本发明公开了一种水稻早熟等位基因、其分子标记及应用。水稻早熟等位基因命名为early heading date 5(ehd5)/OsphyB,其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。所述的分子标记能够区分所述水稻早熟等位基因距离起始编码位点831‑832bp处TG/GT碱基的变异,引物碱基序列如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示。本发明涉及的早熟基因是一种新的等位基因,在两系杂交水稻制种过程中利用该等位基因有利于提升水稻制种的安全系数,采用分子标记辅助将该等位基因导入常规粳稻中则有助于选择早熟新品系。
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