DNA塩基配列を利用した真菌の同定：国産玄米から分離されたFusariumの種レベルの同定

摘要

国産玄米から分離したFusariumを材料としてDNA塩基配列による真菌の同定を行い，その実践上の有用性と限界について検討した．rRNA遺伝子内に存在する3領域，D2，ITS1およびITS2の塩基配列を解読し，米国のNCBIが管理するGenBankデータベースに登録されているDNA塩基配列と照合した．D2領域については，Applied Biosystems Fungal Libraryとも照合した．Fusariumを種レベルで同定または推定するには，少なくとも3領域すべてをデータベースと照合する必要があった．今回同定に供した株の約半数は，塩基配列のみから種の同定が可能であった．残りの株は，1株を除いて，DNA塩基配列に基づいて候補となる種を絞ることができ，形態学的手法による同定が容易になった．