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一种多条序列比对算法的优化方法和系统、存储介质

摘要

本发明涉及一种多条序列比对算法的优化方法和系统、存储介质,该方法包括:从多条序列中选择核心序列;将核心序列与多条序列中的其他序列两两比对,得到序列共有的片段数量;根据两两序列共有的片段数量构建第一引导树;对第一引导树采用渐进算法得到多条序列比对的第一结果;根据第一结果计算两两序列的距离,得到距离矩阵;根据距离矩阵构建第二引导树,比较第一引导树和第二引导树,将发生变动部分对应的序列重新比对,得到第二结果,重复构建第二引导树和将第一引导树与第二引导树比较的过程,直至比较次数超过阈值,从而可以缩短序列比较的耗时,加快处理进度,降低资源消耗。

著录项

  • 公开/公告号CN109949867A

    专利类型发明专利

  • 公开/公告日2019-06-28

    原文格式PDF

  • 申请/专利权人 中国农业科学院特产研究所;

    申请/专利号CN201910074298.3

  • 申请日2019-01-25

  • 分类号

  • 代理机构北京轻创知识产权代理有限公司;

  • 代理人陈振玉

  • 地址 130112 吉林省长春市南关区净月经济开发区聚业大街4899号

  • 入库时间 2024-02-19 11:46:10

法律信息

  • 法律状态公告日

    法律状态信息

    法律状态

  • 2019-07-23

    实质审查的生效 IPC(主分类):G16B30/10 申请日:20190125

    实质审查的生效

  • 2019-06-28

    公开

    公开

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