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A low-latency big database system and browser for storage querying and visualization of 3D genomic data

机译:低延迟大型数据库系统和浏览器用于存储查询和可视化3D基因组数据

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摘要

Recent releases of genome three-dimensional (3D) structures have the potential to transform our understanding of genomes. Nonetheless, the storage technology and visualization tools need to evolve to offer to the scientific community fast and convenient access to these data. We introduce simultaneously a database system to store and query 3D genomic data (3DBG), and a 3D genome browser to visualize and explore 3D genome structures (3DGB). We benchmark 3DBG against state-of-the-art systems and demonstrate that it is faster than previous solutions, and importantly gracefully scales with the size of data. We also illustrate the usefulness of our 3D genome Web browser to explore human genome structures. The 3D genome browser is available at .
机译:基因组三维(3D)结构的最新版本有可能改变我们对基因组的理解。尽管如此,存储技术和可视化工具仍需要发展,以向科学界提供对这些数据的快速便捷访问。我们同时引入了一个数据库系统来存储和查询3D基因组数据( 3DBG ),以及一个3D基因组浏览器来可视化和探索3D基因组结构( 3DGB )。我们针对最先进的系统对 3DBG 进行了基准测试,并证明了它比以前的解决方案更快,并且重要的是可以随数据大小灵活地扩展。我们还说明了3D基因组Web浏览器探索人类基因组结构的有用性。可在上找到3D基因组浏览器。

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