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一种短序列组装中构建图的方法及系统

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本发明适用于基因工程技术领域，提供了一种短序列组装中构建图的方法及系统，所述方法包括下述步骤：接收测序序列；分别将接收到的测序序列逐个碱基滑动切割得到固定碱基长度的短串，并得到所述短串的左、右连接关系；将得到的各所述短串的序列值，左、右连接关系及其连接数量存储为de Bruijn图的一个节点。在本发明中，通过分别将接收到的测序序列逐个碱基滑动切割得到固定碱基长度的短串及短串的左、右连接关系，将得到的各短串的序列值，左、右连接关系及其连接数量存储为de Bruijn图的一个节点，实现了一种短序列组装中构建图的方法，能对大基因组进行组装，占用内存小、速度快。

著录项

公开/公告号CN101430742A

专利类型发明专利
公开/公告日2009-05-13

原文格式PDF
申请/专利权人深圳华大基因研究院;
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申请/专利号CN200810218338.9
发明设计人李瑞强;阮珏;朱红梅;李松岗;王俊;杨焕明;汪建;
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申请日2008-12-12
分类号G06F19/00(20060101);C12Q1/68(20060101);
代理机构44237 深圳中一专利商标事务所;
代理人张全文
地址 518083 广东省深圳市盐田区北山工业区综合楼
入库时间 2023-12-17 21:53:28

法律信息

法律状态公告日

法律状态信息

法律状态
2013-09-18

专利权的转移 IPC(主分类):G06F19/20 变更前: 变更后: 登记生效日:20130826 申请日:20081212

专利申请权、专利权的转移
2011-06-29

授权

授权
2009-07-08

实质审查的生效

实质审查的生效
2009-05-13

公开

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3. A Chemically inducible Promoter Genetic Sequence of a DNA Molecule and a multimer comprising such a construction sequence, GeneticA plant that contains the genetic Construction, a combination of Promoter / Inducer and an expression System for the Plant, which includes the sequence, a transgenic Plant.The use of the sequence that induces the expression of a Gene when it is bound to the sequence and process of expression in Plant [P] . AR003642A1 . 1998-08-05

机译： DNA分子的化学诱导型启动子遗传序列和包含该构建序列的多聚体，包含遗传构建的GeneticA植物，启动子/诱导子和该植物的表达系统的组合，其中包括该序列，一种转基因植物当基因与植物中的序列和表达过程结合时，诱导基因表达的序列的使用
4. Method for improving nu00ecveis expression of one or more proteu00ecnas in a transgenic plant, and the expression of multiple proteu00ecnas in a transgenic plant.Use of a propeptu00ecdeo clivu00e1vel on secreting a connecter vegetable.And as a connecter clivu00e1vel in precusores of poliproteu00ecna synthesized through the secretory path in transgenic plants, use in a sequence of propeptu00ecdeo rich in amino acids and small,V, s and T and containing dipeptu00ecdicas sequences consisting of two resu00ecduos acids, two resu00ecduos basic or a resu00ecduo acid and a basic as a sequence binding clivu00e1vel, construction of DNA, vector,Transgenic plant, the use of a construction of DNA, and nucleic acid [P] . BR9913076A . 2001-05-08

机译：改善转基因植物中一种或多种蛋白表达的转基因表达以及转基因植物中表达多种蛋白表达的方法。使用前亲缘种在分泌连接植物上的用途。转基因植物中通过分泌途径合成的poliprote基因的先兆连接子，用于富含氨基酸，小，V，s和T的前肽序列，并含有由两个res氨基酸，两种残基的碱性或残基酸和一种碱性的作为序列结合的分子，DNA的构建，载体，转基因植物，DNA的构建和核酸的使用
5. Polinucleotu00ecdeos and polinucleotu00ecdeos isolated plant cells, transgenic plants, DNA construct, wood, wood pulp, methods of production of a plant transformed from wood,Pulp of wood, methods of modification of the phenotype of a plant, the correlation of the expression of genes in two different samples.The possession of a phenotype of the plant at the level of gene expression in the plant of one or more genes and correlation of gene expression with the propensity to form wood of reaction.The combination of the detection of the expression of one or more genes, microconjunto, methods for detection of one or more genes in a sample.One or more nucleic acid sequences encoded by one or more genes in a sample and kit. [P] . BRPI0406291A . 2006-05-02

机译：聚核苷酸和聚核苷酸分离的植物细胞，转基因植物，DNA构建体，木材，木浆，由木材转化的植物的生产方法，木浆，修饰植物表型的方法，相关性基因在两个不同样品中的表达。在一个或多个基因在植物中的基因表达水平上具有植物的表型，并且基因表达与形成反应木材的倾向相关。一种或多种基因的表达，微结膜，检测样品中一种或多种基因的方法。样品和试剂盒中一种或多种基因编码的一种或多种核酸序列。