乳用牛の新たな遺伝的能力評価法に用いる高密度SNPマーカーの有効性

摘要

近年、ウシにおいても多数のマーカーを配置したSNPアレイが開発され、ゲノム全体に配置されたマーカーの遺伝子型情報を用いて個体の遺伝的能力評価を行う方法が実現可能になっている。今回、54，001 SNPを一度にタイピングできるアレイを用いてホルスタイン種雄牛2，590頭についてジェノタイピングを行い、その結果から利用可能なマーカー42，721SNPを選定するとともに、この集団における連鎖不平衡を推定した。また、選定したマーカーセットによる連鎖不平衡r＜2値は、マーカー間隔のばらつきを考慮しなければ、ゲノムの64％では0.2以上、それ以外でも0.1以上であると推測された。今回の推定結果は、今後開発されるマーカーセットの評価の目安になると考えられる。