恒河猴基因组SINEs和Alu元件的数量和分布

摘要

哺乳动物的基因组中富含各种类型的重复序列,其中的微卫星作为分子标记在相关研究中得到了广泛的应用.而重复序列中的SINEs元件,在各类群物种的分子系统发育、遗传多样性等方面的研究也得到了使用.其中,灵长类物种特有的SINEs元件、Alu元件,也在灵长类物种的进化研究中得到了成功的使用.本研究对于重要的医学模式动物恒河猴的基因组中SINEs和Alu元件进行了搜索,并进一步统计分析其分布规律、长度等信息.在恒河猴基因组的20条常染色体上共发现了Alu元件1 093 185个,在性染色体X上发现了45 215个.长度为200 bp至300 bp区间的Alu元件分布最多;Alu元件中75％的分化值至少都为10,而只有6.2％左右的元件分化值能达到至少20,这一结果表明绝大部分的Alu元件都比较年轻.本研究的统计结果为后续应用SINEs和Alu元件作为分子标记的研究提供了重要的信息.