一种基于分子动力学模拟筛分黄酮类化合物抗雄活性方法

摘要

本发明公开了一种基于分子动力学模拟筛分黄酮类化合物抗雄活性方法，受试黄酮化合物结构经过优化后和同源模建获得的受体文件进行对接组成复合物，然后用GROMACS软件包进行分子动力学模拟20纳秒，计算黄酮化合物受体的12号螺旋8～20ns均方根偏差，将数据导入R语言包，计算出的标准偏差及残差建立区分模型，再将模糊区域中的化合物通过考察其在受体中的运动轨迹及计算的均方根偏差，排除无活性化合物。本发明首次引入定量判断，并运用定量和定性结合来提高预判的精确度，使得抗性和无抗性黄酮的区分率达到87.5％，无抗性黄酮的筛除率达到90％，不仅能够大幅削减实验室工作量，减少试验品消耗，节约资源，还能大幅提高QSAR预测的准确性，使得QSAR能够真正实现应用。