存储器减少的核苷酸序列比较

摘要

可以通过定制集成电路系统来执行两个核苷酸序列之间的比较，该定制集成电路系统可以在减少的存储器占用中实现Smith Waterman分析，该减少的存储器占用仅存储和参考表示所述两个核苷酸序列之间的所述比较的二维矩阵的单独的部分或者分段。随着回溯的进行，会需要回溯与来自当前没有被保留在存储器中的分段的与单元对应的元数据。这种分段可以根据与二维矩阵的检查点单元相关联的、在先前生成的得分而被重新生成，该检查点单元包括被重新生成的分段的两个边缘。此外，为了进一步减少存储器消耗，针对每个单元而存储的回溯元数据可以包括四个二进制数字：两个数字指示方向指派，一个数字指示对应的单元是否是跨多个连续的单元延伸的删除的一部分，以及一个数字类似地指示跨多个连续的单元延伸的插入。