用等位基因特异PCR检测普通小麦(Triticum aestivum L.)的单核苷酸多态性

摘要

[目的]以2份六倍体小麦Opata85和W7984及其重组近交系(RIL)的111个株系和3份小麦二倍体野生近缘种为材料,研究用等位基因特异PCR检测普通小麦中单核苷酸多态性的方法.[方法]利用直接测序的方法检测2份六倍体小麦和3份小麦二倍体野生近缘种TaDREB1基因的DNA序列,在B基因组上发现了2个SNPs.以其为3'端,设计等位基因特异引物及其互补引物,对SNP进行分型,同时研究了特异引物3'端碱基错配对等位基因特异PCR的影响,优化了PCR反应体系.[结果]等位基因特异引物3'端不同位置的碱基错配及不同类型的碱基错配对PCR结果影响较大;在等位基因特异PCR中,Mg2+、dNTP及Taq DNA聚合酶的用量均大于普通PCR.[结论]只要在等位基因特异引物3'端加上合适的错配碱基,并且优化其PCR反应体系,用等位基因特异PCR方法检测六倍体小麦中的单核苷酸多态性是可行的.