一种基于二面角熵值的蛋白质两阶段构象空间优化方法

摘要

一种基于二面角熵值的蛋白质两阶段构象空间优化方法，首先，利用Rosetta协议的第一、二阶段对种群进行初始化；在探索阶段，迭代Rosetta协议的第三阶段进行大范围的构象搜索，并以每一代种群中二面角熵值的变化作为阶段切换的标准；增强阶段在Rosetta协议第四阶段的基础上对loop区域的残基的二面角进行随机局部扰动，并引入二面角能量结合Rosetta score3能量函数指导构象更新，增强对loop区域探索的同时减小能量函数不精确带来的不利影响。本发明提供一种预测精度较高的基于二面角熵值的蛋白质两阶段构象空间优化方法。