用于局部序列比对的方法和系统

摘要

一种核酸测序的方法包括：(a)将多个模板多核苷酸链安置在于传感器阵列上安置的多个限定空间中，所述模板多核苷酸链中的至少一些具有测序引物和与所述引物可操作地结合的聚合酶；(b)使具有所述测序引物和与所述引物可操作地结合的聚合酶的所述模板多核苷酸链暴露于根据预定排序流动的一系列核苷酸物质流；(c)基于所述核苷酸物质流测定所述限定空间中的多个所述模板多核苷酸链的序列信息以产生对应于所述模板多核苷酸链的多个测序读数；以及(d)使用包含基于序列的生物变化的第一组比对准则或罚分和基于测序错误模式的第二组比对准则或罚分的比对方法比对所述多个测序读数。