インタラクトームネットワーク解析

摘要

細胞のなかで,遺伝子あるいは蛋白質は,いつどこでどのようにふるまうことで複雑な生命現象を担っているのであろうか．この間いに対して蛋白質·遺伝子の相互の関係性，とくに分子間の相互作用を網羅的に調べ上げ．時間および空間的な相互作用の変化から生命環象を理解しようとするのがインタラクトムのアプローチである．自然言語処理を用いる方法を採用し，集めた蛋白質/遺伝子名に対してPubMedから相互作用を表す動詞について二項関係を網羅的に柚出,その二項関係を組み合わせた動詞ごとの相互作用ネットワーク,および全動詞を重ね合わせた全相互作用ネソトワークを構築した.そのスケールフリー性をクラブ理論的に解析した．HUVEC細胞のマイクロアレイ実験による詳細な時系列遺伝子発現データから得られる相関関係を,文献からの全ネットワークにマッピングしたところ,時間ごとに機能的にまとまった確度の高い相互作用ネットワークを選び出すことができた．