腺性膀胱炎差异表达基因生物信息学分析及关键基因筛选

摘要

目的 对腺性膀胱炎(CG)差异表达基因进行生物信息学分析,并筛选关键基因.方法 自公共平台数据库内完成基因芯片数据集GSE11783的下载,借助在线分析软件GEO2R,完成CG相关差异表达基因的筛选;借助生物信息学资源数据库DAVID6.8,开展基因本体(GO)以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;借助数据库STRING以及软件Cytoscape 3.6.1,分析蛋白—蛋白互作(PPI)网络.结果 筛选出CG相关差异表达基因共154个,其中上调74个、下调80个.GO分析发现,差异表达基因主要经由T细胞活化及免疫应答(IR)、细胞杀伤调控、淋巴细胞活化及IR、γ-干扰素生成的正调节、细胞杀伤正调节、辅助性T细胞分化正调控、促进辅助性T17(Th17)细胞分化、促进T细胞IR调控等生物学途径,实现对CG的成功诱发.经KEGG通路富集分析可知,差异表达基因显著富集于NOD样受体信号途径、自身免疫性甲状腺病变、细胞因子及其受体间互作、Th17细胞分化、Rap1信号途径、JAK-STAT信号途径、自然杀伤细胞主要参与的细胞毒性等.差异表达基因编码蛋白的PPI网络含节点蛋白共146个、边70条;其中的关键基因为CLEC7A和CD80,可能是CG发生发展的潜在靶点.结论 CG样本中相关差异表达基因有154个,主要参与T细胞活化及免疫应答、淋巴细胞活化及免疫应答、NOD样受体、细胞因子—细胞因子相互作用等信号通路;CLEC7A与CD80为蛋白网络作用的关键基因,可能是CG发生发展的潜在靶点.