一种基于长短时记忆网络的蛋白质二级结构预测方法

摘要

一种基于长短时记忆网络的蛋白质二级结构预测方法，首先，根据输入残基数为L的待进行二级结构预测的蛋白质序列信息，分别使用HHblits和PSI‑BLAST程序获取特征矩阵PSFM和PSSM；然后，将以上两个矩阵组合为一个特征矩阵F并将其转化为特征张量；其次，我们将蛋白质序列处理成残基样本；再次，搭建长短期记忆网络和条件随机场模型，利用已知二级结构的蛋白质序列构建数据集并训练所搭建的网络，最后，将待进行二级结构预测的蛋白质序列的残基样本输入到训练的模型中，得到序列的二级结构。本发明提供一种计算代价低、划分精度高的一种基于长短时记忆网络的蛋白质二级结构预测方法。