某些实施方案中,本说明书提供了具有以下结构的双官能或嵌合分子:PTM-L-MLM,其中PTM是通过L偶联至MLM的蛋白质靶标结合部分,其中L是键(即,不存在)或化学接头。在某些实施方案中,MLM具有选自A-1-1、A-1-2、A-1-3和A-1-4的结构:

其中:

式A-1-1至A-1-4(即,A-1-1、A-1-2、A-1-3和A-1-4)的R1’和R2’独立地选自F、Cl、Br、I、乙炔、CN、CF

R3′选自-OCH

式A-1-1至A-1-4的R4’选自H、卤素、-CH

式A-1-1至A-1-4的R5’选自卤素、-环丙基、-S(O)

式A-1-1至A-1-4的R6′选自下面给出的结构,其中接头连接点表示为“*”。

除了作为接头附接点的R6’之外,R4’也可用作接头附接位置。在R4’是接头连接位点的情况下,接头将连接至上面所示的R4’基团的末端原子。

在某些实施方案中,式A-1-1至A-1-4的接头连接位置是R4’或R6’中的至少一者或两者。

在某些实施方案中,式A-1-1至A-1-4的R6’独立地选自H、

在某些实施方案中,式A-4-1至A-4-6的接头附接到R1’、R2’、R3’、R4’、R5’、R6’中的至少一者或它们的组合。

在某些实施方案中,本说明书提供了具有以下结构的双官能或嵌合分子:PTM-L-MLM,其中PTM是通过L偶联至MLM的蛋白质靶标结合部分,其中L是键(即,不存在)或化学接头。在某些实施方案中,MLM具有选自A-4-1、A-4-2、A-4-3、A-4-4、A-4-5和A-4-6的结构:

其中:

式A-4-1至A-4-6(即A-4-1、A-4-2、A-4-3、A-4-4、A-4-5和A-4-6)的R7′是一种或多种(例如1种、2种、3种或4种)卤素;

式A-4-1至A-4-6的R8’是选自以下的一个或多个基团(例如1、2、3或4个基团):H、-F、-Cl、-Br、-I、-CN、-NO

式A-4-1至A-4-6的R9’选自烷基、取代的烷基、烯基、取代的烯基、炔基、取代的炔基、芳基、取代的芳基、杂芳基、取代的杂芳基、环烷基、取代的环烷基、烯基和取代的环烯基;

式A-4-1至A-4-6的Z选自H、-OCH

式A-4-1至A-4-6的R10′和R11′各自独立选自H、(CH

m、n和p独立地是0至6;

式A-4-1至A-4-6的R12′选自-O-(烷基)、-O-(烷基)-烷氧基、-C(O)-(烷基)、-C(OH)-烷基-烷氧基、-C(O)-NH-(烷基)、-C(O)-N-(烷基)

式A-4-1至A-4-6的R1”选自H、烷基、芳基取代的烷基、烷氧基取代的烷基、环烷基、芳基取代的环烷基和烷氧基取代的环烷基。

在本文所述的任何方面或实施方案中,烷基、烷氧基等可以是低级烷基或低级烷氧基。

在某些实施方案中,式A-4-1至A-4-6的接头连接位置是Z、R8’、R9’、R10’、R11’、R12”或R1”中的至少一者。

用于设计如A-1-1至A-1-4、A-4-1至A-4-6中所示的嵌合分子的方法可应用于具有式A-2、A-3、A-5、A-6、A-7和A-8的MLM,其中MLM中的溶剂暴露区域可与将与靶蛋白配体“PTM”附接的接头“L”连接,以构建PROTAC。

示例性MDM2结合部分包括但不限于下述:

1.Vassilev,等人,In vivo activation of the p53 pathway by small-molecule antagonists of MDM2,SCIENCE vol:303,pag:844-848(2004),和Schneekloth,等人,Targeted intracellular protein degradation induced by a small molecule:En route to chemical proteomics,Bioorg.Med.Chem.Lett.18(2008)5904-5908中鉴定的HDM2/MDM2抑制剂,包括(或附加)如下所述的化合物nutlin-3、nutlin-2和nutlin-1(衍生化),以及其所有衍生物和类似物:

(衍生化,其中接头基团L或-(L-MLM)基团附接在例如甲氧基处或作为羟基);

(衍生的,其中接头基团L或-(L-MLM)基团在例如甲氧基或羟基处附接);

(衍生化,其中接头基团L或-(L-MLM)基团例如经由甲氧基或作为羟基附接);和

2.反式-4-碘-4′-硼烷基-查耳酮

(衍生的,其中接头基团L或接头基团L或-(L-MLM)基团例如经由羟基附接)。

在一个方面,本说明书提供了可用于结合和/或抑制人小脑蛋白的化合物。

在某些实施方案中,化合物选自以下化学结构:

其中:

式(a)至(f)[例如(a1)、(b)、(c)、(d1)、(e)、(f)、(a2)、(d2)、(a3)和(a4)]的W独立地选自CH

W

式(a)至(f)的X独立地选自不存在、O、S和CH

式(a)至(f)的Y独立地选自CH

式(a)至(f)的Z独立地选自不存在、O、S或CH

式(a)至(f)的G和G′独立地选自H、任选被取代的直链或支链烷基(例如任选被R′取代)、OH、R′OCOOR、R'OCONRR”、任选被R′取代的CH

式(a)至(f)的Q1-Q4表示被独立地选自H、R、N或N-氧化物的基团取代的碳C;

式(a)至(f)的A独立地选自H、任选被取代的直链或支链烷基、环烷基、Cl和F;

式(a)至(f)的R包括但不限于:-CONR'R”、-OR’、-NR'R”、-SR’、-SO

x、y和z中的每一个独立地是0、1、2、3、4、5或6;

式(a)至(f)的R′和R”独立地选自H、任选被取代的烷基、任选被取代的环烷基、任选被取代的芳基、任选被取代的杂芳基、任选被取代的杂环、-C(=O)R、任选被取代的杂环基;

式(a)至式(f)的n′和n各自独立地是1-10的整数(例如1-4、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10);

在本文所述的任何化合物中,CLM包含选自以下的化学结构:

其中:

式(a)至(f)[例如(a1)、(b)、(c)、(d1)、(e)、(f)、(a2)、(d2)、(a3)和(a4)]的W独立地选自CH

式(a)至(f)的X独立地选自不存在、O、S和CH2;

式(a)至(f)的Y独立地选自CH

式(a)至(f)的Z独立地选自不存在、O、S或CH

式(a)至(f)的G和G′独立地选自H、任选被取代的直链或支链烷基(例如任选被R′取代)、OH、R′OCOOR、R'OCONRR”、任选被R′取代的CH

式(a)至(f)的Q1-Q4表示被独立地选自H、R、N或N-氧化物的基团取代的碳C;

式(a)至(f)的A独立地选自H、任选被取代的直链或支链烷基、环烷基、Cl和F;

式(a)至(f)的R包括但不限于:-CONR'R”、-OR’、-NR'R”、-SR’、-SO2R’、-SO2NR'R”、-CR'R”-、-CR'NR'R”-、(-CR'O)

x、y和z中的每一个独立地是0、1、2、3、4、5或6;

式(a)至(f)的R′和R”独立地选自H、任选被取代的直链或支链烷基、任选被取代的环烷基、任选被取代的芳基、任选被取代的杂芳基、任选被取代的杂环、-C(=O)R、任选被取代的杂环基;

式(a)至(f)的n和n′各自独立地是1-10的整数;

在本文所述的某些实施方案中,CLM或ULM包含选自以下的化学结构:

其中:

式(g)的W独立地选自CH

式(g)的A选自H、甲基或任选被取代的直链或支链烷基;

式(g)的R独立地选自H、O、OH、N、NH、NH

式(g)的n表示1至4的整数(例如1、2、3或4),其中至少一个R(例如下列中的至少一个:O、OH、N、NH、NH

式(g)的

在本文所述的任何实施方案中,式(a)至(g)的W、X、Y、Z、G、G′、R、R′、R′、Q1-Q4、A和Rn[例如(a1)、(b)、(c)、(d1)、(e)、(f)、(a2)、(d2)、(a3)、(a4)和(G)]可以独立地共价偶联至接头和/或与一个或多个PTM、ULM、CLM或CLM′基团附接的接头。

在本文所述的任何方面或实施方案中,CLM包括1至4个R基团独立选择的官能团或原子,例如O、OH、N、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、-烷基-芳基(例如,包含C1-C6烷基、C4-C7芳基或其组合中的至少一个的-烷基-芳基)、芳基(例如,C5-C7芳基)、胺、酰胺或羧基,并且任选地,其中一个被修饰以共价连接至PTM、化学接头基团(L)、ULM、CLM(或CLM′)或其组合。

在一些实施方案中,CLM由以下结构表示,其中虚线指示接头附接点:

更具体地讲,CLM的非限制性实例包括下文所示的那些以及起于下文分子中所示的1种或多种不同特征的组合的那些“杂合”分子。

在本文所述的任何化合物中,CLM包含选自以下的化学结构:

其中:

W独立地选自CH

Q

R

R

R

R

R

X是C、CH、C=O或N;

X

R′选自H、卤素、胺、烷基(例如C1-C3烷基)、取代的烷基(例如C1-C3烷基)、烷氧基(例如C1-C3烷氧基)、取代的烷氧基(例如C1-C3烷氧基)、NR

n是0-4;

CLM共价连接至PTM、化学接头基团(L)、ULM、CLM(或CLM’)或它们的组合。

在本文所述的任何方面或实施方案中,CLM或CLM’经由R基团(例如,R

在本文所述的任何实施方案中,CLM或CLM’经由W、X、R、R

在本文描述的任何实施方案中,W、X、R

更具体地讲,CLM的非限制性实例包括下文所示的那些以及起于组合下述化合物的1种或多种不同特征的“杂合”分子或化合物:

其中:

W独立地选自CH

R

R

R

R

R

R

R’是H或者PTM、PTM’、化学接头基团(L)、ULM、CLM、CLM’的附接点,

Q

R包括官能团或原子,例如选自以下的官能团或原子:CONR'R”、-OR'、-NR'R”、-SR’、-SO2R’、-SO2NR'R”、-CR'R”-、-CR'NR'R”-、(-CR'O)

在本文所述的任何方面或实施方案中,至少一个R(例如,OH、NH

在本文描述的任何实施方案中,W、R

在本文描述的任何实施方案中,R

在本文描述的任何实施方案中,Q

在本文所述的任何方面或实施方案中,R被修饰为共价连接至接头基团(L)、PTM、ULM、具有与CLM相同的化学结构的第二CLM、CLM′、第二接头或者其中任何多个或组合。

在本文描述的任何方面或实施方案中,CLM选自:

其中R’是卤素,并且R

在某些情况下,“CLM”可以是结合至人小脑蛋白E3连接酶的酰亚胺。这些酰亚胺和接头附接点可以是但不限于下述结构:

在如本文所述的化合物的某些实施方案中,ULM是VLM并且包含选自ULM-a的化学结构:

其中:

虚线指示至少一个PTM、另一个ULM或VLM或MLM或ILM或CLM(即ULM’或VLM’或CLM’或ILM’或MLM’)或者将至少一个PTM、ULM’或VLM’或CLM’或ILM’或MLM’与接头的另一端偶联的化学接头部分的附接;

式ULM-a的X

式ULM-a的R

式ULM-a的R

式ULM-a的W

式ULM-a的X

R

式ULM-a的T选自任选被取代的烷基、-(CH

n是0至6,通常为0、1、2或3,优选是0或1;

式ULM-a的W

在本文所述的任何实施方案中,T选自任选被取代的烷基、-(CH

在某些实施方案中,式ULM-a的W

在任何实施方案中,式ULM-a的W

式ULM-a的R

在另外的实施方案中,用于本公开中的W

在某些另外的实施方案中,ULM-a任选被吡咯烷部分中的0-3个R

在本文所述的任何实施方案中,式ULM-a的W

并且其中虚线指示至少一个PTM、另一个ULM(ULM’)或者将至少一个PTM或ULM′或两者与ULM偶联的化学接头部分的附接位点。

在某些实施方案中,ULM是VHL,并且由以下结构表示:

其中:

式ULM-b的W

式ULM-b的R

式ULM-b的R

式ULM-b的R

式ULM-b的R

式ULM-b的R

式ULM-b的W

式ULM-b的R

式ULM-b的每个R

式ULM-b的o是0、1、2、3或4;

式ULM-b的R

式ULM-b的p是0、1、2、3或4,并且其中虚线指示至少一个PTM、另一个ULM(ULM')或者将至少一个PTM或ULM′或两者与ULM偶联的化学接头部分的附接位点。

在某些实施方案中,式ULM-b的R

在某些实施方案中,式ULM-b的R

在某些另外的实施方案中,式ULM-b的R

在某些实施方案中,式ULM-b的R

在某些实施方案中,ULM具有选自以下的化学结构:

其中:

式ULM-c、ULM-d和ULM-e的R

式ULM-c、ULM-d和ULM-e的R

式ULM-c、ULM-d和ULM-e的R

式ULM-c、ULM-d和ULM-e的X是C、CH

式ULM-c、ULM-d和ULM-e的R

所述虚线指示至少一个PTM、另一个ULM(ULM’)或者将至少一个PTM或ULM′或两者与ULM偶联的化学接头部分的附接位点。

在某些实施方案中,ULM包含根据以下化学结构的基团:

其中:

式ULM-f的R

式ULM-f的R

式ULM-f的R

式ULM-f的R

式ULM-f的p是0、1、2、3或4;

式ULM-f的每个R

式ULM-f的R

式ULM-f的R

式ULM-f的R

其中式ULM-f的虚线指示至少一个PTM、另一个ULM(ULM’)或者将至少一个PTM或ULM′或两者与ULM偶联的化学接头部分的附接位点。

在某些实施方案中,ULM选自下述结构:

其中n是0或1。

在某些实施方案中,ULM选自下述结构:

其中ULM-a1至ULM-a15、ULM-b1至ULM-b12、ULM-c1至ULM-c15和ULM-d1至ULM-d9中的苯环任选被氟、低级烷基和烷氧基取代,并且其中虚线指示至少一个PTM、另一个ULM(ULM’)或者将至少一个PTM或ULM′或两者与ULM-a偶联的化学接头部分的附接位点。

在一个实施方案中,ULM-a1至ULM-a15、ULM-b1至ULM-b12、ULM-c1至ULM-c15和ULM-d1至ULM-d9中的苯环可以被官能化为酯,以使得其成为前药的部分。

在某些实施方案中,ULM-a1至ULM-a15、ULM-b1至ULM-b12、ULM-c1至ULM-c15和ULM-d1至ULM-d9的吡咯烷环上的羟基分别包含酯连接的前药部分。

在本文所述的任何方面或实施方案中,ULM和存在的ULM′各自独立地是根据以下化学结构的基团:

其中:

ULM-g的R

ULM-g的R

ULM-g的R

ULM-g的X和X’各自独立地是C=O、C=S、-S(O)、S(O)

ULM-g的R

ULM-g的R

ULM-g的R

ULM-g的V是O、S或NR

ULM-g的R

ULM-g的R

ULM-g的X

ULM-g的每个m独立地是0、1、2、3、4、5、6;

ULM-g的每个m′独立地是0或1;

ULM-g的每个n独立地是0、1、2、3、4、5、6;

ULM-g的每个n′独立地是0或1;

ULM-g的每个u独立地是0或1;

ULM-g的每个v独立地是0或1;

ULM-g的每个w独立地是0或1;和

当PTM不是ULM’时,ULM-g的R

在本文所述的任何方面或实施方案中,ULM和存在的ULM′各自独立地是根据以下化学结构的基团:

其中:

ULM-h的R

当PTM不是ULM’时,ULM-h的R

其药学上可接受的盐、对映体、非对映体、溶剂化物或多晶型物。

在本文所述的任何方面或实施方案中,ULM和存在的ULM′各自独立地根据化学结构:

其中:

当PTM不是ULM’时,ULM-I的R

其药学上可接受的盐、对映体、非对映体、溶剂化物或多晶型物。

在本公开进一步优选的方面,ULM-g至ULM-i的R

当存在时,ULM-g和ULM-h的X和X’优选地是C=O、C=S、-S(O)基团或S(O)

ULM-g至ULM-i的R

ULM-g至ULM-i的R

其中:

ULM-g至ULM-i的S

ULM-g至ULM-i的R

ULM-g至ULM-i的R

ULM-g至ULM-i的R

ULM-g至ULM-i的R

ULM-g至ULM-i的R

ULM-g至ULM-i的每个n独立地是0、1、2、3、4、5或6(优选0或1),或任选被取代的杂环,优选四氢呋喃、四氢噻吩、哌啶、哌嗪或吗啉(当被取代时,所述基团各自优选被甲基或卤素(F、Br、Cl)取代,所述基团各自可以任选地经由接头基团与PTM基团(包括ULM′基团)连接。

在某些优选的方面,ULM-g至ULM-i的

其中ULM-g至ULM-i的R

关于ULM-g至ULM-i的R

其中:

ULM-g至ULM-i的S

ULM-g至ULM-i的R

ULM-g至ULM-i的R

ULM-g至ULM-i的R

ULM-g至ULM-i的Y

ULM-g至ULM-i的R

优选地,

其中:

ULM-g至ULM-i的R

ULM-g至ULM-i的R

ULM-g至ULM-i的每个n独立地是0、1、2、3、4、5或6(通常是0或1),所述基团中的每一个可任选地经由接头基团连接至PTM基团(包括ULM’基团)。

ULM-g至ULM-i的优选R

ULM-g至ULM-i的R

ULM-g至ULM-i的RR

ULM-g至ULM-i的R

其中:

ULM-g至ULM-i的S

ULM-g至ULM-i的R

ULM-g至ULM-i的R

ULM-g至ULM-i的R

ULM-g至ULM-i的Y

ULM-g至ULM-i的R

其中:

ULM-g至ULM-i的R

ULM-g至ULM-i的R

ULM-g至ULM-i中的每个n是0、1、2、3、4、5或6(优选0或1),其中所述杂环基团各自可以任选地经由接头基团与PTM基团(包括ULM′基团)连接。

ULM-g至ULM-i的优选R

在某些替代的优选实施方案中,ULM-g至ULM-i的R

其中:

ULM-g至ULM-i的R

ULM-g至ULM-i的X

ULM-g至ULM-i的X

ULM-g至ULM-i的烷基为任选被取代的C1-C

ULM-g至ULM-i的芳基是任选被取代的苯基或萘基(优选苯基);和

ULM-g至ULM-i的HET为任选被取代的噁唑、异噁唑、噻唑、异噻唑、咪唑、二唑、氧杂咪唑、吡咯、吡咯烷、呋喃、二氢呋喃、四氢呋喃、噻吩、二氢噻吩、四氢噻吩、吡啶、哌啶、哌嗪、吗啉、苯并呋喃、吲哚、吲嗪、氮杂吲嗪、喹啉(当被取代时,各自优选被C

ULM-g至ULM-i的S

ULM-g至ULM-i的R

ULM-g至ULM-i的R

ULM-g至ULM-i的R

ULM-g至ULM-i的Y

ULM-g至ULM-i的R

ULM-g至ULM-i的R

ULM-g至ULM-i的每个n独立地是0、1、2、3、4、5或6(优选0或1)。

所述基团中的每一个可以任选地经由接头基团与PTM基团(包括ULM’基团)连接。

在本公开的某些替代优选实施方案中,ULM-g至ULM-i的R

其中:

R

R

V是O、S或NR

X

X

烷基为任选被取代的C

芳基为任选被取代的苯基或萘基(优选苯基);并且

HET为任选被取代的噁唑、异噁唑、噻唑、异噻唑、咪唑、二唑、氧杂咪唑、吡咯、吡咯烷、呋喃、二氢呋喃、四氢呋喃、噻吩、二氢噻吩、四氢噻吩、吡啶、哌啶、哌嗪、吗啉、苯并呋喃、吲哚、吲嗪、氮杂吲嗪、喹啉(当被取代时,各自优选被C

ULM-g至ULM-i的S

ULM-g至ULM-i的R

ULM-g至ULM-i的R

ULM-g至ULM-i的R

ULM-g至ULM-i的Y

ULM-g至ULM-i的R

ULM-g至ULM-i的R

ULM-g至ULM-i的每个n独立地是0、1、2、3、4、5或6(优选0或1);

ULM-g至ULM-i的每个m’是0或1;和

ULM-g至ULM-i的每个n’是0或1;

其中所述化合物各自,优选在烷基、芳基或Het基团上,任选地经由接头基团连接至PTM基团(包括ULM'基团)。

在替代的实施方案中,ULM-g至ULM-i的R

其中:

ULM-g至ULM-i的所述芳基是任选被一个或两个取代基取代的苯基,其中所述取代基优选选自(CH

ULM-g至ULM-i的所述芳基被-(CH

ULM-g至ULM-i的所述芳基基团任选被杂环取代,所述杂环包括杂芳基,选自噁唑、异噁唑、噻唑、异噻唑、咪唑、二唑、氧杂咪唑、吡咯、吡咯烷、呋喃、二氢呋喃、四氢呋喃、噻吩、二氢噻吩、四氢噻吩、吡啶、哌啶、哌嗪、吗啉、喹啉、苯并呋喃、吲哚、吲嗪、氮杂吲嗪(当取代时,各自优选被C

ULM-g至ULM-i的S

ULM-g至ULM-i的R

ULM-g至ULM-i的R

ULM-g至ULM-i的R

ULM-g至ULM-i的Y

ULM-g至ULM-i的R

ULM-g至ULM-i的R

ULM-g至ULM-i的HET优选为噁唑、异噁唑、噻唑、异噻唑、咪唑、二唑、氧杂咪唑、吡咯、吡咯烷、呋喃、二氢呋喃、四氢呋喃、噻吩、二氢噻吩、四氢噻吩、吡啶、哌啶、哌嗪、吗啉、喹啉(各自优选被C

ULM-g至ULM-i的S

ULM-g至ULM-i的R

ULM-g至ULM-i的R

ULM-g至ULM-i的R

ULM-g至ULM-i的Y

ULM-g至ULM-i的R

ULM-g至ULM-i的R

ULM-g至ULM-i的每个m’独立地是0或1;并且

ULM-g至ULM-i的每个n独立地是0、1、2、3、4、5或6(优选0或1),

其中所述化合物各自优选在所述烷基或HET基团上任选地经由接头基团连接至PTM基团(包括ULM’基团)。

在另外的实施方案中,优选的化合物包括根据以下化学结构的化合物:

其中:

ULM-i的R

ULM-i的R

ULM-i的R

ULM-i的R

ULM-i的R

ULM-i的R

ULM-i的芳基是苯基;

ULM-i的HET是任选被取代的噻唑或异噻唑;并且

ULM-i的R

或其药学上可接受的盐、立体异构体、溶剂化物或多晶型物,其中所述化合物中的每一种任选经由接头基团连接至PTM基团(包括ULM’基团)。

在某些方面,双官能化合物包含泛素E3连接酶结合部分(ULM),其中ULM是根据以下化学结构的基团:

其中:

ULM-j的每个R

ULM-j的R

ULM-j的E是键、C=O或C=S;

ULM-j的G是键、任选被取代的烷基、-COOH或C=J;

ULM-j的J是O或N-R

ULM-j的R

ULM-j的M为任选被取代的芳基、任选被取代的杂芳基、任选被取代的杂环基或

ULM-j的每个R

ULM-j的R

ULM-j的R

ULM-j的R

ULM-j的每个R

ULM-j的R

ULM-j的每个R

ULM-j的每个R

ULM-j的R

ULM-j的Z

ULM-j的o是0、1、2、3或4,或者其药学上可接受的盐、立体异构体、溶剂化物或多晶型物。

在某些实施方案中,其中ULM-j的G是C=J,J是O,R

在某些实施方案中,其中ULM-j的G是C=J,J是O,R

在某些实施方案中,其中ULM-j的E是C=O、R

在某些实施方案中,其中ULM-j的E是C=O,M是

在某些实施方案中,ULM和存在的ULM′各自独立地是根据以下化学结构的基团:

其中:

ULM-k的G是C=J,J是O;

ULM-k的R

ULM-k的每个R

ULM-k的o是0;

ULM-k的R

ULM-k的R

在其他情况下,ULM-k的R

在其他实施方案中,ULM和存在的ULM′各自独立地是根据以下化学结构的基团:

其中:

ULM-k的G是C=J,J是O;

ULM-k的R

ULM-k的每个R

ULM-k的o是0;和

ULM-k的R

在其他实施方案中,ULM和存在的ULM′各自独立地是根据以下化学结构的基团:

其中:

ULM-k的E是C=O;

ULM-k的M是

ULM-k的R

在另外其他实施方案中,具有以下化学结构的化合物,

其中ULM-k的E是C=O;

ULM-k的R

ULM-k的M是

ULM-k的q是1或2;

ULM-k的R

ULM-k的R

ULM-k的R

在本文所述的任何实施方案中,ULM-j或ULM-k的R

在某些实施方案中,ULM-j或ULM-k的R

在某些实施方案中,ULM(或存在的ULM′)是根据以下化学结构的基团:

其中:

ULM-1的X是O或S;

ULM-1的Y是H、甲基或乙基;

ULM-1的R

ULM-1的M为任选被取代的芳基、任选被取代的杂芳基或

ULM-1的R

ULM-1的R

ULM-1的R11为任选被取代的杂芳族、任选被取代的杂环、任选被取代的芳基或;

ULM-1的R

ULM-1的R

在一些实施方案中,ULM和存在的ULM′各自独立地是根据以下化学结构的基团:

其中:

ULM-m的Y是H、甲基或乙基;

ULM-m的R

R

ULM-m的R

在本公开的其他优选实施方案中,ULM和存在的ULM′各自独立地是根据以下化学结构的基团:

其中:

ULM-n的R

ULM-n的R

ULM-n的R

在本文所述的任何方面或实施方案中,如本文所述的ULM(或存在的ULM’)可以是其药学上可接受的盐、对映体、非对映体、溶剂化物或多晶型物。另外,在本文所述的任何方面或实施方案中,如本文所述的ULM(或存在的ULM’)可经由键或化学接头直接偶联至PTM。

在本公开的某些方面,ULM部分选自:

其中VLM可以经由如本文所述的接头在任何适当的位置处连接至PTM,包括例如吲哚基团的芳基、杂芳基、苯基或苯基,任选地经由任何适当的官能团,例如胺、酯、醚、烷基或烷氧基。

在某些实施方案中,如本文所述的化合物包含经由化学接头(L)化学连接或偶联至一个或多个ULM(例如,CLM、VLM、MLM、ILM或它们的组合中的至少一者)的一个或多个PTM。在某些实施方案中,接头基团L是包含一个或多个共价连接的结构单元(例如,-A

在本文所述的任何方面或实施方案中,ULM(例如,VLM、ILM、CLM或MLM)的接头(L)连接或偶联是稳定的L-ULM连接。例如,在本文所述的任何方面或实施方案中,当接头(L)和ULM经由杂原子连接时,任何随后的杂原子(如果存在)被至少一个单碳原子(例如,-CH

在本文所述的任何方面或实施方案中,接头基团L是键或由式-(A

在本文所述的任何方面或实施方案中,接头基团L是由式-(A

在本文所述的任何方面或实施方案中,接头基团L是-(A

(A

接头的q是大于或等于1的整数;(例如,1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99或100);

每个A

R

在某些实施方案中,接头的q是大于或等于0的整数。在某些实施方案中,q是大于或等于1的整数。

在某些实施方案中,例如,当接头的q大于2时,(A

在某些实施方案中,例如,当接头的q为2时,(A

在某些实施方案中,例如,当接头的q为1时,接头基团L的结构是-A

在本文所述的任何方面或实施方案中,接头(L)的单元A

-NR(CH

接头的n可以是0至10;

接头的R可以是H、低级烷基;

接头的R1和R2可通过连接的N形成环。

在本文所述的任何方面或实施方案中,接头(L)的单元A

其中:

每个m、n、o、p、q、r和s独立地选自0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19和20;并且

杂环烷基的N*与PTM或ULM共用或通过键与PTM或ULM连接。

在本文所述的任何方面或实施方案中,接头(L)的单元A

其中:

每个m、n、o、p、q、r和s独立地选自0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19和20;和

杂环烷基的N*与PTM或ULM共用或通过键与PTM或ULM连接

在本文描述的任何方面或实施方案中,接头(L)的单元A

其中杂环烷基的N*与PTM或ULM共用或通过键与PTM或ULM连接。

在本文描述的任何方面或实施方案中,接头(L)的单元A

在本文所述的任何方面或实施方案中,接头(L)的单元A

-N(R)-(CH2)

-O-(CH2)

-O-(CH2)

-N(R)-(CH2)

-(CH2)

-(CH2)

所述接头的m、n、o、p、q和r独立地是0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20;

当数目为零时,不存在N-O或O-O键

所述接头的R是H、甲基和乙基;

所述接头的X是H和F

其中所述接头的m可以是2、3、4、5

其中所述接头的每个n和m可以独立地是0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20(例如0、1、2、3、4、5或6)。

在本文所述的任何方面或实施方案中,接头(L)的单元A

其中每个m和n独立地选自0-20(例如,0-6、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20)。

在本文所述的任何方面或实施方案中,接头(L)的单元A

在本文所述的任何方面或实施方案中,接头(L)的单元A

在本文描述的任何方面或实施方案中,接头(L)包含选自但不限于下文所示结构的结构,其中虚线指示与PTM或ULM部分的附接点:

其中:

W

Y

n是0-10;并且

在本文描述的任何方面或实施方案中,接头(L)包含选自但不限于下文所示结构的结构,其中虚线指示与PTM或ULM部分的附接点:

其中:

W

Y

Q

R

n是0-10;并且

在本文描述的任何方面或实施方案中,接头基团为任选被取代的(聚)乙二醇,其具有1至约100个乙二醇单元(例如,1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50等个乙二醇单元),约1至约50个乙二醇单元,约1至约25个乙二醇单元,约1至10个乙二醇单元,约1至约8个乙二醇单元和1至6个乙二醇单元,约2至4个乙二醇单元;或任选被取代的烷基,其内散杂有任选被取代的O、N、S、P或Si原子。在某些实施方案中,接头被芳基、苯基、苯甲基、烷基、亚烷基或杂环基取代。在某些实施方案中,接头可以是不对称或对称的。

在本文所述的任何方面或实施方案中,接头基团可以是本文所述的任何合适的部分。在一个实施方案中,接头是取代或未取代的聚乙二醇基团,其大小范围是约1到约12个乙二醇单元、1到约10个乙二醇单元、约2到约6个乙二醇单元、约2到5个乙二醇单元、约2到4个乙二醇单元。

在本文所述的任何方面或实施方案中,接头(L)包含任选被取代的C

在本文描述的任何方面或实施方案中,接头(L)包含任选被取代的C

每个碳任选被以下基团取代:CR

R

在本文描述的任何方面或实施方案中,接头(L)包括约1至约50(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49或50)任选取代的亚烷基二醇单元,其中碳或氧可以被选自N、S、P或Si原子的杂原子取代,具有适当数量的氢原子以完成化合价。例如,在本文所述的任何方面或实施方案中,接头(L)具有选自以下的化学结构:

其中碳或氧可以被选自N、S、P或Si原子的杂原子取代,具有适当数量的氢以完成化合价,并且m、n、o、p、q、r和s独立地选自0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19和20。

在本文所述的任何方面或实施方案中,本公开涉及一种化合物,其包含结合到靶蛋白或多肽(例如,α-突触核蛋白)的如上文所述的PTM基团,所述PTM基团通过泛素连接酶发生泛素化并且在直接化学连接到或通过接头部分L连接到ULM基团,或者PTM替代地是ULM'基团,所述ULM'基团也是泛素连接酶结合部分,可以与如上文所述的ULM基团相同或不同并且直接连接到ULM基团或通过接头部分连接到ULM基团;并且L是如上文所述的接头部分,可以存在或不存在并且使ULM化学(共价)连接至PTM;或其药学上可接受的盐、对映异构体、立体异构体、溶剂化物或多晶型物。

在本文所述的任何方面或实施方案中,接头基团L是包含一个或多个共价连接的结构单元的基团,所述结构单元独立地选自:

X选自O、N、S、S(O)和SO

尽管ULM基团和PTM基团可通过对于接头化学性质来说适当且稳定的任何基团共价连接至接头基团,但在本公开的优选方面,接头独立地共价结合至ULM基团和PTM基团,优选地通过酰胺、酯、硫酯、酮基、氨基甲酸酯(氨甲酸酯)、碳或醚共价结合,所述基团中的每一个可插入到ULM基团和PTM基团上的任何地方,以使得泛素连接酶上的ULM基团与待降解的靶蛋白上的PTM基团达成最大的结合。(需注意,在其中PTM基团是ULM基团的某些方面,用于降解的靶蛋白可以是泛素连接酶本身)。在某些优选方面,接头可连接到ULM和/或PTM基团上的任选被取代的烷基、亚烷基、烯基或炔基、芳基或杂环基。

在本公开的优选方面,PTM基团是结合至靶蛋白的基团。PTM基团的靶标具有多种类型,并且选自在细胞中表达的蛋白质,使得序列的至少一部分存在于细胞中并且可结合至PTM基团。术语“蛋白质”包括足够长度的寡肽和多肽序列,使得它们可结合至根据本公开的PTM基团。如本文其他地方所述,真核系统或微生物系统中的任何蛋白质(包括病毒、细菌或真菌)是由根据本公开的化合物介导的泛素化的靶标。优选地,靶蛋白是真核蛋白质。

根据本公开的PTM基团包含例如特异性结合蛋白质(结合靶蛋白)并包括小分子靶蛋白部分的以下非限制性实例的任何部分:Hsp90抑制剂、α-突触核蛋白抑制剂或配体、激酶抑制剂、HDM2和MDM2抑制剂、靶向人BET含溴结构域蛋白质的化合物、HDAC抑制剂、人赖氨酸甲基转移酶抑制剂、血管生成抑制剂、核激素受体化合物、免疫抑制化合物和靶向芳烃受体(AHR)的化合物等等。下文所述的组合物举例说明了小分子靶蛋白结合部分的一些成员。此类小分子靶蛋白结合部分还包括这些组合物的药学上可接受的盐、对映体、溶剂化物和多晶型物,以及可靶向所关注蛋白质的其他小分子。这些结合部分优选通过接头连接至泛素连接酶结合部分,以便在泛素连接酶附近呈递靶蛋白(蛋白质靶标部分与之结合)以进行泛素化和降解。

可以与蛋白质靶部分或PTM基团结合并且通过泛素连接酶起作用或降解的任何蛋白质是根据本公开的靶蛋白。通常,靶蛋白可包括例如结构蛋白、受体、酶、细胞表面蛋白、与细胞整合功能相关的蛋白质(包括参与催化活性、芳香酶活性、运动活性、解旋酶活性、代谢过程(合成代谢和分解代谢)、抗氧化活性、蛋白水解、生物合成的蛋白质)、具有激酶活性、氧化还原酶活性、转移酶活性、水解酶活性、裂解酶活性、异构酶活性、连接酶活性、酶调节剂活性、信号转导活性、结构分子活性、结合活性(蛋白质、脂质碳水化合物)、受体活性、细胞运动性、膜融合、细胞通讯、生物过程调节、发育、细胞分化、对刺激的反应的蛋白质、行为蛋白、细胞粘附蛋白、参与细胞死亡的蛋白质、参与运输的蛋白质(包括蛋白质转运活性、核转运、离子转运蛋白活性、通道转运蛋白活性、载体活性、通透酶活性、分泌活性、电子转运蛋白活性、发病、分子伴侣调节蛋白活性、核酸结合活性、转录调节蛋白活性、细胞外组织和生物发生活性、翻译调节蛋白活性。所关注蛋白质可以包括来自真核生物和原核生物的蛋白质,包括作为药物治疗靶的人、其他动物包括驯养动物、用于测定抗生素和其他抗微生物剂的靶的微生物和植物、以及甚至病毒,以及许多其他。

本公开可以用于治疗众多疾病状态和/或状况,包括其中蛋白质失调以及其中患者将受益于蛋白质的降解和/或抑制的任何疾病状态和/或状况。

在另一方面,本说明书提供了治疗组合物,其包含有效量的如本文所述化合物或其盐形式,以及药学上可接受的载体、添加剂或赋形剂,和任选地另外的生物活性剂。治疗组合物调节患者或受试者(例如动物,例如人)中的蛋白质降解,并且可以用于治疗或改善通过降解的蛋白质调节的疾病状态或状况。在某些实施方案中,本文所述的治疗组合物可用于实现所关注蛋白质的降解,以治疗或改善疾病,例如α-突触核蛋白病或神经性神经变性疾病或病症。在某些附加实施方案中,所述疾病是帕金森病、阿尔茨海默病、痴呆(例如路易小体痴呆)或多系统萎缩。

在替代的方面,本公开涉及一种通过降解用以调节疾病状态或状况的蛋白质或多肽来治疗有需要的受试者的疾病状态或者改善疾病或病症的症状的方法,该方法包括向所述患者或受试者施用有效量例如治疗有效量的至少一种如上所述的化合物,任选地与药学上可接受的载体、添加剂或赋形剂和任选地另外的生物活性剂组合,其中所述组合物能够有效治疗或改善受试者的疾病或病症或其症状。根据本公开的方法可用于通过施用有效量的至少一种本文所述化合物来治疗多种疾病状态或状况,包括神经性或神经变性疾病或病症。疾病状态或状况可以是由微生物剂或其他外源性剂(例如病毒、细菌、真菌、原生动物或其他微生物)引起的疾病,或者可以是由蛋白质的过表达引起的疾病状态,其导致疾病状态和/或状况。

在另一方面,本说明书提供了使用根据本公开的化合物鉴别生物系统中的所关注蛋白质降解的影响的方法。

术语“靶蛋白”用于描述蛋白质或多肽,其是用于结合根据本公开的化合物和通过下文的泛素连接酶降解的靶标。此类小分子靶蛋白结合部分还包括这些组合物的药学上可接受的盐、对映体、溶剂化物和多晶型物,以及可靶向所关注蛋白质的其他小分子。这些结合部分通过至少一个接头基团L连接到至少一个ULM基团(例如VLM、CLM、ILM和/或MLM)。

可结合至蛋白质靶标部分并被泛素连接酶结合部分所结合的连接酶降解的靶蛋白包括任何蛋白质或肽,包括其片段、其类似物和/或其同源物。靶蛋白包括具有任何生物功能或活性(包括结构、调节、激素、酶、遗传、免疫、收缩、储存、运输和信号转导)的蛋白质和肽。更具体地讲,多种用于人类治疗的药物靶标表示蛋白质靶标部分可结合到其上并掺入根据本公开的化合物中的蛋白质靶标。这些包括可用于在多种多基因疾病中恢复功能的蛋白质,包括例如B7.1和B7、TINFRlm、TNFR2、NADPH氧化酶、BclIBax和凋亡途径中的其他配偶体、C5a受体、HMG-CoA还原酶、PDE V磷酸二酯酶类型、PDE IV磷酸二酯酶4型、PDE I、PDEII、PDEIII、角鲨烯环化酶抑制剂、CXCR1、CXCR2、一氧化氮(NO)合酶、环加氧酶1、环加氧酶2、5HT受体、多巴胺受体、G蛋白(即Gq)、组胺受体、5-脂氧合酶、类胰蛋白酶丝氨酸蛋白酶、胸苷酸合成酶、嘌呤核苷磷酸化酶、锥虫GAPDH、糖原磷酸化酶、碳酸酐酶、趋化因子受体、JAW STAT、RXR及类似物、HIV 1蛋白酶、HIV 1整合酶、流感神经氨酸酶、乙型肝炎逆转录酶、钠通道、多重耐药性(MDR)、蛋白质P-糖蛋白(和MRP)、酪氨酸激酶、CD23、α-突触核蛋白、CD124、酪氨酸激酶p56 lck、CD4、CD5、IL-2受体、IL-1受体、TNF-αR、ICAM1、Cat+通道、VCAM、VLA-4整合素、选择素、CD40/CD40L、神经激肽(newokinin)和受体、肌苷一磷酸脱氢酶、p38MAP激酶、Ras/Raf/MEK/ERK通路、白介素-1转换酶、半胱天冬酶、HCV、NS3蛋白酶、HCVNS3RNA解旋酶、甘氨酰胺核糖核苷酸甲酰转移酶、鼻病毒3C蛋白酶、单纯疱疹病毒-1(HSV-I)、蛋白酶、巨细胞病毒(CMV)蛋白酶、聚(ADP-核糖)聚合酶、周期蛋白依赖性激酶、血管内皮生长因子、催产素受体、微粒体转运蛋白抑制剂、胆汁酸转运抑制剂、5α还原酶抑制剂、血管紧张素11、甘氨酸受体、去甲肾上腺素再摄取受体、内皮素受体、神经肽Y和受体、雌激素受体、雄激素受体、腺苷受体、腺苷激酶和AMP脱氨酶、嘌呤能受体(P2Y1、P2Y2、P2Y4、P2Y6、P2X1-7)、法尼基转移酶、香叶酰转移酶、NGF的TrkA受体、β-淀粉样蛋白、酪氨酸激酶Flk-IIKDR、玻连蛋白受体、整合素受体、Her-21 neu、端粒酶抑制、细胞溶质磷脂酶A2和EGF受体酪氨酸激酶。另外的蛋白质靶标包括例如蜕皮激素20-单加氧酶、GABA门控氯离子通道、乙酰胆碱酯酶、电压敏感性钠通道蛋白质、钙释放通道和氯离子通道。另外的靶蛋白包括乙酰辅酶A羧化酶、腺苷酸琥珀酸合成酶、原卟啉原氧化酶和烯醇丙酮莽草酸磷酸合酶。

这些蛋白质靶标可用于鉴定与蛋白质结合的化合物部分的筛查中,并且通过将该部分掺入根据本公开的化合物内,可以改变蛋白质的活性水平以实现治疗最终结果。

术语“蛋白质靶标部分”或PTM用于描述这样的小分子,其与靶蛋白或者其他所关注蛋白质或多肽结合,并且将该蛋白质或多肽置于/呈递于泛素连接酶附近,使得可发生通过泛素连接酶的蛋白质或多肽的降解。小分子靶蛋白结合部分的非限制性实例包括卤代烷烃卤化酶抑制剂、Hsp90抑制剂、α-突触核蛋白抑制剂或配体、激酶抑制剂、MDM2抑制剂、靶向人BET含溴结构域蛋白的化合物、HDAC抑制剂、人赖氨酸甲基转移酶抑制剂、血管生成抑制剂、免疫抑制化合物和靶向芳烃受体(AHR)的化合物等等。下文所述的组合物举例说明了小分子靶蛋白的一些成员。

本文描述的组合物例证了这些类型的小分子靶蛋白结合部分的一些成员。此类小分子靶蛋白结合部分还包括这些组合物的药学上可接受的盐、对映体、溶剂化物和多晶型物,以及可靶向所关注蛋白质的其他小分子。下文引用的参考文献以引用的方式整体并入本文。

在本文所述的任何方面或实施方案中,PTM由式I

其中:

A、B、C、D和E独立地是任选被取代的5-或6-元芳基或杂芳基环(例如,5-或6-元芳基或杂芳基,每个任选被1、2、3或4个选自H、烷基、O、N、卤素、卤代烷基、烷氧基、羟基、羰基、氨基、烷基氨基、二烷基氨基、氰基、硝基、-SO

M

每个R

---表示化学接头部分或ULM(如VLM或CLM)的附接。

在本文描述的任何方面或实施方案中,根据式I

本发明的优选化合物可以通过本领域技术人员已知的典型的过渡金属介导的芳基-芳基或芳基-链烯基偶联方法合成,并在以下方案中举例说明。

存在将杂环环系(例如AB至C)连接在一起的其它方式,并且下文提供了本公开内容的化合物的具体实例。

连接杂环环系之前和之后的官能团的详细说明取决于具体的化合物,并且在下面对于本发明的化合物进行举例说明。

稠合杂环环系(即AB、ABC)可商购获得或使用本领域技术人员已知的方法由各个杂芳基合成,并且也在本公开的示例性化合物的合成中举例说明。

在本文所述的任何方面或实施方案中,式I

在本文所述的任何方面或实施方案中,式IA

在本文所述的任何方面或实施方案中,式I

在本文描述的任何方面或实施方案中,式II

在本文所述的任何方面或实施方案中,式II

在本文所述的任何方面或实施方案中,式IIC

在本文描述的任何方面或实施方案中,式III

在本文所述的任何方面或实施方案中,式IIIA

在本文所述的任何方面或实施方案中,式IIIA

在本文所述的任何方面或实施方案中,式IIIA

在本文所述的任何方面或实施方案中,式IIIC

在本文所述的任何方面或实施方案中,式IIIC

在本文所述的任何方面或实施方案中,式IIIC

在本文描述的任何方面或实施方案中,式IV

在本文所述的任何方面或实施方案中,式IV

在本文所述的任何方面或实施方案中,式IV

在本文所述的任何方面或实施方案中,式IV

在本文所述的任何方面或实施方案中,式V

在本文所述的任何方面或实施方案中,式V

在本文所述的任何方面或实施方案中,式VA

在本文所述的任何方面或实施方案中,式VA

在本文所述的任何方面或实施方案中,式V

在本文描述的任何方面或实施方案中,式VI

在本文描述的任何方面或实施方案中,式VI

在本文描述的任何方面或实施方案中,式VI

在本文所述的任何方面或实施方案中,式VII

在本文所述的任何方面或实施方案中,式VII

在本文所述的任何方面或实施方案中,式VII

在本文所述的任何方面或实施方案中,式VII

在本文所述的任何方面或实施方案中,式VII

在本文描述的任何方面或实施方案中,式VII

在本文描述的任何方面或实施方案中,式VIII

在本文所述的任何方面或实施方案中,式IX

在本文所述的任何方面或实施方案中,式IX

在本文所述的任何方面或实施方案中,式IX

在本文描述的任何方面或实施方案中,式IX

在本文所述的任何方面或实施方案中,PTM选自被任选取代的:

在本文描述的任何方面或实施方案中,PTM选自:

在本文描述的任何方面或实施方案中,PTM选自:

药物组合物表示本公开的另外方面,所述药物组合物包含与药学有效量的载体、添加剂或赋形剂组合的、有效量的如本文所述的至少一种双官能化合物和本文其他地方所述的一种或多种化合物的组合。

适用时,本公开包括包含药学上可接受的盐,特别是如本文所述的化合物的酸或碱加成盐的组合物。用于制备可根据此方面使用的上述基础化合物的药学上可接受的酸加成盐的酸是形成无毒酸加成盐的那些酸,即含有药学上可接受的阴离子的盐,例如盐酸盐、氢溴酸盐、氢碘酸盐、硝酸盐、硫酸盐、硫酸氢盐、磷酸盐、酸式磷酸盐、乙酸盐、乳酸盐、柠檬酸盐、酸式柠檬酸盐、酒石酸盐、酒石酸氢盐、琥珀酸盐、马来酸盐、富马酸盐、葡糖酸盐、蔗糖酸盐、苯甲酸盐、甲磺酸盐、乙磺酸盐、苯磺酸盐、对甲苯磺酸盐和双羟萘酸盐[即1,1′-亚甲基-双-(2-羟基-3萘甲酸)]盐等等。

药学上可接受的碱加成盐也可以用于制备根据本公开的化合物或衍生物的药学上可接受的盐形式。在性质中为酸性的、可以用作制备本文化合物的药学可接受的碱性盐的试剂的化学碱是与此类化合物形成无毒碱性盐的那些化学碱。此类无毒碱性盐包括但不限于源自此类药学上可接受的阳离子的那些,所述阳离子例如碱金属阳离子(例如钾和钠)和碱土金属阳离子(例如钙、锌和镁)、铵或水溶性胺加成盐如N-甲基葡糖胺-(葡甲胺),以及低级烷醇铵和药学上可接受的有机胺的其他碱性盐等等。

如本文所述的化合物可根据本公开通过经口、肠胃外或局部途径以单一剂量或分份剂量施用。活性化合物的施用范围可以从连续(静脉内滴注)到每天几次经口施用(例如,Q.I.D.),并且可以包括经口、局部、肠胃外、肌内、静脉内、皮下、透皮(其可以包括渗透增强剂)、经颊、舌下和栓剂施用,以及其他施用途径。肠溶衣经口片剂也可以用于增强来自经口施用途径的化合物的生物利用度。最有效的剂型取决于所选择的特定药剂的药代动力学以及患者中的疾病的严重程度。也可以使用作为用于鼻内、气管内或肺部施用的喷雾剂、薄雾或气溶胶的根据本公开的化合物施用。因此,本公开还涉及药物组合物,其包含有效量的如本文所述的化合物,任选地与药学上可接受的载体、添加剂或赋形剂组合。根据本公开的化合物可以立即释放、中间释放或持续或控制释放形式施用。持续或控制释放形式优选经口施用,也可以栓剂和透皮或其他局部形式施用。以脂质体形式的肌内注射也可以用于控制或维持化合物在注射部位处的释放。

如本文所述的组合物可使用一种或多种药学上可接受的载体以常规方式配制,并且还可以在控制释放制剂中施用。可以用于这些药物组合物中的药学可接受的载体包括但不限于离子交换剂、氧化铝、硬脂酸铝、卵磷脂、血清蛋白例如人血清白蛋白、缓冲物质例如磷酸盐、甘氨酸、山梨酸、山梨酸钾、饱和植物脂肪酸的偏甘油酯混合物、水、盐或电解质例如硫酸醇溶蛋白、磷酸氢二钠、磷酸氢钾、氯化钠、锌盐、胶体二氧化硅、三硅酸镁、聚乙烯吡咯烷酮、纤维素基物质、聚乙二醇、羧甲基纤维素钠、聚丙烯酸酯、蜡、聚乙烯-聚氧丙烯嵌段聚合物、聚乙二醇和羊毛脂。

如本文所述的组合物可以经口、肠胃外、吸入喷雾、局部、直肠、鼻腔、口腔、阴道或经由植入的储库施用。如本文所用的术语“肠胃外”包括皮下、静脉内、肌内、关节内、滑膜内、胸骨内、鞘内、肝内、病灶内和颅内注射或输注技术。优选地,组合物经口、腹膜内或静脉内施用。

如本文所述的组合物的无菌可注射形式可以是水性或油性悬浮液。可以根据本领域已知的技术,使用合适的分散剂或润湿剂和悬浮剂配制这些悬浮液。无菌可注射制剂还可以是在无毒的肠胃外可接受的稀释剂或溶剂中的无菌可注射溶液或悬浮液,例如作为在1,3-丁二醇中的溶液。在可以采用的可接受的媒介物和溶剂有水、林格氏溶液和等渗氯化钠溶液。另外,无菌的不挥发性油照常规用作溶剂或悬浮介质。为此目的,可以采用任何温和的不挥发性油,包括合成的甘油单酯或甘油二酯。脂肪酸,例如油酸及其甘油酯衍生物可用于制备注射剂,如天然的药学可接受的油,例如橄榄油或蓖麻油一样,尤其以其聚氧乙基化形式。这些油溶液或悬浮液也可以含有长链醇稀释剂或分散剂,例如Ph.Helv或类似的醇。

如本文所述的药物组合物可以以任何经口可接受的剂型经口施用,包括但不限于胶囊、片剂、水性悬浮液或溶液。在用于经口使用的片剂的情况下,常用的载体包括乳糖和玉米淀粉。通常还添加润滑剂,如硬脂酸镁。对于以胶囊形式的经口施用,有用的稀释剂包括乳糖和干玉米淀粉。当需要水性悬浮液用于经口使用时,将活性成分与乳化剂和悬浮剂混合。需要时,还可以加入某些甜味剂、调味剂或着色剂。

可替代地,如本文所述的药物组合物可以以栓剂的形式施用,用于直肠施用。这些可以通过将试剂与合适的非刺激性赋形剂混合来制备,所述赋形剂在室温下为固体但在直肠温度下为液体,并且因此将在直肠中融化以释放药物。此类材料包括可可脂、蜂蜡和聚乙二醇。

如本文所述的药物组合物也可以局部施用。对于这些区域或器官中的每一个,容易制备合适的局部制剂。对于下肠道的局部施用可以以直肠栓剂制剂(参见上文)或以合适的灌肠剂制剂实现。也可以使用局部可接受的透皮贴剂。

对于局部应用,药物组合物可以配制成合适的软膏,所述软膏含有悬浮或溶解于一种或多种载体中的活性组分。用于局部施用本公开的化合物的载体包括但不限于矿物油、液体凡士林、白凡士林、丙二醇、聚氧乙烯、聚氧丙烯化合物、乳化蜡和水。在本公开的某些优选方面,可以将化合物涂布到支架上,所述支架将要手术植入患者体内,以便抑制或减少支架在患者中发生阻塞的可能性。

可替代地,可以将药物组合物配制成合适的洗剂或乳膏,所述洗剂或乳膏含有悬浮或溶解于一种或多种药学可接受的载体中的活性组分。合适的载体包括但不限于矿物油、脱水山梨糖醇单硬脂酸酯、聚山梨醇酯60、十六烷基酯蜡、鲸蜡硬脂醇、2-辛基十二烷醇、苯甲醇和水。

对于眼部使用,药物组合物可以配制为在等渗、pH调节的无菌盐水中的微粉化悬浮液,或者优选地,配制为在等渗、pH调节的无菌盐水中的溶液,使用或不使用防腐剂如苯扎氯铵。可替代地,对于眼部使用,可以将药物组合物配制成软膏例如凡士林。

如本文所述的药物组合物还可通过鼻气溶胶或吸入施用。此类组合物根据药物制剂领域众所周知的技术制备,并且可以制备为在盐水中的溶液,采用苯甲醇或其他合适的防腐剂、增强生物利用度的吸收促进剂、碳氟化合物和/或其他常规增溶剂或分散剂。

可以与载体材料组合以制备单一剂型的如本文所述的药物组合物中化合物的量将根据所治疗的宿主和疾病、特定的施用模式而变。优选地,组合物应配制成包含约0.05毫克至约750毫克或更多、更优选地约1毫克至约600毫克、甚至更优选地约10毫克至约500毫克的活性成分,该活性成分单独存在或与至少一种根据本公开的其他化合物组合。

还应该理解,用于任何特定患者的具体剂量和治疗方案将取决于各种因素,包括所采用的特定化合物的活性、年龄、体重、一般健康、性别、饮食、施用时间、排泄率、药物组合、以及治疗医师的判断和待治疗的特定疾病或状况的严重程度。

需要使用根据本文所述方法的化合物的治疗的患者或受试者可以通过向患者(受试者)施用单独或与如本文其他地方鉴定的其他已知治疗剂组合的有效量的根据本公开的化合物来治疗,所述化合物包括其药学上可接受的盐、溶剂化物或多晶型物,任选地在药学上可接受的载体或稀释剂中。

这些化合物可通过任何适当的途径施用,例如经口、肠胃外、静脉内、皮内、皮下或局部,包括透皮、在液体中、乳膏、凝胶或固体形式或通过气溶胶形式。

活性化合物包括在药学可接受的载体或稀释剂中,其量足以向患者递送对于所需适应症的治疗有效量,而不在所治疗的患者中引起严重的毒性效应。用于所有本文提及状况的活性化合物的优选剂量在约10ng/kg至300mg/kg的范围内,优选地0.1至100mg/kg/天,更一般地0.5至约25mg/千克接受者/患者的体重/天。典型的局部剂量范围为在合适的载体中0.01-5重量%。

该化合物方便地以任何合适的单位剂型施用,包括但不限于每单位剂型含有小于1mg、1mg至3000mg,优选5至500mg的活性成分的单位剂型。约25-250mg的经口剂量通常是方便的。

优选施用活性成分以达到约0.00001-30mM,优选约0.1-30μM的活性化合物的峰值血浆浓度。这可以例如通过任选地在盐水或含水介质中的活性成分溶液或制剂的静脉内注射来实现,或作为活性成分的推注来施用。经口施用也适合于生成活性剂的有效血浆浓度。

药物组合物中活性化合物的浓度将取决于药物的吸收、分布、失活和排泄速率,以及本领域技术人员已知的其他因素。应注意,剂量值也将随着待缓解的状况的严重程度而变。还应理解,对于任何特定受试者,应该根据个体需要和施用或监督组合物施用的个人的专业判断,随着时间过去调整特定剂量方案,并且本文所述的浓度范围仅为示例性的,并且不预期限制请求保护的组合物的范围或实践。活性成分可以一次施用,或者可以分成许多较小的剂量,以不同的时间间隔施用。

经口组合物通常将包含惰性稀释剂或可食用载体。它们可以包封在明胶胶囊中或压制成片剂。为了经口治疗施用的目的,可以将活性化合物或其前药衍生物与赋形剂混合,并且以片剂、锭剂或胶囊的形式使用。可包含药学上相容的粘合剂和/或佐剂材料作为组合物的一部分。

片剂、丸剂、胶囊、锭剂等等可以含有下述成分或类似性质的化合物中的任一种:粘合剂如微晶纤维素、黄蓍胶或明胶;赋形剂如淀粉或乳糖,分散剂如海藻酸、Primogel或玉米淀粉;润滑剂如硬脂酸镁或Sterotes;助流剂如胶体二氧化硅;甜味剂如蔗糖或糖精;或调味剂如薄荷、水杨酸甲酯或橙子调味料。当剂量单位形式是胶囊时,除上述类型的材料之外,它还可以含有液体载体如脂肪油。另外,剂量单位形式可以含有修改剂量单位的物理形式的各种其他物质,例如糖包衣、虫胶或肠溶剂。

活性化合物或其药学可接受的盐可以作为酏剂、悬浮液、糖浆剂、晶片、口香糖等等的组分施用。除活性化合物之外,糖浆剂还可以含有蔗糖作为甜味剂与某些防腐剂、染料以及着色剂和调味料。

活性化合物或其药学上可接受的盐也可以与不损害所需作用的其他活性材料混合,或与补充所需作用的材料尤其例如抗神经变性剂混合。在本公开的某些优选方面,根据本公开的一种或多种化合物与另一种生物活性剂(例如抗神经变性剂)共同施用,如本文所述。

用于肠胃外、皮内、皮下或局部施用的溶液或悬浮液可包含下列组分:无菌稀释剂如注射用水、盐水溶液、不挥发性油、聚乙二醇、丙三醇、丙二醇或其他合成溶剂;抗菌剂如苯甲醇或对羟基苯甲酸甲酯;抗氧化剂如抗坏血酸或亚硫酸氢钠;螯合剂如乙二胺四乙酸;缓冲剂如乙酸盐、柠檬酸盐或磷酸盐和用于调节张力的试剂如氯化钠或葡萄糖。肠胃外制剂可以包封在由玻璃或塑料制成的安瓿、一次性注射器或多剂量小瓶中。

如果静脉内施用,则优选的载体是生理盐水或磷酸盐缓冲盐水(PBS)。

在一个实施方案中,活性化合物与载体一起制备,所述载体将保护化合物免于从体内快速消除,例如控制释放制剂,包括植入物和微囊化递送系统。可以使用可生物降解的、生物相容的聚合物,例如乙烯乙酸乙烯酯、聚酐、聚乙醇酸、胶原、聚原酸酯和聚乳酸。用于制备此类制剂的方法对于本领域技术人员是显而易见的。

脂质体悬浮液也可以是药学可接受的载体。这些可以根据本领域技术人员已知的方法制备,例如,如美国专利号4,522,811中所述(其以引用的方式整体并入本文)。例如,脂质体制剂可以通过将适当的脂质(例如硬脂酰磷脂酰乙醇胺、硬脂酰磷脂酰胆碱、花生四烯酰基磷脂酰胆碱和胆固醇)溶解于有机溶剂中来制备,然后蒸发所述有机溶剂,在容器的表面上留下干燥脂质的薄膜。然后将活性化合物的水溶液引入容器中。然后用手旋转容器,以从容器的侧面释放脂质材料且分散脂质聚集体,从而形成脂质体悬浮液。

在另一方面,本说明书提供了治疗组合物,其包含有效量的如本文所述化合物或其盐形式和药学上可接受的载体。治疗组合物调节患者或受试者(例如动物,例如人)中的蛋白质降解,并且可以用于治疗或改善通过降解的蛋白质调节的疾病状态或状况。

如本文使用的,术语“治疗(treat)”、“治疗(treating)”和“治疗(treatment)”等指对患者提供益处的任何动作,对于所述患者可以施用本文化合物,所述益处包括通过本文化合物与之结合的蛋白质调节的任何疾病状态或状况的治疗。以上阐述了可使用根据本公开的化合物治疗的疾病状态或状况,包括α-突触核蛋白病、神经性或神经变性疾病或病症。

本说明书提供了如本文所述的治疗组合物,用于实现所关注蛋白质的降解以治疗或改善疾病,例如α-突触核蛋白病或神经性或神经变性疾病或病症,例如帕金森病、阿尔茨海默病、痴呆(例如,路易小体痴呆)或多系统萎缩。在某些附加实施方案中,所述疾病是帕金森病、痴呆或多系统萎缩。因此,在另一方面,本说明书提供了泛素化/降解细胞中的靶蛋白的方法。在某些实施方案中,该方法包括施用如本文中所述的双官能化合物,该双官能化合物包含例如优选通过如本文另外所述的接头部分连接的ULM和PTM,其中ULM与PTM偶联且其中ULM识别泛素路径蛋白质(例如,泛素连接酶,如E3泛素连接酶,包括人小脑蛋白、VHL、1AP和/或MDM2)并且PTM识别靶蛋白,使得当靶蛋白邻近泛素连接酶定位时,将发生靶蛋白的降解,从而实现靶蛋白的降解/靶蛋白效应的抑制及蛋白质水平的控制。通过本公开提供的蛋白质水平的控制提供了疾病状态或状况的治疗,其通过降低细胞(例如,患者的细胞)中该蛋白质的水平而通过靶蛋白调节。在某些实施方案中,该方法包括施用有效量的如本文所述的化合物,任选地包含药学上可接受的赋形剂、载体、佐剂、另一种生物活性剂或它们的组合。

在另外的实施方案中,本说明书提供了用于治疗或改善受试者或患者(例如动物,例如人类)的疾病、病症或其症状的方法,该方法包括向有需要的受试者施用组合物,该组合物包含有效量(例如治疗有效量)的本文所述化合物或其盐形式,和药学上可接受的赋形剂、载体、助剂、另一种生物活性剂或它们的组合,其中所述组合物能够有效治疗或改善受试者的疾病或病症或其症状。

在另一方面,本说明书提供了使用根据本公开的化合物鉴别生物系统中的所关注蛋白质降解的影响的方法。

在另一个实施方案中,本公开涉及治疗需要治疗通过蛋白质调节的疾病状态或状况治疗的人类患者的方法,其中该蛋白质的降解在该患者中产生治疗效果,所述方法包括向有需要的患者施用有效量的根据本公开的化合物,任选地与另一种生物活性剂组合。疾病状态或状况可以是由微生物剂或其他外源性剂(例如病毒、细菌、真菌、原生动物或其他微生物)引起的疾病,或者可以是由蛋白质的过表达引起的疾病状态,其导致疾病状态和/或状况。

术语“疾病状态或状况”用于描述任何疾病状态或状况,其中发生蛋白质失调(即,患者中表达的蛋白质的量升高),并且其中患者中一种或多种蛋白质的降解可以为对此有需要的患者提供有益疗法或症状的缓解。在某些情况下,疾病状态或状况可以被治愈。

可使用根据本公开的化合物治疗的疾病状态或状况包括例如哮喘、自体免疫疾病如多发性硬化症、各种癌症、纤毛病、腭裂、糖尿病、心脏病、高血压、发炎性肠病、智力迟钝、情绪障碍、肥胖症、屈光不正、不育症、天使综合征、卡纳万病、乳糜泻、夏-马-图三氏病(Charcot-Marie-Tooth disease)、囊肿性纤维化、杜氏肌营养不良、血色病、血友病、克氏综合征、神经纤维瘤病、苯丙酮尿症、多囊性肾病(PKD1)或4(PKD2)、普拉德-威利(Prader-Willi)综合征、镰状细胞病、泰-萨二氏(Tay-Sachs)病、特纳(Turner)综合征。

适用时,术语“药学上可接受的盐”在本说明书中通篇用于描述本文所述的一种或多种化合物的盐形式,其用于增加化合物在患者的胃肠道的胃液中的溶解度,以便促进化合物的溶出度和生物利用度。适用时,药学上可接受的盐包括源自药学上可接受的无机或有机碱和酸的盐。合适的盐包括源自碱金属如钾和钠的盐,碱土金属如钙、镁和铵盐,以及制药领域中众所周知的众多其他酸和碱。钠盐和钾盐作为根据本公开的磷酸盐的中和盐是特别优选的。

术语“药学上可接受的衍生物”在本说明书中通篇用于描述任何药学上可接受的前药形式(例如酯、酰胺、其他前药基团),在施用于患者时,其直接或间接提供本发明化合物或本发明化合物的活性代谢产物。

如本文所述的双官能分子的合成实现和优化可以逐步或模块化的方式进行。例如,如果不能立即获得合适的配体,则鉴定与靶分子结合的化合物可涉及高通量或中通量的筛查活动。初始配体需要迭代设计和优化循环来改善次优方面并不罕见,如通过合适的体外和药理学和/或ADMET测定所确定的那样。优化/SAR活动的一部分将是探测配体的耐受取代的位置,并且可能是附接本文先前提到的化学接头的合适位置。在可获得晶体学或NMR结构数据的情况下,这些可用于集中这样的合成任务。

以非常类似的方式,可以鉴定和优化E3连接酶的配体,即ULM/ILM/VLM/CLM/ILM。

利用PTM和ULM(例如ILM、VLM、CLM和/或ILM),本领域技术人员可以使用已知的合成方法将它们在有或没有接头部分的情况下进行组合。接头部分可以合成为具有一系列组成、长度和柔韧性,并且被官能化,使得PTM和ULM基团可以顺序地附接到接头的远端。因此,可以在体外和体内药理学和ADMET/PK研究中实现和分析双官能分子文库。与PTM和ULM基团一样,最终的双官能分子可以进行迭代设计和优化循环,以鉴定具有期望特性的分子。

在一些情况下,为了促进所需材料的制备,可能需要保护基团策略和/或官能团相互转化(FGI)。此类化学工艺是有机合成化学工作者众所周知的并且其中许多可以发现于教材中,例如“有机合成中的格林保护基(Greene′s Protective Groups in OrganicSynthesis)”Peter G.M.Wuts和Theodora W.Greene(Wiley),和“有机合成:拆接途径(Organic Synthesis:The Disconnection Approach)”Stuart Warren和Paul Wyatt(Wiley)。

本说明书还提供了通过细胞控制蛋白质水平的方法。这基于使用如本文所述的化合物,已知所述化合物与特定靶蛋白相互作用,使得体内靶蛋白的降解将导致控制生物系统中蛋白质的量,优选地实现特定目标蛋白质治疗有益效果。

以下实施方案用于帮助描述本公开,但不应视为以任何方式限制本公开。

本公开涵盖以下具体实施方案。如所指出的那些,以下这些实施方案可包括前述实施方案中所述的所有特征。当适用时,下述实施方案还可以包括在任何前述实施方案中包含或交替叙述的特征(例如,第八实施方案可以包括如所述的第一实施方案中所述的特征,和/或第二实施方案到第七实施方案中任一的特征)。

在某些实施方案中,说明书提供表1和表2的以下示例性化合物1-135,包括其盐、前药、多晶型物、类似物、衍生物和氘代形式:

本公开的示例性化合物的示例性合成

在0℃向2-(2-苄氧基乙氧基)乙醇(30g,152.87mmol,1.00当量)的N,N-二甲基甲酰胺(250mL)溶液中加入氢化钠(9.17g,229.31mmol,60%矿物油,1.50当量)。将混合物在20℃搅拌1h。然后将混合物冷却回0℃,加入2-溴乙酸叔丁酯(44.73g,229.31mmol,33.89mL,1.50当量)。将反应混合物在20℃搅拌2h。用饱和氯化铵(600mL)淬灭反应,并用乙酸乙酯(300mL×3)萃取所得混合物。将合并的有机相用盐水(300mL×2)洗涤,经硫酸钠干燥,过滤并真空浓缩。将残余物通过硅胶色谱(石油醚∶乙酸乙酯=30∶1至5∶1)纯化,得到2-[2-(2-苄氧基乙氧基)乙氧基]乙酸叔丁酯(11g,35.44mmol,23%收率),为无色油状物。

在氮气下,向2-[2-(2-苄氧基乙氧基)乙氧基]乙酸叔丁酯(11g,35.44mmol,1.00当量)的甲醇(150mL)溶液中加入10%Pd/C(800mg)。将悬浮液真空脱气并用氢气吹扫数次。将反应混合物在20℃在氢气(50psi)下搅拌18h。过滤混合物,并将滤液真空浓缩,得到2-[2-(2-羟基乙氧基)乙氧基]乙酸叔丁酯(7.5g,96%收率),为无色油状物。

向2-[2-(2-羟基乙氧基)乙氧基]乙酸叔丁酯(1.00g,4.54mmol,1.00当量)、三乙胺(1.38g,13.62mmol,3.00当量)和二甲基氨基吡啶(166mg,1.36mmol,0.30当量)在二氯甲烷(10mL)中的混合物中加入对甲苯磺酰氯(1.73g,9.08mmol,2.00当量)。将混合物在14℃搅拌1h。通过加入水(200mL)淬灭反应混合物,然后用乙酸乙酯(30mL)稀释,并用乙酸乙酯(40mL×3)萃取。将合并的有机层用盐水(30mL)洗涤,经无水硫酸钠干燥,过滤并减压浓缩。将残余物通过硅胶柱色谱(石油醚/乙酸乙酯=15/1至10/1)纯化。获得2-[2-[2-(对甲苯磺酰氧基)乙氧基]乙氧基]乙酸叔丁酯(800mg,2.14mmol,47%收率),为无色油状物。

向2-[4-(甲基氨基)苯基]-1,3-苯并噻唑-6-醇(100mg,0.39mmol,1.00当量)和2-[2-[2-(对甲苯磺酰氧基)乙氧基]乙氧基]乙酸叔丁酯(146mg,0.39mmol,1.00当量)在二甲基甲酰胺(5mL)中的混合物中加入碳酸铯(381mg,1.17mmol,3.00当量)。将混合物在85℃搅拌1h。通过加入水(50mL)淬灭反应混合物,然后用乙酸乙酯(10mL)稀释,并用乙酸乙酯(20mL×3)萃取。将合并的有机层用盐水(20mL×3)洗涤,经无水硫酸钠干燥,过滤并减压浓缩,得到残余物,将其通过制备型TLC(石油醚∶乙酸乙酯=1∶1)纯化。获得2-[2-[2-[[2-[4-(甲基氨基)苯基]-1,3-苯并噻唑-6-基]氧基]乙氧基]乙氧基]乙酸叔丁酯(100mg,0.22mmol,56%收率),为黄色油状物。

向2-[2-[2-[[2-[4-(甲基氨基)苯基]-1,3-苯并噻唑-6-基]氧基]乙氧基]乙氧基]乙酸叔丁酯(100mg,0.22mmol,1.00当量)在二氯甲烷(2mL)中的混合物中加入三氟乙酸(249mg,2.18mmol,10.00当量)。将混合物在12℃搅拌12h。将反应溶液减压浓缩。将残余物用于下一步骤,无需进一步纯化。获得2-[2-[2-[[2-[4-(甲氨基)苯基]-1,3-苯并噻唑-6-基]氧基]乙氧基]乙氧基]乙酸(100mg,粗产物),为黄色油状物。

将(2S,4R)-1-[(2S)-2-氨基-3,3-二甲基丁酰基]-4-羟基-N-[(1S)-1-[4-(4-甲基噻唑-5-基)苯基]乙基]吡咯烷-2-甲酰胺盐酸盐(72mg,0.15mmol,1.00当量)、羟基苯并三唑(20mg,0.15mmol,1.00当量)、碳二亚胺盐酸盐(34mg,0.18mmol,1.20当量)和二异丙基乙胺(58mg,0.45mmol,3.00当量)在二甲基甲酰胺(5mL)中的混合物在12℃搅拌30min。向反应物中加入2-[2-[2-[[2-[4-(甲氨基)苯基]-1,3-苯并噻唑-6-基]氧基]乙氧基]乙氧基]乙酸(60mg,0.15mmol,1.00当量)。将混合物在30℃搅拌12h。通过加入水(100mL)淬灭反应混合物,然后用乙酸乙酯(20mL)稀释,并用乙酸乙酯(40mL×3)萃取。将合并的有机层用饱和盐水(20mL×3)洗涤,经无水硫酸钠干燥,过滤并减压浓缩。将残余物通过制备型HPLC(柱:Boston Green ODS 150*30 5u;流动相:[水(0.225%FA)-ACN];B%:45%-75%,10min)纯化。获得(2S,4R)-1-[(2S)-3,3-二甲基-2-[[2-[2-[2-[[2-[4-(甲氨基)苯基]-1,3-苯并噻唑-6-基]氧基]乙氧基]乙氧基]乙酰基]氨基]丁酰基]-4-羟基-N-[(1S)-1-[4-(4-甲基噻唑-5-基)苯基]乙基]吡咯烷-2-甲酰胺(32mg,0.04mmol,收率25%),为黄色固体。

在0℃向氢化钠(2.26g,56.4mmol,60%矿物油,1.10当量)的四氢呋喃(300mL)的混合物中加入2-[2-(2-羟基乙氧基)乙氧基]乙醇(38.5g,256mmol,34.38mL,5.00当量)的四氢呋喃(100mL)溶液。然后将混合物在20℃搅拌1h。在0℃向混合物中加入2-溴乙酸叔丁酯(10g,51.3mmol,7.58mL,1.00当量)的四氢呋喃(100mL)溶液。将混合物在20℃搅拌2h。用饱和氯化铵溶液(100mL)和水(50mL)淬灭反应混合物。分离有机层,将水层用二氯甲烷(100mL×3)萃取。将有机层合并并经硫酸钠干燥。将粗物质通过柱色谱(二氯甲烷∶甲醇=200∶1-60∶1)纯化。获得2-[2-[2-(2-羟基乙氧基)乙氧基]乙氧基]乙酸叔丁酯(10g,37.8mmol,37%收率),为黄色油状物。

使用与以上针对示例性化合物1所述的那些类似的程序,将2-[2-[2-(2-羟基乙氧基)乙氧基]乙氧基]乙酸叔丁酯转化成标题化合物,(2S,4R)-1-((S)-2-(叔丁基)-14-((2-(4-(甲基氨基)苯基)苯并[d]噻唑-6-基)氧基)-4-氧代-6,9,12-三氧杂-3-氮杂十四酰基)-4-羟基-N-((S)-1-(4-(4-甲基噻唑-5-基)苯基)乙基)吡咯烷-2-甲酰胺。

使用上述方法制备以下实施例:示例性化合物3、示例性化合物4和示例性化合物5。

向吲哚啉-2-酮(13g,99.89mmol,1.00当量)和3-(4-硝基苯基)丙烯醛(17g,99.89mmol,1.00当量)的乙酸(300mL)溶液中加入盐酸(浓度6mL)。将反应混合物加热至100℃并在100℃搅拌3h。将混合物倒入1000mL水中。过滤形成的固体并真空干燥。获得3-(3-(4-硝基苯基)亚烯丙基)吲哚啉-2-酮(20g,34.21mmol,68%收率),为红色固体。

向3-(3-(4-硝基苯基)亚烯丙基)吲哚啉-2-酮(20g,68mmol,1.00当量)的N,N-二甲基甲酰胺(500mL)溶液中加入碳酸钾(19g,137mmol,2.00当量)和1-(氯甲基)-4-甲氧基-苯(16g,102mmol,14mL,1.50当量)。将混合物在40℃搅拌3h。将混合物倒入盐水(1500mL)中,并用乙酸乙酯(500mL×2)萃取。将合并的有机层用盐水(500mL×4)洗涤,经无水硫酸钠干燥,过滤并真空浓缩。将残余物用石油醚∶乙酸乙酯(v/v=3∶1,200mL)研磨。获得1-(4-甲氧基苄基)-3-(3-(4-硝基苯基)亚烯丙基)吲哚啉-2-酮(20g,48mmol,71%收率),为红色固体。

在-60℃向3-1-[(4-甲氧基苯基)甲基]-3-[3-(4-硝基苯基)丙-2-亚烯基]吲哚啉-2-酮(1.24g,3.01mmol,1.00当量)的二氯甲烷(40mL)溶液中加入三溴化硼(3g,12.03mmol,4.00当量)。当加入完成时,将混合物在-60℃至0℃搅拌2h。将混合物倒入500mL饱和碳酸氢钠溶液中,并在0℃搅拌15min。过滤形成的固体并真空干燥。将残余物用乙酸乙酯∶石油醚(v/v=3∶1,50mL)研磨。获得3-1-[(4-羟基苯基)甲基]-3-[3-(4-硝基苯基)丙-2-亚烯基]吲哚啉-2-酮(820mg,2.06mmol,68%收率),为红色固体。

向3-1-[(4-羟基苯基)甲基]-3-[3-(4-硝基苯基)丙-2-亚烯基]吲哚啉-2-酮(200mg,0.5mmol,1.00当量)和2-[2-[2-(对甲苯磺酰氧基)乙氧基]乙氧基]乙酸叔丁酯(188mg,0.5mmol,1.00当量)的二甲基甲酰胺(5mL)溶液中加入碳酸铯(490mg,1.51mmol,3.00当量)。将反应混合物在85℃搅拌1h。将反应混合物用乙酸乙酯(50mL)稀释,用盐水洗涤(30mL×3),经无水硫酸钠干燥,过滤并减压浓缩。将残余物通过硅胶柱色谱(石油醚∶乙酸乙酯=80∶1至20∶1)纯化,以洗脱的顺序产生两种单独的构型异构体:异构体1(50mg,0.08mmol,33%收率),为红色固体,暂时指定为2-(2-(2-(4-(((Z)-3-((E)-3-(4-硝基苯基)亚烯丙基)-2-氧代吲哚啉-1-基)甲基)苯氧基)乙氧基)乙氧基)乙酸叔丁酯(50mg,0.08mmol,33%收率),和异构体2(120mg,0.2mmol,79%收率),为红色固体,暂时指定为2-(2-(2-(4-(((E)-3-((E)-3-(4-硝基苯基)亚烯丙基)-2-氧代吲哚啉-1-基)甲基)苯氧基)乙氧基)乙氧基)乙酸叔丁酯。

向暂时指定为2-(2-(2-(4-(((Z)-3-((E)-3-(4-硝基苯基)亚烯丙基)-2-氧代吲哚啉-1-基)甲基)苯氧基)乙氧基)乙氧基)乙酸叔丁酯(50mg,0.08mmol,1.00当量)的异构体1的二氯甲烷(2mL)溶液中加入三氟乙酸(2mL)。将反应混合物在25℃搅拌12h。减压浓缩反应混合物。获得暂时指定的构型异构体2-(2-(2-(4-(((Z)-3-((E)-3-(4-硝基苯基)亚烯丙基)-2-氧代吲哚啉-1-基)甲基)苯氧基)乙氧基)乙氧基)乙酸(50mg,粗产物),为红色固体。

向2-(2-(2-(4-(((Z)-3-((E)-3-(4-硝基苯基)亚烯丙基)-2-氧代吲哚啉-1-基)甲基)苯氧基)乙氧基)乙氧基)乙酸(50mg,0.09mmol,1.00当量)、1-羟基苯并三唑(12mg,0.09mmol,1.00当量)、1-乙基-3-[3-(二甲基氨基)丙基]碳二亚胺盐酸盐(21mg,0.11mmol,1.20)的二甲基甲酰胺(5mL)溶液中加入(2S,4R)-1-[(2S)-2-氨基-3,3-二甲基丁酰基]-4-羟基-N-[(1S)-1-[4-(4-甲基噻唑-5-基)苯基]乙基]吡咯烷-2-甲酰胺(44mg,0.09mmol,1.00当量,盐酸)和二异丙基乙胺(71mg,0.55mmol,6.00当量)。将反应混合物在25℃搅拌12h。将反应混合物用水(50mL)稀释,并用乙酸乙酯(30mL x 3)萃取。将合并的有机层用盐水(50mL x 3)洗涤,经无水硫酸钠干燥,过滤并减压浓缩。将残余物通过半制备型反相HPLC(柱:Boston Green ODS 150*30 5um;流动相:[水(0.225%甲酸)-乙腈];B%:62%-89%,10min)纯化。获得暂时指定的构型异构体示例性化合物6(2S,4R)-1-((S)-3,3-二甲基-2-(2-(2-(2-(4-(((Z)-3-((E)-3-(4-硝基苯基)亚烯丙基)-2-氧代吲哚啉-1-基)甲基)苯氧基)乙氧基)乙氧基)乙酰胺基)丁酰基)-4-羟基-N-((S)-1-(4-(4-甲基噻唑-5-基)苯基)乙基)吡咯烷-2-甲酰胺(11.3mg,0.01mmol,5%收率,74%纯度),为红色固体。

向暂时指定的异构体2,即2-(2-(2-(4(((E)-3-((E)-3-(4-硝基苯基)亚烯丙基)-2-氧代吲哚啉-1-基)甲基)苯氧基)乙氧基)乙氧基)乙氧基)乙酸叔丁酯(120mg,0.2mmol,1.00当量)的二氯甲烷(2mL)溶液中加入三氟乙酸(2mL)。将反应混合物在25℃搅拌12h。减压浓缩反应混合物。获得暂时指定的构型异构体2-(2-(2-(4-(((E)-3-((E)-3-(4-硝基苯基)亚烯丙基)-2-氧代吲哚啉-1-基)甲基)苯氧基)乙氧基)乙氧基)乙酸(120mg,粗产物),为红色固体。

向2-(2-(2-(4-(((E)-3-((E)-3-(4-硝基苯基)亚烯丙基)-2-氧代吲哚啉-1-基)甲基)苯氧基)乙氧基)乙氧基)乙酸(100mg,0.2mmol,1.00当量)、1-羟基苯并三唑(27mg,0.2mmol,1.00当量)、1-乙基-3-[3-(二甲基氨基)丙基]碳二亚胺盐酸盐(42mg,0.22mmol,1.10当量)的二甲基甲酰胺(5mL)溶液中加入(2S,4R)-1-[(2S)-2-氨基-3,3-二甲基丁酰基]-4-羟基-N-[(1S)-1-[4-(4-甲基噻唑-5-基)苯基]乙基]吡咯烷-2-甲酰胺(120mg,0.2mmol,1.00当量,盐酸盐)和二异丙基乙胺(142mg,0.11mmol,5.5当量)。将反应混合物在25℃搅拌12h。将反应混合物用水(50mL)稀释,并用乙酸乙酯(30mL x 3)萃取。将合并的有机层用盐水(50mL x 3)洗涤,经无水硫酸钠干燥,过滤并减压浓缩。将残余物通过半制备型反相HPLC(柱:Boston Green ODS 150*30 5um;流动相:[水(0.225%甲酸)-乙腈];B%:65%-92%,10min)纯化。获得暂时指定的构型异构体示例性化合物7(2S,4R)-1-((S)-3,3-二甲基-2-(2-(2-(2-(4-(((E)-3-((E)-3-(4-硝基苯基)亚烯丙基)-2-氧代吲哚啉-1-基)甲基)苯氧基)乙氧基)乙氧基)乙酰胺基)丁酰基)-4-羟基-N-((S)-1-(4-(4-甲基噻唑-5-基)苯基)乙基)吡咯烷-2-甲酰胺(16mg,0.08mmol,12%收率,96%纯度),为红色固体。

将6-甲氧基-1,3-苯并噻唑-2-胺(30.00g,166.5mmol,1.00当量)悬浮于100mL氢氧化钾水溶液(9.34g,166.5mmol,1.00当量)中,并将混合物在100℃搅拌12h。在水溶液中获得2-氨基-5-甲氧基-苯硫酚(25.80g,粗产物),将其用于下一步骤,无需进一步纯化。

将2-氨基-5-甲氧基-苯硫醇(24.0g,154.6mmol,1.00当量)滴加到1-氯-2,4-二硝基-苯(40.1g,197.9mmol,1.28当量)的乙醇(1200mL)和乙酸(3000mL)溶液中。将混合物在25℃搅拌3h。然后过滤反应混合物,并将固体用水/乙醇(v/v=1/1,200mL)洗涤,得到2-(2,4-二硝基苯基)硫烷基-4-甲氧基-苯胺(22.0g,粗产物),为棕色固体。

向2-(2,4-二硝基苯基)硫烷基-4-甲氧基-苯胺(22.0g,68.5mmol,1.00当量)的乙酸酐(450mL)溶液中加入吡啶(86.2g,1.1mol,15.93当量)。然后将混合物在18℃搅拌1.5h。然后通过在0℃添加水(5000mL)淬灭反应混合物,然后用碳酸氢钠溶液将pH调节至7-8。用乙酸乙酯(500mL×3)萃取溶液。将合并的有机层用盐水(300mL×2)洗涤,经硫酸钠干燥,过滤并减压浓缩。将残余物用石油醚(500mL)和乙酸乙酯(20mL)洗涤。分离出N-[2-(2,4-二硝基苯基)硫烷基-4-甲氧基-苯基]乙酰胺(21.0g,57.8mmol,84%收率),为黄色固体。

在80℃向N-[2-(2,4-二硝基苯基)硫烷基-4-甲氧基-苯基]乙酰胺(21.0g,57.8mmol,1.00当量)的丙酮(1200mL)和乙醇(400mL)溶液中加入氢氧化钾(6.88g,122.5mmol,2.12当量),并将混合物在80℃搅拌2h。然后通过在0℃加入水(1500mL)淬灭反应混合物,并减压浓缩以除去丙酮。过滤残余物以获得滤饼。用乙酸乙酯/石油醚(v/v=1∶10,2000mL)洗涤滤饼,得到3-甲氧基-7-硝基-10H-吩噻嗪(19.0g,粗产物),为黑色固体。

在0℃向3-甲氧基-7-硝基-10H-吩噻嗪(8.10g,29.5mmol,1.00当量)的二甲基甲酰胺(250mL)溶液中加入叔丁醇钾(9.94g,88.6mmol,3.00当量)。将混合物在0℃搅拌30min。然后加入乙酰氯(23.18g,295.3mmol,10.00当量)。将反应混合物在40℃搅拌48h。将混合物倒入400mL饱和碳酸氢钠溶液中,然后用乙酸乙酯(300mL×2)萃取。将合并的有机层用盐水(400mL×4)洗涤,经无水碳酸钠干燥,过滤并真空浓缩。将残余物通过柱色谱(石油醚/乙酸乙酯=10/1至5/1)进一步纯化。获得1-(3-甲氧基-7-硝基-吩噻嗪-10-基)乙酮(3.60g,11.4mmol,38%收率),为红色固体,将其直接用于下一步骤,无需进一步纯化。

在-20℃向1-(3-甲氧基-7-硝基-吩噻嗪-10-基)乙酮(3.60g,11.4mmol,1.00当量)在二氯甲烷(50mL)中的混合物中加入三溴化硼(8.55g,34.1mmol,3.00当量)的二氯甲烷(50mL)溶液。将混合物在-20℃搅拌30min,然后在14℃搅拌2h。通过加入饱和碳酸氢钠溶液(200mL)淬灭反应混合物,用二氯甲烷(100mL)稀释,然后用二氯甲烷(200mL×3)萃取。将合并的有机相用盐水洗涤,过滤并减压浓缩。将残余物通过柱色谱(石油醚/乙酸乙酯=10/1至5/1)纯化。获得化合物1-(3-羟基-7-硝基-吩噻嗪-10-基)乙酮(2.30g,7.61mmol,67%收率),为棕色固体。

向1-(3-羟基-7-硝基-吩噻嗪-10-基)乙酮(150mg,0.50mmol,1.00当量)和2-[2-[2-(对甲苯磺酰氧基)乙氧基]乙氧基]乙酸叔丁酯(186mg,0.50mmol,1.00当量)在二甲基甲酰胺(5mL)中的混合物中加入碳酸铯(485mg,1.49mmol,3.00当量)。将混合物在85℃搅拌1h。通过加入水(100mL)淬灭混合物,用乙酸乙酯(20mL)稀释,并进一步用乙酸乙酯(30mL×3)萃取。将合并的有机相用盐水(20mL×3)洗涤,经无水硫酸钠干燥,过滤并减压浓缩。将残余物通过制备型薄层色谱(石油醚/乙酸乙酯=10/1)纯化。获得化合物2-[2-[2-[(7-硝基-10H-吩噻嗪-3-基)氧基]乙氧基]乙氧基]乙酸叔丁酯(220mg,粗产物),为棕色油状物。

向2-[2-[2-[(7-硝基-10H-吩噻嗪-3-基)氧基]乙氧基]乙氧基]乙酸叔丁酯(220mg,0.48mmol,1.00当量)在二氯甲烷(5mL)中的混合物中加入三氟乙酸(1.08g,9.51mmol,20.00当量)。将混合物在14℃搅拌12h。减压浓缩反应混合物。将残余物通过半制备型反相HPLC(柱:Boston Green ODS 150*305u;流动相:[水(0.225%甲酸)-乙腈];B%:38%-68%,10min)纯化。获得化合物2-[2-[2-[(7-硝基-10H-吩噻嗪-3-基)氧基]乙氧基]乙氧基]乙酸(40mg,0.10mmol,21%收率),为棕色固体。

向2-[2-[2-[(7-硝基-10H-吩噻嗪-3-基)氧基]乙氧基]乙氧基]乙酸(40mg,0.10mmol,1.00当量)和(2S,4R)-1-[(2S)-2-氨基-3,3-二甲基丁酰基]-4-羟基-N-[(1S)-1-[4-(4-甲基噻唑-5-基)苯基]乙基]吡咯烷-2-甲酰胺盐酸盐(47mg,0.10mmol,1.00当量)在二甲基甲酰胺(4mL)中的混合物中加入羟基苯并三唑(13mg,0.10mmol,1.00当量)、碳二亚胺盐酸盐(23mg,0.12mmol,1.20当量)和二异丙基乙胺(13mg,0.10mmol,1.00当量)。将混合物在40℃搅拌12h,然后加入水(100mL)淬灭,用乙酸乙酯(20mL)稀释,并进一步用乙酸乙酯(30mL×3)萃取。将合并的有机层用盐水(30mL x 3)洗涤,经无水硫酸钠干燥,过滤并减压浓缩。将残余物用半制备型反相HPLC(柱:Phenomenex Synergi C18 150*30mm*4um;流动相:[水(0.225%甲酸)-乙腈];B%:45%-75%,10.5min)纯化。获得化合物(2S,4R)-1-[(2S)-3,3-二甲基-2-[[2-[2-[2-[(7-硝基-10H-吩噻嗪-3-基)氧基]乙氧基]乙氧基]乙酰基]氨基]丁酰基]-4-羟基-N-[(1S)-1-[4-(4-甲基噻唑-5-基)苯基]乙基]吡咯烷-2-甲酰胺(15mg,0.02mmol,19%收率),为棕色固体。

按照上述针对示例性化合物8的方法制备示例性化合物9、10、11和13。

在25℃和氮气下,向2-[2-[2-(2-羟基乙氧基)乙氧基]乙氧基]乙氧基]乙醇(5g,25.7mmol,4.4mL,1当量)和4-甲基苯磺酰氯(1.23g,6.4mmol,0.25当量)在二氯甲烷(50mL)中的混合物中一次性加入三乙胺(1.30g,12.9mmol,1.8mL,0.5当量)。将混合物在25℃搅拌12h。将混合物用盐水(30mL×2)洗涤,经无水硫酸钠干燥,过滤并真空浓缩。将残余物通过硅胶色谱(石油醚/乙酸乙酯=1/1至0/1)纯化,得到4-甲基苯磺酸2-[2-[2-(2-羟基乙氧基)乙氧基]乙氧基]乙酯(1.98g,5.68mmol,22%收率),为无色油状物。

在氮气下,在15℃向4-羟基苯-1,2-二羧酸二甲酯(500mg,2.38mmol,1.00当量)和4-甲基苯磺酸2-[2-[2-(2-羟基乙氧基)乙氧基]乙氧基]乙酯(828mg,2.38mmol,1.00当量)在N,N-二甲基甲酰胺(10mL)中的混合物中一次性加入碳酸铯(1.55g,4.76mmol,2.00当量)。将混合物加热至90℃并搅拌2h。将混合物冷却至25℃,并且倒入冰水(w/w=1/1)(20mL)内且搅拌10min。用乙酸乙酯(30mL×3)萃取水相。将合并的有机相用盐水(30mL×3)洗涤,经无水硫酸钠干燥,过滤并真空浓缩。将残余物通过制备型HPLC(Waters Xbridge150*5010um;流动相:[水(0.05%氢氧化氨v/v)-ACN];B%:15%-45%,11.5min)纯化,得到4-[2-[2-[2-(2-羟基乙氧基)乙氧基]乙氧基]乙氧基]苯-1,2-二羧酸二甲酯(262mg,0.67mmol,29%收率),为黄色油状物。

在15℃和氮气下,向4-[2-[2-[2-(2-羟基乙氧基)乙氧基]乙氧基]乙氧基]苯-1,2-二羧酸二甲酯(261mg,0.67mmol,1.00当量)、对甲苯磺酰氯(193mg,1.01mmol,1.50当量)和三乙胺(205mg,2.03mmol,3.00当量)在二氯甲烷(6mL)中的混合物中一次性加入N,N--二甲基氨基吡啶(8.25mg,0.06mmol,0.1当量)。将混合物在15℃搅拌6h。将混合物冷却至25℃,并在45℃减压浓缩,将残余物通过硅胶色谱(石油醚/乙酸乙酯=1/1)纯化,得到4-[2-[2-[2-[2-(对甲苯磺酰氧基)乙氧基]乙氧基]乙氧基]乙氧基]苯-1,2-二羧酸二甲酯(216mg,0.39mmol,59%收率),为黄色油状物。

在15℃和氮气下,向4-[2-[2-[2-[2-(对甲苯磺酰氧基)乙氧基]乙氧基]乙氧基]乙氧基]苯-1,2-二羧酸二甲酯(115mg,0.21mmol,1.00当量)和1-(3-羟基-7-硝基-吩噻嗪-10-基)乙酮(64mg,0.21mmol,1.00当量)在N,N-二甲基甲酰胺(2mL)中的混合物中一次性加入碳酸铯(138mg,0.42mmol,2.00当量)。将混合物在85℃搅拌2h。将混合物冷却至25℃,并且倒入冰水(w/w=1/1)(30mL)内且搅拌15min。用乙酸乙酯(30mL×3)萃取水相。将合并的有机相用盐水(30mL×3)洗涤,经无水硫酸钠干燥,过滤并真空浓缩。将残余物通过制备型TLC(石油醚/乙酸乙酯=1/1)纯化,得到4-[2-[2-[2-[2-[(7-硝基-10H-吩噻嗪-3-基)氧基]乙氧基]乙氧基]乙氧基]乙氧基]苯-1,2-二羧酸二甲酯(43mg,0.06mmol,30%收率),为棕色固体。

在15℃和氮气下,向4-[2-[2-[2-[2-[(7-硝基-10H-吩噻嗪-3-基)氧基]乙氧基]乙氧基]乙氧基]乙氧基]乙氧基]苯-1,2-二羧酸二甲酯(43mg,0.06mmol,1.00当量)和3-氨基哌啶-2,6-二酮(22mg,0.13mmol,2.00当量,盐酸盐)在吡啶(5mL)中的混合物中一次性加入碘化锂(137mg,1.03mmol,15当量)。将该混合物在130℃搅拌10h。将混合物冷却到25℃并在45℃减压浓缩,将残余物通过制备型TLC(二氯甲烷∶甲醇=10/1)纯化,得到2-(2,6-二氧代-3-哌啶基)-5-[2-[2-[2-[2-[(7-硝基-10H-吩噻嗪-3-基)氧基]乙氧基]乙氧基]乙氧基]乙氧基]异吲哚啉-1,3-二酮(27mg,0.03mmol,57%收率),为红色固体。

按照上述针对示例性化合物13的方法制备示例性化合物14。

向4-甲基苯磺酸2-[2-[2-(2-羟基乙氧基)乙氧基]乙氧基]乙酯(6g,17.22mmol,1当量)中加入33重量%甲胺的EtOH溶液(16.21g,172.2mmol,10当量)。将混合物在80℃搅拌16h。将反应混合物真空浓缩,得到2-[2-[2-[2-(甲基氨基)乙氧基]乙氧基]乙氧基]乙醇(4.6g,粗产物),为淡黄色油状物。

在0℃向2-[2-[2-[2-(甲基氨基)乙氧基]乙氧基]乙氧基]乙醇(3.86g,18.6mmol,1当量)的二氯甲烷(30mL)溶液中加入二碳酸二叔丁酯(4.88g,22.4mmol,5.13mL,1.2当量),并将混合物在15℃搅拌16h。TLC显示一些起始材料剩余,因此加入三乙胺(3.77g,37.25mmol,5.18mL,2当量),并将混合物在15℃再搅拌12h。将反应混合物真空浓缩,残余物经硅胶柱色谱(石油醚/乙酸乙酯=5/1-1/3)纯化,得到N-[2-[2-[2-(2-羟基乙氧基)乙氧基]乙氧基]乙基]-N-甲基-氨基羧酸叔丁酯(5.74g,粗产物),为淡黄色油状物。

在15℃向N-[2-[2-[2-(2-羟基乙氧基)乙氧基]乙氧基]乙基]-N-甲基-氨基羧酸叔丁酯(1g,3.25mmol,1当量)的二氯甲烷(10mL)溶液中依次加入三乙胺(987mg,9.76mmol,1.36mL,3当量)和对甲苯磺酰氯(1.24g,6.51mmol,2当量),然后将混合物在此温度下搅拌16h。将反应混合物浓缩,得到残余物,将其通过硅胶柱色谱(石油醚/乙酸乙酯=20/1至1/1)纯化。获得4-甲基苯磺酸2-[2-[2-[2-[叔丁氧基羰基(甲基)氨基]乙氧基]乙氧基]乙氧基]乙基乙酯(1.09g,2.36mmol,72%收率),为淡黄色油状物。

向4-甲基苯磺酸2-[2-[2-[2-[叔丁氧基羰基(甲基)氨基]乙氧基]乙氧基]乙氧基]乙酯(351mg,0.76mmol,1.1当量)和2-(2,6-二氧代-3-哌啶基)-5-羟基-异吲哚啉-1,3-二酮(190mg,0.69mmol,1当量)的N,N-二甲基甲酰胺(5mL)溶液中加入碳酸钾(191mg,1.39mmol,2当量)。然后将反应混合物在50℃搅拌12h。将反应混合物用水(30mL)稀释,并用乙酸乙酯(20mL x 3)萃取。将合并的有机层用盐水(10mL)洗涤,经无水硫酸钠干燥,过滤并真空浓缩,得到残余物。将残余物用半制备型反相HPLC(柱:Phenomenex Synergi Max-RP250*50mm*10um;流动相:[水(0.225%FA)-ACN];B%:30ACN%-60ACN%,20min;50%min)纯化,得到N--[2-[2-[2-[2-[2-(2,6-二氧代-3-哌啶基)-1,3-二氧代-异吲哚啉-5-基]氧基乙氧基]乙氧基]乙氧基]乙基]-N-甲基-氨基羧酸叔丁酯(205mg,0.35mmol,50%收率),为无色油状物。

在0℃向10H-吩噻嗪(5g,25.09mmol,1当量)的N,N-二甲基甲酰胺(70mL)溶液中加入氢化钠(722mg,60%矿物油悬浮液,18.07mmol,0.72当量),并将混合物在氮气下搅拌0.5H。然后向混合物中加入1,3-二溴丙烷(25.33g,125.46mmol,12.79mL,5当量),将混合物加热至50℃并搅拌6h。将混合物冷却至25℃并倒入饱和氯化铵溶液(30mL)中,并搅拌15min。用乙酸乙酯(50mL x 3)萃取水相。将合并的有机相用盐水(50mL×3)洗涤,经无水硫酸钠干燥,过滤并真空浓缩。将残余物通过硅胶色谱(石油醚/乙酸乙酯=20/1,10/1)纯化,得到10-(3-溴丙基)吩噻嗪(1.6g,5.00mmol,19%收率),为黄色油状物。

向2-(2,6-二氧代-3-哌啶基)-5-[2-[2-[2-[2-(甲基氨基)乙氧基]乙氧基]乙氧基]乙氧基]异吲哚啉-1,3-二酮盐酸盐(150mg,0.30mmol,1当量)和10-(3-溴丙基)吩噻嗪(192mg,0.60mmol,2当量)的N,N-二甲基甲酰胺(2mL)溶液中加入碘化钾(5mg,0.03mmol,0.1当量)和N,N-二异丙基乙胺(116mg,0.9mmol,0.16mL,3当量)。将混合物在100℃搅拌8h。将反应混合物用水(10mL)稀释,然后用乙酸乙酯(10mL×3)萃取。然后将合并的有机层用盐水(10mL)洗涤,经无水硫酸钠干燥,过滤并真空浓缩,得到残余物。将残余物通过制备型TLC(二氯甲烷∶甲醇=10∶1)纯化,得到2-(2,6-二氧代-3-哌啶基)-5-[2-[2-[2-[2-[甲基(3-吩噻嗪-10-基丙基)氨基]乙氧基]乙氧基]乙氧基]乙氧基]异吲哚啉-1,3-二酮(38mg,0.05mmol,17%收率),为黄色固体。

按照针对示例性化合物16所述的方法制备示例性化合物15。

向250-mL圆底烧瓶中加入在二氯甲烷(150mL)中的4-(3-羟丙基)哌嗪-1-羧酸叔丁酯(10g,40.93mmol,1当量)和TEA(12.4g,122.78mmol,3当量),在室温下向其中分多批加入4-甲基苯-1-磺酰氯(11.8g,61.80mmol,1.51当量)。然后加入DMAP(0.5g,4.09mmol,0.1当量),将所得混合物搅拌过夜,然后真空浓缩。将残余物通过快速色谱纯化,用乙酸乙酯洗脱,得到4-[3-[(4-甲基苯磺酰基)氧基]丙基]哌嗪-1-羧酸叔丁酯(8.8g,49%),为棕色油状物。

向100mL圆底烧瓶中加入3-羟基氮杂环丁烷-1-羧酸苄酯(1.4g,6.76mmol,1.35当量)的DMF(20mL)溶液,在0℃向其中缓慢加入NaH(400mg,10.04mmol,2.00当量,60%),将所得混合物在0℃搅拌30min,然后在0℃向其中滴加4-[3-[(4-甲基苯磺酰基)氧基]丙基]哌嗪-1-羧酸叔丁酯(2g,5.02mmol,1当量)的DMF(10mL)溶液,将反应混合物在50℃搅拌12h,然后在0℃用水/冰(10mL)淬灭反应,并将混合物用乙酸乙酯(50×3mL)萃取。

将合并的有机层用盐水洗涤,经硫酸钠干燥并真空浓缩。将残余物通过快速色谱纯化,用乙酸乙酯/石油醚(1∶1)洗脱,得到4-[3-([1-[(苄氧基)羰基]氮杂环丁烷-3-基]氧基)丙基]哌嗪-1-羧酸叔丁酯(800mg,29%),为黄色油状物。

在氮气气氛下,向50mL圆底烧瓶中加入在MeOH(20mL)中的4-[3-([1-[(苄氧基)羰基]氮杂环丁烷-3-基]氧基)丙基]哌嗪-1-羧酸叔丁酯(500mg,1.15mmol,1当量)和Pd/C(10%,245.5mg,2.31mmol,2.00当量)。然后将烧瓶抽真空并用氢气冲洗。将反应混合物在氢气气氛下使用氢气球在室温下氢化5h。然后将反应混合物通过硅藻土垫过滤,并将滤液减压浓缩。获得4-[3-(氮杂环丁烷-3-基氧基)丙基]哌嗪-1-羧酸叔丁酯(200mg,46%),为黄色油状物。

向在氮气气氛下吹扫并保持的250-mL圆底烧瓶中,加入2-溴-6-甲氧基-1,3-苯并噻唑(7.3g,29.90mmol,1当量)、(4-溴苯基)硼酸(8.4g,0.04mmol,1.40当量)、K

向10-mL小瓶中加入4-(3-(氮杂环丁烷-3-基氧基)丙基)哌嗪-1-羧酸叔丁酯(200mg,0.70mmol,1当量)、2-(4-溴苯基)-6-甲氧基-1,3-苯并噻唑(222.8mg,0.70mmol,1.00当量)、Cs

向50mL圆底烧瓶中加入在二氯甲烷(10mL)中的4-[3-([1-[4-(6-甲氧基-1,3-苯并噻唑-2-基)苯基]氮杂环丁烷-3-基]氧基)丙基]哌嗪-1-羧酸叔丁酯(200mg,0.37mmol,1当量),在室温下向其中加入TFA(3mL)。将所得混合物在25℃搅拌2h,然后真空浓缩。由此获得6-甲氧基-2-(4-[3-[3-(哌嗪-1-基)丙氧基]氮杂环丁烷-1-基]苯基)-1,3-苯并噻唑三氟乙酸盐(粗产物,200mg),为黄色固体。

在氮气气氛下,向10mL小瓶中加入6-甲氧基-2-(4-[3-[3-(哌嗪-1-基)丙氧基]氮杂环丁烷-1-基]苯基)-1,3-苯并噻唑(100mg,0.23mmol,1当量)、2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-5-氟-2,3-二氢-1H-异吲哚-1,3-二酮(75.6mg,0.27mmol,1.20当量)、DIEA(0.3mL)的DMSO(3mL)溶液。在氮气气氛下,将所得混合物在130℃搅拌3h。将反应混合物用水(25mL)稀释,并用乙酸乙酯(50mL×4)萃取。将有机层合并,经硫酸钠干燥并浓缩。将粗产物通过制备型HPLC在以下条件下纯化:XBridge Prep OBD C18柱30*50mm 5um;流动相A:水(10mmol/LNH

在0℃向3-苄氧基环丁醇(7.5g,42.08mmol,1当量)和4-硝基苯甲酸(8.44g,50.50mmol,1.2当量)的四氢呋喃(70mL)溶液中加入三苯膦(13.24g,50.50mmol,1.2当量)和偶氮二羧酸二异丙酯(10.21g,50.50mmol,9.82mL,1.2当量)。将混合物在20℃搅拌8h。将反应混合物用水(100mL)稀释,并用乙酸乙酯(80mL×2)萃取。将合并的有机相用盐水(20mL)洗涤,经无水硫酸钠干燥,过滤并真空浓缩。将残余物通过硅胶柱色谱(石油醚/乙酸乙酯=30/1至6∶1)纯化。获得4-硝基苯甲酸(3-苄氧基环丁基)酯(7.7g,23.5mmol,55%收率),为淡黄色固体。

向4-硝基苯甲酸(3-苄氧基环丁基)酯(7.7g,23.52mmol,1当量)的甲醇(100mL)溶液中加入甲醇钠(12.71g,235mmol,10当量)。将混合物在20℃搅拌12h。将反应混合物浓缩以除去甲醇,然后用水(100mL)稀释,然后用乙酸乙酯(80mL×3)萃取。将合并的有机相用盐水(10mL)洗涤,经无水硫酸钠干燥,过滤并真空浓缩,得到残余物。将残余物通过硅胶柱色谱纯化(石油醚/乙酸乙酯=20/1至1∶1),得到3-苄氧基环丁醇(7.1g),为淡黄色油状物。

在15℃向3-苄氧基环丁醇(7.1g,39.84mmol,1当量)和吡啶-4-醇(5.68g,59.76mmol,1.5当量)的四氢呋喃(100mL)溶液中一次性加入三苯基膦(12.54g,47.80mmol,1.2当量)和偶氮二羧酸二异丙酯(9.67g,47.80mmol,9.29mL,1.2当量),并将混合物在50℃搅拌16h。减压浓缩反应混合物,以除去四氢呋喃。将水(50mL)倒入混合物内且搅拌1min。用乙酸乙酯(60mL×3)萃取水相。将合并的有机相用盐水(20mL×2)洗涤,经无水硫酸钠干燥,过滤并真空浓缩,得到残余物。将残余物通过快速硅胶色谱纯化,然后通过石油醚/乙酸乙酯=5/1研磨,得到粗产物,将其通过半制备型反相HPLC(柱:Phenomenex Synergi Max-RP250*80mm*10um;流动相:[水(0.225%FA)-ACN];B%:15%-45%,35min,40%min)纯化。获得4-(3-苄氧基环丁氧基)吡啶(4.63g,18.13mmol,45%收率),为淡黄色油状物。

向4-(3-苄氧基环丁氧基)吡啶(4.63g,18.13mmol,1当量)的甲苯(70mL)溶液中加入苄基溴(3.10g,18.13mmol,2.15mL,1当量)。将混合物在80℃搅拌12h。减压浓缩反应混合物,以除去甲苯。将粗产物用石油醚(80mL)研磨。获得1-苄基-4-(3-苄氧基环丁氧基)吡啶-1-鎓(6.3g,粗产物),为白色固体,无需纯化而使用。

在0℃向1-苄基-4-(3-苄氧基环丁氧基)吡啶-1-鎓(6.28g,18.13mmol,1当量)的乙醇(120mL)溶液中加入硼氢化钠(4.11g,108.8mmol,6当量)。将混合物在15℃搅拌4h。将反应混合物用水(50mL)淬灭,然后浓缩除去乙醇,然后用乙酸乙酯(50mL×3)萃取。将合并的有机相用饱和盐水(20mL)洗涤,经无水硫酸钠干燥,过滤并真空浓缩。将残余物通过硅胶柱色谱(石油醚/乙酸乙酯=20/1至1/1)纯化。获得1-苄基-4-(3-苄氧基环丁氧基)-3,6-二氢-2H-吡啶(4.33g,12.4mmol,68%收率),为淡黄色固体。

在氮气气氛下,向1-苄基-4-(3-苄氧基环丁氧基)-3,6-二氢-2H-吡啶(4.13g,11.82mmol,1当量)在乙醇(30mL)和四氢呋喃(30mL)中的溶液中加入20%氢氧化钯/碳(1g)、10%钯/碳(1g)和二碳酸二叔丁酯(5.16g,23.64mmol,5.43mL,2当量)。将悬浮液脱气并用氢气吹扫三次。将混合物在35℃在氢气(50psi)下搅拌16h。过滤反应混合物且浓缩滤液。将粗产物通过硅胶色谱纯化,用石油醚/乙酸乙酯=20/1至1/1洗脱。获得4-(3-羟基环丁氧基)哌啶-1-羧酸叔丁酯(1.7g,6.26mmol,53%收率),为白色固体。

在15℃和氮气下,向4-(3-羟基环丁氧基)哌啶-1-羧酸叔丁酯(300mg,1.11mmol,1当量)和1-(3-羟基-7-硝基-吩噻嗪-10-基)乙酮(367mg,1.22mmol,1.1当量)在甲苯(5mL)中的混合物中一次性加入1,1′-(偶氮二羰基)二哌啶(418mg,1.66mmol,1.5当量)和三丁基膦(335mg,1.66mmol,0.41mL,1.5当量)。将混合物在110℃搅拌16h。浓缩反应混合物,得到残余物。将残余物通过硅胶柱色谱(石油醚/乙酸乙酯=10/1至1/2)纯化,得到700mg粗产物,然后通过制备型TLC(石油醚/乙酸乙酯=1/2)纯化。获得4-[3-(10-乙酰基-7-硝基-吩噻嗪-3-基)氧基环丁氧基]哌啶-1-羧酸叔丁酯(227mg,0.36mmol,32%收率),为红色固体。

向4-[3-(10-乙酰基-7-硝基-吩噻嗪-3-基)氧基环丁氧基]哌啶-1-羧酸叔丁酯(225mg,0.40mmol,1当量)的甲醇(15mL)混合物中一次性加入碳酸钾(167mg,1.21mmol,3当量),然后在15℃搅拌10h。将反应混合物用20mL水稀释,然后用乙酸乙酯(20mL×3)萃取。然后将合并的有机层用盐水(10mL)洗涤,经无水硫酸钠干燥,过滤并真空浓缩,得到残余物。将残余物通过制备型TLC(石油醚/乙酸乙酯=1/1)纯化。获得4-[3-[(7-硝基-10H-吩噻嗪-3-基)氧基]环丁氧基]哌啶-1-羧酸叔丁酯(177mg,0.34mmol,85%收率),为红色胶状物。

向4-[3-[(7-硝基-10H-吩噻嗪-3-基)氧基]环丁氧基]哌啶-1-羧酸叔丁酯(127mg,0.25mmol,1当量)的二氯甲烷(5mL)溶液中一次性加入盐酸(4M的二噁烷溶液,12.7mL,205当量)。将混合物在20℃搅拌1h。浓缩反应混合物,得到残余物。获得3-硝基-7-[3-(4-哌啶氧基)环丁氧基]-10H-吩噻嗪(120mg,粗产物,盐酸盐),为红色固体,无需纯化而使用。

向1,5-二溴戊烷(377mg,1.64mmol,0.22mL,0.9当量)和2-(2,6-二氧代-3-哌啶基)-5-羟基-异吲哚啉-1,3-二酮(500mg,1.82mmol,1当量)的N,N-二甲基甲酰胺(40mL)混合物中一次性加入碳酸钾(252mg,1.82mmol,1当量)。将混合物在20℃下搅拌16h。将反应混合物倒入1M盐酸(40mL)中,然后用20mL水稀释,并用乙酸乙酯(30mL×3)萃取。将合并的有机层用20mL盐水洗涤,经无水硫酸钠干燥,过滤并减压浓缩,得到残余物。将残余物通过硅胶柱色谱(石油醚/乙酸乙酯=20/1至5/1)纯化,然后通过制备型TLC纯化(二氯甲烷/甲醇=10/1)获得粗产物,然后将粗产物通过半制备型反相HPLC(33-63%乙腈+0.225%甲酸水溶液,25min内)纯化。获得5-(5-溴戊氧基)-2-(2,6-二氧代-3-哌啶基)异吲哚啉-1,3-二酮(220mg,0.52mmol,28%收率),为淡黄色固体。

向3-硝基-7-[3-(4-哌啶氧基)环丁氧基]-10H-吩噻嗪(100mg,0.22mmol,1当量,盐酸盐)和5-(5-溴代戊氧基)-2-(2,6-二氧代-3-哌啶基)异吲哚啉-1,3-二酮(98mg,0.23mmol,1.05当量)的N,N-二甲基甲酰胺(5mL)溶液中加入N,N-二异丙基乙胺(86mg,0.66mmol,0.12mL,3当量),然后在80℃搅拌16h。将反应混合物用10mL水稀释,然后用乙酸乙酯(10mL×3)萃取。然后将合并的有机层用盐水(10mL)洗涤,经无水硫酸钠干燥,过滤并真空浓缩,得到残余物。将残余物通过制备型TLC纯化(二氯甲烷/甲醇=10/1),得到粗产物。将粗产物通过半制备型反相HPLC(35-65%乙腈+0.225%甲酸水溶液,9min内)纯化。获得2-(2,6-二氧代-3-哌啶基)-5-[5-[4-[3-[(7-硝基-10H-吩噻嗪-3-基)氧基]环丁氧基]-1-哌啶基]戊氧基]异吲哚啉-1,3-二酮(24mg,0.03mmol,13%收率,甲酸酯),为暗红色固体。

将2-(2,6-二氧代-3-哌啶基)-5-哌嗪-1-基-异吲哚啉-1,3-二酮(1g,2.64mmol,1当量,盐酸盐)、2-溴-1,1-二乙氧基-乙烷(1.56g,7.92mmol,1.2mL,3当量)和N,N-二异丙基乙胺(1.71g,13.20mmol,2.30mL,5当量)置于微波管的N,N-二甲基甲酰胺(12mL)中。将密封管在微波辐射下在100℃下加热2小时。将反应液用水(50mL)稀释,并将有机层用乙酸乙酯(40mL×3)萃取。将合并的有机层用盐水(20mL)洗涤,经无水硫酸钠干燥,过滤并真空浓缩,得到残余物。将残余物用半制备型反相HPLC(柱:Kromasil 250*50mm*10um;流动相:[水(0.1%TFA)-ACN];B%:6ACN%-36ACN%,27min)纯化,得到5-[4-(2,2-二乙氧基乙基)哌嗪-1-基]-2-(2,6-二氧代-3-哌啶基)异吲哚啉-1,3-二酮(890mg,1.94mmol,74%收率),为黄色固体。

向5-[4-(2,2-二乙氧基乙基)哌嗪-1-基]-2-(2,6-二氧代-3-哌啶基)异吲哚啉-1,3-二酮(400mg,0.87mmol,1当量)的四氢呋喃(13mL)溶液中加入硫酸溶液(2M,13mL,29.80当量)。将反应混合物在60℃下搅拌14小时。通过加入饱和碳酸氢钠溶液将反应溶液的pH调节至7。将有机层用乙酸乙酯(50mL×3)萃取。将合并的有机层经无水硫酸钠干燥,真空浓缩,得到残余物。将残余物通过制备型TLC(10%甲醇的二氯甲烷溶液)纯化,得到2-[4-[2-(2,6-二氧代-3-哌啶基)-1,3-二氧代-异吲哚啉-5-基]哌嗪-1-基]乙醛(140mg,0.36mmol,42%收率),为黄色固体。

向3-硝基-7-[3-(4-哌啶氧基)环丁氧基]-10H-吩噻嗪盐酸盐(43mg,0.09mmol,1当量)的二氯甲烷(5mL)和甲醇(2mL)溶液中加入三乙胺(19mg,0.19mmol,0.03mL,2当量),并在20℃搅拌0.5h。然后加入2-[4-[2-(2,6-二氧代-3-哌啶基)-1,3-二氧代-异吲哚啉-5-基]哌嗪-1-基]乙醛(36mg,0.09mmol,1当量),并在20℃再搅拌0.5h。之后,在0℃加入三乙酰氧基硼氢化钠(60mg,0.28mmol,3当量),并在20℃搅拌5h。将反应混合物用20mL水稀释,然后用乙酸乙酯(20mL×3)萃取。将合并的有机层用盐水(10mL)洗涤,经无水硫酸钠干燥,过滤并真空浓缩,得到残余物。将残余物通过半制备型反相HPLC(25-55%乙腈+0.225%甲酸水溶液,9min内)纯化。获得2-(2,6-二氧代-3-哌啶基)-5-[4-[2-[4-[3-[(7-硝基-10H-吩噻嗪-3-基)氧基]环丁氧基]-1-哌啶基]乙基]哌嗪-1-基]异吲哚啉-1,3-二酮(16mg,0.02mmol,19%收率,甲酸酯),为红色固体。

在氮气下,向1-(3-甲氧基-7-硝基-吩噻嗪-10-基)乙酮(1.6g,5.06mmol,1当量)在乙醇(100mL)和四氢呋喃(100mL)中的溶液中加入10%活性炭载钯催化剂(100mg)。将悬浮液真空脱气并用氢气吹扫3次。将混合物在25℃在氢气(50psi)下搅拌12h。将反应混合物过滤并减压浓缩,得到1-(3-氨基-7-甲氧基-吩噻嗪-10-基)乙酮(1.2g,3.56mmol),为棕色固体。

向1-(3-氨基-7-甲氧基-吩噻嗪-10-基)乙酮(1.2g,4.19mmol,1当量)的乙腈(10mL)溶液中加入氰基硼氢化钠(790mg,12.57mmol,3当量)和乙酸(251mg,4.19mmol,239L,1当量)。将混合物在25℃下搅拌1小时。然后加入甲醛(5.10g,62.86mmol,4.68mL,37%水溶液,15当量),并将混合物在25℃搅拌5h。通过加入水(100mL)淬灭反应混合物,并用乙酸乙酯(200mL×3)萃取。将合并的有机层用盐水洗涤(100mL×3),经无水硫酸钠干燥,过滤并减压浓缩,得到残余物,将其通过柱色谱(石油醚/乙酸乙酯=30/1至3∶1)纯化。获得化合物1-[3-(二甲基氨基)-7-甲氧基-吩噻嗪-10-基]乙酮(270mg,0.85mmol,20%收率),为带蓝色的油状物。

在-20℃向1-[3-(二甲基氨基)-7-甲氧基-吩噻嗪-10-基]乙酮(280mg,0.89mmol,1当量)的二氯甲烷(8mL)混合物中加入三溴化硼(1.12g,4.45mmol,0.43mL,5当量),然后将混合物在14℃搅拌0.5h。在0℃用饱和碳酸氢钠溶液(50mL)淬灭反应混合物,然后用乙酸乙酯(50mL×2)萃取。将合并的有机层用盐水(30mL×2)洗涤,经无水硫酸钠干燥,过滤并减压浓缩,得到残余物,将其通过制备型TLC(10%乙酸乙酯的石油醚溶液)纯化。获得化合物1-[3-(二甲基氨基)-7-羟基-吩噻嗪-10-基]乙酮(170mg,0.56mmol,63%收率),为带蓝色的油状物。

将4-[2-[2-[2-[2-(对甲苯磺酰氧基)乙氧基]乙氧基]乙氧基]乙氧基]苯-1,2-二羧酸二甲酯(150mg,0.27mmol,1当量)、1-[3-(二甲基氨基)-7-羟基-吩噻嗪-10-基]乙酮(85.85mg,0.28mmol,1.03当量)和碳酸铯(180mg,0.55mmol,2当量)在N,N-二甲基甲酰胺(3mL)中的混合物脱气并用氮气吹扫3次,然后将混合物在85℃和氮气下搅拌1h。将残余物用水(50mL)稀释,并用乙酸乙酯(50mL×3)萃取。将合并的有机层用盐水(30mL×2)洗涤,经无水硫酸钠干燥,过滤并减压浓缩,得到残余物,将其通过制备型TLC(9%甲醇的二氯甲烷溶液)纯化。获得化合物4-[2-[2-[2-[2-[10-乙酰基-7-(二甲基氨基)吩噻嗪-3-基]氧基乙氧基]乙氧基]乙氧基]乙氧基]-1,2-二羧酸二甲酯(130mg,0.19mmol,70%收率),为带蓝色的油状物。

将4-[2-[2-[2-[2-[10-乙酰基-7-(二甲基氨基)吩噻嗪-3-基]氧基乙氧基]乙氧基]乙氧基]乙氧基]苯-1,2-二羧酸二甲酯(60mg,0.09mmol,1当量)和氢溴酸(357mg,2.12mmol,0.24mL,48%水溶液,23.65当量)在乙醇(1mL)中的混合物脱气并用氮气吹扫3次,然后将混合物在80℃搅拌1h。在0℃通过加入碳酸氢钠水溶液(40mL)淬灭反应混合物,并用乙酸乙酯(50mL×2)萃取。将合并的有机层用盐水(50mL x 2)洗涤,在无水硫酸钠上干燥,过滤并减压浓缩,得到残余物。将残余物通过制备型TLC(5%甲醇的二氯甲烷溶液)纯化。获得化合物4-[2-[2-[2-[2-[[7-(二甲氨基)-10H-吩噻嗪-3-基]氧基]乙氧基]乙氧基]乙氧基]乙氧基]苯-1,2-二羧酸二甲酯(36mg,0.05mmol,64%收率),为带蓝色的油状物。

将4-[2-[2-[2-[2-[[7-(二甲氨基)-10H-吩噻嗪-3-基]氧基]乙氧基]乙氧基]乙氧基]乙氧基]苯-1,2-二羧酸二甲酯(80mg,0.12mmol,1当量)、3-氨基哌啶-2,6-二酮盐酸盐(42mg,0.25mmol,2当量)和碘化锂(205mg,1.53mmol,12当量)在吡啶(8mL)中的混合物脱气,并用氮气吹扫3次,然后将混合物在130℃搅拌16h。将反应混合物减压浓缩,得到残余物,将其通过半制备型反相HPLC(柱:Phenomenex Synergi C18 150*25*10um;流动相:[水(0.225%FA)-ACN];B%:20%-50%,9min)纯化。获得5-[2-[2-[2-[2-[[7-(二甲氨基)-10H-吩噻嗪-3-基]氧基]乙氧基]乙氧基]乙氧基]乙氧基]-2-(2,6-二氧代-3-哌啶基)异吲哚啉-1,3-二酮(10.6mg,0.01mmol,11%收率,甲酸酯),为深蓝色固体。

按照上述针对示例性化合物20的方法制备示例性化合物21。

将吡啶-4-醇(4.12g,43.30mmol,1.5当量)、3-羟基氮杂环丁烷-1-羧酸叔丁酯(5g,28.87mmol,1当量)、三苯基膦(9.09g,34.64mmol,1.2当量)和偶氮二羧酸二异丙酯(7.00g,34.64mmol,6.7mL,1.2当量)在四氢呋喃(80mL)中的混合物脱气,并用氮气吹扫3次,然后将混合物在50℃和氮气气氛下搅拌16h。通过添加水(200mL)来淬灭反应混合物,并用乙酸乙酯(200mL x 3)萃取。将合并的有机层用盐水洗涤(50mL×3),经无水硫酸钠干燥,过滤并减压浓缩,得到残余物,将其通过硅胶柱色谱纯化(石油醚/乙酸乙酯=20/1至5/1),得到粗产物。将粗产物通过制备型HPLC(柱:Phenomenex Synergi Max-RP 250*50mm*10um;流动相:[水(0.225%甲酸)-乙腈];B%:10%-40%,25min,55%min)深度纯化,产生3-(4-吡啶氧基)氮杂环丁烷-1-羧酸叔丁酯(4.71g,15.90mmol,78%收率,甲酸酯),为淡黄色胶状物。

向3-(4-吡啶氧基)氮杂环丁烷-1-羧酸叔丁酯(4.71g,15.90mmol,1当量)的甲苯(47mL)溶液中加入苄基溴(2.72g,15.90mmol,1.9mL,1当量)。将反应在80℃下搅拌14小时。将反应溶液真空浓缩,得到残余物,将其用乙酸乙酯(80mL)研磨,过滤,得到粗的3-(1-苄基吡啶-1-鎓-4-基)氧基氮杂环丁烷-1-羧酸叔丁酯(6.55g),为白色固体。

在0℃向3-(1-苄基吡啶-1-鎓-4-基)氧基氮杂环丁烷-1-羧酸叔丁酯(6.05g,17.72mmol,1当量)的乙醇(120mL)溶液中加入硼氢化钠(4.02g,106.3mmol,6当量)。将反应在10℃搅拌3h。用饱和氯化铵水溶液(50mL)淬灭反应溶液。将反应混合物浓缩以除去溶剂,然后用水(30mL)稀释,并用乙酸乙酯(50mL×3)萃取。将合并的有机层经无水硫酸钠干燥并真空浓缩,将得到的将残余物通过硅胶柱色谱(石油醚/乙酸乙酯=30/1至1∶1)纯化,得到粗产物,将其通过制备型HPLC(柱:Phenomenex Synergi Max-RP 250*80mm*10um;流动相:[水(0.225%甲酸)-乙腈];B%:30ACN%-60ACN%,20min;50%min)纯化,得到3-[(1-苄基-3,6-二氢-2H-吡啶-4-基)氧基]氮杂环丁烷-1-羧酸叔丁酯(1.34g,3.89mmol,21%收率),为淡黄色胶状物。

在氮气下,向3-[(1-苄基-3,6-二氢-2H-吡啶-4-基)氧基]氮杂环丁烷-1-羧酸叔丁酯(1.34g,3.89mmol,1当量)的四氢呋喃(20mL)溶液中加入20%的活性炭载氢氧化钯催化剂(200mg)和10%的活性炭载钯催化剂(200mg)。将悬浮液真空脱气并用氢气吹扫三次。将反应混合物在35℃在氢气(50psi)下搅拌16h。将反应混合物通过硅藻土垫过滤,并将滤液在真空下浓缩,得到粗3-(4-哌啶氧基)氮杂环丁烷-1-羧酸叔丁酯(830mg,3.24mmol),为淡黄色胶状物。

向3-(4-哌啶氧基)氮杂环丁烷-1-羧酸叔丁酯(242mg,0.95mmol,1当量)和5-(5-溴戊氧基)-2-(2,6-二氧代-3-哌啶基)异吲哚啉-1,3-二酮(400mg,0.95mmol,1当量)的N,N-二甲基甲酰胺(15mL)溶液中加入二异丙基乙胺(366mg,2.84mmol,0.5mL,3当量)。将反应溶液在80℃搅拌14h。将反应溶液用乙酸乙酯(20mL)稀释,并用水(50mL)洗涤。将水层用乙酸乙酯(40mL×2)萃取。将合并的有机层用盐水(20mL)洗涤,经无水硫酸钠干燥,真空浓缩获得残余物,将残余物通过制备型TLC(二氯甲烷/甲醇=10/1)纯化,得到3-[[1-[5-[2-(2,6-二氧代-3-哌啶基)-1,3-二氧代-异吲哚啉-5-基]氧基戊基]-4-哌啶基]氧基]氮杂环丁烷-1-羧酸叔丁酯(260mg,0.42mmol,45%收率),为黄色固体。

向3-[[1-[5-[2-(2,6-二氧代-3-哌啶基)-1,3-二氧代-异吲哚啉-5-基]氧基戊基]-4-哌啶基]氧基]氮杂环丁烷-1-羧酸叔丁酯(260mg,0.43mmol,1当量)的二氯甲烷(6mL)溶液中加入三氟乙酸(924mg,8.10mmol,0.6mL,18.7当量)。将反应溶液在20℃搅拌1h。向反应物中加入更多的三氟乙酸(924mg,8.10mmol,0.6mL,18.6当量),并将反应物在20℃再搅拌1h。将反应溶液真空浓缩,得到残余物,将其用纯水(30mL)稀释并冻干,产生粗5-[5-[4-(氮杂环丁烷-3-基氧基)-1-哌啶基]戊氧基]-2-(2,6-二氧代-3-哌啶基)异吲哚啉-1,3-二酮,为棕色固体。

向5-[5-[4-(氮杂环丁烷-3-基氧基)-1-哌啶基]戊氧基]-2-(2,6-二氧代-3-哌啶基)异吲哚啉-1,3-二酮(110mg,0.22mmol,1当量)和10-(3-溴丙基)吩噻嗪(85mg,0.26mmol,1.2当量)的N,N-二甲基甲酰胺(3mL)混合物中加入碳酸钾(61mg,0.44mmol,2当量)和碘化钾(4mg,0.022mmol,0.1当量)。将反应在60℃下搅拌2小时。过滤反应混合物,用三氟乙酸将滤液的pH调节至4~5,并将溶液在真空下浓缩,得到残余物。将残余物用制备型HPLC(柱:Phenomenex Synergi C18 150*25*10um;流动相:[水(0.1%三氟乙酸)-乙腈];B%:17%-47%,10min)纯化,得到2-(2,6-二氧代-3-哌啶基)-5-[5-[4-[1-(3-吩噻嗪-10-基丙基)氮杂环丁烷-3-基]氧基-1-哌啶基]戊氧基]异吲哚啉-1,3-二酮(94mg,三氟乙酸盐),为黄色固体。

向3-(4-哌啶氧基)氮杂环丁烷-1-羧酸叔丁酯(93mg,0.36mmol,1当量)的二氯甲烷(4mL)溶液中加入三乙胺(74mg,0.73mmol,0.1mL,2当量),并将混合物在20℃搅拌0.5h。然后加入2-[4-[2-(2,6-二氧代-3-哌啶基)-1,3-二氧代-异吲哚啉-5-基]哌嗪-1-基]乙醛(140mg,0.36mmol,1当量)的二氯甲烷(6mL)溶液,并将混合物在20℃再搅拌0.5h。之后,在0℃加入三乙酰氧基硼氢化钠(232mg,1.09mmol,3当量),并将混合物在20℃搅拌1h。将反应溶液用水(30mL)稀释。有机层用二氯甲烷(20mL×3)萃取。将合并的有机层经无水硫酸钠干燥,真空浓缩,得到残余物,将其通过制备型TLC(10%甲醇的二氯甲烷溶液)纯化,然后通过制备型HPLC(柱:Phenomenex Synergi C18 150*25*10um;流动相:[水(0.225%FA)-ACN];B%:20%-50%,9min)纯化,得到3-[[1-[2-[4-[2-(2,6-二氧代-3-哌啶基)-1,3-二氧代-异吲哚啉-5-基]哌嗪-1-基]乙基]-4-哌啶基]氧基]氮杂环丁烷-1-羧酸叔丁酯(140mg,0.22mmol,62%收率),为黄色固体。

将3-[[1-[2-[4-[2-(2,6-二氧代-3-哌啶基)-1,3-二氧代-异吲哚啉-5-基]哌嗪-1-基]乙基]-4-哌啶基]氧基]氮杂环丁烷-1-羧酸叔丁酯转化为最终化合物,按照上面关于示例性化合物22所述的方法,制备5-(4-(2-(4-((1-(3-(10H-吩噻嗪-10-基)丙基)氮杂环丁烷-3-基)氧基)哌啶-1-基)乙基)哌嗪-1-基)-2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)异吲哚啉-1,3-二酮(示例性化合物23)。

向250-mL圆底烧瓶中加入4-(3-羟丙基)哌嗪-1-羧酸叔丁酯(10g,40.93mmol,1当量)和TEA(12.4g,122.78mmol,3当量)在二氯甲烷(150mL)中的溶液,向其中分多批加入4-甲基苯-1-磺酰氯(11.8g,61.80mmol,1.51当量)。然后加入DMAP(0.5g,4.09mmol,0.1当量),将所得混合物在室温下搅拌过夜。真空浓缩反应混合物。将残余物通过快速色谱纯化,用乙酸乙酯/石油醚(1∶2)洗脱,得到4-[3-[(4-甲基苯磺酰基)氧基]丙基]哌嗪-1-羧酸叔丁酯(8.8g,49%),为棕色油状物。

向100mL圆底烧瓶中加入(1s,3s)-3-(苄氧基)环丁-1-醇(1.2g,6.73mmol,1.34当量)的DMF(40mL)溶液,在0℃向其中加入NaH(401mg,10.04mmol,2.00当量,60%)。将所得混合物搅拌30min,然后在0℃向其中加入4-[3-[(4-甲基苯磺酰基)氧基]丙基]哌嗪-1-羧酸叔丁酯(2g,5.02mmol,1当量)。将反应混合物在50℃再搅拌6h。然后用水/冰淬灭反应,并将混合物用乙酸乙酯(100mL×3)萃取。将合并的有机层用盐水洗涤,经硫酸钠干燥并真空浓缩。将残余物通过快速色谱纯化,用乙酸乙酯/石油醚(3∶1)洗脱,得到4-[3-[(1s,3s)-3-(苄氧基)环丁氧基]丙基]哌嗪-1-羧酸叔丁酯(600mg,23%),为黄色油状物。

向50-mL容器中加入4-[3-[(1s,3s)-3-(苄氧基)环丁氧基]丙基]哌嗪-1-羧酸叔丁酯(800mg,1.98mmol,1当量)的MeOH(20mL)溶液,在室温和氮气气氛下向其中加入10%Pd/C(421mg)。将容器抽真空并用氢气冲洗,重复该顺序3次。然后将所得混合物在50atm氢气气氛下在55℃氢化2天。过滤除去固体,用MeOH(100mL 3)冲洗。将滤液真空浓缩,将粗产物通过制备型HPLC在以下条件下纯化:XBridge Prep OBD C18柱30*50mm 5um;流动相A:水(含10mmol/L NH

向氮气气氛下进行吹洗并保持的20mL小瓶中加入4-[3-[(1s,3s)-3-羟基环丁氧基]丙基]哌嗪-1-羧酸叔丁酯(300mg,0.95mmol,1当量)、2-[4-(二甲基氨基)苯基]-1,3-苯并噻唑-6-醇(258mg,0.95mmol,1.00当量)和PPh

向25mL圆底烧瓶中加入在二氯甲烷(10mL)中的4-[3-[(1r,3r)-3-([2-[4-(二甲基氨基)苯基]-1,3-苯并噻唑-6-基]氧基)环丁氧基]丙基]哌嗪-1-羧酸叔丁酯(30mg,0.05mmol,1当量),在室温下向其中加入TFA(4mL)。将所得混合物搅拌2h,然后真空浓缩。获得N,N-二甲基-4-[6-[(1r,3r)-3-[3-(哌嗪-1-基)丙氧基]环丁氧基]-1,3-苯并噻唑-2-基]苯胺(300mg,粗产物),为黄色固体。

在室温下,向10-mL小瓶中加入N,N-二甲基-4-[6-[(1r,3r)-3-[3-(哌嗪-1-基)丙氧基]环丁氧基]-1,3-苯并噻唑-2-基]苯胺(270mg,0.58mmol,1当量)、2-(2,6-二氧哌啶-3-基)-5-氟-2,3-二氢-1H-异吲哚-1,3-二酮(191.8mg,0.69mmol,1.20当量)和DIEA(0.9mL,6.96mmol,9.41当量)的DMSO(5mL)溶液。将所得混合物在130℃搅拌3h,然后冷却至室温,并用水(10mL)稀释。将混合物用乙酸乙酯(100mL×3)萃取。将合并的有机相用盐水洗涤,经硫酸钠干燥并真空浓缩。将粗产物通过制备型HPLC纯化:XBridge Prep OBD C18Column 30*150mm 5um;流动相A:水(含10mmol/L NH

向在氮气气氛下吹扫并保持的250-mL圆底烧瓶中加入2-溴-6-甲氧基-1,3-苯并噻唑(7.3g,29.9mmol,1.0当量)、(4-溴苯基)硼酸(8.4g,41.8mmol,1.40当量)、K

向250-mL圆底烧瓶中,加入戊烷-1,5-二醇(6g,57.61mmol,1.00当量)氧化银(20g)和碘化钾(2.9g)的二氯甲烷(100mL)溶液,在室温下向其中加入4-甲苯磺酰氯(10.96g,57.49mmol,1.00当量)。所得混合物在25℃搅拌4h,滤出固体,并浓缩滤液。将残留物用水(50mL)稀释,并将混合物用二氯甲烷(30mL×3)萃取。将有机层合并,用盐水洗涤(50mL×2),经无水硫酸钠干燥并真空浓缩。将残余物施加到硅胶柱上,用乙酸乙酯/石油醚(1∶4)洗脱。获得6.1g(41%)5-[[(4-甲基苯)磺酰基]氧基]戊-1-醇,为无色油状物。

向100mL圆底烧瓶中加入2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-5-羟基-2,3-二氢-1H-异吲哚-1,3-二酮(3g,10.9mmol,1当量)的DMF(50mL)、K

向250-mL圆底烧瓶中加入2-(2,6-二氧哌啶-3-基)-5-[(5-羟基戊基)氧基]-2,3-二氢-1H-异吲哚-1,3-二酮(2g,5.55mmol,1当量)、Et

向在惰性氮气气氛下吹扫并保持的500-mL圆底烧瓶中,加入3-(哌啶-4-基氧基)氮杂环丁烷-1-羧酸叔丁酯(5g,19.5mmol,1当量)和TEA(6mL)的二氯甲烷(100mL)溶液,向其中缓慢加入CbzCl(4.0g,23.4mmol,1.2当量)。将所得溶液在室温下搅拌3小时。然后通过加入水(100mL)淬灭反应,并用二氯甲烷(200mL×3)萃取混合物。将合并的有机层用盐水(100mL)洗涤,经无水硫酸钠干燥并浓缩。将残余物施加到硅胶柱上,用乙酸乙酯/石油醚(1∶1)洗脱。获得2.3g(30%)苄基-4-([1-[(叔丁氧基)羰基]氮杂环丁烷-3-基]氧基)哌啶-1-羧酸酯,为黄色油状物。

向100mL圆底烧瓶中,加入苄基-4-([1-[(叔丁氧基)羰基]氮杂环丁烷-3-基]氧基)哌啶-1-羧酸苄酯(500mg,1.28mmol,1当量)的二氯甲烷(40mL)溶液,向其中加入TFA(10mL)。将所得溶液在室温下搅拌2小时。将反应混合物真空浓缩,并用水(10mL)稀释。用TEA将混合物的pH值调节至7,然后真空浓缩。将残余物施加到硅胶柱上,用乙酸乙酯洗脱。获得400mg(粗)4-(氮杂环丁烷-3-基氧基)哌啶-1-羧酸苄酯,为黄色油状物。

向在惰性氮气气氛下吹扫并保持的25-mL微波管中加入苄基-4-(氮杂环丁烷-3-基氧基)哌啶-1-羧酸酯(1g,3.44mmol,1当量)、Cs

在100mL圆底烧瓶中,加入苄基-4-([1-[4-(6-甲氧基-1,3-苯并噻唑-2-基)苯基]氮杂环丁烷-3-基]氧基)哌啶-1-羧酸苄酯(600mg,1.13mmol,1当量)的THF(10mL)溶液,在0℃滴加LiEt

向在惰性氮气气氛下吹扫并保持的25-mL微波管中加入6-甲氧基-2-[4-[3-(哌啶-4-基氧基)氮杂环丁烷-1-基]苯基]-1,3-苯并噻唑(70mg,0.18mmol,1.0当量)、K

向在惰性氮气气氛下吹扫并保持的25-mL密封管中加入6-甲氧基-2-[4-[3-(哌啶-4-基氧基)氮杂环丁烷-1-基]苯基]-1,3-苯并噻唑(110mg,0.28mmol,1当量)、K

向50mL圆底烧瓶中加入叔丁基-4-[2-[4-([1-[4-(6-甲氧基-1,3-苯并噻唑-2-基)苯基]氮杂环丁烷-3-基]氧基)哌啶-1-基]乙基]哌嗪-1-羧酸酯(178mg,0.29mmol,1当量)的DCM(25mL)溶液,向其中加入TFA(5mL)。将所得溶液在室温下搅拌1h,然后真空浓缩。由此获得130mg(粗)6-甲氧基-2-[4-[3-([1-[2-(哌嗪-1-基)乙基]哌啶-4-基]氧基)氮杂环丁烷-1-基]苯基]-1,3-苯并噻唑,为红色固体。

向在惰性氮气气氛下吹扫并保持的25-mL管中加入6-甲氧基-2-[4-[3-([1-[2-(哌嗪-1-基)乙基]哌啶-4-基]氧基)氮杂环丁烷-1-基]苯基]-1,3-苯并噻唑(130mg,粗)、DIEA(1mL)和2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-5-氟-2,3-二氢-1H-异吲哚-1,3-二酮(94.7mg,0.34mmol,1.16当量)的DMSO(5mL)溶液。在130℃用微波辐射反应混合物2h,然后浓缩。将粗产物通过制备型HPLC在以下条件下纯化:柱,XBridge Prep OBD C18柱,30*150mm 5um;流动相、水(含10mmol/L NH

向250-mL圆底烧瓶中加入(1r,3r)-3-(苄氧基)环丁-1-醇(8g,44.9mmol,1当量)、吡啶-4-醇(4.27g,44.9mmol,1当量)、PPh

向250-mL圆底烧瓶中加入4-[(1s,3s)-3-(苄氧基)环丁氧基]吡啶(11.4g,44.7mmol,1当量)、(溴甲基)苯(8.40g,49.1mmol,1.1当量)的二氯甲烷(20mL)溶液。将所得溶液在室温下搅拌过夜。浓缩混合物并将残余物施加到硅胶柱上,用乙酸乙酯/石油醚(1/2)洗脱。获得15g(97%)的1-苄基-4-[(1s,3s)-3-(苄氧基)环丁氧基]吡啶-1-鎓,为白色固体。

向250mL圆底烧瓶中加入1-苄基-4-[(1s,3s)-3-(苄氧基)环丁氧基]吡啶-1-鎓(15g,43.3mmol,1当量)的甲醇(20mL)溶液,在其中缓慢加入硼氢化钠(3.29g,86.6mmol,2.00当量)。将所得溶液在室温下搅拌过夜。将所得混合物浓缩,然后加入水(20mL)淬灭。用乙酸乙酯(3×40mL)萃取所得混合物。将合并的有机层用盐水(2×20mL)洗涤,经无水硫酸钠干燥并浓缩。将残余物施加到使用乙酸乙酯/石油醚(1/1)洗脱的硅胶柱上。获得9.2g(61%)的1-苄基-4-[(1s,3s)-3-(苄氧基)环丁氧基]-1,2,3,6-四氢吡啶,为黄色油状物。

在250-mL圆底烧瓶中,在氮气气氛下,向其中加入1-苄基-4-[(1s,3s)-3-(苄氧基)环丁氧基]-1,2,3,6-四氢吡啶(9.2g,26.3mmol,1当量)的甲醇(30mL)溶液,向其中加入AcOH(0.5mL)和20%Pd(OH)

向250-mL圆底烧瓶中加入(1s,3s)-3-(哌啶-4-基氧基)环丁-1-醇(5g,29.2mmol,1当量)的四氢呋喃(40mL)溶液,向其中加入NaOH(3.50g,87.6mmol,3当量)的H

在50mL圆底烧瓶中,加入PPh

在50mL圆底烧瓶中,加入4-[(1r,3r)-3-([2-[4-(二甲基氨基)苯基]-1,3-苯并噻唑-6-基]氧基)环丁氧基]哌啶-1-羧酸叔丁酯(250mg,0.48mmol,1当量)的二氯甲烷(10mL)溶液,向其中加入三氟乙酸(3mL)。将所得溶液在室温下搅拌2小时。浓缩混合物。获得240mg粗N,N-二甲基-4-[6-[(1r,3r)-3-(哌啶-4-基氧基)环丁氧基]-1,3-苯并噻唑-2-基]苯胺三氟乙酸盐,为黄色固体。

在50mL圆底烧瓶中,加入在乙腈(15mL)中的5-[[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代-2,3-二氢-1H-异吲哚-5-基]氧基]戊基4-甲基苯-1-磺酸酯(220mg,0.43mmol,1当量)、K

根据下面的方案,使用类似于上面实施例所述的方法,制备化合物5-(4-(2-(4-((1r,3r)-3-((2-(4-(二甲基氨基)苯基)苯并[d]噻唑-6-基)氧基)环丁氧基)哌啶-1-基)乙基)哌嗪-1-基)-2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)异吲哚啉-1,3-二酮。

在0℃向3-苄氧基环丁醇(5g,28.05mmol,1当量)的N,N-二甲基甲酰胺(75mL)溶液中加入氢化钠(1.68g,42.08mmol,60%矿物油,1.5当量),并将混合物在0℃搅拌0.5h。向混合物中加入3-溴丙-1-烯(3.39g,28.05mmol,1当量),并将反应在15℃搅拌2h。通过在15℃加入氯化铵(200mL)淬灭反应混合物,并用乙酸乙酯(100mL×3)萃取。将合并的有机层用盐水洗涤(50mL×2),在无水硫酸钠上干燥,过滤并减压浓缩,得到残余物,将其通过硅胶柱色谱(石油醚/乙酸乙酯=1∶0至10∶1)纯化,产生3-烯丙氧基环丁氧基甲苯(5.8g,26.57mmol,94%收率),为无色油状物。

在0℃向(3-烯丙氧基环丁氧基)甲苯(5.8g,26.57mmol,1当量)的四氢呋喃(125mL)溶液中加入硼烷二甲基硫醚络合物(10M,5.3mL,2当量),并将混合物在20℃搅拌1h。在0℃向该溶液中加入四水合过硼酸钠(12.26g,79.71mmol,15.3mL,3当量)在水(98mL)中的溶液,并在20℃搅拌反应2h。过滤该悬浮液,向滤液中加入饱和氯化铵(100mL)。将有机层用乙酸乙酯(800mL×3)萃取。将合并的有机相用盐水(50mL)洗涤,经无水硫酸钠干燥,过滤并真空浓缩。将残余物通过硅胶柱色谱(石油醚/乙酸乙酯=30∶1至1∶1)纯化,得到3-(3-苄氧基环丁氧基)丙-1-醇(3.92g,16.59mmol,62%收率),为无色油状物。

在0℃向3-(3-苄氧基环丁氧基)丙-1-醇(3.92g,16.59mmol,1当量)的二氯甲烷(50mL)溶液中加入对甲苯磺酸吡啶鎓(334mg,1.33mmol,0.08当量),然后在0℃向该溶液中滴加3,4-二氢-2H-吡喃(2.09g,24.88mmol,2.3mL,1.5当量)的二氯甲烷(8mL)溶液,并在20℃搅拌反应14h。将反应混合物用饱和碳酸氢钠(30mL×2)洗涤。将有机相用二氯甲烷(30mL×2)萃取。将合并的有机相经无水硫酸钠干燥,过滤并减压浓缩,得到残余物,将其经硅胶柱色谱(石油醚/乙酸乙酯=20∶1至10∶1)纯化,得到2-[3-(3-苄氧基环丁氧基)丙氧基]四氢吡喃(4.54g,14.17mmol,85%收率),为无色油状物。

在氮气下,向2-[3-(3-苄氧基环丁氧基)丙氧基]四氢吡喃(2.27g,7.08mmol,1当量)在甲醇(20mL)中的溶液中加入活性炭载钯催化剂(300mg,10%纯度)。将悬浮液真空脱气并用氢气吹扫三次。将反应混合物在15psi和20℃搅拌16h。过滤反应混合物且浓缩滤液。通过硅胶柱色谱纯化残余物(石油醚/乙酸乙酯=20∶1至8∶1),得到3g 3-(3-四氢吡喃-2-基氧基丙氧基)环丁醇,为无色胶状物。

在25℃,在氮气下向1-(3-羟基-7-硝基-吩噻嗪-10-基)乙酮(680mg,2.25mmol,1当量)和3-(3-四氢吡喃-2-基氧基丙氧基)环丁醇(621mg,2.70mmol,1.2当量)的甲苯(10mL)溶液中依次加入1,1′-(偶氮二羰基)二哌啶(681mg,2.70mmol,1.2当量)和三丁基膦(546mg,2.70mmol,0.66mL,1.2当量)。将混合物在25℃搅拌10min,然后加热至110℃并搅拌16h。浓缩反应混合物,得到残余物。将残余物通过硅胶柱色谱纯化(石油醚/乙酸乙酯=20∶1至1∶1),得到粗产物,将其通过半制备型反相HPLC(柱:Phenomenex Synergi Max-RP 250*50mm*10um;流动相:[水(0.225%FA)-ACN];B%:50%-80%,25min,45%min)纯化,得到1-[3-硝基-7-[3-(3-四氢吡喃-2-基氧基丙氧基)环丁氧基]吩噻嗪-10-基]乙酮(548mg,1.06mmol,47%收率),为棕色油状物。

在15℃向1-[3-硝基-7-[3-(3-四氢吡喃-2-基氧基丙氧基)环丁氧基]吩噻嗪-10-基]乙酮(548mg,1.06mmol,1当量)的甲醇(10mL)溶液中加入4-甲苯磺酸(37mg,0.21mmol,0.2当量),并将混合物在15℃搅拌2h。用饱和碳酸氢钠水溶液碱化反应混合物直到pH 8-9,然后用乙酸乙酯(10mL×3)萃取。将合并的有机层用盐水(10mL)洗涤,经无水硫酸钠干燥,过滤并减压浓缩,得到残余物。将残余物通过制备型TLC纯化(石油醚/乙酸乙酯=1∶2),得到1-[3-[3-(3-羟基丙氧基)环丁氧基]-7-硝基-吩噻嗪-10-基]乙酮(387mg,0.90mmol,84%收率),为红色油状物。

在0℃向1-[3-[3-(3-羟基丙氧基)环丁氧基]-7-硝基-吩噻嗪-10-基]乙酮(387mg,0.90mmol,1当量)的二氯甲烷(10mL)溶液中依次加入三乙胺(182mg,1.80mmol,0.25mL,2当量)和对甲苯磺酰氯(257mg,1.35mmol,1.5当量),然后将混合物在15℃搅拌12h。将反应混合物浓缩,得到残余物,将其通过制备型TLC(石油醚/乙酸乙酯=1∶1)纯化。获得4-甲基苯磺酸3-[3-(10-乙酰基-7-硝基-吩噻嗪-3-基)氧基环丁氧基]丙酯(305mg,0.52mmol,58%收率),为红色油状物。另外,回收100mg起始材料。

在15℃向4-甲基苯磺酸3-[3-(10-乙酰基-7-硝基-吩噻嗪-3-基)氧基环丁氧基]丙酯(305mg,0.52mmol,1当量)和2-(2,6-二氧代-3-哌啶基)-5-哌嗪-1-基-异吲哚啉-1,3-二酮(217mg,0.57mmol,1.1当量,盐酸盐)的N,N-二甲基甲酰胺(8mL)溶液中加入N,N-二异丙基乙胺(202mg,1.57mmol,0.27mL,3当量)和碘化钾(9mg,0.05mmol,0.1当量),然后在80℃搅拌2h。将反应混合物用20mL水稀释,然后用乙酸乙酯(15mL×3)萃取。将合并的有机层用10mL盐水洗涤,经无水硫酸钠干燥,过滤并减压浓缩,得到残余物。将残余物通过制备型TLC(二氯甲烷/甲醇=10/1)纯化,得到5-[4-[3-[3-(10-乙酰基-7-硝基-吩噻嗪-3-基)氧基环丁氧基]丙基]哌嗪-1-基]-2-(2,6-二氧代-3-哌啶基)异吲哚啉-1,3-二酮(115mg,0.15mmol,28%收率),为黄色固体。

在20℃向5-[4-[3-[3-(10-乙酰基-7-硝基-吩噻嗪-3-基)氧基环丁氧基]丙基]哌嗪-1-基]-2-(2,6-二氧代-3-哌啶基)异吲哚啉-1,3-二酮(115mg,0.15mmol,1当量)的水(1mL)溶液中加入氯化氢/二噁烷(4M,5mL,131.27当量),并将混合物在40℃搅拌6h。浓缩反应混合物,得到残余物。将残余物通过半制备型反相HPLC(25-52%乙腈+0.225%甲酸水溶液,10min内)纯化。获得2-(2,6-二氧代-3-哌啶基)-5-[4-[3-[3-[(7-硝基-10H-吩噻嗪-3-基)氧基]环丁氧基]丙基]哌嗪-1-基]异吲哚啉-1,3-二酮甲酸盐(36mg,0.04mmol,29%收率),为红色固体。

将4-(3-羟基环丁氧基)哌啶-1-羧酸叔丁酯(1.2g,4.42mmol,1当量)、氢氧化钾(744mg,13.27mmol,3当量)和对甲苯磺酰氯(2.53g,13.27mmol,3当量)在四氢呋喃(5mL)中的混合物脱气,并用氮气吹扫3次,然后将混合物在20℃和氮气下搅拌1h。通过加入水(100mL)淬灭反应混合物,并用乙酸乙酯(100mL×3)萃取。将合并的有机层用盐水(50mL×3)洗涤,经无水硫酸钠干燥,过滤并减压浓缩,得到残余物,将其通过柱色谱(石油醚/乙酸乙酯=10/1至1/1)纯化。获得4-[3-(对甲苯磺酰氧基)环丁氧基]哌啶-1-羧酸叔丁酯(1.6g,3.71mmol,84%收率),为白色固体。

根据以下方案并使用以上针对示例性化合物6、7和19所述的方法,将4-[3-(对甲苯磺酰氧基)环丁氧基]哌啶-1-羧酸叔丁酯转化成最终化合物,2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-5-((5-(4-((1r,3r)-3-(4-(((Z)-3-((E)-3-(4-硝基苯基)亚烯丙基)-2-氧代吲哚啉-1-基)甲基)苯氧基)环丁氧基)哌啶-1-基)戊基)氧基)异吲哚啉-1,3-二酮和2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-5-((5-(4-((1r,3r)-3-(4-(((Z)-3-((E)-3-(4-硝基苯基)亚烯丙基)-2-氧代吲哚啉-1-基)甲基)苯氧基)环丁氧基)哌啶-1-基)戊基)氧基)异吲哚啉-1,3-二酮。

在-78℃向6-甲氧基-2-甲基-喹啉(10g,57.73mmol,1当量)的二氯甲烷(100mL)溶液中滴加三溴化硼(43.39g,173.20mmol,16.69mL,3当量)的二氯甲烷(100mL)溶液。将混合物温热至25℃并在25℃搅拌12h。通过加入甲醇(100mL)淬灭灭反应混合物,然后用水(200mL)稀释,并用二氯甲烷(200mL×3)萃取。将合并的有机层用盐水(200mL×3)洗涤,经无水硫酸钠干燥,过滤并减压浓缩。得到2-甲基喹啉-6-醇(9g,56.54mmol),为白色固体,直接用于下一步骤。

在0℃向2-甲基喹啉-6-醇(10g,62.82mmol,1当量)的二甲基甲酰胺(60mL)溶液中加入氢化钠(2.76g,69.10mmol,60%悬浮液,1.1当量)。将反应混合物在25℃下搅拌0.5小时。然后加入溴(甲氧基)甲烷(7.85g,62.82mmol,5.13mL,1当量)。将反应混合物在25℃搅拌2h。通过加入水(200mL)淬灭反应混合物,并用乙酸乙酯(200mL×3)萃取。将合并的有机层用盐水(200mL×3)洗涤,经无水硫酸钠干燥,过滤并减压浓缩。将残余物通过硅胶柱色谱(石油醚/乙酸乙酯=100/1至1/1)纯化。获得6-(甲氧基)-2-甲基-喹啉(11g,54.12mmol),为黄色油状物。

将2-甲氧基吡啶-4-甲醛(2g,14.58mmol,1当量)、6-(甲氧基)-2-甲基-喹啉(2.96g,14.58mmol,1当量)和4-甲基苯磺酰胺(2.50g,14.58mmol,1当量)的甲苯(50mL)溶液在120℃搅拌12h。减压浓缩反应混合物。残余物通过硅胶柱色谱法(石油醚/乙酸乙酯=100/1至1/1)纯化。得到6-(甲氧基)-2-[(E)-2-(2-甲氧基-4-吡啶基)乙烯基]喹啉(4.1g,12.72mmol),为白色固体。

向6-(甲氧基)-2-[(E)-2-(2-甲氧基-4-吡啶基)乙烯基]喹啉(2g,6.20mmol,1当量)在二氯甲烷(20mL)中的溶液中加入三氟乙酸(6.16g,54.02mmol,4mL,8.71当量)。将反应混合物在25℃搅拌0.5h。用碳酸氢钠将pH调节至8。将反应混合物用乙酸乙酯(100mL×3)萃取。将合并的有机层用盐水(150mL×3)洗涤,经无水硫酸钠干燥,过滤并减压浓缩。得到2-[(E)-2-(2-甲氧基-4-吡啶基)乙烯基]喹啉-6-醇(1.4g,5.03mmol),为黄色固体,直接用于下一步骤。

使用示例性化合物1所述的方法,将2-[(E)-2-(2-甲氧基-4-吡啶基)乙烯基]喹啉-6-醇转化为最终化合物,(2S,4R)-1-((S)-2-(叔丁基)-14-((2-((E)-2-(2-甲氧基吡啶-4-基)乙烯基)喹啉-6-基)氧基)-4-氧代-6,9,12-三氧杂-3-氮杂十四酰基)-4-羟基-N-((S)-1-(4-(4-甲基噻唑-5-基)苯基)乙基)吡咯烷-2-甲酰胺。

使用类似的方法制备以下实施例:示例性化合物48。

向2-[2-[2-(2-羟基乙氧基)乙氧基]乙氧基]乙醇(500mg,2.57mmol,1当量)、氢氧化钾(1.16g,20.59mmol,8当量)的四氢呋喃(5mL)溶液中加入对甲苯磺酰氯(1.47g,7.72mmol,3当量)。将混合物在20℃搅拌10min。通过加入水(10mL)淬灭混合物,用乙酸乙酯(10mL×3)萃取,将合并的有机相用盐水(20mL)洗涤,经无水硫酸钠干燥,过滤并减压浓缩。将残余物通过柱色谱(石油醚/乙酸乙酯=100/1至3/1)纯化,得到4-甲基苯磺酸2-[2-[2-[2-(对甲苯磺酰氧基)乙氧基]乙氧基]乙氧基]乙酯(0.9g,1.79mmol),为无色油状物。

在0℃向2-[(E)-2-(2-甲氧基-4-吡啶基)乙烯基]喹啉-6-醇(100mg,0.35mmol,1当量)的二甲基甲酰胺(3mL)溶液中加入NaH(17mg,0.44mmol,60%悬浮液,1.25当量),并将该混合物在25℃搅拌0.5小时。然后加入4-甲基苯磺酸2-[2-[2-[2-(对甲苯磺酰氧基)乙氧基]乙氧基]乙氧基]乙酯(180mg,0.35mmol,1当量)。将反应混合物在50℃搅拌0.5h。将反应混合物用水(50mL)稀释,并用乙酸乙酯(50mL×3)萃取。将合并的有机层用盐水(50mL×3)洗涤,经无水硫酸钠干燥,过滤并减压浓缩。将残余物通过硅胶柱色谱(石油醚/乙酸乙酯=100/1至1/1)纯化。获得4-甲基苯磺酸2-[2-[2-[2-[[2-[(E)-2-(2-甲氧基-4-吡啶基)乙烯基]-6-喹啉基]氧基]乙氧基]乙氧基]乙氧基]乙酯(100mg,0.16mmol,45%收率),为黄色固体。

向4-甲基苯磺酸2-[2-[2-[2-[[2-[(E)-2-(2-甲氧基-4-吡啶基)乙烯基]-6-喹啉基]氧基]乙氧基]乙氧基]乙氧基]乙酯(70mg,0.11mmol,1当量)、2-(2,6-二氧代-3-哌啶基)-5-羟基-异吲哚啉-1,3-二酮(37mg,0.13mmol,1.2当量)的二甲基甲酰胺(3mL)溶液中加入碳酸钾(31mg,0.23mmol,2eq)。将反应混合物在80℃搅拌1h。将反应混合物过滤并减压浓缩。将残余物通过制备型HPLC(柱:Phenomenex Luna C18 150*25mm*10um;流动相:[水(0.1%TFA)-ACN];B%:23%-53%,10min)纯化。获得2-(2,6-二氧代-3-哌啶基)-5-[2-[2-[2-[2-[[2-[(E)-2-(2-甲氧基-4-吡啶基)乙烯基]-6-喹啉基]氧基]乙氧基]乙氧基]乙氧基]乙氧基]异吲哚啉-1,3-二酮(22mg,0.02mmol),为橙色固体。

使用类似的方法制备以下实施例:示例性化合物47。

在0℃向搅拌的3-甲基-1H-吲哚(20g,152.46mmol,1.0当量)和AlCl

向用惰性氮气气氛吹扫并保持的100mL圆底烧瓶中,加入1-(1H-吲哚-3-基)己烷-2-酮(8.0g,37.16mmol,1.0当量)、AcONH

向2-溴-1,3-噻唑-5-羧酸(580mg,2.79mmol,1.0当量)和1-(1H-吲哚-3-基)己-2-胺(786mg,3.63mmol,1.3当量)、DIEA(1.80g,13.93mmol,5.0当量)的DCM(10mL)和THF(10mL)溶液中加入PyBOP(1.75g,3.36mmol,1.2当量)。将反应混合物在室温下搅拌1h。在室温下用50mL水淬灭反应。用EtOAc(3×100mL)萃取所得混合物。将合并的有机相真空浓缩。将残余物通过硅胶柱色谱纯化,用石油醚/EtOAc(80∶20)洗脱,得到2-溴-N-[1-(1H-吲哚-3-基)己烷-2-基]-1,3-噻唑-5-甲酰胺(703mg),为淡黄色固体。

在30-mL密封管中加入N-(1-(1H-吲哚-3-基)己烷-2-基)-2-溴噻唑-5-甲酰胺(325mg,0.80mmol,1.0当量)、哌嗪-1-羧酸叔丁酯(224mg,1.2mmol,1.5当量)、K

将4-(5-((1-(1H-吲哚-3-基)己烷-2-基)-氨甲酰基)-噻唑-2-基)-哌嗪-1-羧酸叔丁酯(225mg,0.44mmol,1.0当量)、DCM(30mL)和TFA(10mL)的溶液在室温下搅拌1h。真空浓缩反应混合物。获得181mg(粗)N-(1-(1H-吲哚-3-基)己烷-2-基)-2-(哌嗪-1-基)噻唑-5-甲酰胺,为淡黄色半固体。

向8-mL密封管中加入N-(1-(1H-吲哚-3-基)己烷-2-基)-2-(哌嗪-1-基)噻唑-5-甲酰胺(103mg,0.25mmol,1.0当量)、2-(2-(2-(2-(甲苯磺酰氧基)乙氧基)乙氧基)乙氧基)乙酸叔丁酯(157mg,0.38mmol,1.5当量)、CH

使用针对示例性化合物1所述的方法,将2-(2-(2-(2-(4-(5-((1-(1H-吲哚-3-基)己烷-2-基)氨基甲酰基)噻唑-2-基)-哌嗪-1-基)乙氧基)乙氧基)乙酸叔丁酯转化为标题化合物。

使用类似的方法制备以下实施例:示例性化合物50。

向用惰性氮气气氛吹扫并保持的500mL 3颈圆底烧瓶中,加入三甘醇(2.50g,16.65mmol,1.00当量)、Ag

向用惰性氮气气氛吹扫并保持的100mL圆底烧瓶中,加入2-(2-[2-[(4-甲基苯磺酰基)氧基]乙氧基)乙醇(1.10g,3.61mmol,1.0当量)和2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-5-羟基异吲哚-1,3-二酮(1.09g,3.98mmol,1.1当量)的DMF(20mL)溶液,向混合物中加入K

向用惰性氮气气氛吹扫并保持的100mL圆底烧瓶中,加入在DCM(15mL)中的2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-5-[2-[2-(2-羟基乙氧基)乙氧基]乙氧基]异吲哚-1,3-二酮(300mg,0.74mmol,1.0当量),向其中加入TEA(298mg,2.95mmol,4.0当量)和TsCl(211mg,1.11mmol,1.5当量)。将所得溶液在室温下搅拌12h。真空浓缩所得混合物。将残余物施加到制备型TLC(DCM:MeOH=10∶1)上,得到219mg 4-甲基苯磺酸2-[2-(2-[[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚-5-基]氧基]乙氧基)乙氧基]乙酯,为黄色油状物。

向N-[1-(1H-吲哚-3-基)己烷-2-基]-2-(哌嗪-1-基)-1,3-噻唑-5-甲酰胺(100mg,0.24mmol,1.0当量)和4-甲基苯磺酸2-[2-(2-[[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚-5-基]氧基]-乙氧基)乙氧基]乙酯(204mg,0.36mmol,1.5当量)在DMF(3ml)中的搅拌混合物中加入DIEA(94mg,0.73mmol,3.0当量)。在氮气气氛下,在油浴中,在70℃搅拌所得混合物过夜。用100mL水淬灭反应。用EtOAc(100×3mL)萃取所得混合物。将合并的有机层用盐水(3×50mL)洗涤,经Na

使用类似的方法制备以下实施例:示例性化合物53和示例性化合物54。

在30mL密封管中,加入2-溴-N-[1-(1H-吲哚-3-基)己烷-2-基]-1,3-噻唑-5-甲酰胺(700mg,1.72mmol,1.0当量)、4-(哌嗪-1-基)苯酚(335mg,1.89mmol,1.1当量)、K

在氮气气氛下,向搅拌的4-羟基邻苯二甲酸1,2-二甲酯(2g,9.52mmol,1.0当量)和K

向在冰/水浴中冷却的0℃50mL圆底烧瓶中,加入1,2-二甲基-4-[2-(2-羟基-乙氧基)乙氧基]邻苯二甲酸酯(1.65g,5.53mmol,1.0当量)、DCM(15mL)、TsCl(1.90g,9.97mmol,1.8当量)和TEA(1.35g,13.3mmol,2.4当量)。将所得混合物在室温下搅拌2h,然后真空浓缩。将残余物通过制备型TLC(石油醚∶EtOAc=58∶42)纯化,得到4-(2-[2-[(4-甲基苯磺酰基)氧基]乙氧基)邻苯二甲酸1,2-二甲酯(1.5g),为淡黄色油状物。

向30mL密封管中加入2-[4-(4-羟基苯基)哌嗪-1-基]-N-[1-(1H-吲哚-3-基)己烷-2-基]-1,3-噻唑-5-甲酰胺(300mg,0.60mmol,1.0当量)、4-(2-[2-[(4-甲基苯磺酰基)氧基]乙氧基)邻苯二甲酸1,2-二甲酯(810mg,1.79mmol,3.0当量)、Cs

向50mL圆底烧瓶中,加入4-[2-(2-[4-[4-(5-[[1-(1H-吲哚-3-基)己烷-2-基]氨基甲酰基]-1,3-噻唑-2-基)哌嗪-1-基]苯氧基]乙氧基)乙氧基]邻苯二甲酸1,2-二甲酯(260mg,0.33mmol,1.0当量)、MeOH(12mL)和NaOH(4M,3.0mL)。将所得混合物在油浴中在40℃搅拌1h。用水/冰浴将反应混合物冷却至0℃,用1M HCl将其pH值调节至5。用3×50mL DCM∶MeOH(10∶1)萃取所得混合物。将有机层合并,经无水硫酸钠干燥并真空浓缩。由此获得216mg4-[2-(2-[4-[4-(5-[[1-(1H-吲哚-3-基)-己烷-2-基]氨基甲酰基]-1,3-噻唑-2-基)哌嗪-1-基]苯氧基]乙氧基)乙氧基]苯-1,2-二羧酸,为淡黄色固体。

在氮气气氛下,向50mL圆底烧瓶中加入4-[2-(2-[4-[4-(5-[[1-(1H-吲哚-3-基)己烷-2-基]氨基甲酰基]-1,3-噻唑-2-基)哌嗪-1-基]苯氧基]乙氧基)乙氧基]苯-1,2-二羧酸(50mg,0.07mmol,1.0当量)、吡啶(5.0mL)和3-氨基哌啶-2,6-二酮(20mg,0.16mmol,2.4当量)。将所得混合物在油浴中在120℃搅拌15h。将反应混合物冷却至室温,然后用50mL水淬灭。用EtOAc(3×50mL)萃取所得混合物。将合并的有机层用盐水(2×30mL)洗涤,经无水Na

使用类似的方法,以及实施例A4295所述的方法,制备以下实施例:示例性化合物55、示例性化合物56、示例性化合物58

向搅拌的(3Z)-1-[(4-羟基苯基)甲基]-3-[(2E)-3-(4-硝基苯基)丙-2-烯-1-亚基]吲哚-2-酮(400mg,1.00mmol,1.0当量)和1-溴-2-(2-溴乙氧基)乙烷(699mg,3.01mmol,3.0当量)在DMF(20mL)中的混合物中加入Cs

向搅拌的1-([4-[2-(2-溴乙氧基)乙氧基]苯基]甲基)-3-[3-(4-硝基苯基)丙-2-烯-1-亚基]吲哚-2-酮(300mg,0.55mmol,1.0当量)、(2S,4R)-4-羟基-1-[2-(3-羟基-1,2-噁唑-5-基)-3-甲基丁酰基]-N-[(1S)-1-[4-(4-甲基-1,3-噻唑-5-基)苯基]乙基]吡咯烷-2-甲酰胺(226mg,0.45mmol,0.8当量)和KI(188mg,1.09mmol,2.0当量)在DMF(5mL)中的溶液中加入K

通过制备型HPLC,在以下条件下分离(2S,4R)-4-羟基-N-[(1S)-1-[4-(4-甲基-1,3-噻唑-5-基)苯基]乙基]-1-[3-甲基-2-(3-[2-[2-(4-[[(3Z)-3-[3-(4-硝基苯基)丙-2-烯-1-亚基]-2-氧代吲哚-1-基]甲基]苯氧基)乙氧基]乙氧基]-1,2-噁唑-5-基)丁酰基]吡咯烷-2-甲酰胺(400mg):柱:XBridge prep OBD C18柱,30*150mm(5um);流动相A:水(10mmol/L NH

通过手性HPLC,在以下条件下分离(2S,4R)-4-羟基-1-(3-甲基-2-(3-(2-(2-(4-(((Z)-3-((E)-3-(4-硝基苯基)亚烯丙基)-2-氧代吲哚啉-1-基)甲基)苯氧基)乙氧基)乙氧基)异噁唑-5-基)丁酰基)-N-((S)-1-(4-(4-甲基噻唑-5-基)苯基)乙基)吡咯烷-2-甲酰胺(190mg):柱:CHIRALPAK IA-3,4.6*50mm(5um);流动相A:MTBE(0.1%DEA),流动相B:EtOH;流速:20mL/min;梯度:在17min内50B到50B;254nm;由此产生(2S,4R)-4-羟基-N-[(1S)-1-[4-(4-甲基-1,3-噻唑-5-基)苯基]乙基]-1-[(2S)-3-甲基-2-(3-[2-[2-(4-[[(3Z)-3-[(2E)-3-(4-硝基苯基)丙-2-烯-1-亚基]-2-氧代吲哚-1-基]甲基]苯氧基)乙氧基]乙氧基]-1,2-噁唑-5-基)丁酰基]吡咯烷-2-甲酰胺(44mg,11%),为红色固体(暂时指定的i-Pr立体中心构型),和(2S,4R)-4-羟基-N-[(1S)-1-[4-(4-甲基-1,3-噻唑-5-基)苯基]乙基]-1-[(2R)-3-甲基-2-(3-[2-[2-(4-[[(3Z)-3-[(2E)-3-(4-硝基苯基)丙-2-烯-1-亚基]-2-氧代吲哚-1-基]甲基]苯氧基)乙氧基]乙氧基]-1,2-噁唑-5-基)丁酰基]吡咯烷-2-甲酰胺(84mg,21%),为红色固体(暂时指定的i-Pr立体中心构型)。

向搅拌的1-[(4-羟基苯基)甲基]-3-[(2E)-3-(4-硝基苯基)丙-2-烯-1-亚基]吲哚-2-酮(400mg,1.00mmol,1.0当量)、2-(2-[2-[(4-硝基苯磺酰基)氧基]乙氧基)乙醇(404mg,1.21mmol,1.2当量)和KI(333mg,2.01mmol,2.0当量)在DMF(5mL)中的混合物中加入Cs

向搅拌的1-[(4-[2-[2-(2-羟基乙氧基)乙氧基]乙氧基]苯基)甲基]-3-[(2E)-3-(4-硝基苯基)丙-2-烯-1-亚基]吲哚-2-酮(449mg,0.85mmol,1.0当量)、DMAP(10mg,0.09mmol,0.1当量)、Et

如以上示例性化合物65-68所述,将4-硝基苯磺酸2-(2-[2-[4-([3-[(2E)-3-(4-硝基苯基)丙-2-烯-1-亚基]-2-氧代吲哚-1-基]甲基)苯氧基]乙氧基)乙酯转化成标题化合物。

使用类似的方法制备以下实施例:示例性化合物69、示例性化合物70、示例性化合物71和示例性化合物72。

使用与示例性化合物36的步骤3的操作组合的类似程序,制备以下实施例:示例性化合物59、示例性化合物60、示例性化合物61、示例性化合物62、示例性化合物63、示例性化合物64。

本申请的以下实施例是由3-1-[(4-羟基苯基)甲基]-3-[3-(4-硝基苯基)丙-2-亚烯基]吲哚啉-2-酮(参见示例性化合物6),使用前面其它实施例所述的相应方法制备的。按照对示例性化合物30所述的示例性方法制备示例性化合物77和78。按照对示例性化合物29和30所述的示例性方法制备示例性化合物79和80。

分析和降解数据

除非另有说明,所有试剂均购自Thermo Fisher Scientific。

示例性化合物示于表1中,相关实验数据示于表2中。

表1.本公开的示例性化合物

表2.通过本公开的示例性化合物进行的目标蛋白质降解

B=相对于DMSO对照,35%至70%的蛋白质剩余;

C=相对于DMSO对照,存在70%至120%的蛋白质;

D=相对于DMSO对照,存在超过120%的蛋白质。

描述了通过PROTAC技术含有α-突触核蛋白募集部分和E3连接酶人小脑蛋白募集部分的新型双官能分子。本公开的双官能分子主动抑制和/或降解α-突触核蛋白,导致显著和持久的α-突触核蛋白抑制和抗神经变性作用。PROTAC介导的蛋白质降解为通过传统方法靶向“不可摧毁的”病理蛋白提供了有前景的策略。

在某些实施方案中,本说明书提供了如表1和2所示的PTM、L和ULM所例示的化合物。即,本说明书涵盖由于互换表1中所例示的PTM、L和ULM部分以提供如本文所述的化合物的另外的实施方案而形成的化合物。

本申请中通篇引用的所有参考文献、专利、待决专利申请和已公布专利的内容以引用方式明确并入本文。

本领域技术人员将认识到或只使用常规实验便能够确定本文所述的本公开的具体实施方案的许多等同物。此类等效物旨在被所附权利要求书涵盖。应当理解,本文所述的详细实施例和实施方案仅为了举例说明目的而给出,且决不视为对本公开的限制。根据其的各种修改或变化将被所属领域的技术人员考虑到,并且包含在本申请的实质和范围内且被视为在所附权利要求书的范围内。例如,可以改变成分的相对数量以优化所期望的效应,可以添加其他成分,且/或可以用类似成分取代一种或多种所述成分。与本公开的系统、方法和工艺相关的其他有利特点和功能从所附权利要求书将显而易见。此外,所属领域的技术人员仅使用常规实验就认识到或能够确定本文所述的本公开的特定实施方案的许多等效物。此类等效物旨在被所附权利要求书涵盖。

参考文献

以下参考文献出于所有目的通过引用整体并入本文。

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