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The SYSTERS protein sequence cluster set

机译:SYSTERS蛋白质序列簇集

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摘要

The SYSTERS (short for SYSTEmatic Re-Searching) protein sequence cluster set consists of the classification of all sequences from SWISS-PROT and PIR into disjoint protein family clusters and hierarchically into superfamily and subfamily clusters. The cluster set can be searched with a sequence using the SSMAL search tool or a traditional database search tool like BLAST or FASTA. Additionally a multiple alignment is generated for each cluster and annotated with domain information from the Pfam database of protein domain families. A taxonomic overview of the organisms covered by a cluster is given based on the NCBI taxonomy. The cluster set is available for querying and browsing at http://www.dkfz-heidelberg.de/tbi/services/cluster/systersform
机译:SYSTERS(SYSTEmatic Re-Searching的缩写)蛋白质序列簇集包括将来自SWISS-PROT和PIR的所有序列分为不相交的蛋白质家族簇,并按层次分为超家族和亚家族簇。可以使用SSMAL搜索工具或传统数据库搜索工具(例如BLAST或FASTA)按序列搜索聚类集。另外,为每个簇生成多重比对,并用来自蛋白质域家族的Pfam数据库的域信息进行注释。基于NCBI分类法,对集群所涵盖的生物进行了分类学概述。可通过以下网址查询和浏览该群集集:http://www.dkfz-heidelberg.de/tbi/services/cluster/systersform

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