猪THRSP基因启动子变异对THRSP表达及其靶基因转录水平的影响

摘要

THRSP基因作为甲状腺素受体调控和激活转录因子，参与调控了多种在脂肪合成途径中起到调节作用的酶类，在组织特异的脂类代谢调控中起重要作用。本文以三元杂交猪（杜洛克×[大白×长白]）为研究对象，通过对样本猪肝脏THRSP调控区SNP检测，多态片段基因型鉴定，分析不同启动子基因型(A组、D组、F组)调控脂肪合成途径中相关酶的基因转录及其影响。采用RNA-Seq和荧光定量PCR方法，检测THRSP及候选靶基因在不同基因型猪肝脏组织中的表达差异。结果表明：
　　（1）THRSP基因启动子区5个突变位点分别是位于CDS上游的A-95T、G-98A、A-376G、T-400C和C-459T，分别构成3种启动子基因型CCTTGGGGAA（A组）、CCCCAAAATT（D组）和CCTCGAGAAT（F组）。
　　（2）A组猪的THRSP基因表达水平显著高于D组，显示为上调(P<0.05)，杂合子F组的表达则介于两者之间，表现中间型表达水平，并且THRSP表达水平显示为A>F>D组(P<0.05)；
　　（3）qPCR检测显示，候选靶基因mRNA的表达丰度也存在显著差异，其中候选靶基因苹果酸酶1（ME1）、柠檬酸裂合酶(ACL)、脂肪酸合酶(FASN)和磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶(PEPCK)的mRNA表达量均以A组最高，D和F组两组差异不显著；
　　（4）RNA-Seq结果显示THRSP表达水平对苹果酸酶3（ME3）和FASN的转录水平影响达到显著水平（P<0.05），其中高水平组（A组）的THRSP能显著上调ME3和FASN的转录水平，但THRSP的3种转录水平对PEPCK1、PEPCK2和ACL的mRNA表达量均未能造成明显的影响（p>0.05）。

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文 献 综 述

1 猪的体脂沉积

2 THRSP及其靶基因

3 基因表达的检测方法

1引 言

2 材料与方法

2.1 材料

2.2 方法

3 结果与分析

3.1 THRSP基因型检测与验证

3.2 不同基因型对THRSP基因表达的影响

3.3 THRSP水平对候选靶基因转录的影响

3.4 THRSP脂肪合成代谢相关途径的候选靶基因分析

4讨论

4.1 影响荧光定量PCR结果的主要因素

4.2 THRSP基因表达的调控

4.3 THRSP基因5’调控区SNP联合启动效率

4.4 THRSP靶基因的表达差异

5 结论

参考文献

致谢

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