基于TCGA数据库数据NME基因家族生物学功能、在肝癌诊断和预后预测中的应用分析

摘要

目的 基于TCGA数据库数据分析肿瘤转移相关(NME)基因家族(NME 1、2、3、4、5、6、7)生物学功能、相关信号通路,并探讨NME基因家族成员对肝癌的诊断、预测预后效能及其与肝癌患者预后的关系.方法 从TCGA数据库获取NME基因家族在肝癌组织和癌旁组织中的表达水平和肝癌患者临床病理资料.对NME基因进行基因本体论(GO)及KEGG代谢通路分析.比较肝癌组织与癌旁组织中NME基因的表达.应用ROC评价NME基因对肝癌的诊断效能.采用单因素生存分析、Log-rank检验和多因素COX生存分析法分析NME基因家族与肝癌患者预后的关系.结果 NME基因主要参与调节核苷二磷酸激酶活性、细胞凋亡、发育等生物学过程,主要涉及新陈代谢、抗生素合成、嘌呤和嘧啶代谢途径等相关通路.肝癌组织中NME1、NME2、NME3、NME6、NME7水平均高于癌旁组织(t分别为8.927、7.044、5.267、8.370、4.349,P均<0.0001),肝癌组织中NME5水平低于癌旁组织(t=4.306,P<0.0001),肝癌组织及癌旁组织中NME4水平比较,t=1.403,P=0.1613.除NME4外,其他NME基因家族对肝癌的诊断效能良好,曲线下面积(AUC)分别为0.8872、0.8262、0.7459、0.7457、0.8715、0.7255.吸烟等危险因素、TMN分期、肿瘤浸润情况和是否治疗新发肿瘤影响肝癌患者的生存时间,P均<0.01;NME6和NME7与肝癌患者的预后相关,P均<0.05;NME5、NME6、NME7低表达组肝癌患者的总生存时间高于高表达组(P均<0.05).结论 NME基因家族主要参与调节核苷二磷酸激酶活性、细胞凋亡和细胞发育等生物过程,影响细胞新陈代谢和嘌呤、嘧啶代谢等相关通路.除NME4外,其他NME基因家族对肝癌的诊断效能良好.NME5、NME6、NME7基因水平与肝癌患者的预后相关,可预测预后.