发明领域
本申请涉及CAR-T癌症治疗的方法以及预测响应那些治疗的临床结果的方法。
发明背景
免疫疗法癌症治疗依赖于富集或修饰的人T细胞来靶向和杀死患者的癌细胞。为了增加T细胞靶向和杀死特定癌细胞的能力，已经开发了对T细胞进行工程化改造以表达将T细胞引导至特定靶癌细胞的构建体的方法。包含能够与特定肿瘤抗原相互作用的结合域的嵌合抗原受体(CAR)和工程化T细胞受体(TCR)允许T细胞靶向并杀死表达特定肿瘤抗原的癌细胞。靶向表达CD19的癌细胞的适应性细胞疗法已显示出令人鼓舞的结果及出色的临床效果。仍然需要预测对CAR-T疗法的临床结果。
发明概述
本申请涉及CAR-T癌症治疗的方法以及预测响应那些治疗的临床结果的方法。预测潜在临床结果的方法包括使用基线指数病变积径总和(Sum of Product Diameters ofIndex Lesions)(SPD)和/或基线先前疗法线数目作为指标。
应当理解，本公开的应用不限于在以下实施方案、权利要求书、说明书和附图中阐述的细节。本公开能够具有其他实施方案并且能够以许多其他方式来实践或执行。
以下是本公开的一些示例性实施方案：
实施方案1.在患有癌症的受试者中预测对CD19 CAR-T治疗的响应的方法，其包括测量所述受试者中的基线SPD，确定SPD范围，其中低SPD范围指示对所述CAR-T治疗的阳性响应的可能性。
实施方案2.实施方案1的方法，其中所述SPD能落入4个范围之一内，其中所述SPD落入的范围越低，对CD19 CAR-T治疗的响应的可能性越高。
实施方案3.实施方案2的方法，其中所述4个范围包括以下项：
SPD四分位数1，从约100(包括端点)至约2000mm
SPD四分位数2，从约2000(不包括端点)至约3700mm
SPD四分位数3，从约3700(不包括端点)至约6700mm
SPD四分位数4，从约6700(不包括端点)至约24,000mm
实施方案4.实施方案1至3中任一项的方法，其中当所述基线SPD值在SPD四分位数1至4中时，随后用CD19 CAR-T治疗来治疗所述受试者。
实施方案5.在有此需要的受试者中治疗癌症的方法，其包括对基线SPD值在SPD四分位数1至4中的受试者施用治疗有效量的CD19 CAR-T治疗。
实施方案6.在患有癌症的受试者中预测在CD19 CAR-T治疗后复发的可能性的方法，其包括确定该受试者中的先前疗法线的数目，确定该数目落入4个范围之一内的何处，其中先前疗法线的数目越高，预测所述受试者的CD19 CAR-T治疗后复发的可能性越高。
实施方案7.在患有癌症的受试者中预测对CD19 CAR-T治疗的持续响应的可能性的方法，其包括测量所述受试者中的先前疗法的数目基线，确定该数目落入4个范围之一内的何处，其中范围越低指示对CD19 CAR-T治疗的持续响应的可能性。
实施方案8.实施方案6和7中任一项的方法，其中先前疗法线的数目的范围是1-2；3；4；或≥5。
实施方案9.实施方案6至8中任一项的方法，其还包括随后对所述先前疗法线的数目为1-2；3；4；或≥5的所述受试者施用CD19 CAR-T治疗。
实施方案10.在有此需要的受试者中治疗癌症的方法，其包括对受试者中的先前疗法线的数目为1-2；3；4；或≥5的所述受试者施用治疗有效量的CD19 CAR-T治疗。
实施方案11.实施方案1-10中任一项的方法，其中所述癌症是血液学癌症或复发/难治性弥漫性大B细胞淋巴瘤。
实施方案12.实施方案1-11中任一项的方法，其中所述CD19 CAR-T治疗包括用axicabtagene ciloleucel(Yescarta)、tisagenlecleucel(Kymriah)、JCAR017、JCAR015、JCAR014、Uppsala U.抗CD19 CAR(NCT02132624)或UCART19的治疗。
实施方案13.在有此需要的患者中预测对用抗CD19 CAR-T细胞治疗进行的癌症治疗的长期响应持久性的方法，其包括在单剂治疗后3个月时评估无进展存活，其中3个月时完全或部分响应的实现预测所述患者中的长期响应持久性。
实施方案14.实施方案13的方法，其中所述抗CD19 CAR-T治疗包括用axicabtagene ciloleucel(Yescarta)、tisagenlecleucel(Kymriah)、JCAR017、JCAR015、JCAR014、Uppsala U.抗CD19 CAR(NCT02132624)或UCART19的治疗。
实施方案15.实施方案13或14的方法，其中所述癌症是血液学癌症。
实施方案16.实施方案15的方法，其中所述癌症是复发/难治性弥漫性大B细胞淋巴瘤。
实施方案17.实施方案13至16中任一项的方法，其中长期响应持久性包括持续超过9个月、超过12个月、超过18个月或超过24个月的完全或部分响应。
实施方案18.实施方案1至17中任一项的方法，其中所述受试者≥65岁龄。
实施方案19.实施方案1至17中任一项的方法，其中所述受试者<65岁龄。
实施方案20.实施方案1至19中任一项的方法，其中将所述CD19 CAR-T治疗作为第一线疗法施用。
附图简述
图1显示了通过SPD四分位数的患者的预后。AUC
图2在axicabtagene ciloleucel后3个月时研究者通过响应状态评估的无进展存活的事后分析。显示了在2期的第3个月时具有持续的完全响应、部分响应或疾病稳定的60名患者。x轴显示从嵌合抗原受体T细胞输注起的时间。在3个月时具有部分响应的8名患者中的4名和具有稳定疾病的9名患者中的4名随后转变为完全响应。NR＝未达到。NE＝不能估计。
发明详述
除非本文另有定义，否则与本公开内容结合使用的科学和技术术语应具有本领域普通技术人员通常理解的含义。
如本说明书和所附权利要求书中所使用的，单数形式“一个”，“一种”和“该”包括复数对象，除非上下文另外明确指出。除非特别声明或根据上下文明显，否则如本文所用，术语“或”应理解为包括性的并且涵盖“或”和“和”两者。在本文中使用时术语“和/或”应被视为两个指定的特征或部件中的每个与或不与另一个的具体公开。
如本文所述，任何浓度范围、百分比范围、比率范围或整数范围应理解为包括所述范围内的任何整数的值，以及在适当时其分数(例如整数的十分之一和百分之一)，除非另有说明。除非特别说明或根据上下文明显，否则如本文所用，术语“约”是指在特定值或组成的可接受误差范围内的值或组成，如本领域普通技术人员所确定的，该值或组成将部分取决于如何测量或确定值或组成，即测量系统的限制。例如，根据本领域的实践，“约”或“基本上由...组成”可以表示在一个或超过一个标准偏差内。“约”或“基本上由...组成”可表示最高10％(即±10％)的范围。因此，“约”可以理解为比叙述的数值大或小10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.5％、0.1％、0.05％、0.01％、或0.001％内。例如，约5mg可包括在4.5mg至5.5mg之间的任何量。此外，特别是关于生物系统或过程，术语可以表示多达1个数量级或多达数值的5倍。当在本公开中提供特定值或组成时，除非另有说明，否则应假定“约”或“基本上由…组成”的含义在该特定值或组成的可接受误差范围内。
术语“施用”是指使用本领域技术人员已知的各种方法和递送系统中的任何一种将药剂物理地引入受试者。本文公开的制剂的示例性施用途径包括静脉内、肌内、皮下、腹膜内、脊髓或其他胃肠外施用途径，例如通过注射或输注。如本文所用的短语“胃肠外施用”是指除肠和局部施用以外的施用模式，通常通过注射，包括但不限于静脉内、肌肉内、动脉内、鞘内、淋巴管内、病变内、包膜内、眶内、心内、皮内、腹膜内、气管内、皮下、表皮下、关节内、囊下、蛛网膜下腔、脊柱内、硬膜外和胸骨内注射和输注，以及体内电穿孔。在一些实施方案中，通过非胃肠外途径例如口服施用制剂。其他非胃肠外途径包括局部、表皮或粘膜施用途径，例如鼻内、阴道、直肠、舌下或局部。也可以例如一次、多次和/或在一个或多个延长的时期内进行施用。在一些实施方案中，通过输注进行施用。例如，CD19定向性遗传修饰的自体T细胞免疫疗法的输液袋包括约68mL的嵌合抗原受体(CAR)阳性T细胞悬液。目标剂量可以在每kg体重约1×10
如本文所用的术语“淋巴细胞”包括自然杀伤(NK)细胞、T细胞或B细胞。NK细胞是一类细胞毒性(细胞毒性)淋巴细胞，其代表固有免疫系统的主要组成部分。NK细胞排斥肿瘤和被病毒感染的细胞。它通过凋亡或程序性细胞死亡的过程起作用。它们被称为“天然杀手”，因为它们不需要激活即可杀死细胞。T细胞在细胞介导的免疫中起主要作用(不涉及抗体)。它的T细胞受体(TCR)将自己与其他淋巴细胞类型区分开。胸腺是免疫系统的专门器官，主要负责T细胞的成熟。T细胞有六种类型，即：辅助性T细胞(例如CD4+细胞)、细胞毒性T细胞(也称为TC、细胞毒性T淋巴细胞、CTL、T杀伤细胞、溶细胞性T细胞、CD8+ T-细胞或杀伤性T细胞)、记忆T细胞((i)干记忆T
如本文所用，“患者”包括患有疾病或病症例如癌症(例如，淋巴瘤或白血病)的任何人。术语“受试者”和“患者”在本文可以互换使用。
术语“免疫疗法”是指通过包括诱导、增强、抑制或以其他方式改变免疫响应的方法来治疗患有疾病、或有患上疾病的风险或遭受疾病复发的受试者。免疫疗法的例子包括但不限于T细胞疗法。T细胞疗法可以包括过继T细胞疗法、肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)免疫疗法、自体细胞疗法、工程化自体细胞疗法(eACTTM)和同种异体T细胞移植。本领域技术人员将认识到，本文公开的调理方法将增强任何移植的T细胞疗法的有效性。T细胞疗法的例子记载于美国专利公开文本No.2014/0154228和2002/0006409、美国专利No.5,728,388、和国际公开文本No.WO 2008/081035。其他非限制性例子可以参见美国专利No.9,855,298；美国专利申请公开文本No.20190151361；20190144515；20190093101；20190032011；20190092818；20180369283；20180296601；20180280437；20180230224；20180086846；20180016620。本领域中使用的T细胞疗法的示例性综述包括Jafferji MS,Yang JC,Adoptive T-Cell Therapy for Solid Malignancies,Surg Oncol Clin N Am.2019Jul；28(3):465-479.doi:10.1016/j.soc.2019.02.012.Epub 2019Apr 12；Minutolo NG,Hollander EE,Powell DJ Jr..The Emergence of Universal Immune Receptor T CellTherapy for Cancer,Front Oncol.2019Mar 26；9:176.doi:10.3389/fonc.2019.00176.eCollection 2019；Strati P,Neelapu SS.,Chimeric AntigenReceptor-Engineered T Cell Therapy in Lymphoma,Curr Oncol Rep.2019Mar 27；21(5):38.doi:10.1007/s11912-019-0789-z。
术语“自体的”是指从同一个体衍生，随后该个体接受再导入的任何材料。例如，本文所述的自体细胞疗法(ACT)方法涉及从患者收集淋巴细胞，然后将该淋巴细胞工程化改造以表达例如CAR构建体，然后施用回到同一患者。术语“自体细胞疗法”，可以缩写为“ACT”(也称为过继细胞转移)是收集患者自身的T细胞，然后进行遗传工程化改变以识别和靶向一种或多种特定的肿瘤细胞或恶性疾病的细胞表面上表达的一种或多种抗原的过程。
“治疗有效”是指与无疗法(适当时)或与已知的护理标准相比，使用CD19 CAR-T治疗患者的癌症产生任何已证明的临床益处。可以通过本领域普通技术人员已知的任何方法评估患者群体中的临床益处。在一个实施方案中，可基于客观响应率(ORR)、响应持续时间(DOR)、无进展存活(PFS)，1年时持续响应和/或总体存活(OS)评估临床益处。客观响应率(ORR)定义为达到完全响应(CR)或部分响应(PR)的参与者的比例。
在一些实施方案中，完全响应指示治疗益处。在一些实施方案中，部分响应指示治疗益处。在一些实施方案中，稳定疾病指示治疗益处。在一些实施方案中，总体存活的增加指示治疗益处。在一些实施方案中，治疗有效可以构成疾病进展前时间的改善和/或症状或生活质量的改善。在其他实施方案中，治疗益处可以不转化为疾病控制时间的延长，而是症状负荷的明显减少，从而导致生活质量的改善。
嵌合抗原受体(CAR)
本公开的嵌合抗原受体(CAR或CAR-T)和T细胞受体(TCR)是遗传工程化受体。根据本领域已知的技术，这些工程化受体可以容易地插入包括T细胞在内的免疫细胞中并由其表达。使用CAR，可以对单个受体进行编程，使其既识别特定抗原，又在与该抗原结合时活化免疫细胞以攻击并破坏带有或表达该抗原的细胞。当这些抗原存在于肿瘤细胞上时，表达CAR的免疫细胞可以靶向并杀死肿瘤细胞。
本发明的一个方面是嵌合抗原受体(CAR)或T细胞受体，其包含(i)抗原结合分子，(ii)共刺激域和(iii)激活域。共刺激域可以包含胞外域、跨膜域和胞内域。在一些实施方案中，胞外域包含铰链或截短的铰链域。
在一些实施方案中，抗原结合分子是包含衍生该分子的抗体的抗原结合部分(例如，CDR)的分子。抗原结合分子可包括抗原互补决定区(CDR)。抗原结合分子的实例包括但不限于Fab、Fab’、F(ab’)2和Fv片段、dAb、线性抗体、scFv抗体和由抗原结合分子形成的多特异性抗体。肽体(peptibody)(即，包含肽结合域的Fc融合分子)是合适的抗原结合分子的另一个例子。在一个实施方案中，CD19 CAR构建体包含抗CD 19单链FV。“单链Fv”或“scFv”抗体结合片段包含抗体的可变重(V
在一些实施方案中，CAR包括一个或多个共刺激域。在一些实施方案中，共刺激是以下项的信号传导区：CD28、OX-40、4-1BB/CD137、CD2、CD7、CD27、CD30、CD40、程序性死亡-1(PD-1)、诱导型T细胞共刺激物(ICOS)、淋巴细胞功能相关抗原-1(LFA-1(CDl la/CD18)、CD3 gamma、CD3 delta、CD3 epsilon、CD247、CD276(B7-H3)、LIGHT(肿瘤坏死因子超家族成员14；TNFSF14)、NKG2C、Ig alpha(CD79a)、DAP-10、Fc gamma受体、MHC I类分子、TNF受体蛋白、免疫球蛋白样蛋白、细胞因子受体、整联蛋白、信号传导淋巴细胞活化分子(SLAM蛋白)、活化NK细胞受体、BTLA、Toll配体受体、ICAM-1、B7-H3、CDS、ICAM-1、GITR、BAFFR、LIGHT、HVEM(LIGHTR)、KIRDS2、SLAMF7、NKp80(KLRF1)、NKp44、NKp30、NKp46、CD19、CD4、CD8alpha、CD8beta、IL2R beta、IL2R gamma、IL7R alpha、ITGA4、VLA1、CD49a、ITGA4、IA4、CD49D、ITGA6、VLA-6、CD49f、ITGAD、CDl ld、ITGAE、CD103、ITGAL、CDl la、LFA-1、ITGAM、CDl lb、ITGAX、CDl lc、ITGBl、CD29、ITGB2、CD18、LFA-1、ITGB7、NKG2D、TNFR2、TRANCE/RANKL、DNAM1(CD226)、SLAMF4(CD244、2B4)、CD84、CD96(Tactile)、CEACAM1、CRT AM、Ly9(CD229)、CD160(BY55)、PSGL1、CD100(SEMA4D)、CD69、SLAMF6(NTB-A、Lyl08)、SLAM(SLAMF1、CD150、IPO-3)、BLAME(SLAMF8)、SELPLG(CD162)、LTBR、LAT、GADS、SLP-76、PAG/Cbp、CD19a、特异性结合CD83的配体或其任何组合。
在一些实施方案中，细胞内域包含以下项的信号传导区：4-1BB/CD137、活化性NK细胞受体、B7-H3、BAFFR、BLAME(SLAMF8)、BTLA、CD100(SEMA4D)、CD103、CD160(BY55)、CD18、CD19、CD19a、CD2、CD247、CD27、CD276(B7-H3)、CD29、CD3 delta、CD3 epsilon、CD3 gamma、CD30、CD4、CD40、CD49a、CD49D、CD49f、CD69、CD7、CD84、CD8alpha、CD8beta、CD96(Tactile)、CDl la、CDl lb、CDl lc、CDl ld、CDS、CEACAM1、CRT AM、细胞因子受体、DAP-10、DNAM1(CD226)、Fc gamma受体、GADS、GITR、HVEM(LIGHTR)、IA4、ICAM-1、ICAM-1、Ig alpha(CD79a)、IL2R beta、IL2R gamma、IL7R alpha、免疫球蛋白样蛋白、诱导性T细胞共刺激物(ICOS)、整联蛋白、ITGA4、ITGA4、ITGA6、ITGAD、ITGAE、ITGAL、ITGAM、ITGAX、ITGB2、ITGB7、ITGBl、KIRDS2、LAT、LFA-1、LFA-1、特异性结合CD83的配体、LIGHT、LIGHT(肿瘤坏死因子超家族成员14；TNFSF14)、LTBR、Ly9(CD229)、淋巴细胞功能相关抗原-1(LFA-1(CDl la/CD18)、MHC I类分子、NKG2C、NKG2D、NKp30、NKp44、NKp46、NKp80(KLRF1)、OX-40、PAG/Cbp、程序性死亡-1(PD-1)、PSGL1、SELPLG(CD162)、信号转导淋巴细胞活化分子(SLAM蛋白)、SLAM(SLAMF1；CD150；IPO-3)、SLAMF4(CD244；2B4)、SLAMF6(NTB-A；Lyl08)、SLAMF7、SLP-76、TNF受体蛋白、TNFR2、Toll配体受体、TRANCE/RANKL、VLA1、或VLA-6、或它们的组合。在一些实施方案中，CAR包含跨膜域和结合分子之间的铰链区。在一些实施方案中，铰链区是IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA、IgD、IgE、IgM、CD28、或CD8 alpha的。
在一些实施方案中，跨膜域是以下项的跨膜域：CD28、4-1BB/CD137、T细胞受体的alpha链、T细胞受体的beta链、CD3 epsilon、CD4、CD5、CD8alpha、CD9、CD16、CD19、CD22、CD33、CD37、CD45、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137、CD154或T细胞受体的Zeta链，或其任何组合。在一些实施方案中，激活域可以衍生自例如任何形式的CD3-zeta。在一些实施方案中，激活域来自DAP10、DAP12或其他TCR型激活信号分子。
在一个方面，本申请涉及CD19 CAR T细胞疗法。在一个实施方案中，CD19 CAR构建体包含抗CD19 scFv域、胞内域、跨膜域、共刺激域和激活域。在一个实施方案中，跨膜域衍生自CD28、4-1BB/CD137，CD8 alpha或其任何组合的跨膜域。在一个实施方案中，共刺激域衍生自CD8、CD28 OX40、4-1BB/CD137或其组合。在一实施方案中，激活域衍生自CD3zeta。在一个实施方案中，CD19 CAR构建体包含4-1BB共刺激域。在一个实施方案中，CD19 CAR构建体包含CD28共刺激域。在一个实施方案中，CD19 CAR构建体包含和抗CD19 scFv、来自CD28的铰链/跨膜和共刺激域和来自CD3zeta的激活域。在一个实施方案中，CAR是axicabtageneciloleucel中表达的CAR。在一个实施方案中，CAR是Kymriah
CAR-T细胞
免疫疗法的T细胞可以被工程化以表达上述或其他的任何CAR，并且被称为CAR-T细胞。CAR-T细胞可以被工程化以表达其他分子，并且可以是以下示例性类型中的任何一种或本领域中可获得的其他类型：第一、第二、第三、第四、第五(等)CAR-T细胞；等等；武装性(Armored)CAR-T细胞、运动型CAR-T细胞、TRUCK T细胞、开关受体CAR-T细胞；基因编辑的CAR T细胞；双受体CAR T细胞；自杀性CAR T细胞、药物诱导性CAR-T细胞、synNotch诱导性CAR T细胞；和抑制性CAR T细胞。
免疫疗法的T细胞可以来自本领域已知的任何来源。例如，可以在体外从造血干细胞群体中分化出T细胞，或者可以从受试者获得T细胞。T细胞可获自例如外周血单个核细胞(PBMC)、骨髓、淋巴结组织、脐带血、胸腺组织、感染部位的组织、腹水、胸腔积液、脾组织和肿瘤。另外，T细胞可以衍生自本领域可用的一种或多种T细胞系。还可以使用本领域技术人员已知的多种技术，例如FICOLL
在一个实施方案中，T细胞是自体T细胞。在一实施方案中，T细胞是自体干细胞(用于自体干细胞疗法或ASCT)。在一个实施方案中，T细胞是非自体T细胞。在一些实施方案中，T细胞获自供体受试者。在一些实施方案中，供体受试者是患有癌症或肿瘤的人类患者。在一些实施方案中，供体受试者是未患有癌症或肿瘤的人类患者。在一些实施方案中，用于T细胞疗法的供体T细胞获自患者(例如，用于自体T细胞疗法)。在其他实施方案中，用于T细胞疗法的供体T细胞获自非患者的受试者。
CD19 CAR-T细胞可以通过制备用于免疫疗法的T细胞的任何制备方法来制备，包括但不限于国际申请No.PCT/US2015/014520(以WO2015/120096公开)和国际申请No.PCT/US2016/057983(以WO2017/070395公开)中描述的那些，其通过引用并入完整并入本文以描述这些方法；用于制备Axicabtagene ciloleucel或
在一个实施方案中，T细胞可获自例如外周血单个核细胞、骨髓、淋巴结组织、脐带血、胸腺组织、感染部位的组织、腹水、胸腔积液、脾组织、和肿瘤。另外，T细胞可以衍生自本领域可获得的一种或多种T细胞系。还可以使用本领域技术人员已知的多种技术，例如FICOLL
在一些实施方案中，通过裂解红细胞并消耗单核细胞从PBMC中分离T细胞，例如通过使用经过PERCOLL
在一些实施方案中，使用如本文所述的方法将PBMC直接用于免疫细胞(例如CAR)的遗传修饰。在一些实施方案中，在分离PBMC之后，进一步分离T淋巴细胞，并且在遗传修饰和/或扩充之前或之后，将细胞毒性和辅助T淋巴细胞分类为幼稚、记忆和效应T细胞亚群。
在一些实施方案中，通过鉴定与这些类型的CD8+细胞的每种相关的细胞表面抗原，将CD8+细胞进一步分类为幼稚、中央记忆和效应细胞。在一些实施方案中，中央记忆T细胞的表型标志物的表达包括CCR7、CD3、CD28、CD45RO、CD62L和CD127，并且对粒酶B呈阴性。在一些实施方案中，中央记忆T细胞是CD8+、CD45RO+和CD62L+ T细胞。在一些实施方案中，效应T细胞对于CCR7、CD28、CD62L和CD127呈阴性，而对于粒酶B和穿孔蛋白呈阳性。在一些实施方案中，将CD4+ T细胞进一步分类为亚群。例如，可以通过鉴定具有细胞表面抗原的细胞群体将CD4+ T辅助细胞分类为幼稚、中央记忆和效应细胞。
T细胞可以被工程化以表达例如嵌合抗原受体(CAR)或T细胞受体(TCR)。将CAR阳性(+)T细胞被工程化以表达与胞内信号传导部分连接的对特定肿瘤抗原具有特异性的胞外单链可变片段(scFv)，所述胞内信号传导部分包含至少一个共刺激域和至少一个激活域。CAR scFv可设计为靶向例如CD19，CD19是由B细胞谱系中的细胞表达的跨膜蛋白，所述B细胞谱系包括所有正常B细胞和B细胞恶性，包括但不限于NHL、CLL和非T细胞ALL。在一些实施方案中，CAR被工程化以将共刺激域表达为单独的多肽链。示例性CART细胞疗法和构建体记载于在美国专利公开文本No.2013/0287748、2014/0227237、2014/0099309和2014/0050708，这些参考文献的全文以引用并入。在一些实施方案中，免疫疗法是自体干细胞疗法，其可以根据本领域描述的方法，包括实施例中的方法进行。CD19 CAR的任何组分都可以包括修饰和/或突变，它们改变CAR-T构建体和/或表达该构建体的细胞的性质，例如那些影响肿瘤识别、T细胞细胞因子产生、T细胞增殖、T细胞活化、T细胞复制、T细胞耗竭、T细胞存活的。在美国专利公开文本No.20170281766中描述了靶向CD19的CAR构建体的一些实例。在一个实施方案中，CD19CAR是在axicabtagene ciloleucel
在一个实施方案中，为了制备CD19定向性遗传修饰自体T细胞免疫疗法，可收获患者自身的T细胞并通过逆转录病毒转导(例如，gamma逆转录病毒转导)离体遗传修饰以表达嵌合抗原受体(CAR)，其包含与CD28和CD3-zeta共刺激域连接的鼠抗CD19单链可变片段(scFv)。在一些实施方案中，CAR包含与4-1BB和CD3-zeta共刺激域连接的鼠抗CD19单链可变片段(scFv)。可以将抗CD19 CAR T细胞扩充并输注回到患者中，在那里它们可以识别并消除表达CD19的靶细胞。在一些实施方案中，抗CD19 CAR T细胞疗法包括用
可以以治疗有效量施用T细胞。例如，T细胞的治疗有效量可以是至少约10
在一些实施方案中，CAR阳性活T细胞的治疗有效量为约0.4×108至约2×108CAR阳性活T细胞。在一些实施方案中，CAR阳性活T细胞的治疗有效量为约0.4x 10
在一些实施方案中，T细胞组合物包含药学上可接受的载体、稀释剂、增溶剂、乳化剂、防腐剂和/或佐剂。在一些实施方案中，组合物包含赋形剂。T细胞组合物的组分容易由本领域普通技术人员确定。
预测对CD19 CAR-T治疗的响应的方法
本文提供的数据证明，受试者中的(SPD)基线指数病变积径总和与对CD19 CAR-T治疗的阳性响应程度相关。因此，在一个实施方案中，本公开提供了在患有癌症的受试者中预测对CD19 CAR-T治疗的响应的方法，其包括测量受试者中的基线指数病变积径总和(SPD)，确定SPD范围，其中低SPD范围指示对CAR-T治疗的阳性响应的可能性。
在一个实施方案中，某个值的SPD可用于指示对CAR-T治疗的响应的可能性。在一个实施方案中，SPD可以落入至少四个范围或四分位数之一内，其中SPD落入的范围越低，与对CD19 CAR-T治疗的响应的可能性更高相关。在一个实施方案中，四个范围包括以下项：SPD四分位数1，从约100(包括端点)至约2000mm
可以通过癌症治疗领域中已知的任何参数来测量临床响应，包括CR或完全响应；ORR或客观响应率；PR或部分响应；和ORR持续响应率。在一个实施方案中，将响应测量为在至少1年的CD19 CAR-T治疗时评估的持续响应率。
在一个实施方案中，随后用CD19 CAR-T治疗来治疗根据本申请被预测为响应CD-19CAR-T治疗的受试者，其中该受试者接受至少一种先前治疗而未接受CAR-T治疗，其中受试者的SPD值为上述SPD四分位数中的任何一个。在一个实施方案中，当受试者落入SPD四分位数1时，对受试者进一步或随后用CD19 CAR-T治疗来进行治疗。在一个实施方案中，当受试者落入SPD四分位数2时，对受试者进一步或随后用CD19 CAR-T治疗来进行治疗。在一个实施方案中，响应是在治疗1年时的持续响应，该癌症是复发/难治性大弥漫性B细胞淋巴瘤，并且治疗是如ZUMA研究中所述的Yescarta ASCT(参见实施例)。
示例性癌症
“癌症”是指一大组以体内异常细胞的不受控制的生长为特征的疾病。不受控制的细胞分裂和生长导致恶性肿瘤的形成，其侵入周围组织，并且还可以通过淋巴系统或血液转移到身体的远处部分。“癌症”或“癌组织”可包括肿瘤。可以通过本公开的方法治疗的癌症的实例包括但不限于免疫系统的癌症，包括淋巴瘤、白血病、骨髓瘤和其他白细胞恶性疾病。在一些实施方案中，本公开的方法可用于减少源自例如以下项的肿瘤的肿瘤大小：骨癌、胰腺癌、皮肤癌、头或颈癌、皮肤或眼内恶性黑素瘤、子宫癌、卵巢癌、直肠癌、肛门区域癌、胃癌、睾丸癌、子宫癌、输卵管癌、子宫内膜癌、宫颈癌、阴道癌、外阴癌、多发骨髓瘤、何杰金氏病，非何杰金氏淋巴瘤(NHL)、原发性纵隔大B细胞淋巴瘤(PMBC)、弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)、滤泡性淋巴瘤(FL)、转化滤泡性淋巴瘤、脾边缘区淋巴瘤(SMZL)、食道癌、小肠癌、内分泌系统癌、甲状腺癌、甲状旁腺癌、肾上腺癌、软组织肉瘤、尿道癌、阴茎癌、慢性或急性白血病、急性髓样白血病、慢性髓样白血病、急性成淋巴细胞性白血病(ALL)(包括非T细胞ALL)、慢性淋巴细胞性白血病(CLL)、儿童实体瘤、淋巴细胞性淋巴瘤、膀胱癌、肾癌或输尿管癌、肾盂癌、中枢神经系统(CNS)新生物、原发性CNS淋巴瘤、肿瘤血管生成、脊髓轴肿瘤、脑干神经胶质瘤、垂体腺瘤、卡波西氏肉瘤、表皮样癌、鳞状细胞癌、T细胞淋巴瘤、环境引起的癌症，包括石棉引起的那些癌症，其他B细胞恶性疾病以及所述癌症的组合。在一个特定实施方案中，癌症是多发性骨髓瘤。在一个实施方案中，本申请的方法适用于对化学疗法或放射疗法响应的癌症，癌症可以对化学疗法或放射疗法有抗性，或癌症是难治性或复发的。在一个实施方案中，难治性癌症指不适合手术干预的癌症，并且该癌症最初对化学疗法或放射疗法无响应，或者癌症随着时间变得无响应。
在另一个实施方案中，通过在不存在新的病变发展的情况下进行治疗，病变尺寸减少小于50％，提示难治性(抗性)疾病。相反，进行性疾病通常表现为任何新病变的出现，先前确定的病变的最长直径增加50％或新的/复发性累及骨髓。在一些实施方案中，复发性疾病反映在达到初始完全响应后任何新病变的出现。在一些实施方案中，在治疗后响应评估期间鉴定难治性或进行性疾病。复发通常是有症状的，并且很少仅根据常规成像鉴定。进行性或复发性疾病可表现为全身性B症状(即发烧、盗汗、体重减轻)、血细胞减少、结外肿块的发展或淋巴结、肝或脾的有症状或无症状肿大。
在一些实施方案中，癌症是急性成淋巴细胞性白血病(ALL)(包括非T细胞ALL)、急性髓样白血病(AML)、B细胞幼淋巴细胞性白血病、B细胞急性淋巴样白血病(BALL)、母细胞性浆细胞样树突细胞新生物、伯基特氏淋巴瘤、慢性淋巴细胞性白血病(CLL)、慢性骨髓性白血病(CML)、慢性髓样白血病、慢性或急性白血病、弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)、滤泡性淋巴瘤(FL)、毛细胞白血病、何杰金氏病、恶性淋巴增生性疾病、MALT淋巴瘤、套细胞淋巴瘤、边缘区淋巴瘤、意义不明的单克隆伽玛病(monoclonal gammapathy of undeterminedsignificance，MGUS)、多发性骨髓瘤、脊髓发育不良和脊髓发育不良综合征、非何杰金氏淋巴瘤(NHL)、浆细胞增生性疾病(包括无症状性骨髓瘤(包括无症状性骨髓瘤(郁积型多发性骨髓瘤或无痛性骨髓瘤)、浆母细胞性淋巴瘤、浆细胞样树突细胞新生物、浆细胞瘤(包括浆细胞恶液质)；单发性骨髓瘤；单发性浆细胞瘤；髓外浆细胞瘤；和多发性浆细胞瘤)、POEMS综合征(也称为克-富二氏(Crow-Fukase)综合征；Takatsuki病和PEP综合征)、原发性纵隔大B细胞淋巴瘤(PMBC)、小细胞或大细胞滤泡性淋巴瘤、脾边缘区淋巴瘤(SMZL)、全身性淀粉样蛋白轻链淀粉样变性、T细胞急性淋巴样白血病(TALL)、T细胞淋巴瘤、转化性滤泡性淋巴瘤或Waldenstrom巨球蛋白血症或其组合。
在一些实施方案中，癌症是血液学癌症。在一个实施方案中，癌症是DLBCL或弥漫性大B细胞淋巴瘤；或PMBCL或原发性纵隔B细胞淋巴瘤；或TFL或转化性滤泡性淋巴瘤。在一个实施方案中，癌症是复发性或难治性大弥漫性B细胞淋巴瘤(DLBCL)。在一个方面，本发明提供了在患者中治疗未另外指明的复发性或难治性弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)、原发性纵隔大B细胞淋巴瘤、高级B细胞淋巴瘤或两种或更多种系统性疗法线后源自滤泡性淋巴瘤的DLBCL的方法，包括：通过以每kg体重约1×10
治疗癌症受试者亚群的方法
在一些实施方案中，本公开的方法可以用于治疗受试者中的癌症，减小肿瘤的大小，杀死肿瘤细胞，防止肿瘤细胞增殖，防止肿瘤生长，从患者中消除肿瘤，预防肿瘤复发，预防肿瘤转移，诱导患者缓解或其任何组合。在某些实施方案中，方法诱导完全响应。在其他实施方案中，方法诱导部分响应。
本文提供的数据指示受试者的SPD或基线指数病变积径总和与对CD19CAR-T治疗的阳性响应程度相关。因此，在另一个实施方案中，本公开提供了在有此需要的受试者中治疗癌症的方法，该方法包括对基线SPD值为SPD四分位数1的受试者施用治疗有效量的CD19CAR-T治疗。在一个实施方案中，本公开提供了在有此需要的受试者中治疗癌症的方法，该方法包括对基线SPD值为SPD四分位数2的受试者施用治疗有效量的CD19 CAR-T治疗。癌症可以是以上列出的癌症的任一种。CD19 CAR-T治疗可以是以上列出的CD19 CAR-T治疗中的任一种。在一个实施方案中，通过上述任何方法测量基线SPD。
SPD四分位数越高，响应越低。响应和治疗益处是相关的。在一些实施方案中，完全响应指示治疗益处。在一些实施方案中，部分响应指示治疗益处。在一些实施方案中，稳定疾病指示治疗益处。在一些实施方案中，总体存活的增加指示治疗益处。在一些实施方案中，治疗有效可以构成疾病进展前时间的改善和/或症状或生活质量的改善。在其他实施方案中，治疗益处可以不转化为疾病控制时间的延长，而是症状负荷的明显减少，从而导致生活质量的改善。
在另一个实施方案中，本公开提供了在有此需要的受试者中治疗癌症的方法，其包括对先前疗法线的数目为1-2；3；4；或≥5的受试者施用治疗有效量的CD19 CAR-T治疗。在一个实施方案中，在有此需要的受试者中治疗癌症的方法，其包括对先前疗法线的数目为1-2的受试者施用治疗有效量的CD19 CAR-T治疗。癌症可以是以上列出的癌症的任一种。CD19 CAR-T治疗可以是以上列出的CD19 CAR-T治疗中的任一种。在一些实施方案中，将CD19 CAR-T治疗用作第一线治疗。
先前疗法线可以是任何先前的抗癌疗法，包括但不限于Bruton酪氨酸激酶抑制剂(BTKi)、检查点抑制剂(例如抗PD1抗体，派姆单抗(pembrolizumab)(Keytruda)、西米普利单抗(Cemiplimab)(Libtayo)、纳武单抗(nivolumab)(Opdivo)；抗PD-L1抗体，阿特珠单抗(Atezolizumab)(Tecentriq)，阿维鲁单抗(Avelumab)(Bavencio)，德瓦鲁单抗(Durvalumab)(Imfinzi)；抗CTLA-4抗体、易普利单抗(Ipilimumab)(Yervoy)，抗CD19抗体(例如博纳吐单抗(Blinatumomab))、抗CD52抗体(例如阿仑单抗(alentuzumab))；同种异体干细胞移植、抗CD20抗体(例如利妥昔单抗)、有或没有利妥昔单抗的全身化疗、利妥昔单抗、蒽环类药物，xxxxxxxxx。先前的疗法也可以与本公开的CD19 CAR T疗法组合使用。在一个实施方案中，合格的患者可以在自体造血干细胞移植(HSCT/ASCT)后的1年内患有最近的疗法难治性的疾病或复发。在一些实施方案中，难治性疾病是难治性大B细胞淋巴瘤(弥散性大B细胞淋巴瘤、原发性纵隔B细胞淋巴瘤、转化的滤泡性淋巴瘤)或复发/难治性CLL。在另一个实施方案中，合格的患者在≥2种先前全身疗法的情况下具有复发性或难治性LBCL。在另一个实施方案中，患者患有急性成淋巴细胞性白血病(ALL)。
在一个实施方案中，本公开提供针对≥65岁龄的患者，用抗CD19 CAR-T进行的T细胞免疫疗法可以诱导较高的持久响应率与可控的安全性概况。在另一个实施方案中，本公开提供针对<65岁龄的患者，用抗CD19 CAR-T进行的T细胞免疫疗法可以诱导较高的持久响应率与可控的安全性概况。在另一个实施方案中，本公开提供了对于≥65岁龄的患者，用axi-细胞/Yescarta进行的抗CD19 CAR-T治疗可以诱导较高的持久响应率与可控的安全性概况。在另一个实施方案中，本公开提供了对于<65岁龄的患者，用axi-细胞/Yescarta进行的抗CD19 CAR-T治疗可以诱导较高的持久响应率与可控的安全性概况。
在一个实施方案中，本公开提供了在有此需要的受试者中治疗癌症的方法，该方法包括对该受试者施用治疗有效的CD19 CAR T疗法，其中受试者≥65岁龄。在一个实施方案中，本公开提供了在有此需要的受试者中治疗癌症的方法，该方法包括对该受试者施用治疗有效的CD19 CAR T疗法，其中受试者<65岁龄。在一个实施方案中，“CD19 CAR T疗法”是指所施用的CAR T细胞的数目。在一个实施方案中，“CD19 CAR T疗法”是指剂量方案，其包括在进行或不进行预调理的情况下的CAR T细胞的量以及施用频率和时机。
在本公开内容的其他地方描述了落入这些方法范围内的CAR T细胞的量、剂量方案、施用方法、受试者、癌症，单独或与另一种化学治疗剂组合，在进行或不进行预调理的情况下，以及对说明书中其他地方所述的任何患者进行。
在一个实施方案中，癌症是上述任何癌症。在一个实施方案中，CD19CAR-T治疗是上述CD19 CAR-T治疗中的任一种。在一个实施方案中，CD19CAR-T治疗包括Yescarta治疗。在一个实施方案中，CD19 CAR-T治疗包括在ZUMA-1研究中描述的治疗或方案(参见实施例)。在一个实施方案中，响应是在治疗1年时的持续响应，该癌症是复发性/难治性大弥漫性B细胞淋巴瘤，并且治疗是如ZUMA研究中所述的
在一个实施方案中，CD19 CAR-T治疗是上述CD19 CAR-T治疗中的任一种。在一个实施方案中，CD19 CAR-T治疗包括Yescarta治疗。在一个实施方案中，CD19 CAR-T治疗包括在ZUMA-1研究中描述的治疗或方案(参见实施例)。在一个实施方案中，响应是在治疗1年时的持续响应，癌症是复发/难治性大弥漫性B细胞淋巴瘤，并且治疗是如ZUMA-1研究中所述的
在一个实施方案中，癌症是难治性DLBCL弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)、原发性纵隔B细胞淋巴瘤(PMBCL)或转化的滤泡性淋巴瘤(TFL)，并且任选地还具有(i)对最后的化学疗法无响应或者ASCT后≤12个月复发和(ii)先前的抗CD20单克隆抗体和蒽环类药物，在调理方案为环磷酰胺500mg/m
在一些实施方案中，方法进一步包括施用化学治疗剂或另外的治疗剂。在一些实施方案中，选择的化学治疗剂是淋巴消减(预调理)化学治疗剂。有益的预调理治疗方案以及相关的有益生物标志物是美国临时专利申请62/262,143和62/167,750中描述的那些，在此通过引用完整并入本文。这些描述了例如调理需要T细胞疗法的患者的方法，该方法包括对患者施用指定有益剂量的环磷酰胺(200mg/m
多种其他治疗剂可以与本文所述的组合物结合使用。例如，潜在有用的其他治疗剂包括PD-1抑制剂，例如纳武单抗
可与本公开内容的抗CD19治疗组合使用的化学治疗剂的其他实例包括烷化剂类(alkylating agents)，诸如塞替派(thiotepa)和环磷酰胺(cyclophosphamide)(CYTOXANTM)；磺酸烷基酯类(alkyl sulfonates)，诸如白消安(busulfan)、英丙舒凡(improsulfan)和哌泊舒凡(piposulfan)；氮丙啶类(aziridines)，诸如苯佐替派(benzodepa)、卡波醌(carboquone)、美妥替派(meturedepa)和乌瑞替派(uredepa)；乙撑亚胺类(ethylenimines)和甲基蜜胺类(methylamelamines)，包括六甲蜜胺(altretamine)、三乙撑蜜胺(triethylenemelamine)、三乙撑磷酰胺(trietylenephosphoramide)、三乙撑硫代磷酰胺(triethylenethiophosphaoramide)和三羟甲蜜胺(trimethylolomelamineresume)；氮芥类(nitrogen mustards)，诸如苯丁酸氮芥(chlorambucil)、萘氮芥(chlornaphazine)、胆磷酰胺(cholophosphamide)、雌莫司汀(estramustine)、异环磷酰胺(ifosfamide)、双氯乙基甲胺(mechlorethamine)、盐酸氧氮芥(mechlorethamine oxidehydrochloride)、美法仑(melphalan)、新氮芥(novembichin)、苯芥胆甾醇(phenesterine)、泼尼莫司汀(prednimustine)、曲磷胺(trofosfamide)、尿嘧啶氮芥(uracil mustard)；亚硝脲类(nitrosoureas)，诸如卡莫司汀(carmustine)、氯脲菌素(chlorozotocin)、福莫司汀(fotemustine)、洛莫司汀(lomustine)、尼莫司汀(nimustine)、雷莫司汀(ranimustine)；抗生素类，诸如阿克拉霉素(aclacinomycin)、放线菌素(actinomycin)、氨茴霉素(anthramycin)、偶氮丝氨酸(azaserine)、博来霉素(bleomycin)、放线菌素C(cactinomycin)、加利车霉素(calicheamicin)、carabicin、洋红霉素(carminomycin)、嗜癌霉素(carzinophilin)、色霉素(chromomycin)、放线菌素D(dactinomycin)、柔红霉素(daunorubicin)、地托比星(detorubicin)、6-二氮-5-氧-L-正亮氨酸、多柔比星(doxorubicin)、表柔比星(epirubicin)、依索比星(esorubicin)、伊达比星(idarubicin)、麻西罗霉素(marcellomycin)、丝裂霉素类(mitomycins)、霉酚酸(mycophenolic acid)、诺拉霉素(nogalamycin)、橄榄霉素(olivomycin)、培洛霉素(peplomycin)、泊非霉素(potfiromycin)、嘌呤霉素(puromycin)、三铁阿霉素(quelamycin)、罗多比星(rodorubicin)、链黑菌素(streptonigrin)、链佐星(streptozocin)、杀结核菌素(tubercidin)、乌苯美司(ubenimex)、净司他丁(zinostatin)、佐柔比星(zorubicin)；抗代谢物类，诸如甲氨蝶呤、和5-氟尿嘧啶(5-FU)；叶酸类似物，诸如二甲叶酸(denopterin)、甲氨蝶呤、蝶酰三谷氨酸(pteropterin)、三甲曲沙(trimetrexate)；嘌呤类似物，诸如氟达拉滨(fludarabine)、6-巯基嘌呤(mercaptopurine)、硫咪嘌呤(thiamiprine)、硫鸟嘌呤(thioguanine)；嘧啶类似物，诸如安西他滨(ancitabine)、阿扎胞苷(azacitidine)、6-氮尿苷、卡莫氟(carmofur)、阿糖胞苷(cytarabine)、双脱氧尿苷(dideoxyuridine)、去氧氟尿苷(doxifluridine)、依诺他滨(enocitabine)、氟尿苷(floxuridine)、5-FU；雄激素类，诸如卡鲁睾酮(calusterone)、丙酸屈他雄酮(dromostanolone propionate)、表硫雄醇(epitiostanol)、美雄烷(mepitiostane)、睾内酯(testolactone)；抗肾上腺类，诸如氨鲁米特(aminoglutethimide)、米托坦(mitotane)、曲洛司坦(trilostane)；叶酸补充剂，诸如亚叶酸(folinic acid)；醋葡醛内酯(aceglatone)；醛磷酰胺糖苷(aldophosphamideglycoside)；氨基乙酰丙酸(aminolevulinic acid)；安吖啶(amsacrine)；bestrabucil；比生群(bisantrene)；依达曲沙(edatraxate)；地磷酰胺(defosfamide)；地美可辛(demecolcine)；地吖醌(diaziquone)；elfornithine；依利醋铵(elliptinium acetate)；依托格鲁(etoglucid)；硝酸镓；羟脲(hydroxyurea)；香菇多糖(lentinan)；氯尼达明(lonidamine)；米托胍腙(mitoguazone)；米托蒽醌(mitoxantrone)；莫哌达醇(mopidamol)；二胺硝吖啶(nitracrine)；鬼臼酸(podophyllinic acid)；蛋氨氮芥(phenamet)；吡柔比星(pirarubicin)；洛索蒽醌(losoxantrone)；2-乙基酰肼(ethylhydrazide)；丙卡巴肼(procarbazine)；
在一些实施方案中，抗原结合分子(例如，上面列出的抗体)，转导的(或以其他方式工程化改造的)细胞(例如，CAR)和化学治疗剂各自以有效治疗受试者中的疾病或病况的量施用，单独或与本文所述的其他药剂和治疗组合。
预测复发可能性的方法
本文提供的数据指示受试者中先前疗法线的数目与CD19 CAR-T治疗后复发的程度或可能性相关。因此，在一个实施方案中，本公开提供了在患有癌症的受试者中预测CD19CAR-T治疗后复发的可能性的方法，其包括确定受试者中先前疗法线的数目，确定该数目落入至少4个范围之一内的何处，其中先前疗法线的数目越高，则预测受试者在治疗后复发的可能性越高。
在一个实施方案中，先前疗法线的数目的四个范围是1-2；3；4；以及5。在一个实施方案中，先前疗法线包括先前抗-CD20单克隆抗体、蒽环类药物、适当的护理标准及其组合中的任何一种或多种。在一个实施方案中，预测方法还包括在具有多种上述任何范围的先前治疗线的情况下对受试者施用CD19 CAR-T治疗。在一个实施方案中，对已经进行1-2种先前疗法线的受试者施用治疗。在一个实施方案中，在治疗后≤12个月测量复发程度，癌症是复发/难治性大弥漫性B细胞淋巴瘤，并且治疗是如ZUMA研究中所述的Yescarta ASCT(参见实施例)。
预测患有癌症的受试者对CAR-T治疗的响应的可能性的方法
本文提供的数据还指示受试者中先前疗法线数目与对CD19 CAR-T治疗的阳性响应程度相关。因此，本公开还提供了在患有癌症的受试者中预测对CD19 CAR-T治疗的响应的可能性的方法，包括测量受试者中先前疗法线的基线数目，确定该数目在4个范围之一之内的何处，其中受试者落入的范围越低，对CD19 CAR-T治疗的持续响应的可能性越高。
在一个实施方案中，先前疗法线的数目的四个范围是1-2；3；4；以及≥5。在一个实施方案中，先前疗法线包括先前抗CD20单克隆抗体、蒽环类药物、环磷酰胺、氟达拉滨、适当的护理标准及其组合中的任何一种或多种。
在一个实施方案中，癌症是以上所列的任何一种。在一个实施方案中，CD19 CAR-T治疗包括以上公开的任何治疗。
在一个实施方案中，预测方法还包括在具有上述任何范围的多个先前治疗线的情况下对受试者施用CD19 CAR-T治疗。在一个实施方案中，对已经接受1-2种先前疗法线的受试者施用治疗。在一个实施方案中，响应是在治疗1年时的持续响应，癌症是复发/难治性大弥漫性B细胞淋巴瘤，并且治疗是如ZUMA研究中所述的Yescarta ASCT(参见实施例)。
可以通过癌症治疗领域中已知的任何参数来测量临床响应，包括CR或完全响应；ORR或客观响应率；PR或部分响应；和ORR或持续响应率。在一个实施方案中，将响应测量为在CD19 CAR-T治疗1年时评估的持续响应。
以下非限制性实例和数据说明了与本公开的细胞和疗法的方法和用途有关的各个方面和特征。在一些实施方案中，化合物的本发明方法和用途提供了令人惊讶，出乎意料并且与此相反的结果和数据。尽管通过使用几种可与其一起使用的细胞或化合物来说明本发明方法的效用，但是本领域技术人员将理解，用各种其他细胞或化合物可获得相当的结果，如在本公开的范围内匹配的。
在这些实施例的上下文中，ASCT是指自体干细胞移植；DLBCL，弥漫性大B细胞淋巴瘤；ECOG，东部合作肿瘤小组的表现状态；IPI，国际预后指数；PD，进行性疾病；PMBCL，原发性纵隔B细胞淋巴瘤；SPD，积径总和；和TFL转化性滤泡性淋巴瘤。
实施例
实施例1
在难治性大B细胞淋巴瘤患者中Axicabtagene Ciloleucel关键2期研究中先前疗法线得到的结果。
Axicabtagene ciloleucel(axi-cel)是一种自体嵌合抗原受体(CAR)T细胞疗法，其可识别和消除表达CD19的细胞。在关键(pivotal)1/2期多中心试验(ZUMA-1)中，治疗了108名难治性大B细胞淋巴瘤患者(中值随访，15.4个月)，并且显示82％的客观响应率，其中58％完全响应(CR)；持续响应为42％，包括40％CR；13％≥3级细胞因子释放综合征(CRS)；28％≥3级神经学事件。
在1期中，受试者(n＝7)患有难治性DLBCL弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)、原发性纵隔B细胞淋巴瘤(PMBCL)或转化性滤泡性淋巴瘤(TFL)。2期由两个分组组成。分组1(n＝77)中的受试者患有难治性DLBCL。分组2(n＝24)中的受试者患有难治性PMBCL/TFL。其他合格标准包括(i)对最后的化学疗法无响应或者ASCT后≤12个月复发，以及(ii)先前的抗CD20单克隆抗体和蒽环类药物。在调理方案为环磷酰胺500mg/m
治疗按以下顺序包括几个步骤：筛查、白细胞单采术和调理化学疗法，然后输注Axi细胞。制备在白细胞单采术和调理化学疗法之间进行。Axi-Cel输注在第0天发生。在第7天后，在随访期间进行治疗后评估和长期随访。第一次肿瘤评估在第28天进行。按照研究方案不允许进行桥接化学疗法。
以下参数用于评估和统计分析：安全性和功效结果通过先前疗法线的数目评估：1、2、3、4或≥5种先前疗法线；自体干细胞移植被认为是先前的疗法线；通过肿瘤负担的四分位数评估安全性和疗效结果；通过研究者评估，根据Cheson 2007年标准(Neelapu SSand Locke FL,et al.Blood.2016；128:LBA-6)，以指数病变积径总和(SPD)评估肿瘤负荷；和/或指数病变SPD可不代表患者的全部疾病。
结果显示，具有更多先前疗法线的患者更有可能在ASCT后复发，并且具有更高的国际预后指数评分和疾病阶段。这与较高的SPD一致(表1)。
表1：基线特征。ASCT，自体干细胞移植；DLBCL，弥漫性大B细胞淋巴瘤；ECOG，东部合作肿瘤小组的表现状态；IPI，国际预后指数；PMBCL，原发性纵隔B细胞淋巴瘤；SPD，积径总和；TFL，转化性滤泡性淋巴瘤。
此外，在先前疗法线中，产品特征相似(参见表2和表3)。在ZUMA-1登记前对疗法线进行计数。
表2：产品特性。
表3：按先前疗法线计的响应率。CR，完全响应；ORR，客观响应率；PR，部分响应。
此外，在先前治疗线中，≥3级CRS的比率相似(数据未显示)。对于具有≥5先前疗法线的患者，存在≥3级严重不良事件和神经学事件比率增加的趋势。
表4显示了按先前疗法线计的CAR T细胞扩充。数目是在ZUMA-1上登记前计算的。
表4：按先前疗法线计的CAR T细胞扩充。AUC
基线特征提示具有更多先前疗法线的患者具有更高的IPI和疾病阶段。此外，通过指数化的SPD对结果进行评估。表5中显示的结果提示，SPD的最低四分位数(中值840mm
表5：按四分位数计的SPD。
持续响应的比例随着SPD的更高四分位数而降低(图1)。在SPD的最低四分位数内的患者中，≥3级CRS和神经学事件也最少发生。
结果证明了axi-cel对难治性大B细胞淋巴瘤患者显示长期临床益处，而不论先前疗法线的数目和SPD。在所有治疗线中，axi-cel也以相似的产品特征制备。CAR峰扩展、曲线下面积和范围在具有1-4个先前疗法线的患者中相当。此外，该研究显示SPD较低的患者在1年时观察到较高的持续响应率，并且指数病变SPD在SPD的最低四分位数内的患者中观察到CRS和神经学事件的较低比率。
实施例2
难治性大B细胞淋巴瘤中Axicabtagene Ciloleucel的长期活性
在本研究中，用axicabtagene ciloleucel治疗超过100名难治性大B细胞淋巴瘤患者，并且其癌症进展在单一治疗后追踪超过两年。结果显示了axicabtagene ciloleucel可诱导持久响应，并且平均总体存活超过2年。在所有患者亚组中，结果是相似的，所述亚组包括大比例的患有活化B细胞样、双重表达子和高级B细胞淋巴瘤的患者。
登记119名患者并且108名接受治疗。先前疗法线数目间的患者分布情况如下：1期：中值(IQR)3(3-4)；1种线(0例)；2种线(1名患者，14％)，3种线(6名患者，86％)。2期：中值(IQR)3(2-4)；1种线(3名患者，3％)；2种线(28名患者，28％)，3种线(70名患者，69％)。此外，在1期中，1名患者(14％)具有原发性难治性疾病史，并且1名患者(14％)具有对两种连续线的抗性的历史。在2期中，26名患者(26％)具有原发性难治性疾病史，并且54名患者(53％)具有对两种连续线的抗性的历史。原发性难治性疾病后，患者可以已经具有其他疗法。
关于癌症表征，在评估来源细胞的74名患者中，52名(70％)患有生发中心B细胞样疾病，并且18名(24％)患有活化的B细胞样疾病。在47名具有预处理肿瘤样品的患者中，30名(64％)患有双表达子B细胞淋巴瘤，并且7名(15％)患有高级B细胞淋巴瘤，包括1名(2％)患有三重命中高级B-细胞淋巴瘤，4名(9％)患有双重命中高级B细胞淋巴瘤，以及两名(4％)患有未另作说明的高级B细胞淋巴瘤。
对2期中可评估活性的101名患者随访达27.1个月的中值(IQR25.7–28.8)。根据研究人员的评估，101名患者的84名(83％)对治疗具有客观响应，59名(58％)具有完全响应，并且25名(25％)具有部分响应。10名(10％)的患者具有稳定疾病，5名(5％)具有进展性疾病作为最佳响应，并且2名(2％)无法评估。
响应前的中值时间为1个月(IQR 1-1)。在1个月时具有部分响应的33名患者中的11名和在1个月时具有稳定疾病的24名患者中的11名随后达到完全响应，在6个月时发生许多转化。在33名双重表达子和高级B细胞淋巴瘤患者中，30名(91％)表现出客观响应，并且23名(70％)表现出完全响应。所有101名患者的中值持续时间为11.1个月(95％CI 4.2-无法估算)。
持续响应在关键基线和临床协变量之间是一致的。中值无进展存活为5.9个月(95％CI 3.3-15)。24个月时具有无进展存活的患者的估计比例在3个月时具有完全响应的患者中为72％(95％CI 56.0-83.0)，在3个月时具有部分响应的患者中为75％(31.5-93.1)，以及在3个月时具有稳定疾病的患者中为22.2％(3.4-51.3)。未达到中值总体存活(95％CI 12.8-无法估算)，估计的24个月存活比例为50.5％(95％CI 40.2-59.7)。没有患者失去随访。
24个月时的持续响应与输注后的前28天中更高的CAR T细胞峰值浓度和曲线下面积相关。到24个月时，32名可评估患者的11名(34％)维持持续响应，不再具有可检测的工程化T细胞。输注后2年的安全性概况与较短的时间表的那些安全性概况相似。
通过3个月时响应的无进展存活分析提示，在3个月时完全或部分响应的实现可能是长期响应持久性的预测(图2)。输注三个月后，35名具有持续响应的可评估患者的6名(17％)具有外周血中可检测到的B细胞。在9个月时，33名可评估患者的20名(61％)具有可检测的B细胞，并且在24个月时，32名可评估患者的24名(75％)具有可检测的B细胞。
这些结果提示，用axicabtagene ciloleucel单次输注治疗的难治性大B细胞淋巴瘤患者表现出持续超过2年的持久响应，并且不需要进一步的巩固疗法。在几种治疗线难治性的此患者群体中，所有患者亚组中的结果是相似的，所述患者群体包括大比例的具有活化的B细胞样、双重表达子和高级B细胞淋巴瘤的患者。2年时未达到中值总体存活，估计的24个月存活比例为50.5％(95％CI 40.2-59.7)。相反，传统疗法的预期中值总体存活为约6个月，而2年总体存活为约20％。
尽管靶向CD19和预期诱导B细胞不发育，但是迟发性3级以上严重感染的频率是较低的。具有持续响应的可评估患者的75％到24个月时显示B细胞恢复的证据，并且某些患者中在9个月时注意到B细胞恢复的启动。这些具有持续响应恢复B细胞的患者提示患有淋巴瘤的成人中持续响应可能不需要功能性CAR T细胞的长期持续。
实施例3
在难治性大B细胞淋巴瘤(LBCL)中Axicabtagene Ciloleucel(Axi-Cel)的1/2期研究中≥65岁龄患者的疗效和安全性结果
符合条件的难治性大B细胞淋巴瘤(LBCL)患者进行白细胞单采术，并且接受环磷酰胺500mg/m
对于2期患者(n＝101)，中值随访为27.1个月。按年龄组的疗效分布如下：≥65岁(n＝24)和<65岁(n＝77)的患者的ORR分别为92％和81％(CR率分别为75％和53％；PR 17％对27％)，42％和38％的患者具有持续响应(持续CR 42％和35％)。24个月的OS率对于≥65岁的患者为54％，并且对于<65岁的患者为49％。在100％≥65岁的患者和98％<65岁的患者中观察到≥3级AE。≥3级的神经学事件和细胞因子释放综合征分别在44％对28％和7％对12％的≥65岁对<65岁的患者中发生。年龄组间的≥3级细胞因子释放综合征(CRS)和神经学事件(NE)的比率相似。CRS包括发热、低血压和缺氧。NE包括脑病、精神混乱状态、失语、躁动(agitation)和谵妄。任何级别和≥3级的血细胞减少症(血细胞减少症、血小板减少症、中性粒细胞减少症、贫血)在年龄组间是一致的。≥65岁和<65岁龄的患者分别的26％和32％接受静脉内免疫球蛋白疗法。
与<65岁的患者相比，≥65岁的患者表现出疾病进展作为对最后的先前疗法的最佳响应和3至4的IPI得分(≥60岁龄是IPI评分的组分)。对于≥65岁和<65岁的患者，Axi-cel可以诱导高比率的持久响应与可控的安全性概况。难治性LBCL的老年患者通常具有有限的治疗选项。2年分析的结果说明了治疗疗效(客观响应率83％；58％完全响应率；39％持续响应；N＝101；中值随访，27.1个月)和安全性(迟发性不良事件主要是可控制的感染，并且没有迟发性axi-cel相关的细胞因子释放综合征、神经系统事件或死亡的发生；N＝108)。
机译： 嵌合抗原受体T细胞疗法
机译： 嵌合抗原受体T细胞疗法
机译： 用于双重靶向嵌合抗原受体T细胞疗法的蛋白酶切换
