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【2h】

Bounds on edit metric codes with combinatorial DNA constraints

机译:编辑具有组合DNa约束的度量代码的界限

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摘要

The design of a large and reliable DNA codeword library is a key problem in DNA basedcomputing. DNA codes, namely sets of fixed length edit metric codewords over the alphabet{A, C, G, T}, satisfy certain combinatorial constraints with respect to biological andchemical restrictions of DNA strands. The primary constraints that we consider are thereverse--complement constraint and the fixed GC--content constraint, as well as the basicedit distance constraint between codewords.We focus on exploring the theory underlying DNA codes and discuss several approaches tosearching for optimal DNA codes. We use Conway's lexicode algorithm and an exhaustivesearch algorithm to produce provably optimal DNA codes for codes with small parametervalues. And a genetic algorithm is proposed to search for some sub--optimal DNA codeswith relatively large parameter values, where we can consider their sizes as reasonablelower bounds of DNA codes. Furthermore, we provide tables of bounds on sizes of DNAcodes with length from 1 to 9 and minimum distance from 1 to 9.
机译:大型且可靠的DNA码字库的设计是基于DNA的计算中的关键问题。 DNA代码,即字母{A,C,G,T}上的固定长度编辑度量代码字集,就DNA链的生物和化学限制而言,满足某些组合限制。我们考虑的主要约束是互补约束和固定GC含量约束,以及码字之间的基本编辑距离约束。我们着重探讨DNA编码的基础理论,并讨论了几种寻找最佳DNA编码的方法。我们使用Conway的lexicode算法和穷举搜索算法为具有较小参数值的代码生成可证明的最佳DNA代码。并提出了一种遗传算法来搜索一些具有相对较大参数值的次优DNA编码,我们可以将它们的大小视为合理的DNA编码下限。此外,我们提供了长度为1到9,最小距离为1到9的DNAcode大小的界限表。

著录项

  • 作者

    Sun Jing.;

  • 作者单位
  • 年度 2010
  • 总页数
  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 eng
  • 中图分类

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