基于完全基因组且无序列比对的用于新缘分析的严格距离度量

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大多数基于完全基因组且无序列比对的用于亲缘分析的距离方法中存在一个不足之处,就是这些距离在数学意义下并不是严格的距离。
　　本文首先介绍基于完全基因组的四种建树的字符串距离方法,这些距离基于原始的基因组序列得到的字,并不需要进行序列比对的过程。接着提出了两种新的距离,弦距离和分段距离,来替代以前在动力学语言方法中的距离。
　　用四个基因组数据对这种替换从生物学角度进行评价。
　　发现这两种严格的距离度量所产生的亲缘树与用旧的距离所产生的亲缘树相同或相似,并且与用16sRNA所产生的树在大多数分支上是一致的。因此,本文所提出的两个严格距离改良了动力学语言构建亲缘树的方法。

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作者
战晓文;
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作者单位

湘潭大学;

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授予单位湘潭大学;
学科应用数学
授予学位硕士
导师姓名喻祖国;
年度 2010
页码
总页数
原文格式 PDF
正文语种中文
中图分类生物信息论;
关键词
生物信息学; 亲缘分析; 完全基因组; 严格距离度量;
入库时间 2022-08-17 11:20:49

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