J亚群禽白血病病毒蛋鸡分离株SD07LK1全基因组核苷酸序列的比较分析

摘要

J亚群禽白血病病毒(Subgroup J of Avian Leukosis Virus，ALV-J)是90年代最初从商品代肉鸡中分离鉴定出来的禽白血病病毒(AvianLeukosis Virus，ALV)新的亚群，根据病毒中和试验、交叉干扰试验和基因组序列，确定它与经典的A，B，C，D，E亚型ALV不同。ALV-J主要引起肉鸡的骨髓瘤白血病(Myloid Leucosis，ML)。我国于1999年首先在肉用型鸡群分离鉴定出ALV-J的中国株。 本研究以J亚群禽白血病病毒(ALV-J)蛋鸡分离株SD07LK1感染的鸡胚成纤维细胞(CEF)基因组DNA作为其前病毒基因组模板，根据已发表序列设计合成9对引物，经PCR扩增出9段连续的、相互部分重叠的DNA片段和闭合环形前病毒两末端LTR的连接区段，并分别连入T载体进行克隆、测序。然后利用DNAstar软件对测序结果进行剪辑和拼接，首次完成了ALV-J蛋鸡分离株SD07LK1的前病毒全基因组核苷酸序列。将该序列与另外已完成的全基因组序列的比较表明，ALV-J的整个基因组gag和pol基因相对保守，各毒株间对应基因的同源性分别在95.0％以上，env基因的同源性仅为88.6-94.0％。 结果表明，该毒株的cDNA基因组有7734个碱基。ALV-J的主要基因和基因组功能片段是5' LTR、gag基因、pol基因、env基因、3' LTR，上述各个基因产物及基因组功能片段又包括若干个亚片段。本研究将J亚群禽白血病病毒中国蛋鸡分离株株SD07LK1与英国病毒株HPRS-103、美国病毒株ADOL-7501及中国肉鸡分离株NX0101的各基因片段做了比较(SD07LK1与HPRS-103、ADOL-7501及NX0101，以下比较均按此顺序)：5' LTR的核甘酸序列同源性为95.4％、92.6％、94.2％。5' LTR区由U3、R、U5构成，对这三个基因片段进行比较，其同源性分别为95.5％、91.1％、93.8％：100％、100％、100％；93.6％、94.9％、93.6％。5' UTR的核甘酸序列同源性为95.5％、95.0％、96.3％。 gag基因的氨基酸序列同源性为98.0％、96.6％、96.6％。gag基因负责编码病毒内部结构核衣壳蛋白，主要有：p19、p2、p10、p27、p12、p15。对gag基因的不同编码产物与HPRS-103、ADOL-7501及NX0101的相应基因序列作比较，其同源性分别为96.8％、94.8％、98.1％；100％、100％、100％；98.4％、100.O％、98.4％；100.0％、97.1％、94.1％；95.5％、96.6％、94.4％；96.8％、95.2％、99.2％。 pol基因编码一种反转录酶，其氨基酸序列同源性为98.9％、99.1％、98.1％。pol基因的编码产物是RT p68和IN p32。对pol基因的不同编码产物做了比较，其同源性为99.0％、99.7％、97.9％：99.3％、97.9％、98.3％。 囊膜蛋白env基因的同源性为91.6％、87.3％、91.7％。env基因由gp85基因和gp37基因组成，对其氨基酸序列作比较，同源性为89.0％、81-8％、89.3％；93.9％、93.4％、93.9％。 3' UTR基因的核甘酸序列同源性为86.0％、87.9％、67.2％。 3' LTR的核甘酸序列同源性为95.4％、92.0％、93.5％。3' LTR区由U3、R、U5构成，对这三个基因片段进行比较，其同源性分别为95.6％、91.2％、92.5％；100％、100％、100％；93.6％、92.3％、94.9％。

目录

文摘

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论文说明：符号及缩略词

声明

引言

1病原学

1.1病毒特征

1.2理化特性

1.3实验室宿主系统

2分子病毒学

3 ALV-J的致病性及致病机制

3.1 ALV-J的致病性

3.2致肿瘤机制

3.3免疫抑制作用

4 ALN-J的鉴别与诊断

4.1临床症状

4.2剖检变化

4.3流行病学

4.4病理组织学变化

4.5 ALV-J的分离与鉴定

4.6 ALN-J特异性片断的PCR扩增

4.7 ALV-J的ELISA检测

5 ALV-J在不同类型鸡群中的流行状态及变化

6 ALV-J的控制与消灭

7研究的目的和意义

8附图

研究内容J亚群禽白血病病毒蛋鸡分离株SD07LK1全基因组核苷酸序列的比较分析

1材料和方法

1.1病毒

1.2鸡胚成纤维细胞(CEF)的制备

1.3单克隆抗体

1.4异硫氰酸荧光素(FITC)标记的羊抗鼠二抗

1.5病毒的增殖

1.6 SD07LK1前病毒基因组cDNA的提取

1.7引物设计与合成

1.8聚合酶链式反应(PCR)

1.9 ALV-J／SD07LK1株cDNA两侧末端序列的扩增

1.10 PCR产物DNA电泳

1.11各段基因的克隆测序

2结果

2.1 IFA显示细胞SD07LK1感染状态

2.2 PCR扩增结果

2.3 SD07LK1前病毒cDNA全基因组核苷酸序列的建立

2.4 SD07LK1、NX0101、HPRS103和ADOL7501毒株5’LTR核苷酸序列比较

2.5 SD07LK1、NX0101、HPRS103和ADOL7501毒株5’LTR-U3核苷酸序列比较

2.6 SD07LK1、NX0101、HPRS103和ADOL7501毒株5’LTR-R核苷酸序列比较

2.7 SD07LK1、NX0101、HPRS103和ADOL7501毒株5’LTR-U5核苷酸序列比较

2.8 SD07LK1、NX0101、HPRS103和ADOL7501毒株5’UTR核苷酸序列比较

2.9 SD07LK1、NX0101、HPRS103和ADOL7501株gag基因氨基酸序列比较

2.10 SD07LK1、NX0101、HPRS103和ADOL7501株MA p19氨基酸序列比较

2.11 SD07LK1、NX0101、HPRS103和ADOL7501株p2氨基酸序列比较

2.12 SD07LK1、NX0101、HPRS103和ADOL7501株p10氨基酸序列比较

2.13 SD07LK1、NX0101、HPRS103和ADOL7501株CA p27氨基酸序列比较

2.14 SD07LK1、NX0101、HPRS103和ADOL7501株NC p12氨基酸序列比较

2.15 SD07LK1、NX0101、HPRS103和ADOL7501株PR p15氨基酸序列比较

2.16 SD07LK1、NX0101、HPRS103和ADOL7501株pol基因氨基酸序列比较

2.17 SD07LK1、NX0101、HPRS103和ADOL7501株RT p68氨基酸序列比较

2.18 SD07LK1、NX0101、HPRS103和ADOL7501株IN p32氨基酸序列比较

2.19 SD07LK1、NX0101、HPRS103和ADOL7501株env基因氨基酸序列比较

2.20 SD07LK1、NX0101、HPRS103和ADOL7501株gp85氨基酸序列比较

2.21 SD07LK1、NX0101、HPRS103和ADOL7501株gp37氨基酸序列比较

2.22 SD07LK1、NX0101、HPRS103和ADOL7501毒株3’UTR核苷酸序列比较

2.23 SD07LK1、NX0101、HPRS103和ADOL7501毒株3’LTR核苷酸序列比较

2.24 SD07LK1、NX0101、HPRS103和ADOL7501毒株3’LTR-U3核苷酸序列比较

2.25 SD07LK1、NX0101、HPRS103和ADOL7501毒株3’LTR-R核苷酸序列比较

2.26 SD07LK1、NX0101、HPRS103和ADOL7501毒株3’LTR-U5核苷酸序列比较

2.27 SD07LK1、NX0101、HPRS103和ADOL7501毒株rTM核苷酸序列比较

2.28 SD07LK1、NX0101、HPRS103和ADOL7501毒株Ins.TM核苷酸序列比较

2.29 SD07LK1、NX0101、HPRS103和ADOL7501毒株DR1核苷酸序列比较

2.30 SD07LK1、NX0101、HPRS103和ADOL7501毒株E核苷酸序列比较

3讨论

结论

参考文献

致谢

攻读硕士学位期间发表论文

个人简历