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Modelos alternativos para detec??o de locos de características quantitativas (QTL) de carca?a e crescimento nos cromossomos 4, 5 e 7 de suínos

机译:用于检测定量特征(QTL)cas体基因座和猪第4、5和7号染色体生长的替代模型

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摘要

O conhecimento do genoma pode auxiliar na identifica??o de regi?es cromoss?micas e, eventualmente, de genes que controlam características quantitativas (QTLs) de importancia econ?mica. Em um experimento com 1.129 suínos resultantes do cruzamento entre machos da ra?a Meishan e fêmeas Large White e Landrace, foram analisadas as características gordura intramuscular (GIM), em %, e ganho dos 25 aos 90 kg de peso vivo (GP), em g/dia, em 298 animais F1 e 831 F2, e espessura de toucinho (ET), em mm, em 324 F1 e 805 F2. Os animais das gera??es F1 e F2 foram tipificados com 29 marcadores microsatélites. Estudou-se a liga??o entre os cromossomos 4, 6 e 7 com GIM, ET e GP. Análises de QTL utilizando-se metodologia Bayesiana foram aplicadas mediante três modelos genéticos: modelo poligênico infinitesimal (MPI); modelo poligênico finito (MPF), considerando-se três locos; e MPF combinado com MPI. O número de QTLs, suas respectivas posi??es nos três cromossomos e o efeito fenotípico foram estimados simultaneamente. Os sumários dos parametros estimados foram baseados nas distribui??es marginais a posteriori, obtidas por meio do uso da Cadeia de Markov, algoritmos de Monte Carlo (MCMC). Foi possível evidenciar dois QTLs relacionados a GIM nos cromossomos 4 e 6 e dois a ET nos cromossomos 4 e 7. Somente quando se ajustou o MPI, foram observados QTLs no cromossomo 4 para ET e GIM. N?o foi possível detectar QTLs para a característica GP com a aplica??o dessa metodologia, o que pode ter resultado do uso de marcadores n?o informativos ou da ausência de QTLs segregando nos cromossomos 4, 6 e 7 desta popula??o. Foi evidenciada a vantagem de se analisar dados experimentais ajustando diferentes modelos genéticos; essas análises ilustram a utilidade e ampla aplicabilidade do método Bayesiano.
机译:基因组的知识可以帮助鉴定染色体区域,并最终帮助鉴定具有经济重要性的定量特征(QTL)的基因。在一项由1129头由梅山雄性与大白种和长白种雌性杂交而来的猪进行的实验中,分析了肌内脂肪(GIM)的特征(以%计)和体重增加25至90公斤活重(GP),以克/天计,在298 F1和831 F2动物中,以及在324 F1和805 F2中的后脂肪厚度(ET),以毫米为单位。 F1和F2代的动物用29个微卫星标记进行分型。研究了4、6和7号染色体与GIM,ET和GP之间的联系。使用贝叶斯方法进行的QTL分析通过以下三种遗传模型进行应用:无限小多基因模型(MPI);无数多基因模型(MPI)。考虑三个基因座的有限多基因模型(MPF); MPF与MPI结合使用。同时估计了QTL的数量,它们在三个染色体上的位置以及表型效应。估计参数的摘要基于使用Markov链,蒙特卡洛算法(MCMC)获得的后验后边缘分布。有可能证明在4号和6号染色体上有两个与GIM有关的QTL,在4号和7号染色体上有两个与ET有关的QTL。只有当MPI调整后,在4号染色体上才能观察到ET和GIM的QTL。使用该方法无法检测出具有GP特征的QTL,这可能是由于使用非信息性标记或该人群的4号,6号和7号染色体上没有QTL分离造成的。哦证明了分析实验数据的优势,调整了不同的遗传模型;这些分析说明了贝叶斯方法的有用性和广泛的适用性。

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