家蚕基因组中SnoRNA(Box C/D)的生物信息学分析与研究

摘要

[目的]探索生物信息方法在家蚕基因组 snoRNA 预测中的应用,了解snoRNA在家蚕基因组的分布和结构特征.[方法]利用已有和自行设计的生物信息工具对家蚕基因组中Box C/D snoRNA 进行预测和手工校正.[结果]获到家蚕基因组中的 70 个 snoRNA 和 56 个推测的甲基化位点.结构分析发现 D′box 和末端茎环结构的不保守性;分析 snoRNA 在基因组上的分布,未发现普遍的成簇分布的现象,且内含子和基因间隔区的 snoRNA 数目接近;预测得到的家蚕 Box C/D snoRNA 与已报道果蝇 Box C/D snoRNA进行相似性分析,表明两个物种的 Box C/D snoRNAs 在一级结构上存在较大的差异.[结论]基于结构特征预测的方法有利于逐步揭示家蚕基因组中存在的 snoRNA 信息;但与家蚕同源关系较近的物种,其 snoRNA 在序列上可能有较大变化,故可能不适合以序列同源来对其进行预测.