基于TCGA数据分析CHRDL1基因在乳腺癌中的表达特征及生物学功能

摘要

目的 基于癌症基因组图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)的数据,评估腱蛋白样蛋白1(chordin like 1,CHRDL1)在乳腺癌中的表达及预后价值,揭示其在乳腺癌发生发展中可能的作用机制.方法 采用R软件对TCGA数据进行生信分析,利用秩和检验分析CHRDL1在乳腺癌中的表达及其与病理特征的关系.采用Kaplan-Meier法评估影响预后的因素.应用Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)的基因集进行基因富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA),然后通过String数据库构建蛋白质相互作用网络,用Cytoscape软件进行关键基因(Hub基因)筛选,两基因相关性使用Pearson相关性分析.结果 CHRDL1在乳腺癌组织中的表达低于乳腺癌旁组织及正常组织(P均<0.05);乳腺癌组织中CHRDL1启动子甲基化值高于正常组织(P<0.001).Kaplan-Meier生存分析显示CHRDL1高表达患者的总生存期(overall survival,OS)和无远处转移生存(recurrence-free survival,RFS)均低于CHRDL1低表达者(P均<0.05);GSEA富集分析结果显示CHRDL1在MAPK信号通路中发挥重要的生物学作用.构建PPI网络筛选出关键基因CAV1和FYN,二者均与CHRDL1呈正相关性.结论 CHRDL1在乳腺癌中的表达与TNM分期、分子分型相关,CHRDL1在乳腺癌的发生发展中为抑癌基因,可能通过调控CA V 1和(或)FY N介导MAPK信号通路影响乳腺癌细胞的增殖、侵袭和转移.