ЗОНДИРОВАНИЕ СТРУКТУРЫ ТРЕХ СПИРАЛЬНЫХ И ПАРАЛЛЕЛЬНЫХ ДНК С ПОМОЩЬЮ ХИМИЧЕСКОГО ЛИГИРОВАНИЯ

摘要

С помощью химического лигирования и УФ-спектроскопии исследованы разные типы олигонукле-отидных тройных спиралей с "разорванной" третьей цепью. Они включали триплексы с пуриновым и пиримидиновым мотивами связывания третьей цепи, а также с чередованием этих мотивов. Изучена область устойчивости таких систем, влияние рН и природы ионов двухвалентных металлов на стабильность комплексов и полярность третьей цепи. Показано, что образование тройных спиралей Pyr-Pu—Pu из относительно коротких олигонуклеотидов осложняется возможностью формирования альтернативных структур, в частности некоторых типов параллельных дуплексов. В системах со смешанными пуриновым и пиримидиновым мотивами антипараллельная ориентация является предпочтительной. Впервые проведена индуцируемая бромистым цианом циклизация 38-звенного олигонуклеотида в составе триплекса Pyr-Pu—Pu, причем образование новой фосфоди-эфирной связи происходит в связанной хугстиновскими парами пуриновой цепи.