原种事件A5547-127以及在生物样品中鉴定此类事件的方法和试剂盒

摘要

本发明提供了能够在生物样品中快速和清楚鉴定原种事件A5547-127的手段。

说明书

本申请是申请日为2006年4月4日的、发明名称为“原种事件A5547-127以及在生物样品中鉴定此类事件的方法和试剂盒”的中国专利申请200680011600.1(PCT/EP2006/003455)的分案申请。

发明领域

本发明涉及鉴定在生物样品中存在包含特定转化事件A5547-127的植物材料，以及包含此类事件的转基因大豆植物、植物材料和种子的方法和试剂盒。本发明的大豆植物将除草剂耐受表型与农艺学特征、遗传稳定性和对不同遗传背景的适应性结合在一起，等同于缺乏杂草压力的非转化大豆品系。

发明背景

在植物中转基因的表型表达依据基因自身结构和其在植物基因组中的位置而决定。同时，转基因(外源DNA)存在于基因组的不同位置将以不同方式影响植物的整体表型。在农艺学或工业上，通过基因操作向植物中成功引入商业上感兴趣的性状是一个依赖于不同因素的漫长过程。遗传转化的植物实际上的转化和再生仅仅是一系列选择步骤的第一步，这一系列步骤包括广泛的遗传特征鉴定、育种和田间试验的评估，最终导致原种事件的选择。

考虑到在新食品/饲料、GMO和非GMO产品的分离以及独有材料的鉴定方面的讨论，对于原种事件的明确鉴定变得日益重要。理想的此类鉴定方法是既迅速又简单、不需要很多的实验室装置。此外，该方法应该提供在没有专家解释的情况下允许明确鉴定原种事件的结果，但是如果需要可以展示给专家详察。

通过用包含编码耐受膦丝菌素的合成pat基因的质粒转化大豆，选择A5547-127作为在大豆(GlycinemaxL.)发育中对抗除草剂的原种事件，并且可以作为Liberty大豆商业销售。这里描述在生物样品中鉴定原种事件A5547-127的简单和明确的方法中使用的手段。

发明概述

本发明涉及在生物样品中鉴定原种事件A5547-127的方法，其基于特异性识别A5547-127的5’和/或3’侧翼序列的引物或探针。

更具体地，本发明涉及方法，其包含扩增生物样品中存在的核酸序列，即使用至少两种引物进行聚合酶链式反应，其中一种引物识别A5547-127的5’或3’侧翼区，另外一种引物识别外源DNA中的序列，优选获得的DNA片段在100和500bp之间。引物可以分别识别A5547-127的5’侧翼区内的序列(SEQIDNo.1，从1-311位点)或3’侧翼区内的序列(SEQIDNo.2从510-1880位点的互补序列)和外源DNA内的序列(SEQIDNo1从312-810位点的互补序列或SEQIDNo2从1-510位点)。此处所描述的识别5’侧翼区的引物可能包含SEQIDNo.15的核苷酸序列，且识别外源DNA内序列的引物可能包含SEQIDNo.13的核苷酸序列。

本发明更具体涉及在生物样品中鉴定原种事件A5547-127的方法，其包含扩增生物样品中存在的核酸序列，即使用分别含有SEQIDNo.15和SEQIDNo.13的核苷酸序列的两种引物进行聚合酶链式反应，获得的DNA片段约为151bp。

本发明还涉及此处描述的A5547-127的特异侧翼序列，可以用其发展在生物样品中特异鉴别A5547-127的方法。更具体地，本发明涉及A5547-127的5’和/或3’侧翼区，可以用其发展此处进一步描述的特异引物和探针。本发明还涉及生物样品中存在A5547-127的鉴定方法，其基于使用此类特异引物或探针。引物可以由17到约200个连续的核苷酸序列(选自SEQIDNo1从1-311核苷酸序列、或SEQID2从510-1880核苷酸的互补核苷酸序列)组成，与由17到约200个连续的核苷酸序列的引物(选自SEQIDNo1从312-810核苷酸、或SEQIDNo2从1-510核苷酸的互补序列)组合使用。引物也可以在它们的3’末端包含这些核苷酸序列，并且引物还包含非相关序列或从所述核苷酸序列衍生而来、但是含有错配的序列。

本发明还涉及在生物样品中鉴定原种事件A5547-127的试剂盒，所述试剂盒包括至少一种引物或探针，其特异性识别A5547-127的5’或3’侧翼区。

本发明的试剂盒除包含特异性识别A5547-127的5’或3’侧翼区的引物以外，可能还包含第二种引物用于PCR鉴定方法，所述第二种引物特异性识别A5547-127的外源DNA内的序列。优选地，本发明的试剂盒包含两种特异引物，其中一种识别A5547-127的5’侧翼区内的序列，而其中另一种识别外源DNA内的序列。特别是识别5’侧翼区的引物可能包含SEQIDNo.14的核苷酸序列，并且识别转基因的引物可能包含SEQIDNo.13的核苷酸序列或任何此处所描述的其它引物。

本发明还涉及在生物样品中鉴定原种事件A5547-127的试剂盒，所述试剂盒包含具有SEQIDNo.13和SEQIDNo.15的核苷酸序列的PCR引物，用于此处所描述的A5547-127PCR鉴定方法。

本发明也涉及在生物样品中鉴定原种事件A5547-127的试剂盒，所述试剂盒包含特异性探针，该探针具有与A5547-127特定区域有80％到100％序列同一性的序列的相应(或互补)序列。优选的探针序列相应于包含部分A5547-127的5’或3’侧翼区的特定区域。更优选的特异性探针具有(或互补于)与SEQIDNo.1的360到460核苷酸或SEQIDNo.2的460到560核苷酸序列有80％到100％序列同一性的序列。

本发明包括的方法和试剂盒可用于不同的目的，例如(但是并不限于)如下所示：在植物、植物材料或产品中鉴定A5547-127的存在或缺失，其中产品是例如(但不限于)包含植物材料的或从植物材料衍生的食物或饲料产品(新鲜的或经处理的)；另外或可选择地，本发明的方法和试剂盒可被用于以分离转基因和非转基因材料为目的的转基因植物材料鉴定；另外或可选择地，本发明的方法和试剂盒可被用于测定包含A5547-127的植物材料的质量(即纯材料的百分数)。

本发明还涉及A5547-127的5’和/或3’侧翼区，以及从A5547-127的5’和/或3’侧翼序列发展而来的特异引物和探针。

本发明也涉及包含原种事件A5547-127的大豆植物、其部分、细胞、种子和子代植物。此类植物、其部分、细胞、种子和子代植物可以使用此处所描述的方法来鉴定。

发明详述

通常由细胞或组织的转化(或通过另外的基因操作)产生重组DNA分子掺入到植物基因组中。掺入的特定位置是由于“随机”整合决定或在预定位置(如果使用靶向整合方法)。

通过用重组DNA或“转化DNA”转化植物细胞或组织而导致引入DNA到植物基因组，且来源于此类转化DNA的DNA在下文被称为“外源DNA”，其含有一个或多个“转基因”。在本发明中，“植物DNA”指来源于被转化植物的DNA。植物DNA通常被发现位于相应野生型植物相同的遗传位点。外源DNA的特征在于重组DNA分子在植物基因组中掺入位点的位置和构象。重组DNA插入植物基因组的位点也被称为“插入位点”或“靶位点”。重组DNA插入植物基因组中可以与植物DNA的缺失联系在一起，称为“靶位缺失”。此处所使用的“侧翼区”或“侧翼序列”指至少20bp，优选至少50bp，和直到5000bp的植物基因组序列，其位于外源DNA邻近上游、或邻近下游，并且都与外源DNA邻接。转化过程导致外源DNA随机整合，从而产生带有不同侧翼区的转化体，所述侧翼区对于每种转化体是特征性的且独特的。当重组DNA通过传统杂交被引入植物中时，其在植物基因组中的插入位点、或其侧翼区通常不会被改变。此处所使用的“插入区”指相应于至少40bp，优选至少100bp，和直到10000bp的区域，包含植物基因组中外源DNA的上游和/或下游侧翼区的序列。考虑到由于物种内突变造成的微小差别，与同种植物杂交时，插入区将保持与包含原来从转化获得的植物中外源DNA上游和下游侧翼区序列具有至少85％、优选90％、更优选95％和最优选100％的序列同一性。

事件定义为(人工的)遗传位点，其由于基因工程而携带包含至少一个拷贝目的基因的转基因。事件典型的等位基因状态为存在或缺失外源DNA。事件的表型特征在于转基因的表达。在遗传水平上，事件是植物遗传组成的部分。在分子水平上，事件的特征在于限制性酶切图谱(例如通过Southern印迹确定)、转基因的上游和/或下游侧翼序列、转基因的分子标记的位置和/或分子构象。通常用包含至少一个目的基因的转化DNA转化植物会导致多重事件，其中每个事件都是唯一的。

此处所使用的原种事件是选自一组事件中的事件，其通过用相同的转化DNA转化、或通过用此种转化所获得的植物回交而获得，基于转基因的表达和稳定性、及其与包含它的植物的最适农艺学特性的相容性。因此原种事件的筛选标准为一个或多个、优选两个或多个、有利地包含所有如下标准：

a)外源DNA的存在不会危害植物的其它所希望的特性，例如那些有关农业操作或商业价值的特性；

b)事件的特征在于良好的确定的分子构象，其可以稳定遗传并且可以对其发展作为鉴定对照的适当手段；

c)在事件为杂合子(或半合子)和纯合子条件下，在携带事件的植物可能暴露于正常农业使用的环境条件范围内以商业上可接受的水平，目的基因展示正确的、适当和稳定的时空表型表达。

优选的外源DNA与植物基因组中的位置相关联，该位置允许基因容易的渐渗到希望的商业遗传背景中。

事件作为原种事件状态的确认是通过原种事件渐渗到不同相关的遗传背景中，并且观察其依从例如上述a)、b)和c)中一个、两个或全部的标准。

因此“原种事件”指包含外源DNA的遗传位点，其符合上述标准。植物、植物材料或子代例如种子，在其基因组中可以包含一个或多个原种事件。

用于鉴定原种事件或包含原种事件的植物、植物材料、或含有植物材料的产品的方法基于原种事件的特定基因组特性，例如包含外源DNA的基因组区域的特异限制性酶切图谱、分子标记或外源DNA侧翼区序列。

一旦外源DNA的一个或两个侧翼区被测序，就可经由分子生物学技术来发展特异性识别样品中核酸(DNA或RNA)的这个(这些)序列的引物和探针。例如PCR方法可以用于鉴定生物样品中(例如植物、植物材料或包含植物材料的产品的样品)的原种事件。此类PCR基于至少两种特异性“引物”，一种识别原种事件的5’或3’侧翼区内的序列，另外一种识别外源DNA内的序列。引物优选具有15-35个核苷酸的序列，其在最适PCR条件下分别“特异性识别”原种事件的5’或3’侧翼区内的序列和原种事件的外源DNA，以便从包含原种事件的核酸样品中扩增出特异性片段(“整合片段”或识别的扩增子)。这表示在最佳PCR条件下扩增的只有定向整合片段，而没有植物基因组或外源DNA的其它序列。

适合本发明的PCR引物可能为如下：

-长度在17nt到约300nt范围的寡核苷酸，在它们的3’末端包含选自5’侧翼序列(SEQIDNo1从1到311核苷酸)的至少17个连续的核苷酸，优选20个连续的核苷酸(识别5’侧翼序列的引物)；或者

-长度在17nt到约300nt范围的寡核苷酸，在它们的3’末端包含选自3’侧翼序列(SEQIDNo2从510到1880核苷酸的互补序列)的至少17个连续的核苷酸，优选20个连续的核苷酸(识别3’侧翼序列的引物)；或者

-长度在17nt到约510nt范围的寡核苷酸，在它们的3’末端包含选自插入DNA序列(SEQIDNo1从312到810核苷酸的互补序列)的至少17个连续的核苷酸，优选20个连续的核苷酸(识别外源DNA的引物)；或者

-长度在17nt到约300nt范围的寡核苷酸，包含选自插入DNA序列(SEQIDNo2从1到509核苷酸)的至少17个连续的核苷酸，优选20个核苷酸。

引物当然可以比所述的17个连续核苷酸更长，长度可以是例如20、21、30、35、50、75、100、150、200nt或更长。引物可以完全由选自所述侧翼序列和外源DNA序列的核苷酸序列组成。然而，引物5’末端(即在位于3’端的17个连续核苷酸之外)的核苷酸序列并不是决定性的。因此，引物的5’序列可以由选自侧翼序列或外源DNA的核苷酸序列组成，但是适当的可以含有一些错配(例如1、2、5、10个错配)。引物的5’序列甚至可以完全包括与侧翼序列或外源DNA无关的核苷酸序列，例如代表限制性内切酶识别位点的核苷酸序列。此类无关的序列或带有错配的侧翼DNA序列应该优选长度不超过100个核苷酸，更优选不超过50个或甚至25个核苷酸。

而且，假如所述位于3’端的17个连续核苷酸并非从外源DNA或SEQIDNo1或2中由植物衍生序列唯一衍生而来的，那么合适的引物可能包含或由在其3’末端跨植物DNA衍生序列和外源DNA序列(位于SEQIDNo1的311-312核苷酸和SEQIDNo2的509-510核苷酸)之间连接区的核苷酸序列组成。

因此，适合本发明的PCR引物也可能如下：

-长度在17nt到约300nt范围的寡核苷酸，在它们的3’末端包含选自SEQIDNo1从1到325核苷酸的至少17个连续的核苷酸序列，优选20个连续的核苷酸序列；或

-长度在17nt到约300nt范围的寡核苷酸，在它们的3’末端包含选自SEQIDNo2从495到1880核苷酸的互补序列的至少17个连续的核苷酸序列，优选20个连续的核苷酸序列；或

-长度在17nt到约300nt范围的寡核苷酸，在它们的3’末端包含选自SEQIDNo1从295到810核苷酸的互补序列的至少17个连续的核苷酸序列，优选20个连续的核苷酸序列；或

-长度在17nt到约300nt范围的寡核苷酸，包含选自SEQIDNo2从1到525核苷酸的至少17个连续的核苷酸序列，优选20个连续的核苷酸序列。

熟练的技术人员也会立刻清楚所选的适当PCR引物对也应该不包含彼此互补的序列。

出于本发明的目的，“SEQIDNo:X代表的核苷酸序列的互补序列”所指的核苷酸是根据Chargaff规则通过用其互补的核苷酸取代，并以5’到3’方向(即以所代表的核苷酸序列相反的方向)读码，从所代表的核苷酸序列衍生而来的核苷酸序列。

适当的引物的实例是SEQIDNo3、SEQIDNo4、SEQIDNo5(识别5'侧翼序列的引物)、SEQIDNo6、SEQIDNo7、SEQIDNo8、SEQIDNo9、SEQIDNo10(识别外源DNA的引物，与识别5'侧翼序列的引物一同使用)、SEQIDNo11、SEQIDNo12、SEQIDNo13、SEQIDNo14(识别外源DNA的引物，与识别3'侧翼序列的引物一同使用)、SEQIDNo15、SEQIDNo16或SEQIDNo17(识别3'侧翼序列的引物)的寡核苷酸序列。

其它适当的寡核苷酸引物的实例在其3’末端包含如下序列或由此类序列组成：

a.识别5'侧翼序列的引物:

-SEQIDNo1从45到64的核苷酸序列

-SEQIDNo1从22到41的核苷酸序列

-SEQIDNo1从47到64的核苷酸序列

-SEQIDNo1从183到202的核苷酸序列

-SEQIDNo1从184到203的核苷酸序列

-SEQIDNo1从301到320的核苷酸序列

-SEQIDNo1从303到322的核苷酸序列

-SEQIDNo1从306到325的核苷酸序列

-SEQIDNo1从36到55的核苷酸序列

-SEQIDNo1从182到202的核苷酸序列

-SEQIDNo1从183到203的核苷酸序列

-SEQIDNo1从184到202的核苷酸序列

-SEQIDNo1从185到203的核苷酸序列

-SEQIDNo1从185到204的核苷酸序列

-SEQIDNo1从292到311的核苷酸序列

-SEQIDNo1从295到314的核苷酸序列

-SEQIDNo1从307到325的核苷酸序列

-SEQIDNo1从8到27的核苷酸序列

-SEQIDNo1从10到29的核苷酸序列

-SEQIDNo1从11到30的核苷酸序列

-SEQIDNo1从13到32的核苷酸序列

-SEQIDNo1从20到41的核苷酸序列

-SEQIDNo1从35到54的核苷酸序列

-SEQIDNo1从37到55的核苷酸序列

-SEQIDNo1从66到85的核苷酸序列

-SEQIDNo1从67到86的核苷酸序列

-SEQIDNo1从68到87的核苷酸序列

-SEQIDNo1从181到202的核苷酸序列

-SEQIDNo1从182到203的核苷酸序列

-SEQIDNo1从184到204的核苷酸序列

-SEQIDNo1从185到202的核苷酸序列

-SEQIDNo1从186到204的核苷酸序列

-SEQIDNo1从186到203的核苷酸序列

-SEQIDNo1从248到267的核苷酸序列

-SEQIDNo1从249到268的核苷酸序列

-SEQIDNo1从290到309的核苷酸序列

-SEQIDNo1从291到311的核苷酸序列

-SEQIDNo1从293到311的核苷酸序列

-SEQIDNo1从294到314的核苷酸序列

-SEQIDNo1从301到322的核苷酸序列

-SEQIDNo1从303到320的核苷酸序列

-SEQIDNo1从305到322的核苷酸序列

-SEQIDNo1从308到325的核苷酸序列

-SEQIDNo1从11到29的核苷酸序列

-SEQIDNo1从36到54的核苷酸序列

-SEQIDNo1从41到61的核苷酸序列

-SEQIDNo1从43到64的核苷酸序列

-SEQIDNo1从66到86的核苷酸序列

-SEQIDNo1从67到85的核苷酸序列

-SEQIDNo1从67到87的核苷酸序列

-SEQTDNo1从68到86的核苷酸序列

-SEQIDNo1从69到87的核苷酸序列

-SEQIDNo1从180到197的核苷酸序列

-SEQIDNo1从183到204的核苷酸序列

-SEQIDNo1从187到204的核苷酸序列

-SEQIDNo1从200到219的核苷酸序列

-SEQIDNo1从246到263的核苷酸序列

-SEQIDNo1从247到267的核苷酸序列

-SEQIDNo1从248到268的核苷酸序列

-SEQIDNo1从249到267的核苷酸序列

-SEQIDNo1从250到268的核苷酸序列

-SEQIDNo1从290到311的核苷酸序列

-SEQIDNo1从291到308的核苷酸序列

-SEQIDNo1从291到309的核苷酸序列

-SEQIDNo1从293到214的核苷酸序列

-SEQIDNo1从8到29的核苷酸序列

-SEQIDNo1从11到32的核苷酸序列

-SEQIDNo1从37到54的核苷酸序列

-SEQIDNo1从40到61的核苷酸序列

-SEQIDNo1从64到85的核苷酸序列

-SEQIDNo1从65到86的核苷酸序列

-SEQIDNo1从66到87的核苷酸序列

-SEQIDNo1从68到85的核苷酸序列

-SEQIDNo1从69到86的核苷酸序列

-SEQIDNo1从197到218的核苷酸序列

-SEQIDNo1从201到219的核苷酸序列

-SEQIDNo1从201到218的核苷酸序列

-SEQIDNo1从234到253的核苷酸序列

-SEQIDNo1从244到263的核苷酸序列

-SEQIDNo1从246到267的核苷酸序列

-SEQIDNo1从247到268的核苷酸序列

-SEQIDNo1从250到267的核苷酸序列

-SEQIDNo1从292到309的核苷酸序列

-SEQIDNo1从198到219的核苷酸序列

-SEQIDNo1从202到219的核苷酸序列

-SEQIDNo1从233到253的核苷酸序列

-SEQIDNo1从235到254的核苷酸序列

-SEQIDNo1从235到253的核苷酸序列

-SEQIDNo1从243到263的核苷酸序列

-SEQIDNo1从232到253的核苷酸序列

-SEQIDNo1从234到254的核苷酸序列

-SEQIDNo1从242到263的核苷酸序列

-SEQIDNo1从233到254的核苷酸序列

-SEQIDNo1从234到255的核苷酸序列

-SEQIDNo1从294到215的核苷酸序列

-SEQIDNo1从247到266的核苷酸序列

-SEQIDNo1从248到266的核苷酸序列

-SEQIDNo1从249到266的核苷酸序列

b.识别外源DNA序列的引物，与识别5'侧翼序列的引物一同使用:

-SEQIDNo1从781到800核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从301到320核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从303到322核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从442到461核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从444到463核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从778到797核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从781到799核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从788到807核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从318到337核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从322到341核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从325到344核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从329到348核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从353到372核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从376到395核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从378到397核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从384到403核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从440到459核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从442到460核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从444到462核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从442到462核苷酸的互补核苷酸序列

SEQIDNo1从444到464核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从449到468核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从470到489核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从484到503核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从492到511核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从781到798核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从778到798核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从781到802核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从788到806核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从301到318核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从303到320核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从301到322核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从318到336核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从318到338核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从320到339核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从322到340核苷酸的互补核苷酸序列

SEQIDNo1从322到342核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从325到343核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从329到347核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从346到365核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从348到367核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从353到371核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从378到396核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从376到396核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从382到400核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从382到401核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从384到404核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从442到459核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从440到460核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从444到461核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从442到463核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从444到465核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从469到488核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从470到488核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从484到504核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从490到509核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从491到510核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从492到512核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从561到580核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从563到582核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从565到584核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从568到587核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从572到591核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从590到609核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从640到659核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从695到713核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从782到799核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从778到799核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从788到805核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从788到808核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从318到335核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从315到336核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从320到338核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从318到339核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从322到339核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从320到340核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从325到342核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从322到343核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从329到346核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从325到346核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从329到349核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从346到364核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从348到366核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从346到366核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从348到368核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从353到370核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从378到395核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从376到397核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从376到399核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从384到401核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从384到405核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从440到461核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从466到487核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从484到505核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从490到508核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从492到509核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从491到509核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从490到510核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从491到511核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从492到513核苷酸的互补核苷酸序列

SEQIDNo1从561到579核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从561到581核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从563到581核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从568到586核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从572到590核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从572到592核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从590到610核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从596到613核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从596到614核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从640到657核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从640到658核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从640到660核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从695到712核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从696到713核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从320到337核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从320到341核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从329到350核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从346到363核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从348到365核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从346到367核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从348到369核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从354到371核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从382到403核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从482到503核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从491到518核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从490到511核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从491到512核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从563到580核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从563到582核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从565到582核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从563到584核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从568到585核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从562到589核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从572到593核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从584到605核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从590到607核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从590到611核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从596到615核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从599到618核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从540到661核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从779到798核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从788到809核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从568到589核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从596到616核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从599到619核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从745到762核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从779到797核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从779到799核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从786到805核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从596到617核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从599到620核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从779到796核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从779到800核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从786到804核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从314到335核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从786到803核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从786到806核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo1从296到315核苷酸的互补核苷酸序列

c.识别外源DNA序列的引物，与识别3'侧翼序列的引物一同使用:

-SEQIDNo2从1413到1432核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从721到740核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从767到786核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从1185到1204核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从1332到1351核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从1413到1431核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从1413到1433核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从503到522核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从507到526核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从721到739核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从722到741核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从721到741核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从770到789核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从775到794核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从1135到1154核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从1185到1202核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从1185到1205核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从1191到1210核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从1332到1350核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从1332到1352核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从1413到1430核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从506到525核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从507到525核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从507到527核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从721到738核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从722到740核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从721到742核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从775到793核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从775到795核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从1135到1153核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从1135到1155核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从1185到1206核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从1191到1209核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从1316到1335核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从1325到1344核苷酸的互补核苷酸序列

SEQIDNo2从1332到1353核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从1413到1434核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从507到528核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从722到739核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从725到742核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从730到749核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从770到787核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从770到791核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从771到792核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从775到792核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从775到796核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从1153到1134核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从1135到1156核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从1187到1206核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从1191到1208核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从1191到1212核苷酸的互补核苷酸序列

SEQIDNo2从1325到1343核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从1325到1345核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从1367到1384核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从1511到1528核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从506到527核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从730到750核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从1187到1204核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从1187到1205核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从1249到1266核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从1325到1342核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从1325到1346核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从730到751核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从1187到1208核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从1334到1353核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从1334到1352核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从1334到1354核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从1334到1351核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从1334到1355核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从754到771核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从842到863核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从732到751核苷酸的互补核苷酸序列

-SEQIDNo2从732到750核苷酸的互补核苷酸序列

d.识别3'侧翼序列的引物:

-SEQIDNo2从284到303的核苷酸序列

-SEQIDNo2从285到305的核苷酸序列

-SEQIDNo2从289到308的核苷酸序列

-SEQIDNo2从160到179的核苷酸序列

-SEQIDNo2从162到181的核苷酸序列

-SEQIDNo2从283到303的核苷酸序列

-SEQIDNo2从284到304的核苷酸序列

-SEQIDNo2从286到304的核苷酸序列

-SEQIDNo2从287到306的核苷酸序列

-SEQIDNo2从288到308的核苷酸序列

-SEQIDNo2从290到308的核苷酸序列

-SEQIDNo2从394到413的核苷酸序列

-SEQIDNo2从398到417的核苷酸序列

-SEQIDNo2从399到418的核苷酸序列

-SEQIDNo2从400到418的核苷酸序列

-SEQIDNo2从119到138的核苷酸序列

-SEQIDNo2从161到179的核苷酸序列

-SEQIDNo2从161到181的核苷酸序列

-SEQIDNo2从184到203的核苷酸序列

-SEQIDNo2从192到211的核苷酸序列

-SEQIDNo2从193到212的核苷酸序列

-SEQIDNo2从195到214的核苷酸序列

-SEQIDNo2从241到260的核苷酸序列

-SEQIDNo2从283到304的核苷酸序列

-SEQIDNo2从286到303的核苷酸序列

-SEQIDNo2从286到306的核苷酸序列

-SEQIDNo2从287到304的核苷酸序列

-SEQIDNo2从287到308的核苷酸序列

-SEQIDNo2从288到306的核苷酸序列

-SEQIDNo2从366到385的核苷酸序列

-SEQIDNo2从393到412的核苷酸序列

-SEQIDNo2从395到413的核苷酸序列

-SEQIDNo2从398到418的核苷酸序列

-SEQIDNo2从399到417的核苷酸序列

-SEQIDNo2从400到417的核苷酸序列

-SEQIDNo2从401到418的核苷酸序列

-SEQIDNo2从430到449的核苷酸序列

-SEQIDNo2从81到100的核苷酸序列

-SEQIDNo2从90到109的核苷酸序列

-SEQIDNo2从159到179的核苷酸序列

-SEQIDNo2从160到181的核苷酸序列

-SEQIDNo2从185到203的核苷酸序列

-SEQIDNo2从191到211的核苷酸序列

-SEQIDNo2从192到212的核苷酸序列

-SEQIDNo2从193到211的核苷酸序列

-SEQIDNo2从194到212的核苷酸序列

-SEQIDNo2从194到214的核苷酸序列

-SEQIDNo2从196到215的核苷酸序列

-SEQIDNo2从196到214的核苷酸序列

-SEQIDNo2从219到238的核苷酸序列

-SEQIDNo2从240到260的核苷酸序列

-SEQIDNo2从242到261的核苷酸序列

-SEQIDNo2从242到260的核苷酸序列

-SEQIDNo2从275到294的核苷酸序列

-SEQIDNo2从285到306的核苷酸序列

-SEQIDNo2从289到306的核苷酸序列

-SEQIDNo2从315到334的核苷酸序列

-SEQIDNo2从319到338的核苷酸序列

-SEQIDNo2从366到383的核苷酸序列

-SEQIDNo2从372到391的核苷酸序列

-SEQIDNo2从392到412的核苷酸序列

-SEQIDNo2从392到413的核苷酸序列

-SEQIDNo2从394到412的核苷酸序列

-SEQIDNo2从397到417的核苷酸序列

-SEQIDNo2从397到418的核苷酸序列

-SEQIDNo2从424到443的核苷酸序列

-SEQIDNo2从429到449的核苷酸序列

-SEQIDNo2从431到450的核苷酸序列

-SEQIDNo2从431到449的核苷酸序列

-SEQIDNo2从439到458的核苷酸序列

-SEQIDNo2从447到466的核苷酸序列

-SEQIDNo2从481到500的核苷酸序列

-SEQIDNo2从507到526的核苷酸序列

-SEQIDNo2从79到96的核苷酸序列

-SEQIDNo2从80到100的核苷酸序列

-SEQIDNo2从82到100的核苷酸序列

-SEQIDNo2从89到109的核苷酸序列

-SEQIDNo2从91到109的核苷酸序列

-SEQIDNo2从121到138的核苷酸序列

-SEQIDNo2从184到202的核苷酸序列

-SEQIDNo2从186到203的核苷酸序列

-SEQIDNo2从190到211的核苷酸序列

-SEQIDNo2从191到212的核苷酸序列

-SEQIDNo2从193到214的核苷酸序列

-SEQIDNo2从194到211的核苷酸序列

-SEQIDNo2从195到215的核苷酸序列

-SEQIDNo2从195到212的核苷酸序列

-SEQIDNo2从218到238的核苷酸序列

-SEQIDNo2从220到238的核苷酸序列

-SEQIDNo2从221到238的核苷酸序列

-SEQIDNo2从239到260的核苷酸序列

-SEQIDNo2从241到261的核苷酸序列

-SEQIDNo2从277到294的核苷酸序列

-SEQIDNo2从282到303的核苷酸序列

-SEQIDNo2从314到334的核苷酸序列

-SEQIDNo2从316到334的核苷酸序列

-SEQIDNo2从318到338的核苷酸序列

-SEQIDNo2从320到338的核苷酸序列

-SEQIDNo2从371到391的核苷酸序列

-SEQIDNo2从391到412的核苷酸序列

-SEQIDNo2从395到412的核苷酸序列

-SEQIDNo2从396到417的核苷酸序列

-SEQIDNo2从423到443的核苷酸序列

-SEQIDNo2从430到450的核苷酸序列

-SEQIDNo2从432到449的核苷酸序列

-SEQIDNo2从438到458的核苷酸序列

-SEQIDNo2从446到466的核苷酸序列

-SEQIDNo2从448到466的核苷酸序列

-SEQIDNo2从449到466的核苷酸序列

-SEQIDNo2从481到498的核苷酸序列

-SEQIDNo2从481到499的核苷酸序列

-SEQIDNo2从482到500的核苷酸序列

-SEQIDNo2从508到526的核苷酸序列

-SEQIDNo2从79到100的核苷酸序列

-SEQIDNo2从83到100的核苷酸序列

-SEQIDNo2从88到109的核苷酸序列

-SEQIDNo2从92到109的核苷酸序列

-SEQIDNo2从185到202的核苷酸序列

-SEQIDNo2从194到215的核苷酸序列

-SEQIDNo2从217到238的核苷酸序列

-SEQIDNo2从240到261的核苷酸序列

-SEQIDNo2从241到262的核苷酸序列

-SEQIDNo2从313到334的核苷酸序列

-SEQIDNo2从317到338的核苷酸序列

-SEQIDNo2从321到338的核苷酸序列

-SEQIDNo2从370到391的核苷酸序列

-SEQIDNo2从422到443的核苷酸序列

-SEQIDNo2从428到449的核苷酸序列

-SEQIDNo2从429到450的核苷酸序列

-SEQIDNo2从437到458的核苷酸序列

-SEQIDNo2从441到458的核苷酸序列

-SEQIDNo2从445到466的核苷酸序列

-SEQIDNo2从482到499的核苷酸序列

-SEQIDNo2从504到523的核苷酸序列

-SEQIDNo2从266到287的核苷酸序列

-SEQIDNo2从446到465的核苷酸序列

-SEQIDNo2从156到175的核苷酸序列

-SEQIDNo2从448到465的核苷酸序列

-SEQIDNo2从155到175的核苷酸序列

-SEQIDNo2从157到175的核苷酸序列

-SEQIDNo2从154到175的核苷酸序列

-SEQIDNo2从312到329的核苷酸序列

-SEQIDNo2从191到210的核苷酸序列

-SEQIDNo2从190到210的核苷酸序列

-SEQIDNo2从192到210的核苷酸序列

-SEQIDNo2从157到176的核苷酸序列

-SEQIDNo2从189到210的核苷酸序列

-SEQIDNo2从193到210的核苷酸序列

-SEQIDNo2从156到176的核苷酸序列

-SEQIDNo2从155到176的核苷酸序列

此处所使用的“SEQIDNo.Z从位点X到位点Y的核苷酸序列”所指的核苷酸序列包括两端的核苷酸。

优选地，整合片段长度在50到500个核苷酸之间，更优选在100到350个核苷酸之间。假如错配仍然允许这些引物在最适PCR条件下特异性识别原种事件，那么特异性引物可能具有分别与原种事件的5’或3’侧翼区和原种事件的外源DNA序列同一性在80％到100％的序列。然而可允许的错配范围能够容易的通过实验确定，并且是本领域技术人员所公知的。

下面的表中列举了用所选的PCR引物对得到的预期DNA扩增子(或整合片段)的大小。

整合片段的检测可以通过多种方式，例如在凝胶分析之后估测大小。也可以直接将整合片段测序。检测扩增DNA片段的其它序列特异方法也是本领域内公知的。

由于对于原种事件，引物的序列和它们在基因组的相对位置都是唯一的，所以整合片段的扩增只在包含原种事件(的核酸)的生物样品中发生。优选地，当在未知样品中进行PCR来鉴定A5547-127的存在时，在一组引物中包含一个对照引物，用此对照引物来扩增事件植物种“看家基因”中的片段。看家基因是在多数细胞类型中表达的基因，并且其与所有细胞中共同的基础代谢活性有关。优选地，从看家基因扩增的片段比扩增的整合片段更大。依赖于被分析的样品，可以包括其它对照。

在本领域中有对标准PCR操作，例如“PCR应用指南”(RocheMolecularBiochemicals,2ndEdition,1999)的描述。在“PCR鉴定方法”中说明对于每一原种事件的PCR最适条件，包括特异性引物的序列。然而，应当理解的是，在PCR鉴定方法中许多参数都需要根据特定实验室条件来调整，并且可以被轻微的修改以获得类似的结果。例如，使用制备DNA的不同方法可能需要调整，例如所用引物的量、聚合酶和退火条件。同样地，选择其它引物可能要求PCR鉴定方法的其它最适条件。然而这些调整对于本领域技术人员是显而易见的，并且在当前PCR应用指南(例如前面所引用的)中还有详细的描述。

可选择地，可以使用特异引物扩增整合片段，该整合片段可用作在生物样品中鉴定A5547-127的“特异性探针”。在允许探针和核酸中其相应片段杂交的条件下，用探针与生物样品的核酸接触，导致核酸/探针杂交体的形成。此杂交体的形成可以被检测到(例如标记核酸或探针)，由此此种杂交体的形成表明A5547-127的存在。在本领域内已有描述关于此种基于与特异探针(或者在固相载体上，或者在溶液中)杂交的鉴定方法。特异探针优选在最适条件下，能特异性与原种事件5’或3’侧翼区且优选也包含与其连接的外源DNA的区域(在下文中称为“特异区域”)的部分杂交的序列。优选地，特异探针包含长度在50到500bp之间的序列，优选100到350bp，其与特异区域的核苷酸序列至少有80％同一性(或互补)，优选在80％到85％之间，更优选在85％到90％之间，尤其优选在90％到95％之间，最优选在95％到100％之间。优选地，特异探针包含与原种事件的特异区域一致(或互补)的约15到约100个连续的核苷酸。

此处使用的“试剂盒”指以实施本发明的方法为目的的一组试剂，更具体地，用于在生物样品中鉴定原种事件A5547-127。更具体地，如前所述，本发明的试剂盒优选的实施方案包含至少一个或两个特异性引物。任选地，试剂盒还包含此处所描述的在PCR鉴定方法中的任何其它试剂。可选择地，根据本发明的其它实施方案，试剂盒包含如前所述的特异性探针，其与生物样品的核酸特异杂交，以鉴定其中A5547-127的存在。任选地，试剂盒还包含使用特异性探针在生物样品中鉴定A5547-127的任何其它试剂(例如但不限于杂交缓冲液、标记物)。

可以使用本发明的试剂盒，且可以特异性调整其组分，用于质量控制(例如多批种子)、测定在植物材料、或包含植物材料或由植物材料衍生的材料(例如但是不限于食物或饲料产品)中的原种事件。

此处所使用的关于核酸序列(DNA或RNA)的“序列同一性”指一致的核苷酸位置数除以两个序列中较短序列的核苷酸数。两个核苷酸序列的比对通过Wilbur和Lipmann算法进行(Wilbur和Lipmann,1983,Proc.Nat.Acad.Sci.USA80:726)，所使用的窗口大小为20个核苷酸，字长为4个核苷酸，并且空位罚分为4。计算机辅助分析和序列数据译码，包括如前所述的序列比对，能够例如使用IntelligeneticsTMSuite(IntelligeneticsInc.,CA)程序或者遗传计算机组(GCG,UniversityofWisconsinBiotechnologycenter)的序列分析软件包方便地进行。具有至少约75％，特别至少约80％，更特别至少85％，很特别约90％，尤其约95％，更尤其约100％序列同一性的序列被表示为“基本相似”。很明显当RNA序列被称为与DNA序列基本相似或有一定程度序列同一性时，DNA序列中的脱氧胸腺嘧啶(T)与RNA序列中的尿嘧啶(U)被认为是等同的。

此处所使用的术语“引物”包含在依赖模板的方法(例如PCR)中，任何能够启动新生核酸合成的核酸。通常，引物是从10到30个核苷酸的寡核苷酸，但是也可以使用更长的序列。尽管优选单链形式的引物，但是引物可以以双链形式提供。探针可以用作引物，但是其应依照结合靶DNA或RNA而设计，并且不需用于扩增方法中。

此处所用术语“识别”，当指特异引物时，指的是在方法中的起始条件下(例如PCR鉴定方法的条件)，特异引物与原种事件中的核酸序列特异性杂交，其中通过阳性和阴性对照的存在来确定特异性。

此处所用术语“杂交”，当指特异性探针时，所指的是在标准严格条件下，探针与原种事件的核酸序列中特异区域结合。此处所用的标准严格条件指此处描述的杂交条件或Sambrook等人1989(MolecularCloning:ALaboratoryManual,SecondEdition,ColdSpringHarbourLaboratoryPress,NY)所描述的常规杂交条件，其例如可以包含如下步骤：1)将植物基因组DNA片段固定在滤膜上，2)滤膜于42℃在50％甲酰胺、5×SSPE、2×Denhardt试剂和0.1％SDS中预杂交1到2小时，或于68℃在6×SSC、2×Denhardt试剂和0.1％SDS中预杂交1到2小时，3)加入已标记的杂交探针，4)培育16到24小时，5)在1×SSC、0.1％SDS中室温清洗滤膜20分钟，6)清洗滤膜三次，每次在0.2×SSC、0.1％SDS中68℃清洗20分钟，和7)滤膜在-70℃用增光屏向X光片曝光24到48小时。

此处所使用的生物样品是植物、植物材料或包含植物材料的产品的样品。术语“植物”预期包括在任何成熟期的大豆(Glycinemax)植物组织、以及包括从任何此类植物得来的或衍生的任何细胞、组织或器官，包括但不限于任何种子、叶、茎、花、根、单细胞、配子、细胞培养物、组织培养物或原生质体。此处所使用的“植物材料”指从植物获得或衍生的材料。包含植物材料的产品指食物、饲料、或其它用植物材料生产的产品或可能被植物材料污染的产品。在本发明中，应该理解的是测试此类生物样品中A5547-127的特异性核酸的存在，暗示样品中核酸的存在。因此此处的方法指在生物样品中鉴定原种事件A5547-127，涉及在生物样品中包含原种事件的核酸的鉴定。

此处所使用的“包含”解释为在提到的说明特征、整体、步骤、试剂或组分中特异性存在，但是不排除一个或多个特征、整体、步骤或组分、或其组的存在或添加。因此，例如包含核苷酸或氨基酸序列的核酸或蛋白质，可能比目前所引用的包含更多的核苷酸或氨基酸，即包含于更大的核酸或蛋白质中。包含功能上或结构上确定的DNA序列的嵌合基因可能包含附加的DNA序列等。

本发明也涉及大豆中原种事件A5547-127发育为包含此事件的植物、从这些植物获得的子代和植物细胞、或由此事件衍生的植物材料。包含原种事件A5547-127的植物通过实施例1中的描述来获得。

包含A5547-127的大豆植物或植物材料可以根据实施例2所描述的A5547-127的PCR鉴定方法来鉴定。简而言之，使用特异性识别A5547-127的5’或3’侧翼序列的引物(例如具有SEQIDNO:15序列的引物)，以及使用识别外源DNA中序列的引物(例如具有SEQIDNO:13序列的引物)通过PCR来扩增生物样品中存在的大豆基因组DNA。使用扩增部分内源大豆序列的DNA引物作为PCR扩增的阳性对照。如果应用PCR扩增，材料产生预期大小的片段，那么材料则包含来自含有原种事件A5547-127的大豆植物的植物材料。

含有A5547-127的植物其特征在于它们的除草剂(glufosinate)耐受性，在本发明中，其包括耐受除草剂Liberty^TM的植物。Liberty^TM耐受性可以通过不同方法测试。当需要区别抗性和敏感性植物时，此处所描述的叶涂布方法是最有用的，其不会杀死敏感性植物。可选地，可以通过Liberty^TM喷雾应用来测试耐受性。为了得到最好的结果，喷雾处理应该在V3和V4叶期之间使用。耐受性植物的特征在于用至少200克活性成分/公顷(g.a.i./ha)，优选400g.a.i./ha，和可能直到1600g.a.i./ha(4×正常田地比例)对植物进行喷雾，而不会杀死植物。散播应用应当使用比例为28-34盎司Liberty^TM。最好以每英亩20加仑体积水应用，使用扁的扇形喷嘴，小心不要直接喷雾应用于整个植物以避免灼伤叶表面。除草剂的作用应该在48小时内出现，并且在5-7天内清楚可见。

含有A5547-127的植物的特征还在于通过PAT测定(DeBlock等人,1987)确定在其细胞中存在膦丝菌素乙酰基转移酶。

含有A5547-127的植物的特征也在于其具有的农艺学特性，在缺乏杂草压力和使用Liberty^TM作为杂草控制的条件下，与美国可商购的多种大豆具有可比性。参照包含此事件的植物特定的令人感兴趣的表型和分子特性，在此处描述的大豆植物基因组的插入区域中已经观察到外源DNA的存在。更具体地，在这些植物基因组的此特殊区域中存在外源DNA，导致其在植物中展现目的基因稳定表型表达而所希望的该植物的农艺学性没有任何方面的显著破坏。

以下实例描述在生物样品中鉴定原种事件A5547-127的发展手段的鉴定。

除非另外说明，所有重组DNA技术都根据Sambrook等人(1989)分子克隆:实验室操作手册,第二版,ColdSpringHarbourLaboratoryPress,NY以及在Ausubel等人(1994)CurrentProtocolsinMolecularBiology,CurrentProtocols,USA的第1卷和第2卷中所描述的标准方法进行。植物分子操作的标准材料和方法在由BIOSScientificPublicationsLtd(UK)和BlackwellScientificPublications,UK出版的R.D.D.Croy的PlantMolecularBiologyLabfax(1993)中被描述。

在说明书和实施例中，如下序列用作参考：

SEQIDNo.1:包含A5547-127的5'侧翼区的核苷酸序列

SEQIDNo.2:包含A5547-127的3'侧翼区的核苷酸序列

SEQIDNo.3:引物HCA150

SEQIDNo.4:引物DPA013

SEQIDNo.5:引物DPA228

SEQIDNo.6:引物KVM173

SEQIDNo.7:引物YTP228

SEQIDNo.8:引物YTP220

SEQIDNo.9:引物DPA024

SEQIDNo.10:引物YTP245

SEQIDNo.11:引物YTP170

SEQIDNo.12:引物YTP227

SEQIDNo.13:引物MDB688

SEQIDNo.14:引物KVM175

SEQIDNo.15:引物MDB687

SEQIDNo.16:引物SMO022

SEQIDNo.17:引物SMO024

SEQIDNo.18:用于扩增对照片段的引物1

SEQIDNo.19:用于扩增对照片段的引物2

附图简述

以下实施例并不预期将本发明限制于所述特定实施方案中，其应与附图结合在一起去理解，并在此处引用作为参考，其中：

图1:引用的核苷酸序列与引物之间关系的图示，黑色条：外源DNA；亮条：植物起源的DNA；条下面的数字代表核苷酸位置；(c)指所示核苷酸序列的互补序列。

图2:为A5547-127发展的PCR鉴定方法。凝胶上样顺序：第1泳道：来自包含转基因事件A5547-127的大豆植物的DNA样品；第2泳道：来自不包含原种事件A5547-127的转基因大豆植物的DNA样品；第3泳道:来自野生型大豆植物的对照DNA样品；第4泳道：无模板对照；第5泳道：分子量标记。

实施例

1.原种事件A5547-127侧翼区的鉴定

通过用包含pat基因(编码膦丝菌素乙酰基转移酶)编码序列的载体转化大豆，在花椰菜花叶病毒组成型35S启动子的控制下，产生除草剂抗性的大豆。

基于广泛筛选操作选出原种事件A5547-127，此操作基于除草剂抗性基因的良好表达和稳定性，及其与最适农艺学特性的相容性。

在A5547-127事件中外源DNA的侧翼区序列通过Liu等人(1995,PlantJ.8(3):457-463)所描述的热不均匀交织(TAIL-)PCR方法来测定。此方法利用连续反应中三个嵌套引物，与较短的任意简并引物一起使用，以便能够热控制特异和非特异产物的相对扩增效率。选择特异引物与外源DNA的两侧退火，并且基于它们的退火条件来选择。少量(5μl)未纯化的二级和三级PCR产物在1％琼脂糖凝胶上分析。三级PCR产物用于预备性扩增、纯化、并使用DyeDeoxy终止循环试剂盒在自动测序仪上测序。

1.1.右(5')侧翼区

通过TAIL-PCR方法获得的经鉴定包含5’侧翼区的片段被全部测序

(SEQIDNo.1)。在1到311核苷酸之间的序列相应于植物DNA，而

312到810核苷酸之间的序列相应于外源DNA。

1.2.左(3')侧翼区

通过TAIL-PCR方法获得的经鉴定包含3’侧翼区的片段被全部测序

(SEQIDNo.2)。1到509核苷酸之间的序列相应于外源DNA，而510

到1880核苷酸之间的序列相应于植物DNA。

2.多聚酶链式反应鉴定方法的发展

2.1.引物

发展了识别原种事件内序列的特异性引物。更特别地，发展了识别A5547-127的5’侧翼区内序列的引物。随后在外源DNA的序列内选择第二引物，以便引物跨越约150核苷酸的序列。找到的以下引物在A5547-127DNA的PCR反应中给出特定明确和可重复的结果:

MDB687:5'-TgT.ggT.TAT.ggC.ggT.gCC.ATC-3'(SEQIDNo.:15)

(靶序列:植物DNA)

MDB688:5'-TgC.TAC.Agg.CAT.CgT.ggT.gTC-3'(SEQIDNo.:13)

(靶序列:插入DNA)

靶向内源序列的引物优选包含于PCR混合物中。这些引物在未知样品和DNA阳性对照中用作内对照。使用内源引物对得到的阳性结果证明在为产生PCR产物而制备的基因组DNA中含有足够的丰富的DNA。选择识别大豆中的看家基因的内源引物：

SOY01:5'-gTC.AgC.CAC.ACA.gTg.CCT.AT-3'(SEQIDNo.:20)

(位于大豆肌动蛋白1基因(登录号JO1298))

SOY02:5'-gTT.ACC.gTA.CAg.gTC.TTT.CC-3'(SEQIDNo.:21)

(位于大豆肌动蛋白1基因(登录号JO1298))

2.2.扩增片段

在PCR反应中预期的扩增片段：

对于引物对SOY01-SOY02:413bp(内源对照)

对于引物对MDB688-MDB687:151bp(A5547-127原种事件)

2.3.模板DNA

根据Edwards等人(NucleicAcidResearch,19,pi349,1991)的描述通过叶打孔制备模板DNA。当用其它方法制备DNA时，应该利用不同量的模板进行一轮检测。通常50ng的基因组模板DNA产生最好结果。

2.4.指定的阳性和阴性对照

为了避免假阳性或假阴性，确定在一轮PCR中应该包括如下阳性和阴性对照:

-主要混合物对照(DNA阴性对照)。此PCR反应中不加入DNA。当检测到预期结果，即没有PCR产物时，表明PCR混合物没有被靶DNA污染。

-DNA阳性对照(已知包含转基因序列的基因组DNA样品)。阳性对照的成功扩增说明PCR在允许靶序列扩增的条件下进行。

-野生型DNA对照。此PCR中提供的模板DNA是从非转基因植物中制备的基因组DNA。当检测到预期结果，即没有检测到转基因PCR产物扩增，但是检测到内源PCR产物的扩增时，表明在基因组DNA样品中没有可检测到的转基因背景扩增。

2.5.PCR条件

在如下条件下获得最优结果：

-25μl反应的PCR混合物含有:

2.5μl模板DNA

2.5μl10×扩增缓冲液(与Taq聚合酶一起提供)

0.5μl10mMdNTP

0.5μlMDB688(10pm/μl)

0.5μlMDB687(10pm/μl)

0.25μlSOY01(10pm/μl)

0.25μlSOY02(10pm/μl)

0.1μlTaqDNA聚合酶(5单位/μl)

加水至25μl

-为得到最优结果，随后的热循环步骤如下:

95℃，4分钟

随后:95℃，1分钟

57℃，1分钟

72℃，2分钟

5个循环

随后:92℃，30秒

57℃，30秒

72℃，1分钟

25个循环

随后:72℃，5分钟

2.6.琼脂糖凝胶分析

为了达到PCR的最佳可视结果，确定应当在1.5％琼脂糖凝胶(Tris-硼酸盐缓冲液)上应用10到20μl之间的PCR样品，以及适当的分子量标记(例如100bpladderPHARMACIA)。

2.7.结果验证

已确定来自单轮PCR和单个PCR混合物中转基因植物DNA样品的数据是不可接受的，除非1)DNA阳性对照显示预期的PCR产物(转基因和内源片段)，2)DNA阴性对照的PCR扩增是阴性的(没有片段)和3)野生型DNA对照显示预期结果(内源片段扩增)。

当随后进行上述A5547-127的PCR鉴定方法时，条带显示可见量的预期大小的转基因和内源PCR产物，这表明相应的制备基因组模板DNA的植物具有遗传的A5547-127原种事件。条带没有显示可见量的转基因PCR产物，而是显示可见量的内源PCR产物，表明相应的制备基因组模板DNA的植物不包含原种事件。条带没有显示可见量的内源和转基因PCR产物，表明基因组DNA的质量和/或数量不能够产生PCR产物。这些植物不能被记入。应当重新制备基因组DNA，并且在合适的条件下进行新一轮PCR。

2.8.使用差别PCR(discriminatingPCR)方法鉴定A5547-127

在尝试未知筛选之前，用所有合适的对照进行一轮测试。发展的方法可能需要将各实验室之间不同的组分进行最优化(模板DNA制备、TaqDNA聚合酶、引物质量、dNTP's、热循环仪等)。

内源序列的扩增在方法中起关键作用。从已知的转基因基因组DNA模板中可以获得扩增等摩尔量的内源和转基因序列的PCR和热循环条件。每当靶内源片段不被扩增或者没有以同样的溴化乙啶染色强度被扩增时(如由琼脂糖凝胶电泳判断)，可能需要优化PCR条件。

根据上述方法测试来自多个植物的大豆叶材料，其中的一些包含A5547-127。来自原种事件A5547-127和来自大豆野生型的样品分别作为阳性和阴性对照。

图2说明在多个大豆植物样品中对A5547-127的原种事件PCR鉴定方法所获得的结果(1-14泳道)。第1泳道中的样品检测到185bp条带说明其包含原种事件，而第2、3和4泳道中的样品不包含A5547-127。第2泳道包含另一大豆原种事件，第3泳道代表非转基因大豆对照；第4泳道代表阴性对照(水)样品，且第5泳道代表分子量标记(100bp)。

3.使用特异整合片段作为探针检测包含A5547-127的材料

A5547-127的特异整合片段通过使用特异引物MDB687(SEQIDNo.15)和MDB688(SEQIDNo.13)进行PCR扩增而获得，或者通过化学合成获得，并且被标记。此整合片段用作在生物样品中检测A5547-127的特异性探针。根据标准操作从样品中提取核酸。此核酸随后在杂交条件下与特异性探针接触，优化该条件使允许形成杂交体。随后检测到杂交体的形成表明在样品中存在A5547-127核酸。任选地，样品中的核酸在用特异性探针接触之前，先用特异引物扩增。可选择地，用特异性探针而不是整合片段接触核酸之前，先标记核酸。任选地，在接触样品之前，特异性探针被附加到固体载体上(例如，但是不限于，滤膜、条带或珠子)。

本申请涉及如下实施方案：

1.在生物样品中鉴定原种事件A5547-127的方法，该方法包括用特异性识别A5547-127的5’或3’侧翼区的特异性引物或探针检测A5547-127特定区域。

2.实施方案1的方法，所述方法包括使用聚合酶链式反应，用至少两种引物扩增存在于所述生物样品的核酸从100到500碱基对之间的DNA片段，所述引物之一识别A5547-127的5’侧翼区，所述5’侧翼区具有SEQIDNo1从1到311核苷酸的核苷酸序列，或者识别A5547-127的3’侧翼区，所述3’侧翼区具有SEQIDNo2从510到1880核苷酸的互补核苷酸序列，所述引物的另一个识别外源DNA中的序列，该外源DNA具有SEQIDNo1从312到810核苷酸的互补核苷酸序列，或者SEQIDNo2从510到1880核苷酸的核苷酸序列。

3.实施方案2的方法，其中识别5’侧翼区的所述引物由17到200个连续核苷酸的核苷酸序列组成，其选自SEQIDNo1从1到311核苷酸的核苷酸序列；或者识别A5547-127的3’侧翼区的所述引物由17到200个连续核苷酸的核苷酸序列组成，其选自SEQIDNo2从510到1880核苷酸的互补核苷酸序列；并且识别外源DNA中的序列的所述引物由17到200个连续核苷酸的核苷酸序列组成，其选自SEQIDNo1从312到810核苷酸的互补核苷酸序列，或者选自SEQIDNo2从510到1880核苷酸的核苷酸序列。

4.实施方案2的方法，其中识别5’侧翼区的所述引物在其3’最末端包含至少17个连续核苷酸的核苷酸序列，其选自SEQIDNo1从1到311核苷酸的核苷酸序列；或者识别A5547-127的3’侧翼区的所述引物在其3’最末端包含至少17个连续核苷酸的核苷酸序列，其选自SEQIDNo2从510到1880核苷酸的互补核苷酸序列；并且识别外源DNA内序列的所述引物在其3’端包含至少17个连续核苷酸的核苷酸序列，其选自SEQIDNo1从312到810核苷酸的互补核苷酸序列，或者选自SEQIDNo2从510到1880核苷酸的核苷酸序列。

5.实施方案4的方法，其中所述引物分别包含SEQIDNo.13和SEQIDNo.15的序列。

6.实施方案5的方法，该方法包括用A5547-127鉴定方案扩增约151碱基对的片段。

7.用于在生物样品中鉴定原种事件A5547-127的试剂盒，所述试剂盒包含一个识别A5547-127的5’侧翼区的引物，所述5’侧翼区具有SEQIDNo1从1到311核苷酸的核苷酸序列；或者一个识别A5547-127的3’侧翼区的引物，所述3’侧翼区具有SEQIDNo2从510到1880核苷酸的互补核苷酸序列；以及一个识别外源DNA中的序列的引物，所述外源DNA具有SEQIDNo1从312到810核苷酸的互补核苷酸序列，或SEQIDNo2从510到1880核苷酸的核苷酸序列。

8.实施方案7的试剂盒，其中识别5’侧翼区的所述引物由17到200个连续核苷酸的核苷酸序列组成，其选自SEQIDNo1从1到311核苷酸的核苷酸序列；或者识别A5547-127的3’侧翼区的所述引物由17到200个连续核苷酸的核苷酸序列组成，其选自SEQIDNo2从510到1880核苷酸的互补核苷酸序列；并且识别外源DNA内序列的所述引物由17到200个连续核苷酸组成，其选自SEQIDNo1从312到810核苷酸的互补核苷酸序列，或者SEQIDNo2从510到1880核苷酸的核苷酸序列。

9.实施方案7的试剂盒，其中识别5’侧翼区的所述引物在其3’最末端包含至少17个连续核苷酸的核苷酸序列，其选自SEQIDNo1从1到311核苷酸的核苷酸序列；或者识别A5547-127的3’侧翼区的所述引物在其3’最末端包含至少17个连续核苷酸的核苷酸序列，其选自SEQIDNo2从510到1880核苷酸的互补核苷酸序列；并且识别外源DNA内序列的所述引物在其3’端包含至少17个连续的核苷酸，其选自SEQIDNo1从312到810核苷酸的互补核苷酸序列，或者选自SEQIDNo2从510到1880核苷酸的核苷酸序列。

10.实施方案7的试剂盒，其包含由SEQIDNo.13的序列组成的引物和由SEQIDNo.15的序列组成的引物。

11.在A5547-127PCR鉴定方案中使用的引物，其具有的序列在最优化的PCR条件下特异性识别A5547-127的5’或3’侧翼区内的序列，所述5’侧翼区具有SEQIDNo1从1到311核苷酸的核苷酸序列，并且所述3’侧翼区具有SEQIDNo2从510到1880核苷酸的互补核苷酸序列。

12.实施方案11的引物，其中所述引物由17到200个连续核苷酸的核苷酸序列组成，其选自SEQIDNo1从1到311核苷酸的核苷酸序列，或者选自SEQIDNo2从510到1880核苷酸的互补核苷酸序列。

13.实施方案11的引物，其中所述引物在其3’最末端包含至少17个连续核苷酸的核苷酸序列，其选自SEQIDNo1从1到311核苷酸的核苷酸序列，或者选自SEQIDNo2从510到1880核苷酸的互补核苷酸序列。

14.在其3’最末端包含SEQIDNo.13序列的引物。

15.在其3’最末端包含SEQIDNo.15序列的引物。

16.实施方案1的方法，该方法包括用A5547-127的特异性探针与生物样品的核酸杂交。

17.实施方案16的方法，其中所述特异性探针的序列与包含A5547-127的5’侧翼序列或3’侧翼序列及其邻接的外源DNA序列的部分序列具有至少80％的序列同一性。

18.实施方案17的方法，其中所述特异性探针的序列与SEQIDNo.1从260到360核苷酸或SEQIDNo.2从460到560核苷酸、或所述序列的互补序列具有至少80％的序列同一性。

19.用于在生物样品中鉴定原种事件A5547-127的试剂盒，所述试剂盒包含特异性探针，其能够与A5547-127的特定区域特异性杂交。

20.实施方案19的试剂盒，其中所述特异性探针的序列与包含A5547-127的5’侧翼序列或3’侧翼序列及其邻接的外源DNA序列的部分序列具有至少80％的序列同一性。

21.实施方案20的试剂盒，其中所述特异性探针的序列与SEQIDNo.1从260到360的核苷酸或SEQIDNo.2从460到560的核苷酸、或所述序列的互补序列具有至少80％的序列同一性。

22.用于在生物样品中鉴定原种事件A5547-127的特异性探针。

23.实施方案22的探针，其与包含A5547-127的5’侧翼序列或3’侧翼序列及其邻接的外源DNA序列、或其互补序列的部分序列具有至少80％的序列同一性。

24.实施方案23的探针，其与SEQIDNo.1从260到360的核苷酸或SEQIDNo.2从460到560的核苷酸、或所述序列的互补序列具有至少80％的序列同一性。

25.用于鉴定生物样品中原种事件A5547-127的特异性探针，其序列与SEQIDNo.1从260到360的核苷酸或SEQIDNo.2从460到560的核苷酸、或所述序列的互补序列基本相似。

26.用于确定种子纯度的方法，该方法包括在种子样品中用特异性引物或探针检测A5547-127的特定区域，所述引物或探针特异性识别A5547-127的5’或3’侧翼区。

27.用于筛选存在A5547-127的种子的方法，该方法包括在大批种子样品中用特异性引物或探针检测A5547-127的特定区域，所述引物或探针特异性识别A5547-127的5’或3’侧翼区。

28.大豆植物、或其细胞、部分、种子或子代，在其基因组中包含原种事件A5547-127。