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Enhanced functionalities for annotating and indexing clinical text with the NCBO Annotator+

机译：使用NCBO Annotator +增强了对临床文本进行注释和索引的功能

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SummarySecond use of clinical data commonly involves annotating biomedical text with terminologies and ontologies. The National Center for Biomedical Ontology Annotator is a frequently used annotation service, originally designed for biomedical data, but not very suitable for clinical text annotation. In order to add new functionalities to the NCBO Annotator without hosting or modifying the original Web service, we have designed a proxy architecture that enables seamless extensions by pre-processing of the input text and parameters, and post processing of the annotations. We have then implemented enhanced functionalities for annotating and indexing free text such as: scoring, detection of context (negation, experiencer, temporality), new output formats and coarse-grained concept recognition (with UMLS Semantic Groups). In this paper, we present the NCBO Annotator+, a Web service which incorporates these new functionalities as well as a small set of evaluation results for concept recognition and clinical context detection on two standard evaluation tasks (Clef eHealth 2017, SemEval 2014).

机译：总结临床数据的第二次使用通常涉及用术语和本体对生物医学文本进行注释。美国国家生物医学本体注释中心是一种经常使用的注释服务，最初是为生物医学数据而设计的，但不适用于临床文本注释。为了在不托管或修改原始Web服务的情况下向NCBO Annotator添加新功能，我们设计了一种代理体系结构，该代理体系结构可以通过预处理输入文本和参数以及对注释进行后处理来实现无缝扩展。然后，我们实现了用于注释和索引自由文本的增强功能，例如：评分，上下文检测（否定，经验，时间性），新的输出格式和粗粒度概念识别（使用UMLS语义组）。在本文中，我们介绍了NCBO Annotator +，这是一个Web服务，它结合了这些新功能以及一小组针对两个标准评估任务的概念识别和临床环境检测的评估结果（Clef eHealth 2017，SemEval 2014）。

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期刊名称 Bioinformatics
作者
Andon Tchechmedjiev; Amine Abdaoui; Vincent Emonet; Soumia Melzi; Jitendra Jonnagaddala; Clement Jonquet;
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作者单位

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年(卷),期 -1(34),11
年度 -1
页码 1962–1965
总页数 4
原文格式 PDF
正文语种
中图分类应用微生物学;生化遗传学;生化药理学;
关键词

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机译：点评：历史的研究：一个书目指南，历史的英语理念从柯勒律治到科林伍德，英国当地历史，亚瑟和他的英语变脸：亚瑟王传说中中世纪英国生活和文学，在英国文艺复兴时期颁布性别舞台上，莎士比亚的女性结局，写英文共和国：诗歌，修辞学和政治学1627年至1660年，对旧的新故事：在小说中，天主教和反天主教在早期现代英语文本，长子继承权和继承权在英国圣经模式：综述文学中的历史和代表，通过对小说恢复的英语内战：一个注释的参考书目，戴安娜，自我利益和英国国家身份，古人与现代人之间的古典罗马的痕迹和古典罗马：巴洛克文化在恢复英格兰，浪漫英格兰的Bacchus：1780-1830，厌恶经济学的作家和饮料：十八世纪的文学业务ritain，伪造的房子在十八世纪的英国，穿着我们的衣服，牛津伴侣的浪漫时代：英国文化，1776 - 1832，国内空间：阅读十九世纪的内部，维多利亚人理论上：从德里达到布朗，美德的年龄：英国文化从恢复到浪漫主义，悲惨的痛苦：维多利亚州的残疾和感情，妇女作家第一次世界大战：一个注释的书目，文学中的酒吧，英国工业小说，人类的缘故想要：市场苏格里希第德森市场的经济和美学。 C.，历史的研究：一个书目指南，第二版，曼彻斯特大学出版社，2000，第十四+ 140，£40.00.ParkerChristopher，历史的英语从理念到柯勒律治科林伍德，Ashgate出版社，2000，页。 VII + 244，£45.Richardsonr。 C.（ed。），英语当地历史的变化面孔，ashgate，2000，pp。viii + 218，£45.00.00.00.Parronw。 RJ（编辑），亚瑟和他的英文：亚瑟王传说中中世纪英国生活和文学，威尔士出版社，1999年大学，第398，£35.00.ComensoliViviana和RussellAnne（EDS），英国文艺复兴舞台上颁布性别，伊利诺伊大学出版社，1999，第270页，18.95英镑; SaunderseVe Rachel，在早期现代英格兰舞台上的雷切尔，性别和识字，剑桥大学出版社，1999，PP。260，£35.BerringPhilippa，莎士比亚的女性化的遗址，Routledge，1999，PP。197，£15.99 PB。 Bellilona，伊丽莎白裔女性和甲师诗歌，剑桥大学出版社，1998，PP。262，£35.00.norbrookdavid，写英国共和国：诗歌，修辞和政治1627-1660，剑桥大学出版社，1999，PP。XIII + 509 ，£40.FischHarold，对于旧的新故事：在小说，Macmillan出版社，1998年，第圣经模式X + 236，£42.50; Fischharold，Shakespeare，Milton和Blake的圣经存在，1999年，PP。Xi + 330，£45.marottiarthur F.（Ed。），天主教和早期现代英语文本，Macmillan，1999，PP的天主教和反天主教。XVII + 266，£47.50; Shellalison，天主教，争议和英国文学想象，1558-1660，剑桥大学出版社，1999，PP。XI + 309，£37.50.Jamoussizouheir，Punigoghts和Envland在英国：他们在文学中的历史和代表调查，中心出版大学，突尼斯，1999，PP。293,8 DT.Murphorn Xane C.，英语内战通过虚构的恢复：一个注释书目，格林伍德出版社，韦斯特波特，CT，CT。，2000，PP。VIII + 349，£63.95 .HammondPaul，德莱顿和古典罗马，克拉伦登出版社，牛津，1999年的痕迹，第305，£45.00.LevineJoseph M.，古人和现代人之间：巴洛克文化恢复英格兰，耶鲁大学出版社，1999，页。 XIV + 279，£27.50.50.50.5.50.Tayloranya，浪漫英格兰的Bacchus：作家和饮料，1780-1830，Macmillan，1999，PP。Xi + 264，£47.50.Mandelllaura，罕有内容：十八世纪英国的文学业务，肯塔基州大学，1999，PP。X + 228，$ 42.00.Bainespaul，在十八世纪的英国伪造之家，阿什捷，1999年，PP。第八次+ 195，£47.50.50.50.50.Munnsjessica和Richardspenny（EDS），穿着我们，纽瓦克，特拉华大学出版社，1999，PP。362，£ 37.McCalmanIain（编辑），牛津伴侣对浪漫的年龄：英国文化，1776年至1832年，牛津大学出版社，1999，页。 XII + 780，£85.Brydeninga和Floydjanet（EDS），国内空间：阅读十九世纪内部，曼彻斯特大学出版社，1999，PP。XII + 219，£40.00; KiddAlan和NichollsDavid（EDS），性别，公民文化和消费：在英国，1800年至1940年中产阶层的身份，曼彻斯特大学出版社，1999年，第十四+ 223，£46.00，PB。 14.99英镑的理论上，从Derrida到Browning，曼彻斯特大学出版社，1999年，PP。X + 180，£40.Moreedavid，富于浪漫主义，2000，2000，PP。八+ 330，£45.Klesmary，悲惨的痛苦：宾夕法尼亚大学的维多利亚州美国的残疾和感情，1999年，第211次，第一次第一次世界大战的妇女作家：一名注册参考书目，rutledge，2000，pp。230，75英镑; TyleeClaire与Turnerelaine和Cardinalagnes（EDS），战争扮演妇女：国际选集，Routledge，2000，PP。225，£16.99 PB.Taylorjohn A.，戴安娜，自身利益和英国国家身份，Praeger，2000，PP 。169，£44.95.EARNShawsteven，文学中的酒吧，曼彻斯特大学出版社，2000，PP。X + 294，£45和15.99英镑PB.Klaush。古斯塔夫和骑士。（EDS），英国工业小说，威尔士大学出版社，2000，PP。VIII + 212，£14.99 PB。 Balchjack S.，伊利诺伊大学高中中午的灯，2000年，PP。XL + 404，$ 19.45 PB。康罗伊士队，伊利诺伊大学的世界胜利，2000年，PP。XXXV + 348，17.95磅PB.Gagnierregenia，人类想要的缘故：市场学会的经济学和美学，芝加哥大学出版社，2000，PP。352，£ 10.50 PB。

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