大理部分地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)S基因遗传进化分析

摘要

为了解大理地区流行的猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)S基因的核苷酸序列和氨基酸序列与目前商品化疫苗毒株的差异性,从大理市、宾川县、洱源县、祥云县、鹤庆县、剑川县等6个地区采集疑似患猪流行性腹泻(Porcine epidemic diarrhea,PED)仔猪的粪便样品60份,采用RT-PCR方法进行PEDV S基因的扩增、测序分析.结果 表明:在60份疑似感染PEDV粪便样品中,祥云县、鹤庆县、剑川县、洱源县、大理市、宾川县PEDV检测阳性率分别为30％、10％、20％、30％、10％、10％,平均阳性率为18.33％.大理地区检测到的PEDV的S基因的核苷酸序列与10个PEDV疫苗参考毒株同源性在94.6％～98.7％之间,与CV777疫苗株(瑞士)同源性最低(94.6％),与AJ1102疫苗株(湖北)同源性最高(98.7％);S基因的氨基酸存在突变,其57位氨基酸N→T,86位氨基酸N→D,107位氨基酸T→K,171位氨基酸F→S,192位氨基酸F→L,214位氨基酸L→V,223位氨基酸V→F.说明大理地区流行的PEDV与目前多个商品化疫苗毒株存在较大差异.