大鼠Pten和Runx3基因5'端非编码区序列的生物信息学分析

摘要

目的 分析大鼠Pten和Runx3基因5'端非编码区(5'-UTR)序列的CpG岛、启动子及其转录因子结合位点.方法 通过NCBI获得大鼠Pten和Runx3基因全长序列及转录本,采用Blast中的可读框比对外显子、内显子及上游5'-UTR信息,所获得ATG上游2 kb、下游1 kb序列分别应用CpG island searcher软件、CpGPlot工具、Methprimer2.0工具预测CpG岛,NNPP工具、Promoter scan工具、FirstEF工具预测启动子,Matlspector、Match、Con-site预测启动子区域转录结合位点.结果 大鼠Pten基因和Runx3基因属于CpG岛关联基因,启动子可能分别位于-1 253 ～-684 bp和-690 ～-121 bp,Pten和Runx3基因在109和94种转录因子结合位点中,被≥2种软件共同预测有结合位点的转录因子分别有6和9种.结论 初步获得大鼠Pten和Runx3基因5'-UTR序列的生物学信息,为进一步基因调控甲基化实验验证奠定了基础.