一种基因转录变异几率及变异方向的算法

摘要

本发明公开了一种基因转录变异几率及变异方向的算法，海量的高通量数据以及对检测结果的准确性要求使得InDel检测面临着大的挑战，若直接将短序列比对到参考序列上会出现两个问题，一个是映射过程中计算复杂需要很长时间，另一个是当read在参考序列上存在匹配时，read将会映射到其在参考序列的第一个匹配，这通常不是最佳匹配，为了解决以上两个问题，本发明先对滑窗方法产生的参考序列的seed集合进行构建哈希表，然后在比对时利用哈希表对read进行定位先对滑窗方法产生的参考序列的seed集合进行构建哈希表，由于参考序列信息量大，而哈希表耗内存，因此在创建哈希表的同时对序列进行了二进制压缩，使得内存占用大大减少。